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群落构建几个问题

太大导致计算系统发育距离错误 现如今分析扩增子,数据量普遍是越来越大了,相应的系统发育也在茁壮成长。...数值太大导致群落构建报错 本来是一个普普通通的NST计算群落构建,结果却出现了报错: > tnst <- tNST(comm = comm, group = group, +...invalid 'size' argument In addition: Warning message: In sample.int(length(x), size, replace, prob) : NAs...introduced by coercion to integer range OTU和分组文件本身都没有问题,OTU表的数值也都是整数。...正在百思不得其解为什么会是代码内置的sample函数出错的时候,突然意识到报错的最后一句话大有深意:在转化成整数的范围产生了NA,于是又看了一下数据:OTU表除了0就是9-11位的大数...

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使用多进程库计算科学数据出现内存错误

问题背景我经常使用爬虫来做数据抓取,多线程爬虫方案是必不可少的,正如我在使用 Python 进行科学计算,需要处理大量存储在 CSV 文件中的数据。...但是,当您尝试处理 500 个元素,每个元素大小为 400 x 400 ,在调用 get() 时会收到内存错误。...解决方案出现内存错误的原因是您的代码在内存中保留了多个列表,包括 vector_field_x、vector_field_y、vector_components,以及在 map() 调用期间创建的 vector_components.../CSV/RotationalFree/rotational_free_x_'+str(sample)+'.csv') pool.close() pool.join()通过使用这种方法,您可以避免出现内存错误...在Windows系统上,你可能需要使用parLapply函数来代替。如果有更多专业知识不懂得可以评论区一起讨论。

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使用 ChatGPT 为生物信息学初学者赋能

而ChatGTP的出现可能改变这一现状,学生可以自己作为导师,指导ChatGPT完成数据分析工作。 众所周知,与ChatGPT互动,给予的指令越精确,那么它给出的答案越精准。...如果出现错误,转向优化提示词。 如果代码正确,继续下一步。 评估结果。 如果结果不符合预期,转向优化提示词。 如果结果符合预期,继续下一步。 审查代码,得到最终提示词并归档方法。...这个模型本身平平无奇,符合平常人们使用ChatGPT的习惯:即不断优化提示词,直至得到正确答案。下面两个案例很好地体现了这一过程。...安全二:推断DNA序列的分子进化系统发育 定义聊天机器人的行为: Act as an experienced bioinformatician proficient in R, you will write...迭代2 I got a warning message " In dist.dna(aln) : NAs introduced by coercion". Please fix it.

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aardio使用whttp库(winhttp)出现错误:beginSendData ERROR CODE:183 当文件已存在,无法创建该文件。

按照抓包的内容写好http请求代码后,总是运行出错:beginSendData ERROR CODE:183 当文件已存在,无法创建该文件。...这个错误,翻遍整个网络也没有找到解决方法,甚至遇到这个问题的人都几乎没有,难道只有用aardio的winhttp才会遇到这个问题? 这个问题困扰了我很久,网上没有资料,只能自己解决,或者不用。...偶尔来了灵感,感觉这个错误应该是重复创建了什么玩意导致的。...于是把发送请求携带的header内容一条一条去掉尝试,最后发现是因为在header里面携带了Referer数据,这个数据可以在post函数的第4个参数中指定,但如果在header字符串内包含此数据的话...更新: 在后面的使用中,发现在使用inet.whttp库的post功能,如果header中含有content-type: application/x-www-form-urlencoded这行时,也会提示这个错误

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生信学习入门常见错误可能的原因分类总结和求助指南

如果是conda安装,则查看是否在对应的 如果不确定是 1 还是 2 的问题,可使用locate或find命令查看命令是否已安装,具体见Linux下那些查找命令。 软件命令输入错误,如大小写混淆等。...单句一个个点运行时就容易出现下面的问题,多点了导致参数赋值出错。 更多的时候,会出现这样的错误,中间少点了某一句,致使程序一直未能如期运行。...一般出现在参数值以公共变量形式出现时,公共变量如wd或db等未初始化导致的。当然从这个截图我们看不出问题具体是什么,因为截图不完整,只能是猜测,或通过进一步与提问者沟通了解问题所在。...factor Execution halted 输入的variable order 有重复元素;variable order为对应列的唯一元素的有序排列 ---- Warning message: NAs...introduced by coercion Error: Discrete value supplied to continuous scale Execution halted 数据是离散的(discrete

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数据处理基础—数据类型了解一下

introduced by coercion ## [1] NA 上面我们试图将由双引号标识的“字符”数据强制转换为无意义的数字数据,因此我们触发(“threw”)警告消息。...由于这只是一个警告,R将继续执行脚本或者函数中的任何后续命令,而“错误”将导致R停止。 5.3.2 字符/字符串 “character”类存储各种文本数据。...颜色可以通过三种主要方式指定:使用可用的名称,使用rgb函数获得红色,绿色,蓝色值,或者通过使用hsv函数改变色调(颜色),饱和度(颜色与白色)和值(颜色/白色与黑色)。...这必须在每个R会话刚开始完成。 options(stringsAsFactors=FALSE) 练习如何使用因子为上面的任意长的矢量,比如str_vector,创建颜色矢量?....)) ## ## 当从不适合任何先前数据结构的函数返回大量结果,列表最常用。

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