首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

R语言】根据映射关系来替换数据框中内容

前面给大家介绍过☞R替换函数gsub,还给大家举了一个临床样本分类具体例子。今天我们接着来分享一下如何根据已有的映射关系来对数据框中数据进行替换。...例如将数据框中转录本ID转换成基因名字。我们直接结合这个具体例子来进行分享。...::install("stringi") library(stringi) #先将bed文件中内容存放在result2中 result2=bed #使用stri_replace_all_regex进行替换...(mapping), mapping[[1]],vectorize=F) #查看结果 head(result2) 方法三、使用mgsub函数 前面讲☞使用R获取DNA反向互补序列时候也用到过这个函数...参考资料: ☞R替换函数gsub ☞正则表达式 ☞使用R获取DNA反向互补序列

3.8K10
您找到你想要的搜索结果了吗?
是的
没有找到

如何使用PCA去除数据集中多重共线性

在本文中,您可以阅读为什么多重共线性是一个问题,以及如何使用主成分分析(PCA)消除数据集中多重共线性。 为什么多重共线性是一个潜在问题?...要处理或去除数据集中多重共线性,首先需要确认数据集中是否具有多重共线性。...在这篇文章中,我们将看到如何使用相关矩阵和主成分分析来发现数据多重共线性,并使用主成分分析来去除它。基本思想是对所有的预测器运行一个主成分分析。...如果存在多重共线性,它们比率(条件指数)将会很高。 数据 为了进一步分析,使用数据集是从Kaggle下载Diamonds数据集。...为了使用主成分分析技术从数据集中提取特征,首先我们需要找到当维数下降时解释方差百分比。 ? 符号,λ:特征d:原始数据维数k:新特征空间维数 ? ?

1.6K20

基础知识 | R语言数据处理之日期转换

R语言数据处理之日期 可能,刚开始学习R的人都会觉得日期处理非常简单,却常常在数据深度分析,特别是利用时间序列绘制循环静态图、日历图、旭日图、螺旋图或者动态GIF/VIDEO等时出现Bug...,罪魁祸首往往是因为日期与字符型变量相互转换、日期算术运算以及函数使用错误导致。.../%Y") > Date2 [1] "2020-06-20" "2020-06-21" "2020-06-22" "2020-06-23" "2020-06-24" "2020-06-25" 3、修改数据框中日期格式...> date() [1] "Sun Jul 19 14:59:10 2020" 3、format()输出指定格式日期 > Today<-Sys.Date()#系统当天日期 > Today [1]...> str<-as.character(Sys.Date(),"%m/%d/%y") > str [1] "07/19/20" 03 日期算术运算 1、计算两个日期之间间隔天数 > Start<-as.Date

7.3K60

R 数据整理(三:缺失NA 处理方法汇总)

> is.na(c(1,2,3,NA,'sdas')) [1] FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE # 我们可以直接用which 获取TRUE 所在index 但是,这个函数并不能很好使用数据框中...其会返回一个矩阵,对应缺失会在对应位置返回一个TRUE,如果这时候通过which 获取,其只会返回一个坐标,这是因为数据框经过is.na 后返回一个矩阵,而矩阵坐标关系和向量又非常微妙,其本质也就是向量不同排列...我们都知道,布尔实际就是0和1,我们可以利用这个特性,获得那些经过is.na 后,行和不是0 行,那就代表其存在表示TRUE(NA)数据了: > rcmat[!...去除NA 非常暴力,直接使用函数na.omit() 就可以直接对向量或者数据框操作了。...非常贴心将缺失替换为其所在列上一行数值: > fill(X,X1,X2) X1 X2 1 A 1 2 B 1 3 C 3 4 D 4 5 E 5 6 E 6 >

