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使用bedtoolsgetfasta功能来获取指定坐标上下游序列

前些天给学徒演示了猪狗参考基因组构建索引 就顺便布置了作业,有意思是她下载时候,在两个参考基因组文件里面犹豫不决: : The systematic name of the...All repeats and low complexity regions 就是参考基因组是否带上rm后缀,我让她试一下,找一个fastq测序数据比对到两个参考基因组,结果她告诉我居然比对率很不一样...,在rm后缀参考基因组比对率比没有rm参考基因组低10%。...所以我让她提前了其中一个序列比对坐标,然后去两个参考基因组里面看这个坐标里面的序列,是不是rm后缀,被NNNN了。...比如我想验证一些NGS得到突变位点,需要获取位点上下游序列这样可以去设计引物做一代测序,位点坐标如下: chr17 43045748 chr17 43045761 chr17 43057069

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使用 Charles 获取 https 数据

使用 Charles 版本是 3.11.2,获取下载地址可自行百度,我下面要说使用 Charles 获取 https 数据。 1....钥匙串 系统默认是不信任 Charles 证书,此时对证书右键,在弹出下拉菜单中选择『显示简介』,点击使用此证书时,把使用系统默认改为始终信任,如下图: ?...简书发现页面接口数据 此时还是获取不到 https 数据,各位童鞋不要着急,下面还有操作,接着还是进入 Charles ,如下图操作: ?...设置 如果还抓不到数据,检查你手机是不是 iOS 10.3 及以上版本,如果是的话还需要进入手机设置->通用->关于本机->证书信任设置,如下图,证书选择信任就可以了: ?...iOS11 设置完成后,就可以抓取数据啦,如下图: ? 抓取数据 如果有问题,欢迎留言。?

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向量空间相关概念总结-线性相关

这是一个我觉得很重要也很常用概念,所以单独拿出来记录一下,因为后面的秩和还有其他一些概念都会用到这个知识点 向量组: 若干同列向量(或者同行向量)所组成集合,叫做向量组。...大白话就是:有一个集合,它里面都是同向量 线性表示: 就像炒一盘菜,这盘菜成品可以看成是一个向量,那炒菜用各种材料可以看成是一个向量组,那这盘菜就可以表示成这样: 菜 =(50盐+20油+...注:这里这个向量组里是包含那个“菜向量”,这时候任何一个向量单独拿出来,对剩下向量向量组来说都是线性相关,比如把盐拿出来的话,那就相当于菜向量+那些负材料向量就能得到盐向量 线性相关代数表示...因此,a1是a2..am线性组合,因此,a1与剩下向量组线性相关,但是刚才式子里a1其实还可以替换成其他向量,所以这个式子可以证明这个向量组里任何一个向量,都可以由剩下向量线性表示。...就像匀速行驶汽车,从一个地点直线到另一个地点位置变化,可以看作坐标系里一个点,经过一个线性变化到达了目的地,而我们默认向量起点为坐标原点,所以这个汽车位置也可以看作是从原点到汽车一个向量,经过线性变化后变成了新向量

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开发里数据动态获取和自动补录

在运平台设计中,目前有两套系统是并存,并行发展,其中一部分原因是涉及业务不同,关注点不同。...如果内存是8G我录入错误,写成了80G有没有问题,在数据库运平台这边是完全感知不到,如果后续做了变更,我们也是无法感知,与其这样,还不如不维护,系统层面的信息可以交由系统运平台CMDB即可,而数据库运平台只需要关注数据库和业务信息即可...所以在数据库运平台中,我不刻意去维护系统信息,而是主要通过API来来访问获取,当然为了提高性能,我会做一层过滤,我会把系统信息都收集一遍,放入本地数据库表中,如果下一次访问时候首先在数据库表中查找...所以反复测试,也算是明白了,使用get方式去获取数据,如果获取不到就会抛错,个人感觉这个接口还是不太友好,可以换一种方式,比如filter来实现,因为从表结构能够定位到这是一个主键或者唯一性索引。...所以代码部分根据count方式来做了调整,然后在这个基础上又做了改进,即如果在本地数据库中不存在,则访问接口得到数据库,把数据库下沉到本地,整个过程对于我们使用是透明,也算是一种比较友好交互方式

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使用R语言cgdsr包获取TCGA数据

第一篇目录 TCGA数据源 查看有多少不同癌症数据集 查看任意数据样本列表方式 查看任意数据数据形式 选定数据形式及样本列表后获取感兴趣基因信息 选定样本列表获取临床信息 综合性获取 从cBioPortal...R语言cgdsr包来获取任意TCGA数据吧。...查看有多少不同癌症数据集 cBioPortal是按照发表文章方式来组织TCGA数据,当然,里面也还有很多非TCGA数据集,所有的数据集如下所示: library(cgdsr)library(DT...查看任意数据数据形式 ## 而后获取可以下载哪几种数据,一般是mutation,CNV和表达量数据all_dataset <- getGeneticProfiles(mycgds, stad2014...综合性获取 只需要根据癌症列表选择自己感兴趣研究数据集即可,然后选择好感兴趣数据形式及对应样本量。

