使用Plink和PSCP进行交互_使用Javascript与隐藏字段和操作进行交互_使用C函数fopen,fread和fwrite与串口进行交互？ - 腾讯云开发者社区

本篇文章按照plink官方提供的教程，进行一个实际操作。可以看做是官方教程的一个翻译版本。...pop.phe和qt.phe 分别表示样本的人群分布和数量性状。 2. 查看输入文件的基本信息 plink运行时，会联网检查软件是否是最新版，如果不想进行这一操作，可以添加--noweb选项。...替换成二进制之后，原始的ped和map中的信息，用bed, bim, fam三个文件进行存储。 4....关联分析进行疾病和突变位点基因型之间的关联分析，命令如下 plink --bfile hapmap1 --assoc --out as1 --noweb 输出结果如下 CHR SNP BP A1 F_A...为了降低假阳性率，可以对多重假设检验的p值进行校正，命令如下 plink --bfile hapmap1 --assoc --adjust --out as2 以上只是一个最基本的示例，更多用法和细节可以参考官方的文档

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GAPIT使用plink数据进行GWAS分析

hmp格式是一种基因型格式，但是现在更多的是vcf或者plink格式的数据，今天介绍一下plink格式的数据如何导入到GAPIT软件中进行分析。...GAPIT软件支持的基因型格式为：hmp格式，plink数据转化为hmp格式，中间经过了很多路。现在提供另外一种解决方案，不用将plink数据转化为hmp格式，进行GWAS分析。...GAPIT软件的基因型数据格式：Numeric格式查看GAPIT说明文档时，发现了GAPIT还支持Numeric format，即转化为0-1-2的格式，这样就好处理了，可以使用plink软件的recodeA...raw文件命名然后准备两个文件：re.raw和file.map文件，用下面R代码，生成GAPIT运行的文件格式。...主要分享R语言，Python，育种数据分析，生物统计，数量遗传学，混合线性模型，GWAS和GS相关的知识。 ❞

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使用plink进行连锁不平衡分析

plink是进行连锁不平衡分析的常用工具之一，需要两个基本的输入文件，后缀分别为ped和map。ped文件格式在之前的文章中已经详细介绍过，这里只介绍map文件。...plink 进行LD分析有以下两种方式： 1....对所有的SNP位点进行分析命令如下： plink --file test --r plink --file test --r2 --r会直接输出所有LD分析的结果，而--r2会根据R2值对结果进行过滤...过滤的参数有以下几种 --ld-window 默认值为10，这个参数限定了一个SNP位点最多和10个其他的SNP位点进行LD分析。...--ld-window-r2 这个参数只能和--r2参数搭配使用，默认值为0.2, 对输出结果进行过滤，只输出R2大于该参数值的LD分析结果。输出文件为plink.ld。

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plink文件使用Haploview进行单倍型分析

大家好，我是邓飞，之前写了Haploview进行单倍型分析的教程（Haploview做单倍型教程一文打尽），有示例数据和操作流程，但是有些朋友用自己的数据分析时，会有各种问题，最近星球上有小伙伴发了一个帖子...，叙述了自己的问题，各种尝试，还是错误，淡淡的忧伤和砸电脑的冲动…… 作为分析数据的老司机，新手遇到的错误都会遇到过，而且也有解决方案，这里总结一下常见的错误。...2，plink格式的map数据，需要变为info格式简单来说，就是提取map的第二列和第四列，生成info为后缀的文件 awk '{print $2,$4}' qc300.map >qc300.info...' qc300.ped 4，另外，还有一个坑，ped的ID编号中不能有- 这里建议用下划线代替 sed -i 's/-/_/g' qc300.ped 搞定这些后，就可以用Haploview读取数据，进行单倍型分析了...'{print $2,$4}' qc300.map >qc300.info 还有一个灵魂拷问的问题，不要用所有的基因型数据做单倍型分析，只需要把显著SNP上下游一段距离（比如50kb）的位点提取出来，进行单倍型分析

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用WebViewJavascriptBridge进行JS和app进行交互

