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比对软件BWA及其算法(下)

随后,获取 所有旋转(Rotations)序列。这些旋转序列字母进行排序得到BW矩阵。BWT(S)是该矩阵最后一列。...将该矩阵按照字母顺序Σ排序,得到图中右侧矩阵,称为BW矩阵。...F列是每种碱基字母顺序重复其在参考基因组中出现次数,L列即为BWT字符串(Burrows-Wheeler transform)。 查询读段所有精确比对都是BW矩阵旋转序列前子字符串。...因为BW矩阵像字典索引一样,字母顺序排序,所以这些比对会处在BW矩阵连续行。因此,查询读段所有比对可以表示为BW矩阵数行范围。...(Fig.4)D矩阵:D[x]为在R上字母顺序∑小于碱基x碱基个数(不包含$)。D矩阵作用是压缩F列,减少其内存占用。

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比对软件BWA及其算法(上)

二、BWT算法 我们以文献字符串googol 为例, 代表结束字符,在字符串中有且仅有一个,且在字母顺序中排第一位,例如在26字母 首先我们要生成左边形式矩阵,他是将上一行字符串第一个字符放到最后一位形成...随后我们将每一行新字符串从前到后字母顺序排列,生成右边矩阵,称为Suffix array矩阵矩阵最后一列 looogg 称为Burrows-Wheeler Transform string (...BWT算法还有一些特性,我们将SA矩阵第一列称为F列,最后一列(BWT string)称为L列,明显F列和L列字母数量相同,且在原字符串顺序相同,如下图所示。...在我们进行比对过程,我们利用SA矩阵将BWT矩阵string字母表字典顺序放在一起特性,可以像检索字典一样实现快速比对。...图中红框代表我们比对到结果,称为go在SA矩阵interval,还记得前面3,0数字代表:图1左边BWT矩阵未经过字母顺序排序顺序,它也说明go序列比对到了googol参考基因组第0

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文心一言 VS 讯飞星火 VS chatgpt (88)-- 算法导论8.3 1题

文心一言: RADIX-SORT 是一种基于字符排序算法,它将字符串每个字符按照其ASCII值进行排序,然后再按照其出现频率进行排序。...RADIX-SORT是一种基于基数排序字符串排序算法,它将字符串所有字符按照其对应ASCII码值进行排序。在这个问题中,我们需要对给定英文单词列表进行排序。...这将用于确定需要进行排序轮数。在本例,共有9个单词,所以需要执行4轮排序。 2.每轮排序使用计数排序算法每个字母进行排序。...然后,我们调用radixSort函数列表进行排序。该函数使用 Radix Sort 算法给定字符串列表进行排序。...这样,我们可以将数字从高位到低位进行排序。 下面是使用 Go 语言实现 RADIX-SORT 给定英文单词进行排序过程: 1.定义一个最大长度为 10 字符串切片,用于存储单词。

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计算机、数学、运筹学等领域32个重要算

,提到他做了一个调查,参与者大多数是计算机科学家,他请这些科学家投票选出最重要算法,以下是这次调查结果,按照英文名称字母顺序排序。...06 数据压缩 采取特定编码方案,使用更少字节数(或是其他信息承载单元)信息编码过程,又叫来源编码。...通常,这意味着将数学公式应用于数据,从而生成可能或多或少独特于该数据字符串。该字符串比原始数据短得多,但可用于唯一标识它。 16 堆排序 Heaps 在计算机科学,堆是一种专门基于树数据结构。...Ford-Fulkerson 能找到一个流网络最大流。 20 合并排序 Merge Sort 用于将列表(或只能顺序访问任何其他数据结构,例如文件流)重新排列为指定顺序排序算法。...28 奇异值分解 Singular value decomposition,简称SVD 在线性代数,SVD是重要实数或复数矩阵分解方法,在信号处理和统计中有多种应用,比如计算矩阵伪逆矩阵(以求解最小二乘法问题

