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使用Cutadapt调整fastq后出现Phred质量错误

可能是由于以下原因导致的：

Cutadapt未正确识别Phred质量编码：Phred质量编码是一种用于表示测序数据质量的标准，常见的编码方式有Phred33和Phred64。如果Cutadapt未正确识别输入fastq文件的Phred质量编码方式，就可能导致质量错误。在使用Cutadapt时，可以通过指定参数--quality-base来指定输入文件的Phred质量编码方式，例如--quality-base=33或--quality-base=64。
Cutadapt未正确处理质量值：Cutadapt在调整fastq文件时，可能会对质量值进行修改或删除。如果处理不当，就可能导致质量错误。在使用Cutadapt时，可以通过指定参数--quality-cutoff来设置质量值的阈值，低于该阈值的质量值将被修改或删除。合理设置该阈值可以避免质量错误的出现。
Cutadapt未正确处理序列长度：Cutadapt在调整fastq文件时，可能会对序列长度进行修改或删除。如果处理不当，就可能导致质量错误。在使用Cutadapt时，可以通过指定参数--minimum-length来设置序列的最小长度，小于该长度的序列将被修改或删除。合理设置该最小长度可以避免质量错误的出现。
Cutadapt版本不兼容：不同版本的Cutadapt可能存在差异，某些版本可能存在Phred质量错误的问题。建议使用最新版本的Cutadapt，并确保与其他相关软件的版本兼容性。

总结起来，要解决使用Cutadapt调整fastq后出现Phred质量错误的问题，可以尝试以下方法：

确认输入fastq文件的Phred质量编码方式，并在使用Cutadapt时指定正确的--quality-base参数。
合理设置--quality-cutoff参数，避免质量值的修改或删除导致质量错误。
合理设置--minimum-length参数，避免序列长度的修改或删除导致质量错误。
使用最新版本的Cutadapt，并确保与其他相关软件的版本兼容性。

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腾讯云云服务器（CVM）：https://cloud.tencent.com/product/cvm
腾讯云容器服务（TKE）：https://cloud.tencent.com/product/tke
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第2篇：原始数据的质控、比对和过滤

学习目标用FastQC进行质控检测用Trimmomatic进行质量过滤用Bowtie2比对，并理解相关参数含义测序reads 的质控流程示意图 ?...img FASTQC 首先对拿到的原始测序数据（fastq或fastq.gz格式）进行质控检测，直接用fastqc软件，再加上multiqc将多个检测结果一起展示。...相同功能的软件还有很多，如trim_galore、cutadapt等，个人比较喜欢trim_galore可以自动识别接头类型。...# 重新用fastqc检测进行过滤后的reads质量 fastqc -o out_dir *fq.gz multiqc *fastqc.zip --ignore *.html 比对 Bowtie2是一个快速精确的比对工具..._chr12_aln_unsorted.sam 对bam文件排序对bam文件按照基因组坐标排序，可以直接使用samtools，也可以使用Sambamba。

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fastq格式文件及phred33的判断

Fastq格式文件储存了生物序列的信息及其质量信息。...而Phred通过计算相应波峰参数，去查询通过已知序列测序分析得到的一个表，即可把错误率转换为质量得分。也就是把波峰参数和质量得分对应起来。碱基错误率与质量得分的关系如下 ?...Phred quality score 也就是说，质量值Q是测序错误率的对数*-10。假如错误率是0.01，则Q值为20。可见，错误率越低，其Q值越高。即Q值越高越可靠。...下面是不同版本质量得分和质量字符ASCII的关系 ? 不同测序标记中的Phred的使用从上面可以看出，Phred33的字符使用33-73，而+64使用包括59（包括）-104之间的ASCII码。...如果所有质量字符的ASCII值介于59到74之间，即判断可能是Phred+33，但建议使用更多的序列做进一步测试（出现这种结果可能有两种情况：1, Phred+33编码，所有碱基质量得分介于26到42之间

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RNA-seq 保姆教程：差异表达分析（一）

它提供了一组模块化的分析，您可以使用它来快速了解您的数据是否存在任何问题。” 处理任何样本之前的第一步是分析数据的质量。fastq 文件中包含质量信息，指的是每个碱基检出的准确度（% 置信度）。...过滤使用 Trim_Galore[3] 删除低质量序列！分析数据质量后，下一步是删除不符合质量标准的序列/核苷酸。...有大量的质量控制包，但 trim_galore 结合了 Cutadapt[4] 和 FastQC 以删除低质量序列，同时执行质量分析以查看过滤效果。...要选择的 2 个最重要的参数：最小 Phred 分数 (1-30) 和最小测序长度。关于这个参数有不同的看法，您可以查看下面的论文以获取有关使用哪些参数的更多信息。...结果 ── results/2_trimmed_output/ └── sample_trimmed.fq <- 过滤后的测序文件 (.fastq)