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还是使用CCDS数据基因坐标信息来计算基因长度吧

,有探索过3种方法获取基因长度,然后发现 同样基因在不同数据库记录位置信息差距好离谱 所以不得不弃用 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene 包。...还是使用CCDS记录文件吧,CCDS 数据库旨在确定一组核心的人类和小鼠蛋白质编码区域,这些区域具有一致注释和高质量。...在数据库:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/ 可以下载,然后需要在Linux或者Mac环境下面使用 bedtools 软件加上perl代码,完成下面的操作。...第7列:正负链 第8列:CDS 起始坐标,需要注意是,该坐标是 0-base 标注方法 第9列:CDS 终止坐标,同上 第10列:CDS 中每个 exon 具体坐标信息 第11列:match_type...所以 CDS 数据库不记录 UTR 信息坐标。只能统计 CDS 区域总长度,无法统计全外显子 Exon 总长度,约 35 Mb。

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Jmeter系列(31)- 获取使用 JDBC Request 返回数据

前言 Jmeter 使用 JDBC Request 获取数据库中数据,很多人都会用,因为测试中,有时候需要大量用户进行登录,然后获取数据库中真实数据用于测试 前面也详细讲到 JDBC Request...具体使用,一般是通过 Variable names 和 Result variable name 来获取返回数据 这篇文章主要讲就是把 Variable names 和 Result variable...name 获取数据提取出来,给到 HTTP 请求使用 Variable names + Foreach控制器 线程组结构树 ?...正则提取后值是不是跟上面 Variable names 获取值列表很像,是的!然后再结合 ForEach控制器就好啦 ForEach控制器 ?...Result variable name,每个元素格式都是 {mobile=158000480001} ${num}:上面计数器值,每次递增 1,这里是数组下标的意思 总结:获取 result_mobile

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山月目前在做 APP 及旅游中涉及到地理科普

从初中地理学到东西可以知道:经纬度 经度 经度,用以指示一个地点东西向地理位置。地球上某一地点离本初子午线以东或以西度数。本初子午线经度是0°,「东经为正数,西经为负数」。...经度每隔十五度会差一个小时,在中国,使用 new Date 构造时间会显示为 GMT+08,采用中国几何中心东经120°作为北京时间。...世界经度与时区图 纬度 纬度,用以指示一个地点南北向地理位置,其范围从赤道0°到南北极90°,「北纬为正数,南纬为负数」。...在计算机中一般选择小数点方式进行编码 角分秒: 111d30m00s, 40°30′00″ 小数点: 116.452562, 40.046077,东经为正,北纬为正 通过专业坐标拾取工具,可以获取到某一点具体坐标...采用地图如谷歌 GCJ02 (GuoJia Cehui Ju), 火星坐标系,WGS84 坐标系加密后坐标系,由中国国家测绘地理信息局制定,在国内需要使用基于 GCJ02 坐标系。

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使用PHATE进行单细胞高数据可视化

PHATE生成一个低嵌入,使用数据点之间几何距离信息(即:样品表达谱之间距离)来捕获数据集中局部和全局非线性结构。...Nature Biotechnology.[2] 以下是它原理图: 数据简介 在本教程中,我们将演示如何使用 PHATE 来分析胚胎体 (EB) 在27天不同时间点分化 31,000 个单细胞数据...: 使用scprep包导入数据并进行数据质控预处理 我们使用scprep包来进行数据导入, 通过scprep.io.load_10X函数将会自动加载 10x scRNAseq 数据集到Pandas...EBT_counts = scprep.transform.sqrt(EBT_counts) 使用PHATE进行低嵌入降可视化 首先,我们实例化一个 PHATE 估计器对象,用于将 PHATE 低嵌入拟合到给定数据集中...接下来,我们可以使用scprep.plot.scatter2d()函数对 PHATE 低嵌入后结果进行可视化展示。

