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如何使用R的sweep函数对表达矩阵进行标准化

我们知道一般做表达谱数据分析之前,第一步就是对我们的表达矩阵进行标准化(归一化),去除由于测序深度,或者荧光强度不均一等原因造成的表达差异。...做归一化的方法也很多,有根据中位数进行归一化,即将每个样本中所有基因的表达值的中值转换到同一水平。...如下图所示 除了中位数标准化之外,我们还可以使用z-score的方法来对表达谱数据进行标准化: z-score=(表达量-均值)/标准差 那么下面小编就给大家演示一下如何使用前面讲到的☞R中的sweep...函数,使用z-score的方法来对表达谱矩阵进行标准化 #为了保证随机数保持一致,这里设置一下种子序列 set.seed(123) #随机生成100个数,构造一个10X10的矩阵 data=matrix...data1=sweep(data,1,rowmean) #每一行基因表达值除以这一行的标准差 data2=sweep(data1,1,rowsd,'/') data2 得到的结果如下 如果对R里面

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    特征工程-使用随机森林填补缺失值

    处理方法通常如下: 删除有缺省值的数据 使用数据中该特征的均值填充缺失值 使用数据中该特征的中位数填充缺失值 使用数据中该特征的众数填充缺失值 使用机器学习模型对缺失值进行填充 上面的方法各有优点,我们可以根据自己的需求来选择策略...今天我们就来讲讲使用随机森林来进行缺失值的填补。 三、数据预处理 3.1、处理思路 在我们开始填充数据前,我们还需要对原本的数据进行一些简单的处理。...alex female 32 1 kerry female 0 king 20 1 nyx male 20 1 petty female 0 在使用scikit-learn创建随机森林时,不允许我们训练数据的特征值为字符串...下面我们可以使用随机森林来填补缺失值。 四、使用随机森林填补缺失值 4.1、实现思路 填补缺失值的过程就是不断建立模型预测的过程。...# 填充缺失值 X.loc[X.iloc[:, i].isnull(), X.columns[i]] = y_predict 这样我们就实现了随机森林填充缺失值的操作。

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    使用VBA进行线性插值

    标签:VBA 如果要在Excel工作表中针对相应数据进行线性插值计算,使用VBA如何实现? 如下图1所示,有3个值,要使用这3个值进行线性插值。 图1 结果如下图2所示。...图2 可以使用下面的VBA代码: Sub LinInterp() Dim rKnown As Range '已知数值的区域 Dim rGap As Range '插值区域 Dim dLow As...Double '最小值 Dim dHigh As Double '最大值 Dim dIncr As Double '增加值 Dim cntGapCells As Long '填充插值的单元格数...(1).SpecialCells(xlCellTypeConstants, xlNumbers) With rKnown '遍历已知道区域并将其值复制到相邻列插值区 For iArea =...之所以分享这个示例,主要是其使用了SpecialCells方法来获取相应的单元格组织单元格区域,有兴趣的朋友可以好好体会。 注:本文代码收集自.vbaexpress.com,供参考。

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    go例子(四) 使用 goroutinue 进行排序

    受使用 goroutinue 进行素数判断(主 goroutinue 进行循环添加数字到新创建的判断素数的 goroutinue 中,参考《golang 真正的高并发用法 查找素数》 )的启发,实现一个使用...启动 len(data) -2 个协程,每个协程对比指定下标(从1到len(data) - 2 个)的值与前一个和后一个的进行判断,符合条件进行交换   2....一次只能有一个 goroutinue 进行交换   3. 类似于 老师组织一次 排序游戏,每一次只能有一个同学进行交换。不需要判断,到一定时间久进化到排序状态了。...启动 len(data) -2 个协程,每个协程对比指定下标(从1到len(data) - 2 个)的值与前一个和后一个的进行判断,符合条件进行交换   2....一次只能有一个 goroutinue 进行交换   3. 类似于 老师组织一次 排序游戏,每一次只能有一个同学进行交换,当大家都认为不需要再交换时就完成了排序。

