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使用numpy计算分子内坐标

具体表示方法 图片 代码实现 其实这个算法逻辑是很简单的,我们更多的注重一个原生算子的使用以及代码的复用。...以下是几个相关的关注点: 在计算距离、角度和二面角的过程中,我们都会使用到序列原子之间的相对矢量(B, A-1, D),那么在计算过一次之后我们应该保存下来以供几个不同的函数使用。...在计算相对矢量的时候我们一般使用的是错位相减,比如可以使用crd[1:]-crd[:-1],但是这里我们在计算过程中使用的是numpy.roll对数组进行滚动之后做减法,最后再去掉一个结果。...# inner_crd.py import numpy as np np.random.seed(1) EPSILON = 1e-08 def get_vec(crd): """ Get the...总结概要 本文主要介绍了在numpy的框架下实现的分子内坐标的计算,类似的方法可以应用于MindSpore和Pytorch、Jax等深度学习相关的框架中。

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numpy科学计算包的使用1

Numpy是Python的一个科学计算的库,提供了矩阵运算的功能,其一般与Scipy、matplotlib一起使用。...数组创建函数 另外还有linspace函数,可以在范围内创建数组,randn和rand也可以生成数组。...具体看下面代码 import numpy as np print('使用zeros/empty/ones') print(np.zeros(10))# 生成包含10个0的一维数组 print(np.zeros...NumPy的ndarray 数组和标量之间的运算 不用编写循环即可对数据执行批量运算 大小相等的数组之间的任何算术运算都会将运算应用到元素级 数组与标量的算术运算也会将那个标量值传播到各个元素 #...name_arr == 'Bob']) # 利用布尔数组选择行,显示第一行和第四行 print(rnd_arr[name_arr == 'Bob', :2]) # 在上一个的基础上增加限制打印列的范围

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科学计算工具Numpy

/s/2GxvBC5WWRt8eT1JnVqx1w 1.ndarray的创建与数据类型 1.Numpy(Numerical Python) Numpy:提供了一个在Python中做科学计算的基础库,...高性能科学计算和数据分析的基础包 ndarray,多维数组(矩阵),具有矢量运算能力,快速、节省空间 矩阵运算,无需循环,可完成类似Matlab中的矢量运算 线性代数、随机数生成 import numpy...np.array([[1, 2, 1], [2, 3, 4]]) print(arr) print(np.unique(arr)) 运行结果: [[1 2 1] [2 3 4]] [1 2 3 4] 除了使用数组计算数学函数之外...这种操作的最简单的例子是转置矩阵; 要转置矩阵,只需使用T数组对象的属性: import numpy as np x = np.array([[1,2], [3,4]]) print(x) #...考虑这个版本,使用广播: import numpy as np # We will add the vector v to each row of the matrix x, # storing the

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通过掩码计算IP范围

子网掩码是一串连续的1和一串连续的0组成,共4段,每段8位,即32位数 以255.255.255.0为例子,11111111.11111111.11111111.00000000 子网掩码决定的是一个子网的计算机数目...掩码为24的时候,子网内计算机数为2的8次方-1。 掩码为23的时候,子网内计算机数为2的9次方-1。 掩码越小,地址数越多。...疑问二: 192.168.1.97/27 这样的格式它的IP范围是怎么样的 已知:192.168.1.97/27,27,即子网掩码为27个1,写成二进制即: 11111111 11111111...11111111 11100000 由于子网掩码为27位,所以只需把IP地址的最后段拿来做计算(未理清,先记录), 先换成二进制: 97 写成二进制即: 01100001 然后把子网掩码的最后一段

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数组计算模块NumPy

NumPy是Python数组计算、矩阵运算和科学计算的核心库。...提供了高性能的数组对象 提供了大量的函数和方法 NumPy使用机器学习中的操作变得简单 NumPy是通过C语言实现的 NumPy的安装  pip install numpy  数组的分类 一维数组 跟Python...  通过数值范围创建数组 arange(start,stop,step,dtype=None) 使用linspace函数创建等差数列linspace(start,stop,num=50,endpoint...Python的数据类型,像bool、int、float等数据类型的名称末尾都加了 “_” 索引 用于标记数组当中对应元素的唯一数字,从0开始 索引的区间范围   [0~N-1] 索引的使用语法   obj...方法实现  数组的增加 水平方向增加数据 hstack()函数 垂直方向增加数据 vstack()函数  数组的删除 使用delete()函数  矩阵 矩阵是数学的概念,而数组是计算机程序设计领域的概念

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科学计算Numpy

vector1 = numpy.array([[1],[2],[3]]) vector2 = numpy.array([1,2,3]) vector3 = numpy.array([[5,10,15...= 5) | (vector == 10) print (equal_to_ten_or_five)#[True True False False] astype函数  astype函数是将矩阵中所有元素的类型变为参数指定的类型...))  axis表示按行或列进行计算,axis=1表示按行计算,axis=0表示按列计算 sum函数 import numpy vector = numpy.array([[5,10,15],..., [3,4]]) print (A * B)#对应位置的元素相乘 print (A.dot(B))#矩阵乘法 ravel()  将n行m列的矩阵变成一行m*n列矩阵 import...(vector.T)#转置 print (vector.reshape(4,-1))  reshape只要有一个参数确定,另一个参数就确定了,所以另一个参数如果你懒得算,直接写-1,python会自动计算另一个维度是多少

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Python-Numpy数组计算

参考链接: Python中的numpy.greater 一、NumPy:数组计算  1、NumPy是高性能科学计算和数据分析的基础包。它是pandas等其他各种工具的基础。...)               计算绝对值 numpy.square(array)                 计算元素的平方 等于array**2 numpy.log/log10/log2(array...)         计算元素的各种对数 numpy.sign(array)                   计算元素正负号 numpy.isnan(array)                 ...计算元素是否为NaN numpy.isinf(array)                  计算元素是否为NaN numpy.cos/cosh/sin/sinh/tan/tanh(array) 三角函数...numpy.add(array1,array2)            元素级加法 numpy.subtract(array1,array2)       元素级减法 numpy.multiply(array1

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