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数据结构与算法课设:基于交通路线规划系统

注:一个图邻接矩阵表示是唯一,其表示需要用一个二数组存储顶点之间相邻关系邻接矩阵并且还需要用一个具有n个元素数组来存储顶点信息(下标为i元素存储顶点信息)。...2、查询某一个地点及其介绍 3、增加一个地点 4、删除一个地点 5、更新一个地点 6、增加一条路 7、删除一条路 8、更新一条路 9、查询某一地点到其他所有地点最短路径 10、查询某两个地点之间最短路径...2.物理存储:相关数据要求存储在某一数据结构中,在程序中完成数据结构定义与说明。 3.逻辑结构:根据问题要求,采用线性或非线性结构。实验分析中考虑数据量问题。...11.输出地图,结果如下所示: 这里采用了graphics.h头文件库,针对地点xy坐标属性,可视化无向图。...还有对于地点设计,使用坐标xy只是用来graphics.h可视化,并未考虑到实际距离限制,这样可能会造成坐标差距很大,但是距离却很近等异常情况,因此可以通过计算坐标之间欧氏距离,并将它设置为两点距离最小值作为限制

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h5 geolocation 那些事~

在讲h5 geolocation API之前,让我们先了解一下当前国内地理坐标系现状 当前国内地理坐标系 国际坐标系:国际标准,国际地图提供商使用坐标系 火星坐标系:国内标准,国际坐标系通过GCJ-...02算法(非线性)加密后得到坐标系 百度坐标系:百度对火星坐标系进行二次加密得到坐标系(隐约感觉到ie身影) 让我们在同一个地点,看看三种坐标有什么地理位置差别...获取坐标系为国际坐标系。 h5 获取是国际坐标系不是不好吗?这个问题没有确定答案,主要取决于你开发应用服务于国内,国外,还是国内外通用。...举个栗子: A同学开发一款移动应用,需要获取用户当前位置,根据当前位置去后端拉去用户周围门店。简单,用h5 geolocatin 获取当前位置再去,后端拉去一下数据不就行行了。...A同学很是头痛,经过一番调查发现,国内坐标系还有多种,而h5 获取坐标系和后端存储门店坐标系不一致。 为了避免这种问题可以使用第三方地位服务,例如百度地图API浏览器定位功能

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h5 geolocation 那些事~

:国际标准,国际地图提供商使用坐标系 火星坐标系:国内标准,国际坐标系通过GCJ-02算法(非线性)加密后得到坐标系 百度坐标系:百度对火星坐标系进行二次加密得到坐标系(隐约感觉到ie身影) 让我们在同一个地点,看看三种坐标有什么地理位置差别: // 百度坐标系 火星坐标系 console.log(geolib.getDistance(...获取坐标系为国际坐标系。 ---- h5 获取是国际坐标系不是不好吗?这个问题没有确定答案,主要取决于你开发应用服务于国内,国外,还是国内外通用。...举个栗子: A同学开发一款移动应用,需要获取用户当前位置,根据当前位置去后端拉去用户周围门店。简单,用h5 geolocatin 获取当前位置再去,后端拉去一下数据不就行行了。...A同学很是头痛,经过一番调查发现,国内坐标系还有多种,而h5 获取坐标系和后端存储门店坐标系不一致。 为了避免这种问题可以使用第三方地位服务

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ArcGIS JS API 4.16实现三场景中在天地图底图上加载2000坐标倾斜摄影数据

本文主要介绍下如何在国家天地图底图上面使用ArcGIS JS API 4.16加载2000坐标倾斜摄影数据。...所需数据 国家天地图官网数据服务作为底图 自己发布GCS 2000地理坐标倾斜摄影数据服务,对应wkid为4490 ArcGIS JS API 4.16 最新版 操作步骤 1、利用esri/layers...,ArcGIS JS API虽然从4.12版本开始支持三场景中加载2000坐标系服务,但是2000坐标切片服务目前仅支持ArcGIS Pro内置切片方案,所以我们还需要定义一套切片规则来进行两个切片方案转换...level: 18, resolution: 0.000002682209014892578, scale: 1128.499433 }, ], }); 3、接下来,实例化天地图服务图层作为三场景底图...,然后添加我们2000坐标倾斜摄影数据即可,代码和最终效果如下: let tiledLayer = new TdtLayer({ urlTemplate: 'http://{

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PCA详解

n维空间V 4 将原始数据在新坐标系上坐标找出来 找出原始数据在特征空间V上对应值,“将新数据映射到新空间中” 5 选取方差最大特征向量,删除没有被选中特征,降低到1 选取前k个信息量最大特征...特殊情况下,如果B模是1,那么內积结果就是A到B投影长度。 产生 一个二向量可以对应二笛卡尔直角坐标系中从原点出发一个有向线段。...一般来说,我们希望模是1,因为从内积意义可以看到,如果模是1,那么就可以方便用向量点乘而直接获得其在新坐标了。...\lambda_1比较大,所以使用c_1作为 sklearn中PCA使用 重要参数是n_components,降之后需要保留特征数量,取值在[0, min(X.shape)]。...(X) # 获取新矩阵 X_dr.shape # 一步到位写法:X_dr = PCA(2).fit_transform(X) 可视化 X_dr[y == 0, 0] # 鸢尾花为第0种第1列特征数据

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