4.4K30

数据科学学习手札58)在R中处理有缺失数据高级方法

一、简介   在实际工作中,遇到数据中带有缺失是非常常见现象,简单粗暴做法如直接删除包含缺失记录、删除缺失比例过大变量、用0填充缺失等,但这些做法会很大程度上影响原始数据分布或者浪费来之不易数据信息...,因此怎样妥当地处理缺失是一个持续活跃领域,贡献出众多巧妙方法,在不浪费信息和不破坏原始数据分布上试图寻得一个平衡点,在R中用于处理缺失包有很多,本文将对最为广泛被使用mice和VIM包中常用功能进行介绍...如上图所示,通过marginplot传入二维数据框,这里选择airquality中包含缺失前两列变量,其中左侧对应变量Solar.R红色箱线图代表与Ozone缺失对应Solar.R未缺失数据分布情况...3、自编函数计算各个变量缺失比例   为了计算出每一列变量具体缺失比例,可以自编一个简单函数来实现该功能: > #查看数据集中每一列缺失比例 > miss.prop <- function(x)...m: 生成插补矩阵个数,mice最开始基于gibbs采样从原始数据出发为每个缺失生成初始以供之后迭代使用,而m则控制具体要生成完整初始数据框个数,在整个插补过程最后需要利用这m个矩阵融合出最终插补结果

3K40

102-R数据整理12-缺失高级处理:用mice进行多重填补

) R数据缺失处理--基于mice包 - 知乎 (zhihu.com)[2] 一种挽救你缺失数据好方法——多重补插_处理 (sohu.com)[3] 没有完美的数据插补法,只有最适合 - 知乎...(zhihu.com)[4] 前言 其实之前我也介绍过缺失处理:[[28-R数据整理03-缺失NA处理]]。...在前两种情况下可以根据其出现情况删除缺失数据,而在第三种情况下,删除包含缺失数据可能会导致模型出现偏差。因此我们需要对删除数据非常谨慎。而且,插补数据并不一定能提供更好结果。...,根据模型评分选择最佳补插。...碍于我能力有限,这里贴上mice 部分模型: 以及某个讲义:Handling Missing Data in R with MICE (amices.org)[5] 5-使用MICE 进行多重填补

6.3K30

SQL 中 NULL :定义、测试和处理空数据,以及 SQL UPDATE 语句使用

需要注意是,NULL 与零或包含空格字段不同。具有 NULL 字段是在记录创建期间留空字段。 如何测试 NULL 使用比较运算符(如=、)无法测试 NULL 。...Address IS NULL; 提示:始终使用 IS NULL 查找 NULL 。...使用 IS NULL 和 IS NOT NULL 运算符可以有效地处理数据库中情况。 SQL UPDATE 语句 UPDATE 语句用于修改表中现有记录。...演示数据库 以下是示例中使用 Customers 表一部分: CustomerID CustomerName ContactName Address City PostalCode Country...UPDATE语句用于修改数据库表中记录,可以根据需要更新单个或多个记录,但务必小心使用WHERE子句,以防止意外更新。

44720

R语言数据分析与挖掘(第一章):数据预处理(2)——缺失常用处理方法

上一篇文章(缺失处理)介绍了缺失处理判断方法,这一讲接着介绍缺失常用几种处理方法:删除法,替换法和插补法。不同方法对应不同类型缺失。...1.删除法 如果缺失比例很小,且不影响整体数据结构,即缺失类型是完全随机缺失时,可以考虑将缺失删除,该方法操作非常简单,使用函数na.omit()就可以将含有缺失行删除。...complete.cases(algae)) [1] 0 2.替换法 直接删除含有缺失行记录代价和风险较大,故我们可以考虑将缺失部分替换掉,如用均值去替换,即均值替换法,该方法根据变量不同类型选择不同替换...参数介绍: data一个包含完整数据和缺失数据矩阵或数据框,其中各缺失数据用符号NA表示; m:指定多正插补数,默认为5; method:一个字符串,或者长度与数据集列数相同字符串向量,用于指定数据集中每一列采用插补方法...,使用数据为algae数据集中含有缺失第4到11列数据,默认插补查补数据集为5个;然后创建fit对象,用于设定统计分析方法,这里指定线性回归,则fit是一个包含4个统计分析结果列表对象;再创建pool