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算法（一）截取reads的算法

关键词：phred; trim; mott; NGS（二代测序）分析的起点往往是fastq文件。fastq文件其实就是一条条的记录，每个记录包含4行。...正因为二代测序是有一定的错误率的，所以我们在进行下游分析之前，常常要对fastq文件中的reads进行修剪（trim），将一条reads中测序质量不高的部分截掉。...一般来说，一条reads的头几个碱基和末尾几个碱基的测序质量比较差，所以你可以不加区分地将所有reads的前m个碱基以及后n个碱基去除。这种方法简单直接，但是不够精细。为什么这么说呢？...因为每条reads测序质量差的区域长度并不固定，用一个固定的参数去截取reads两端往往会出出现“截取过度”或者“截取不足”的情况。 ?...另外，有时候一条reads的非末端区域也会出现测序质量很差的碱基序列，那么这种从两头截取序列的策略就显得捉襟见肘了。综上，我们需要一种更为精细的截取方法。

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转录组分析 | 使用trim-galore去除低质量的reads和adaptor

这里我用trim-galore去除低质量的reads和adaptor。一.Trim Galore介绍 Trim Galore是对FastQC和Cutadapt的包装。...--phred33：：选择-phred33或者-phred64，表示测序平台使用的Phred quality score。...-- trim-n : 移除read一端的reads 二.使用trim-galore去除低质量的reads和adaptor 首先，创建保存输出数据的文件夹。...Path to Cutadapt set as: 'cutadapt' (default) Cutadapt seems to be working fine (tested command 'cutadapt...fq.gz格式文件是处理后得到的数据，如果还记得的话，前面我们的数据是27G，现在质控后只有22G的数据。txt格式文件是样品处理的结果报告，也包括软件运行的参数信息。下面是其中一个的结果。

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看优秀本科生如何一周内学会Linux进而搞定RNA-seq上游分析

格式 fastq-dump *.sra 二、数据质量过滤 01 检测数据质量 fastqc生成质控报告 fastqc *.fastq multiqc将各个样本的质控报告整合为一个 multiqc...---- 错误从这里开始（几乎是从头开始?)...SRR10502966_1.fastq ├── SRR10502966_2.fastq ├── SRR10502967_1.fastq └── SRR10502967_2.fastq 二、数据质量过滤...测序数据质量控制之FastQC fastqc *.fastq 运行完成后得到这两种文件，打开html文件即可查看质控报告 *_fastqc.html *_fastqc.zip multiqc将各个样本的质控报告整合为一个...trim_galore，用于去除低质量和接头数据参数--fastqc：在数据过滤后再次质检 bin_trim_galore=trim_galore dir='/dat01/xietian/ncbi/

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ATAC-seq经典分析流程（上）

-o|--outdir : 输出到指定文件夹 3) FastQC检测数据质量 mkdir 3_raw_fastqc fastqc -o ./3_raw_fastqc -t 4 ./2_FASTQ/*...目前，去除接头的工具大多采用不同的动态编程，包括 cutadapt，AdapterRemoval v2 ，Skewer和trimmomatic，它们都需要输入已知的接头序列。...对于Nextera和Truseq文库使用trimmomatic和内置接头序列是一种直接简单的办法，不仅可以去除接头，同时可以去除低质量的碱基。.../BWA_mapping/SRR126${i}.bam.stat 6）比对后数据的处理&质检序列比对后，可利用Picard和SAMtools 获取BAM文件的基本指标，包括唯一比对率，duplicated...大多数上述质量控制和分析报告可以使用MultiQC 汇总以进行集成的、用户友好的交互式的呈现。

