有时候 GitHub 网络莫名奇妙网不好，也可以是本地防火墙什么的有限制，上面的包下载不下来，因此无法安装。这种情况有时候重试几次可能就成功，但每次手动重复真的很费劲，下面的函数可以用于持续尝试下载。...稍微修改下也可以使用于 CRAN、Bioconductor 包。...pkg) { Sys.sleep(1) tryCatch( { message("=> Try installing ", pkg) remotes::install_github
写在开头 最近在疯狂补数据挖掘课以及跟着生信技能树整理的#R语言在补充R语言基础知识 恰好看到了无法在线下载安装GitHub包？...R包安装的方式 之前在学习数据挖掘课程的时候，就按照小洁老师教的方法整理过相应的笔记啦，R包安装与使用 那我们先回顾一下，基本的R包安装方法——配置好镜像，然后按照对应的来源安装需要的R包。...来自github的包 有些软件包会放在Github上，版本可能更新的比较及时，因为上传到Bioconductor需要审核 我们下载的时候用Bing搜索相应的R包的名字，然后跳转到Github上面找到下载的方法...Github上R包 如果是github上的包，可以采用输入作者名以及R包名字之后使用命令进行安装 安装Github上的包 #使用devtools安装 install.packages('devtools...在使用remotes将R包导入Rstudio中 # 括号里填入R包所在的位置 remotes::install_local(".
问题 你想安装和使用一个 R 包。...这里主要介绍如何用命令行来安装 R 包，如下所示： install.packages("reshape2") # reshap2为包名 在一个新 R 线程中使用该包之前，你必须先导入它。...如果想要将所有已安装的软件包更新为可用的最新版本，使用以下命令： update.packages() 如果你在 Linux 系统上使用 R ，管理员可能已经在系统上安装了一些 R 包，由于普通用户没有更改权限...其他 导入包也可以使用require()函数。下表显示了 R 包安装相关的命令及描述。...) install_github("ggplot2")
管道操作 主要目的是减少不必要的中间变量x %>% f(y)其实是f(x, y) by_species % group_by(Species) summary的用法 summary....对数据进行分组后返回，不会保存成新数据，需要另外赋值 参数：add = FALSE 原始数据基础上加新的分类 ungroup(x, ...)分组后，返回没有分组的数据，除去之前的分组（不是必须的操作...） 基本操作 对行的基本操作 filter(.data, ...)筛选出符合...的数据 distinct(.data, ..., .keep_all = FALSE)根据...查看不重复的数据 参数：...after = NULL)增加一行或多行 举例：增加eruptions值是1，waiting值是1的一行 add_row(faithful, eruptions = 1, waiting = 1) 操作变量...union(x, y, ...)整合出现在x数据框中或y数据框中的，去除了两个数据框中重复的部分，想要保留重复的话使用union_all() ?
在国内下载 GitHub R 包或者克隆仓库经常失败，虽然在 Gitee 上设置镜像是一个不错的办法，但总是这么操作也挺麻烦了。今天分享一个解决的办法，就是使用我新写的 R 包啦！...这个包使用了国人提供的 GitHub 镜像 FastGit[1] （在此致谢），所以下载就快很多了。...安装 使用下面命令从 Gitee 上安装该包： remotes::install_git("https://gitee.com/ShixiangWang/wfun") 载入： library(wfun...) 例子 安装 GitHub/Gitee 仓库中的 R 包 install("ShixiangWang/ezcox") install("ShixiangWang/tinyscholar", gitee...= TRUE) 为了更通用，我加了一些其他安装包的封装，所以 install() 也可以用来安装普通的包。
当需要对代码进行分支时，其他版本控制软件在大量文件时会很慢，而Github几乎是瞬间完成这个操作，而且只需要一个命令即可。...下面我们一步一步来搭建Github的环境（以windows操作系统为例）。 Git历史？...2）GitHub官网申请一个账号 开始操作： 1）Git安装完成后，配置你的名字和Email地址。...随后分布式服务器push或download都是使用master，包括对github的交互也是如此。...GitHub 使用教程图文详解 http://www.linuxidc.com/Linux/2014-09/106230.htm 使用 GitHub / GitLab 的 Webhooks
调出函数library() require()内置基础包basedatabase：存放数据集utils：工具函数grDevices：绘图相关graphics：R绘图函数stats：与统计相关的函数methods...：一般定义方法和类splinesstats4tcltk试例help(package"R包名称") #查看R包详情信息library(help="R包名称")ls(package:R包名称) #列出包中所有函数...data（package=R包名称）#列出包中包含的所有数据集detach(package:R包名称) #移除R包remove.package(R包名称) #卸载R包R包批量迁移installed.package...() #显示所有已安装R包