2.5K51

geotrellis使用(二十二)实时获取点状目标对应栅格数据

如果我们采用传统方式很难能够对全球SRTM数据实时获取某个点,采用Geotrellis分布式方式可以很好解决这一问题。最近实在太忙,闲话少说,直接进入干货。...2.2 数据准备        要想能够获取到栅格数据,首先要有相应数据,比如SRTM数据,将SRTM数据通过之前文章中讲解数据导入部分介绍方式导入到Accumulo中(参考geotrellis...2.3 获取坐标点栅格数据        后台接收到前台传入point之后,首先转化成Point对象,并完成重投影(前台一般为WGS84投影,而栅格数据一般为WebMercator等,当然如果你前后投影方式一致...第二行就是查找包含该点瓦片。有了这个结果,就可以查找该点对应数据。...当然你也可以先通过缓冲区分析,将点状目标或者线状目标变成面,然后采用geotrellis使用(十四)导出定制GeoTiff一文中介绍面状对象获取分析方式来进行处理。

1.3K50

geotrellis使用(十六)使用缓冲区分析方式解决投影变换中边缘数据计算问题

文件(见geotrellis使用(十四)导出定制GeoTiff),但是实际中有时会有BUG,就是数据发生非常明显变化,理论上只进行了切割、重投影操作,数据不应该会发生特别大变化。...二、问题探索        使用QGIS打开导出Tiff文件,形状、位置、投影等信息都正确,甚至大部分数据都正确,唯一出现问题地方就是边缘,边缘出现了很多不正常。...很简单,重采样要根据坐标点周围几个点来重新计算当前点,在图像边缘处,只有部分临近点有数据,其他无数据地方会用NODATA来替代,所以计算结果当然会出问题。        ...简单说就是选周围四个点,然后做一条水平线,按照线性求出水平线与四个点组成四边形交点,然后根据这两个再计算出该点,理论上使用Bilinear也应该会出现边缘问题,但是实际测试并没有出现...但是目前来看我们必须要想一个办法来解决这个问题,下面就是本文重点要讲——使用缓冲区分析方式解决投影变换中边缘数据计算问题。

1.2K40

django 前后端进行交互数据使用json格式传,具体前端 后端代码这样写

两者含义 我们都知道后台给前台返回数据都是字符串类型,那么怎么返回成为一个问题 HttpResponse与JasonResponse都是django中后台给前台返回数据方法, 并且他们最后走都是...http协议 两者区别 不同方法还是有点区别的,我们后台给前台返回数据时候需要通过json格式 字符串进行传输,因为前后台都有对json格式字符串进行操作方式 他们区别就是HttpResponse...需要我们自己前后台进行序列化与反序列化 而JasonResponse则把序列化和反序列化封装了起来,我们直接传入可序列化 字符串,在前台就能收到对应数据 使用方法 ps:后台返回数据都需要有固定格式...,包含状态码以及信息,状态码为公司自定义 res = {“code”:None, “msg”:None} 1、HttpResponse 后端代码 先定义出返回数据格式 res = {“code”:...(res) 前端代码 直接返回回去就是对应数据类型,不需要过多操作

2.1K20

使用tp框架和SQL语句查询数据表中某字段包含某

有时我们需要查询某个字段是否包含某时,通常用like进行模糊查询,但对于一些要求比较准确查询时(例如:微信公众号关键字回复匹配查询)就需要用到MySQL find_in_set()函数; 以下是用...find_in_set()函数写sq查询l语句示例: $keyword = '你好'; $sql = "select * from table_name where find_in_set('"....$keyword"',msg_keyword) and msg_active = 1"; 以下是在tp框架中使用find_in_set()函数查询示例: $keyword = '你好'; $where...数据库中存关键字要以英文“,”分隔; 2.存储数据要对分隔符进行处理,保证以英文“,”分隔关键字。...以上这篇使用tp框架和SQL语句查询数据表中某字段包含某就是小编分享给大家全部内容了,希望能给大家一个参考。