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    使用MICE进行缺失值的填充处理

    它通过将待填充的数据集中的每个缺失值视为一个待估计的参数,然后使用其他观察到的变量进行预测。对于每个缺失值,通过从生成的多个填充数据集中随机选择一个值来进行填充。...我们可以使用Scikit-learn库中的SimpleImputer进行简单的填充。...在每次迭代中,它将缺失值填充为估计的值,然后将完整的数据集用于下一次迭代,从而产生多个填充的数据集。 链式方程(Chained Equations):MICE使用链式方程的方法进行填充。...它将待填充的缺失值视为需要估计的参数,然后使用其他已知的变量作为预测变量,通过建立一系列的预测方程来进行填充。每个变量的填充都依赖于其他变量的估计值,形成一个链式的填充过程。...步骤: 初始化:首先,确定要使用的填充方法和参数,并对数据集进行初始化。 循环迭代:接下来,进行多次迭代。在每次迭代中,对每个缺失值进行填充,使用其他已知的变量来预测缺失值。

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    【C++】 使用sort函数进行容器排序

    今天刷leetcode时遇到一个需要对vector>类型的二维数组进行排序,记录一下怎么使用sort函数对这种容器的元素进行排序,如何做到性能最优。...sort(v.rbegin(), v.rend()); sort(v.begin(), v.end(), greater()); 如果希望使用降序排列,可以借助迭代器的反转属性,或者使用大于的仿函数...容器元素的排序 当数组的元素不是基础数据类型时,我们需要自定义比较函数。特别地,对于二维数组可以直接调用sort函数,默认是按照第一列的元素进行排序的。...m.rbegin(), m.rend()); /* m = [ 3 5 1 1 4 2 0 8 3 ] */ 如果我们希望按照第2列或者第n列进行排序...它不需要对整个数组完全排序,只要按照第n个元素进行排序,左边的比它小,右边的比它大即可,反之亦然。

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    如何使用 JavaScript 对数值数组进行排序?

    通过在循环的帮助下遍历数组这是按特定顺序对数组进行排序的最朴素、最简单和最简单的方法。我们甚至可以使用这种方法对任何语言的数字数组进行排序。...第一个按钮将输入的值插入或推送到数组中,而第二个按钮将通过比较数组元素的数值对数组元素进行排序。...第 4 步 - 在第四步中,我们将定义另一个 JavaScript 函数,该函数将通过使用嵌套循环相互比较来对数组的元素进行排序,并将其作为值分配给第二步中添加的第二个按钮的 onclick 事件。...通过使用 sort() 方法sort() 方法是 JavaScript 提供的用于对数组元素进行排序的方法。它将数组的所有值视为字符串,然后比较它们进行排序。...您只需要在数组上使用带有比较器函数的 sort() 方法即可对元素进行排序。例下面的例子将解释使用带有比较器函数的 sort() 方法对数组元素进行排序 <!

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    直播案例 | 使用PageRank对全球机场进行排序

    PageRank 算法最初提出来用于利用网页之间的链接关系来对网页进行排序,从而优化搜索引擎的效果。如今,我们可以将 PageRank 算法用作网络中节点排序的一般算法。...在本案例中,我们使用一个全球机场之间航线的网络数据集,借助 Python 中的复杂网络分析库 networkx 中实现的 PageRank 算法,完成对全球机场的排序。 1 数据集介绍 文件 ....下面我们使用 nx.draw 函数,将网络进行可视化。...(1 - β) 表示在浏览过程不沿着边跳转,而是在所有点中随机挑选下一个点的概率。 实际试验证明 β 被设置成 0.85 时 PageRank 的计算结果最符合实际情况。...4 使用 PageRank 算法对机场进行排序 在 networkx 中,使用 pagerank 函数即可计算网络中节点的 PageRank 值。

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    使用Imblearn对不平衡数据进行随机重采样

    但是数据可能有缺失的值、异常值和复杂的数据类型。我们需要做一些预处理来解决这些问题。但是有时我们在分类任务中会遇到不平衡的数据。...本篇文章中我们将使用随机重采样技术,over_sampling和under_sampling方法,这是最常见的imblearn库实现。...这两种方法使复制和删除随机进行。如果我们想快速,轻松地获取平衡数据,则最好使用这两种方法进行结合。 需要注意的是:我们仅将其应用于训练数据。我们只是平衡训练数据,我们的测试数据保持不变(原始分布)。...过采样 我们用随机采样器将合成的行添加到数据中。我们通过增加少数分类来使目标值的数量相等。这对于分类有益还是有害取决于具体的任务 ,所以需要对于具体任务来说需要进行测试。...进行Logistic回归后。使用RandomOverSampler,得分提高了9.52%。 欠采样 RandomUnderSampler根据我们的采样策略随机删除多数类的行。

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