R语言data.table包是自带包data.frame的升级版，用于数据框格式数据的处理，最大的特点快。包括两个方面，一方面是写的快，代码简洁，只要一行命令就可以完成诸多任务，另一方面是处理快，内部处理的步骤进行了程序上的优化，使用多线程，甚至很多函数是使用C写的，大大加快数据运行速度。因此，在对大数据处理上，使用data.table无疑具有极高的效率。这里我们主要讲的是它对数据框结构的快捷处理。
https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2214427119
R的recommenderlab包有许多关于推荐算法建立、处理及可视化的函数。上一次也利用这个包对Movielisence进行了分析，但是这个数据集来源于包本身。本文对于一个实际数据进行分析，该数据集来源于亚马逊网站，我们的目标是利用recommenderlab包构建相应的推荐系统，利用用户对产品的打分，做到给用户个性化推荐，包括
目录： windows命令行中执行R dataframe 常用函数、变量 1、windows命令行中执行R 前提：已经把R的命令目录加入了系统路径中。 在windows中，命令行执行R可以用以下两种方式： （1）RCMD BATCH xxx.r 这种方式也可以写成”r cmd BATCH“、”rcmd BATCH“、”R CMD BATCH“，这几个命令都是一样的，随便你用哪个 这种方式的输出结果不是直接显示在命令行中，而是会在r文件相同路径下，自动创建一个xxx.r.Rout文本文件，输出的内容在这个文
5.3 增加新一列 e.p df1$p.value <- c(0.01,0.02,0.07,0.05)
功能描述：根据ORDER BY子句中表达式的值，从查询返回的每一行，计算它们与其它行的相对位置。组内的数据按ORDER BY子句排序，然后给每一行赋一个号，从而形成一个序列，该序列从1开始，往后累加。每次ORDER BY表达式的值发生变化时，该序列也随之增加。有同样值的行得到同样的数字序号（认为null时相等的）。然而，如果两行的确得到同样的排序，则序数将随后跳跃。若两行序数为1，则没有序数2，序列将给组中的下一行分配值3，DENSE_RANK则没有任何跳跃。
前面我们讲了R批量下载B细胞和T细胞受体VDJ序列文件，那么如何将这些fasta序列读到R里面，方便后面处理呢？今天小编就给大家演示一下如何利用R将fasta序列转成data.frame。我们就用上次下载到的BCR的VDJ序列为例，7个fasta文件存放在BCR_seq文件夹中。
1、merge(a,b)，纯粹地把两个数据集合在一起，没有沟通a、b数据集的by，这样出现的数据很多，相当于a*b条数据；
事情是这个样子的，今天上午，高高兴兴的写代码，把data.table放到循环里面，批量读取文件，批量赋值，写完运行后发现结果是错误的，查看Warning发现是类型不一致，就这个问题记录了一下。希望对后来者有帮助。
今天的推文介绍下半部分SNP位点的碱基类型的实现办法，背景颜色这里借助的是ggplot2包中的geom_tile()函数；表示碱基的文本借助的是geom_text()函数
解决方案：当数据中存在标记字节时，在标记前添加转义字符（这种方式解决了一部分问题，但同时也带来了一些特殊情况，当数据中包含转义字符时，又必须在转义字符前添加转义字符避免混淆）
在数据分析中，往往会遇到各种复杂的数据处理操作：分组、排序、过滤、转置、填充、移动、合并、分裂、去重、找重、填充等操作。这时候R语言就是一个很好的选择：R可以高效地、优雅地解决数据处理操作。（本章节为R语言入门第二部分总结篇：数据操作）
geom_smooth()函数不需要指定任何参数，自己直接就添加的是二次方程的拟合曲线，当然以上结果是因为自己的数据非常标准，是直接用二次方程来生成的
豆花寄语：学生信，R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。
不太常见，通常为前面步骤运行出错导致的。需要打开文件看下，确认是否为空（最常见的可能性）还是有特殊格式（如#号开头或引号不对等），再继续向前翻看运行记录，看下是哪步出的错。
通常是使用Cytoscape、igraph包等来可视化网络，虽然能够创建美观的网络图，但它们只是静态的。对于创建交互式网络可视化，可以使用R中的特定包—visNetwork，有许多参数来创建个性化网络。