比如安装GitHub的R包，因为并不是所有的R包都会被正式的发布在CRAN或者bioconductor，所以对于简简单单分享在GitHub的R包一般我们搜索到如下代码： library(devtools...image-20191120214502005 其实还可以先下载GitHub的这个R包的项目文件： ?...github local r package 一般来说，程序员之友论坛就会是答案：https://stackoverflow.com/questions/17366772/install-r-packages-from-github-downloading-master-zip...image-20191121222747036 另外一个小技巧 实际上，非常多的时候，我们只是记住了R包的名字，而不知道作者，所以下载的时候给出作者+R包名字有点困难，一个 githubinstall...当然了，我觉得没啥意思，我通常是连R包都不记得名字，就是复制粘贴嘛！
安装 在R或者Rstudio交互界面输入： source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("RTCGAToolbox") Windows下...我安装时发现XML包可能需要单独安装。 如果你是Linux系统，而且XML包一直安装不上，请仔细查看错误信息。...安装RTCGA工具包。...voom包和limma包的函数做这个功能分析。...函数默认只会画出100个上调和下调基因地热图，我们可以使用hmTopUpN和hmTopDownN参数进行调整。
注：现在大部分时间我们都在使用 tidyr 提供的长宽格式转换工具，比 reshape2 包提供的操作更容易理解。 熔解与铸造 reshape库用一个直观的模型来描述如何操作数据表。...使用例子 我们用一个例子来看一下熔解与铸造究竟是怎么回事，以体会reshape2包的有用之处。...# 使用数据展示 head(airquality) ## Ozone Solar.R Wind Temp Month Day ## 1 41 190 7.4 67 5...# 导入包 library(reshape2) md <- melt(airquality, id=c("Month", "Day")) head(md, 20) ## Month Day variable...铸造 dcast()读取已熔解的数据，并使用你提供的一个公式和一个可选的整合数据的函数将其重铸。
基本函数使用mutate(mtcars,gpm=1/mpg) #新增一列select(m,'mpg')select(m,1) #按序列号或数字筛选filter(m,gear > 3) #筛选行arrange
上一节还就SSL的实现作了一些简单介绍，SSL虽然是一个协议，但实际上大部分使用的时候都是Openssl的实现，因此差不多就当成一个应用了。...首先SSH是由一家私人公司开发出来，主要用来解决服务器远程登陆的安全性，比喻说，我要登陆到远程某台机器，使用Telnet/rlogin 首先要将明文发到服务端，显然大部分客户端不可能直连服务端，因此数据在传输过程中很容易被人截获...那么比较好的方法就是加密，显然使用对称加密无法做到密钥的交换。只能使用非对称机制，交换公钥。显然交换公钥需要实现一个协商过程，因此SSH协议实现了这个协商过程。
在日常使用中，我们可能经常有一些需求会用到 Selenium 这个 Python 库 经过一番探索，算是找到了一种解决方案（百度看的几篇文章好像报错….)...这份代码的操作是打开网易云的 MV 界面 然后去获取到当前 MV 的真实地址，接着把返回值传递到 Redis 上面 # coding:utf-8 from selenium import webdriver...GitHub Actions 入门教程 - 阮一峰的网络日志 (ruanyifeng.com) GitHub Actions 教程：定时发送天气邮件 - 阮一峰的网络日志 (ruanyifeng.com...配置完这个，再来讲一下这个定时任务 Github Action 的 定时任务使用到的是一个叫做 Cron 的表达式 但是我不解的是，似乎各个平台都有自己独特的一套标准… 好在 Github 有自动提示功能...需要注意的是 Github 的定时功能可能存在 20 分钟左右的延迟，不大适合需求高精度时间的项目 但是每次上传代码的时候，都会触发 Github Action 或许可以在本地写定时任务，自动提交代码
最近在我的授课电脑上面一股脑更新了全部的R套件，包括R和rstudio，以及rtools，还有几百个r包文件夹都删除了。...ggforestplot immunedeconv jjAnno mMCPcounter presto scMetabolism spatstat.core tgutil xCell yaGST 本来应该是使用...包的安装方法也是有两个： ## 使用devtools::install_local自动安装SCP及相关依赖（这种安装过程可以自动寻找安装依赖包）： devtools::install_local("SCP...-0.5.1.tar.gz") ### 或使用install.packages安装SCP（如果缺失依赖包会报错，需要再根据提示手动逐一安装依赖包）： install.packages("SCP-0.5.1....tar.gz", repos = NULL, type = "source") 这里，我们建议是使用 devtools::install_local 安装这一系列包，但是我批量安装的代码没有写好：