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后台开发面试问题总结

今天看了几篇关于后台开发面试经验贴,感受到了来自面试官满满恶意。 主要考察领域: C++、Linux、算法、数据结构、网络编程、海量数据处理、数据库。...答案必须包含寄存器); 标准库函数和系统调用区别? 算法: 设计一个算法将两个字符串合并字母排序:遍历一次统计各字符出现次数,直接字母顺序输出,O(n)。...数据结构: 排序、查找、二叉树、图; 哈希和B树各自特点; 链表归并排序; 大根堆实现,快排(如何避免最糟糕状态?)...海量数据处理: 1、请统计100W个不等长字符串字符串出现次数:建立哈希表,遍历一遍让等长字符串映射到同一位置,里面可以再哈希链表。...有两种情况:一种哈希链表没出现过就存储该字符串并将对应计数器设为0,有出现过就+1。遍历一遍就完成统计。然后遍历哈希链表计数器输出就行了。

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拿下 BAT+华为校招 200 题 LeetCode 高频题库

下面是程序锅自己网上发布 200 道高频面试题进行分类之后结果。这 200 道,程序锅大概花了 7 个月刷完了,并且差不多每道题都过了好几遍。...(回溯算法) 79-单词搜索(深度) 200-岛屿数量(深度、广度) 数组 题目 offer04/240-二维数组查找/搜索二维矩阵 2(将二维数组转换为二叉搜索树) offer29/54-顺时针打印矩阵...(递归) 98-验证二叉搜索树(序遍历结果、递归方式) 堆 题目 313-超级丑数(堆;动态规划) 378-有序矩阵第 K 小元素(堆,但是这个堆用法其实就是排序,可以和合并k个排序链表总结到一块...20-有效括号(栈) 125-验证回文串(双指针) 344-反转字符串(双指针) 415-字符串相加 38-外观数列 767-重构字符串(堆、贪心算法排序排序 题目 offer45-把数组排成最小数...33-搜索旋转排序数组 offer11/154-旋转数组最小数字 哈希 题目 771-宝石与石头(哈希表) 575-分糖果(哈希表) 242-有效字母异位词(排序;哈希表+字符串) 49-字母异位词分组

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双指针问题-LeetCode 88、125(双指针,大小写转换)

,将 nums2 合并到 nums1 ,使得 num1 成为一个有序数组。...,由于题目中nums1有足够空间,可以用来保存nums2元素,将nums2合并到nums1,并且两者有序,这其实就是一个归并排序方法。...但巧妙之处在于如何调整合并顺序? 从后向前比较并放置较大元素,如果nums1前m个元素设置完成后,并且nums2有剩余,那么直接把剩下元素拷贝到nums1,这就是归并排序思想!...但关键关键,就是检测每个字符有效,并忽略字母大小写。并且程序还要解决一个字符串没有有效字母情况!...字母大小写转换快捷方法: 统一转成大写:ch & 0b11011111 简写:ch & 0xDF 统一转成小写:ch | 0b00100000 简写:ch | 0x20 C++代码: class Solution

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LeetCode 700题 题解答案集合 Python

合并K个排序链表 23 合并K个排序链表 LeetCode-Python-24. 两两交换链表节点 24 两两交换链表节点 LeetCode-Python-25....链表进行插入排序 147 链表进行插入排序 LeetCode-Python-148. 排序链表 148 排序链表 LeetCode-Python-150....寻找比目标字母最小字母 744 寻找比目标字母最小字母 LeetCode-Python-746. 使用最小花费爬楼梯 746 使用最小花费爬楼梯 LeetCode-Python-747....递增顺序查找树 897 递增顺序查找树 LeetCode-Python-905. 奇偶排序数组 905 奇偶排序数组 LeetCode-Python-912....破坏回文串(字符串) 1328 破坏回文串 LeetCode-Python-1329. 将矩阵对角线排序(数组 + 排序) 1329 将矩阵对角线排序 LeetCode-Python-1331.

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阿里巴巴 2025 届校招开始了,岗位 and 原题抢先看!