7.4K31

跟着Nature学数据分析:plink计算SNP和SV之间连锁不平衡R

下载下来自己算算试试 数据下载链接http://solomics.agis.org.cn/tomato/ftp/ snp indel 数据集 只下载 chr3部分 SV数据处理 sv数据集把3...fw.write("%s\n"%('\t'.join(new_list))) fw.close() 这个vcf文件里不知道为啥会有很多 .:1 .:0这种基因型,如果是这种同意替换成...根据缺失率对数据进行过滤 vcftools --vcf chr3.sv.edited.vcf --max-missing 0.8 --recode --recode-INFO-all --out chr3...(这个计算起来非常快) 利用输出数据作图 R语言代码 library(data.table) library(tidyverse) dat.ld<-fread("tomato.chr3.ld.ld.gz...和论文中分布还是挺像,SNP和SV分布还是不一样,如果用上所有染色体数据可能还会有变化

16701

FreeRTOS例程3-串口中断接收不定长数据与二信号量使用

所以,这两个中断可以配合使用,串口接收中断实时接收数据,接受完一串数据后,空闲中断被触发,就可以对接收一串数据分析处理了。这种方式不需要知道每次字符串具体长度,因而可以接收不定长串口数据。...1.2 信号量 FreeRTOS中信号量是一种任务间通信方式,信号量包括:二信号量、互斥信号量、计数信号量,本次只使用信号量。...二信号量 二信号量只有两种状态,可以先通俗理解为它就是个标志,0或1。...中断中使用信号量释放要使用ISR结尾函数xSemaphoreGiveFromISR,否则程序就卡住了。...buf不同内容执行不同小任务 } } } 2.3 一个小应用 结合之前文章介绍字符串操作相关知识:C语言字符串相关函数使用示例 strtok_r strstr strtok

2.5K12

盘点使用Pandas解决问题:对比两列数据取最大5个方法

一、前言 前几天在Python星耀交流群有个叫【iLost】粉丝问了一个关于使用pandas解决两列数据对比问题,这里拿出来给大家分享下,一起学习。...大概意思是说在DF中有2列数据,想每行取两列数据最大,形成一个新列,该怎么写?最开始【iLost】自己使用了循环方法写出了代码,当然是可行,但是写就比较难受了。...】,这里使用apply方法来解决,代码如下 df['max3'] = df[['cell1', 'cell2']].apply(max, axis=1) df 方法四:【常州-销售-MT】解答 这个方法也是才哥群里一个大佬给思路...使用numpy结合pandas,代码如下: df['max4'] = np.where(df['cell1'] > df['cell2'],df['cell1'], df['cell2']) df...这篇文章基于粉丝提问,针对df中,想在每行取两列数据最大,作为新一列问题,给出了具体说明和演示,一共5个方法,顺利地帮助粉丝解决了问题,也帮助大家玩转Pandas,学习Python相关知识。

4K30

前沿观察 | SageDB:一个自学成才数据

例如,考虑“学习索引结构案例 ”[1]一文中RMI模型: 1.在数据上拟合简单模型(线性回归,简单神经网络等) 2.使用模型预测来挑选另一个模型,即专家,它可以更准确地模拟数据子集 3.重复该过程...例如,还可以使顶部模型或底部模型更复杂、在特定级别阶段用其他类型模型替换部分模型、使用量化、改变特征表示、将模型与其他数据结构组合等等。...后续工作已将其扩展到磁盘数据存储,压缩插入和多维数据。 对于多维数据,基线是R树(与B树相对)。R-Trees将矩形映射到索引范围列表,使得位于矩形中每个点索引包含在这些范围集中。...我们可以用学习模型替换R-Tree,就像B-Tree一样。使RMI B-Tree有效替换一个技巧是模型足以使我们“在正确位置”,然后我们可以围绕预测进行局部搜索以完成工作。...作者使用压缩在内存中列存储,实现了上文学习索引,并将其与完整列进行扫描,对聚簇索引(按提供最佳整体性能列排序)和R-Tree进行了比较。

62020
领券