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转录组分析学习笔记（持续补充）

Fastq 文件测序给的“原始数据”，称之为Raw Data。 FASTQ是基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式。...其序列以及质量信息都是使用一个ASCII字符标示，最初由Sanger开发，目的是将FASTA序列与质量数据放到一起，目前已经成为高通量测序结果的事实标准。...碱基质量得分与错误率的换算关系： Q = -10log10p（p表示测序的错误率，Q表示碱基质量分数） ASCII值与碱基质量得分之间的关系： Phred64 Q=ASCII转换后的数值-64 Phred33...Q=ASCII转换后的数值-33 目前illumina使用的碱基质量格式为phred+33, 和Sanger的质量基本一致（老数据建议查看清楚再进行后续处理）。...横轴碱基的位置，纵轴是质量分数，Quality score=-10log10p（p代表错误率），所以当质量分数为40的时候，p就是0.0001，质量算高了。

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通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作

质量差 ? 质量好 7碱基质量矫正base quality trimming 借用碱基矿工的这部分内容当我们理解了fq数据之后，做这些过滤就不会很难，你也完全可以自己编写工具来进行个性化的过滤。...目前也已有很多工具用来切除接头序列和低质量碱基，比如SOAPnuke、cutadapt、untrimmed等不下十个，但这其中比较方便好用的是Trimmomatic（也是一个java程序）、sickle...不是挖掉read中的这部分低质量序列，而是像切菜一样，直接从低质量区域开始把这条read后面的所有其它碱基全！部！剁！掉！否则就是在人为改变实际的基因组序列情况。...or: SE [-version] [-threads ] [-phred33|-phred64] [-trimlog ] [-summary...src/Trimmomatic-0.39/adapters/TruSeq3-PE-2.fa ln -s ~/src/Trimmomatic-0.39/adapters/TruSeq3-SE.fa 9安装使用

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lncRNA实战项目-第四步-得到表达矩阵的流程

主要可以从Per base sequence quality 看一下测序碱基质量，Per sequence GC content 看一下GC含量，如果实际的GC含量（红线）出现双峰，且导致后期的序列比对很低时...另外也支持 phred-33 和 phred-64 格式互相转化。...MAXINFO: 一个自动调整的过滤选项，在保证 reads 长度的情况下尽量降低测序错误率，最大化 reads 的使用价值。 LEADING: 从 reads 的开头切除质量值低于阈值的碱基。...MINLEN: 如果经过剪切后 reads 的长度低于阈值则丢弃这条 reads。 AVGQUAL: 如果 reads 的平均碱基质量值低于阈值则丢弃这条 reads。...TOPHRED33: 将 reads 的碱基质量值体系转为 phred-33。 TOPHRED64: 将 reads 的碱基质量值体系转为 phred-64。

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生信软件 | Trimmomati （质量控制，修剪低质和接头序列）

文章目录介绍安装使用单末端测序数据双末端测序数据双末端测序命令解释介绍 Trimmomati 用于去除 Illumina平台的FASTQ序列中的Adapter，根据碱基质量值修整...FASTQ序列文件支持单末端（SE），双末端（PE）测序数据支持多线程，gzip，bzip2压缩的FASTQ文件支持phred-33 和 phred-64 格式互相转化，目前多数Illumina测序数据为...安装使用图文详解使用单末端测序数据 trimmomatic SE -phred33 input.fq.gz output.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-SE:2:30:...LEADING：如果低于阈值质量，则在reads起始处剪切碱基 TRAILING：如果低于阈值质量，则在reads末尾处剪切碱基 CROP：将reads从末尾切割为指定长度 HEADCROP：从reads...剪切后低于指定长度，则删除 MINLEN：如果reads低于指定长度，则删除 TOPHRED33：将质量得分转换为Phred-33 TOPHRED64：将质量得分转换为Phred-64 文档：http

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了解fastq文件

文件中不会重复出现，甚至不同的 FASTQ 文件里也不会有重复；第二行：测序 read 的序列，由 A，C，G，T 和 N 这五种字母构成，这也是我们真正关心的DNA 序列，N 代表的是测序时那些无法被识别出来的碱基...二、质量值体系 phred 质量值体系 illumina 测序质量值体系从表中可以看到下限有 33 和 64 两个值，我们把加 33 的的质量值体系称之为 Phred33...，加64 的称之为 Phred64（Solexa 的除外，它叫 Selexa64）。...不过，现在一般都是使用 Phred33这个体系，而且 33 也恰好是 ASCII 的第一个可见字符（'!'）..._1.fastq.gz illumina_2.fastq.gz 4 ATCG 以及质量值分布 seqtk fqchk illumina_1.fastq.gz seqtk fqchk illumina_2

3.2K3 0

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