题目描述 平台:LeetCode 题号:791 给定两个字符串 order 和 s 。 order 所有单词都是唯一,并且以前按照一些自定义顺序排序。... s 字符进行置换,使其与排序 order 相匹配。 更具体地说,如果在 order 字符 x 出现字符 y 之前,那么在排列后字符串, x 也应该出现在 y 之前。...示例 1: 输入: order = "cba", s = "abcd" 输出: "cbad" 解释: “a”、“b”、“c”是顺序出现,所以“a”、“b”、“c”顺序应该是“c”、“b”、“...因为“d”不是顺序出现,所以它可以在返回字符串任何位置。“dcba”、“cdba”、“cbda”也是有效输出。...order 所有字符都 不同 构造 根据题意进行模拟即可:起始先使用大小为 C = 26 数组 cnts s 所有字符进行词频统计,随后根据 order 优先级进行构造。

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python列表

列表索引类似 C 语言中数组访问索引,可以通过索引访问到每一个列表元素,第一个元素索引为 0,最后一个元素索引可以使用 -1 进行标示,这一点与上一节字符串索引完全相同。...+', 'PHP'] >>> 另外一种删除元素方法是使用 del 关键字,这个关键字可以删除列表指定位置元素,需要使用到列表要删除元素索引: >>> courses ['Ruby', 'Linux...,一种方法是将其中一个列表合并到另外一个列表末尾位置,可以使用 extend(): 定义一个新课程 new_courses >>> new_courses = ['BigData', 'Cloud'...', 'Cloud'] 给列表排序,我们使用列表 sort() 方法,排序前提是列表元素是可比较,例如数字是按照大小进行排序,而字符串则会选择按照字母顺序进行排序,在我们课程列表例子...,我们先使用该函数默认排序方法,是按照字母顺序: >>> courses ['PHP', 'C++', 'Vim', 'Python', 'Linux', 'Ruby','BigData', 'Cloud

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几道暑期实习笔试题

排序 + 动态规划(DP): 首先按照字符串最后一个字母,由小到大排序,如果最后一个相同,第一个由小到大字母排序。...首先,按照末尾字符串先从小到大排序这个毋庸置疑,因为比如 abc、fgh,要计算 dp[h],需要用到 dp[f] 到 dp[a] 这些之前结果; 然后,如果末尾字符串相同,为什么还要按照首字母排序呢...(n<=500, m<=500),矩阵每一行和每一列都是一个独立等差数列,其中一些数据缺失了,现在需要推理隐藏但是可以被唯一确定数字,然后输入查询进行回答。...接下来 q 行,每行两个数字 x, y 表示矩阵第 i 行第 j 列数字进行查询。 输出描述: 如果可以确定该位置数字,则输出该数字,如果不能确定则输出 字符串 "Unknown"。...解题思路: 先将整个矩阵 a 推断出来,把能够确定数字填入矩阵,并用一个标记数组 vis 标记某个位置数是否是确定。然后再进行询问,对于确定数直接输出结果,否则输出 "Unknown"。

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LeetCode 2075. 解码斜向换位密码(模拟)

题目 字符串 originalText 使用 斜向换位密码 ,经由 行数固定 为 rows 矩阵辅助,加密得到一个字符串 encodedText 。...箭头指示顺序即为单元格填充顺序。所有空单元格用 ' ' 进行填充。 矩阵列数需满足:用 originalText 填充之后,最右侧列 不为空 。...接着行将字符附加到矩阵,构造 encodedText 。 先把蓝色单元格字符附加到 encodedText ,接着是红色单元格,最后是黄色单元格。箭头指示单元格访问顺序。...在上述例子,encodedText = "ch ie pr" 。 给你编码后字符串 encodedText 和矩阵行数 rows ,返回源字符串 originalText 。...提示: 0 <= encodedText.length <= 10^6 encodedText 仅由小写英文字母和 ' ' 组成 encodedText 是某个 不含 尾随空格 originalText

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java 考试易考识记题目(一)