首先用file.edit('~/.Rprofile')打开.Rprofile文件；然后在.Rprofile文件内添加下列两行代码
Data Frame一般被翻译为数据框，感觉就像是R中的表，由行和列组成，与Matrix不同的是，每个列可以是不同的数据类型，而Matrix是必须相同的。
首先准备测试数据*(mtcars) 分别为CSV. TXT read.table 默认形式读取CSV（×）与TXT(效果理想) ① > test<-read.table("C:/Users/ad
**2018博客之星评选，如果喜欢我的文章，请投我一票，编号：No.009** [支持连接](https://blog.csdn.net/HHTNAN/article/details/85330758) ,万分感谢！！！
R语言 控制流：for、while、ifelse和自定义函数function|第5讲
1.创建数据集/矩阵【data.frame数据框、matrix矩阵、array数组】
引用自微信公众号生信星球 小白 （1）R的赋值符号不是等号，而是<- （2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行 #左侧控制台 （3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。 （
作者 邓培 本文为CDA数据分析师志愿者原创作品，转载需授权 ---- 导读 作者目前在一家互联网证券社交平台从事产品数据分析工作，本项目解决用户自激活 APP 到首次付费的核心路径问题。 ---- 付费转化是任何一家互联网公司都必须面对的“流量-->收益”核心问题，付费问题可分为首次付费和复购。 不同的产品，付费模式不同，受到的影响因素不同。证券类收费产品，会受到外界因素如政策、大盘等影响，同时又会受到服务提供者（投顾）水平的影响，其中投顾水平是核心因素，主要表现为对投顾的判断是否精准。 而首次付费
生信技能树-数据挖掘课程笔记 数据框 #数据框的新建 df = data.frame(gene = paste0("gene",1:6),change = rep(c("up","down"),each = 3)) #数据框的读取 df df = read.csv("gene.csv") #数据框的属性 dim(df) #查看行数和列数 nrow(df) #查看行数 ncol(df) #查看列数 rownames(df) #查看行名 colnames(df) #查看列名 输出结果： 图片 图片 数据框的操
数据框是一种表格式的数据结构，属于一种二维表，分为行和列。数据框旨在模拟数据集，与其他统计软件例如 SAS 或者 SPSS 中的数据集的概念一致。数据集通常是由数据构成的一个矩形数组，行表示观测，列表示变量。不同的行业对于数据集的行和列叫法不同。在一个数据框中，每一行的元素个数相同，每一列元素个数也相同，每一列的数据类型一致，都为一个向量，每一行内容还是一个数据框。数据框是 R 中使用最广泛的一种数据格式。
今天延续Day2讲完了全部的几个重要数据类型，都是后续生信分析非常重要的知识点以及小Tips，同时深深感受到代码思维的重要性。要写能换个环境和场景依然可运行的代码，而不是一次性的玩意儿
https://hbctraining.github.io/Intro-to-R/lessons/04_introR-data-wrangling.html
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记录中的字段通常由逗号分隔，但其他分隔符也是比较常见的，例如制表符（制表符分隔值，TSV）、冒号、分号和竖直条等。建议在自己创建的文件中坚持使用逗号作为分隔符，同时保证编写的处理程序能正确处理使用其他分隔符的CSV文件。
之前一直苦恼于ggplot函数无法制作雷达图，心想着既然饼图可以通过柱形图+极坐标模拟出来，为啥雷达图不行。 我尝试着用折线图+极坐标来模拟雷达图（之前在制作饼图和圆环图以及玫瑰图的时候就是这样做的）。 结果就粗线了以下不伦不类的图形： data<-data.frame(Name = c("苹果","谷歌","脸书","亚马逊","腾讯"),Company = c("Apple","Google","Facebook","Amozon","Tencent"),Sale2013 = c(5000,3500,