Github推出Github Packages功能有一段时间了，一直没使用过，今天有空打算折腾一下，体验一下。...在Github Packages上发布包 下面让我们开始尝试使用Github Packages发布一个包吧。...修改Program类来使用这个包。...一些小问题 通过以上一些了操作我们演示了如果上传一个包到Github Packages服务。演示了如果下载一个包到项目并使用它。...毕竟大家都喜欢使用nuget管理程序来安装包，使用cli的话会比较麻烦。 不知道是不是墙的问题，上传包跟安装包都碰到了比较严重的网络问题，如果没有FQ工具的话会很麻烦，当然这不是Github的锅。
R包 多个函数的打包存放 相应的R包可实现特定的分析功能 R包包含函数、数据、帮助文件、描述文件 安装 R包来源有CRAN、Bioconductor、GitHub install.packages(tidyr...)#CRAN BiocManager::install("limma")#Bioconductor devtools::install_github("jmzeng1314/idmap1") library...("tidyr")#加载 devtools::install_local(“xxxx.zip”)#本地安装 安装后每次使用都要先加载，也可用来检验是否成功安装 载入包时回答提示信息尽量no* 已经安装的包...，可直接调用其中的函数 pheatmap::pheatmap(volcano)#包名::函数名 library(pheatmap) pheatmap(volcano) 学习R包的使用 browseVignettes...("limma") #作者一手教程，不是每个包都有 ls("package:limma")#列出包中的函数等 引用自生信技能树 小洁老师
接触过Python的朋友肯定对模块很熟悉，R的代码组织方式以包为主。但基于文件的模块形式也是可以实现的，modules[1] 包提供了这种支持。...安装和使用 直接从CRAN下载即可： 1install.packages("modules") 使用了解2个函数的使用就可以了。 一是import()，用于替换library()加载包。...use()将代码文件加载为模块 最近使用GitHub page的时候发现它的访问速度相当可观，哪怕GitHub主站点本身网络我们国内访问时好时坏。...基于上面的思想，我将去年写的R包安装以及TCGA样本名重过滤等几个函数单独通过GitHub page进行了部署。...代码核心其实 就是各种情况的检查，优先使用适合的包和函数进行下载、安装。它的存在就是方便国内使用者，特别是 初学者简便地下载、安装包。
R包的加载镜像设置后下载options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源options(BioC_mirror...="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源install.packages(“包”)或者BiocManager::install(“包”)。...#取决于你要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor，可以在歌搜到install.packages("dplyr")library(dplyr) #在使用前需要调取‘dplyr’包dplyr...包的使用> test mutate(test,new= Sepal.Length * Sepal.Width) #新增加列 Sepal.Length...0.354> test %>% + group_by(Species) %>% + summarise(mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length)) #管道操作
代码 代码来自《r-data-science-quick-reference-master》的内容。 dplyr包的使用例子。...## 加载R包 library(tidyverse) iris_df <- as_tibble(iris) print(iris_df, n = 3) head(iris_df$Species)...%>% filter(str_starts(Species, "v")) %>% print(n = 3) iris_df %>% filter(str_ends(Species, "r"...mean_income ) ) %>% spread(key = "year", value = "mean_income") 温馨提示： 第一步：运行一边代码，掌握相应的包和函数使用
看到 gt 包终于被宣告提交到 CRAN 了。这个包挂在 GitHub 上非常久了，基于它包好像都有几个。我今天把冷饭拿出来再炒一炒，或许有读者会喜欢。...另外，该包作者将表格相关的包做了个汇总，我也把它更新到了本文的下方。本文应当可以成为读者使用 R 构建表格的一大入口，值得点赞收藏。 RStudio 提供了出版级的表格解决方案gt包。...---- 安装： remotes::install_github("rstudio/gt") ---- gt包所做的一切都是为了更简单地生成好看的展示表格。展示表格？...使用简单的表格展示gt基础 让我们使用一个R datasets包中不是很流行的数据集islands：它是一个命名向量。...= html("Solar R.
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