C# ,string 类型 == 运算符经过了重写,比较字符串值; 而 String aa = "1"; 、String bb = "1"; 都是常量 1 ,没有 new,所以 == 结果相同...9,程序设计题 使用循环把26个大写英文字母字典顺序存入一维数组,然后再使其逆序存放(不得使用另外数组),最后再根据处理后字符数组创建一个字符串,输出此字符串。编程完成以上要求。...解析:基础排序算法之一。刚开始时我想用冒泡算法解决。但是看到答案时,答案使用是倒转方法,过程更加简单。 原因在于 26 个字母已经是顺序排序(乱序则使用冒泡算法),直接反转就行。...题目要求 循环存入26个字母(大写)数组; 逆放(反转); 输出字符串; 第一步代码如下 char a[] = new char[26]; char c = 'A...解析:java ,有 BigInteger 这个类,内部是 int[] 封装,可以表示任意长度整数。 题目要求我们实现一个类似 BigInteger 类。

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文心一言 VS 讯飞星火 VS chatgpt (223)-- 算法导论16.3 5题

五、证明:如果我们将字母字符频率单调递减排序,那么存在一个最优编码,其码字长度是单调递增。...• 因此,按照字符频率单调递减排序后,其码字长度也是单调递增。 这个证明依赖于霍夫曼编码构造过程,特别是节点合并顺序和码字分配方式。...首先,我们将字母字符频率从高到低排序。然后,我们构建一个二叉树,其中每个节点表示两个频率最小字符。我们将这两个字符合并,并将它们频率相加,作为新节点频率。...综上所述,如果字母字符频率单调递减排序,那么确实存在一个最优编码,其码字长度是单调递增。 天工: 要证明这个命题,我们可以使用Huffman编码算法性质。...综上所述,按照字母字符频率单调递减排序进行霍夫曼编码可以得到一个最优编码方案,其中码字长度是单调递增。 kimi: 要证明这个命题,我们需要使用贪心算法性质和最优子结构概念。

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可视化详解,一文搞懂 10 大排序算法

排序算法用于特定顺序组织数据,这使得搜索、访问和分析更加容易。在许多应用排序是数据处理流程关键部分,排序算法效率系统整体性能产生重大影响。...• 在数据库 排序用于特定顺序检索记录,例如按日期、字母顺序或数字顺序。这使用户可以快速找到他们需要数据,而无需手动搜索大量未分类数据。 • 在搜索引擎 相关性顺序排列搜索结果。...该算法用于 Burrows-Wheeler 矩阵数据进行排序,然后进行转换以生成压缩数据。 快速排序实现 1. 选取“枢轴”点,最好是中位数,将列表分为两部分。 2....最后,排序数据被连接成一个数组。 • 字符串进行排序 根据字符串第一个字母分组到桶。然后使用另一种算法每个桶字符进行排序,或递归使用排序。...后来,它被 20 世纪中期几位研究人员改编并推广,用于二进制数据进行排序二进制表示每一个比特对数据进行分组。但它也被用来字符串数据进行排序,在排序每个字符都被视为一个数字。

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数据结构与算法必备 50 个代码实现

问题:实现单链表反转 问题:实现两个有序链表合并为一个有序链表 问题:实现求链表中间结点 栈 问题:用数组实现一个顺序栈 问题:用链表实现一个链式栈 问题:编程模拟实现一个浏览器前进...~z这26个英文字母Trie树 问题:实现朴素字符串匹配算法 二叉树 问题:实现一个二叉查找树,并且支持插入、删除、查找操作 问题:实现查找二叉查找树某个节点后继、前驱节点 问题:实现二叉树前...、、后序以及层遍历 堆 问题:实现一个小顶堆、大顶堆、优先级队列 问题:实现堆排序 问题:利用优先级队列合并K个有序数组 问题:求一组动态数据集合最大Top K 图 问题:实现有向图...、无向图、有权图、无权图邻接矩阵和邻接表表示方法 问题:实现图深度优先搜索、广度优先搜索 问题:实现Dijkstra算法、A*算法 问题:实现拓扑排序Kahn算法、DFS算法 回溯 问题...:利用回溯算法求解八皇后问题 问题:利用回溯算法求解0-1背包问题 分治 问题:利用分治算法求一组数据逆序个数 动态规划 问题:0-1背包问题 问题:最小路径和 问题:编程实现莱文斯坦最短编辑距离

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