这个功能很简单也很常用，但是不加注意还是容易写错，比如只对每一行的前两个元素求和：
约等于表格：1.数据框不是一个具体文件，只是R语言内部的一个数据；2.数据框每一列只能有一种数据类型
## 0、Rstudio界面介绍及快捷键 # 运行当前/选中行 ctrl+enter # 中止运行 esc # 插入 <- Alt+- # 插入 %>% Ctrl+Shift+M # 快捷注释（支持多行选中）ctrl+shift+c 快捷注释后，如取消注释ctrl+shift+c # Rstudio自动补全 tab x <- 5 ## 1、生成数据 set.seed(0) set.seed(1) c() seq() #生成等差数据 rep() #重复生成数据 rep(1:10,
时间序列是指同一种现象在不同时间上的相继观察值排列而成的一组数字序列。统计学上，一个时间序列即是一个随机过程的实现。时间序列按其统计特性可以分为平稳时间序列和非平稳时间序列两类。在实际生活中遇到的序列，大多数是不平稳的。
文件名$列名 = c()赋值修改后的向量（$提取的是一个全新的列名，之前不存在的）
今天的内容在我刚看到的时候，觉得很难，看不懂每一步代码的意思，不知道是如何得到花花老师的结果的，但是在自己一步一步按照教程来进行操作，仔细比对前后的变化的时候，我对dplry包的使用有了更清晰的认识，这一部分内容需要自己多多练习，才能体会其中的含义。
install.packages()/BiocManager::install()
mpg" "cyl" "disp" "hp" "drat" "wt" "qsec" "vs" "am" "gear" "carb 1 Mazda RX4” 21 6 160 110 3.9 2.62 16.46 0 1 4 4\r\n”Mazda RX4 Wag” 21 6 160 110 3.9 2.875 17.02 0 1 4 4\r\n”Datsun 710” 22.8 4
dplyr是一个在R语言中非常流行的数据处理包，它提供了许多功能强大且易于使用的函数，包括 select、 filter、mutate、arrange和summarize 等。这些功能使得dplyr成为数据清洗、处理和分析的首选包。
首先准备测试数据*(mtcars) 分别为CSV. TXT read.table 默认形式读取CSV（×）与TXT(效果理想) ① > test<-read.table("C:/Us
R语言data.table包是自带包data.frame的升级版，用于数据框格式数据的处理，最大的特点快。包括两个方面，一方面是写的快，代码简洁，只要一行命令就可以完成诸多任务，另一方面是处理快，内部处理的步骤进行了程序上的优化，使用多线程，甚至很多函数是使用C写的，大大加快数据运行速度。因此，在对大数据处理上，使用data.table无疑具有极高的效率。这里主要介绍在基因组数据分析中可能会用到的函数。
matrix 矩阵-二维，只允许一种数据类型；data.frame数据框-二维，每列只允许一种数据类型。
上篇我们了解了Python中pandas内封装的关于数据框的常用操作方法，而作为专为数据科学而生的一门语言，R在数据框的操作上则更为丰富精彩，本篇就R处理数据框的常用方法进行总结： 1.数据框的生成 利用data.frame()函数来创建数据框，其常用参数如下： ...：数据框的构成向量的变量名，顺序即为生成的数据框列的顺序 row.names：对每一行命名的向量 stringAsFactors：是否将数据框中字符型数据类型转换为因子型，默认为FALSE > a <- 1:10 > b <- 10:1 >
列表是一种特别的对象集合，它的元素也由序号（下标）区分，但是各元素的类型可 以是任意对象，不同元素不必是同一类型。元素本身允许是其它复杂数据类型，比如，列表 的一个元素也允许是列表。例如：
通过 gather ，并设定key（原先的列），与value（原先的数据），并通过 - （原先的行），对数据框进行转换。
方式：RStudio中，菜单栏File→NewProject→NewDirectory→NewProject→DirectoryName
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