场景描述做项目的时候有一个业务是需要前端web给安卓发送指令，进行拍照个读取身份证的操作，这个时候是需要用户进入页面的时候直接进行的操作，那么这个时候我需要做的是告诉安卓什么时候调取什么样子的硬件，那么我们难题就是...js和安卓怎么进行通信，有这样的需求也是很少见的，但是既然存在这样的需求还是需要进行解决的，那么我参考的是这个地址的方案： JsBridge vue调用的问题这个直接原生js写是没有问题的，但是vue...$bridge = Bridge 第三步：在使用的页面直接发送指令 //app返回的数据 //functionInJs 后端的回调函数名字 that....; } }) 这样直接写是可以的，但是好像还是需要这行文件的，我的是用到了，我第一次使用不确定是不是一定需要下面这个文件，但是如果你们失败了可以直接加上这个文件：...附带几个写得好的交互的例子 https://www.jianshu.com/p/d12ec047ce52 https://www.cnblogs.com/yongbufangqi1988/p/8462275

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使用Dash和Plotly进行交互式可视化

Plotly是一家数据分析和可视化公司。在这篇文章中，对这家公司的两个python库感兴趣; plotly.py和dash。Plotly.py库为python应用程序提供交互式可视化。...如网站所示，可以“在Python中创建交互式，D3和WebGL图表。matplotlib的所有图表类型等等。...第三行初始化dash应用程序，第四行使用将在页面上显示的标题标记准备页面布局，最后两行使用调试和端口选项运行服务器。首先放置所需的元素。...可以使用样式属性接受css标记字典的元素添加样式。...然后在函数内部为图表和图形对象创建x和y值。结果是浏览器中的交互式条形图。更复杂一些如果上面的图表对你来说不够用，请不要担心，这是另一个例子，深入一些。它太快了吗？好吧看看代码。

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Android使用Okhttp进行数据交互

前言在遇到Android数据交互的情况时，思考过采取什么方式，在经过一段时间的学习，最终采取Okhttp这一个轻量级网络框架。...: // do something break; } } }; 注意：在进行数据交互时

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JQuery通过JSON和Servlet进行交互

找了一下相应的例子，有一个ASP.net和前台通过Jquery交互的例子，参考着写了一个同Servlet交互的例子。把代码得瑟出来，以供不时之需。...ServletJson",//产生JSON数据的服务端页面 {name:"胡阳",age:23},//向服务器发出的查询字符串（此参数可选） //对返回的JSON数据进行处理...ServletException, IOException { doPost(request, response); } } 这样就可通过JQuery在web端直接和服务器端通过JSON进行数据交换了

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Android 中使用WebViewJavaScriptBridge进行H5和原生的交互

概述当我们采用H5与Native原生结合开发，使用H5去开发一些功能的时候，肯定会涉及到Android与Js互相调用的问题，通常有两种实现方式，第一种使用原生的addJavascriptInterface...()来解决第二种使用第三方框架WebViewJavascriptBridge 这也是我今天要分享的部分 2.为什么要使用WebViewJavascriptBridge 对于安卓开发有一段时间的人来说...，知道安卓4.4以前谷歌的webview存在安全漏洞，网站可以通过js注入就可以随便拿到客户端的重要信息，甚至轻而易举的调用本地代码进行流氓行为，谷歌后来发现有此漏洞后，增加了防御措施，如果要是js调用本地代码...但是即使这样，我们很多时候需要在js记载本地代码的时候，要做一些判断和限制，或者有可能也会做些过滤和对用户友好提示，因此JavascriptInterface也就无法满足我们的需求了，特此有大神就写出了...wv_web_view" android:layout_width="match_parent" android:layout_height="match_parent" /> 第三步.代码中添加交互方法

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如何使用GraphQL进行前端数据交互

在这个世界里，我们可以通过使用GraphQL来进行前端数据交互，轻松解决我们的问题。那么，如何使用GraphQL进行前端数据交互呢？首先，我们需要安装GraphQL的Python库。...你可以使用pip命令来安装，就像吃饭一样简单。pip install graphql然后，我们需要定义我们的数据模型和查询语句。...在过去，我们可能会使用RESTful API来进行前端数据交互。但是，RESTful API有一个很大的问题，那就是它的灵活性不够。...比如，你可以使用WebSocket来进行实时数据交互，或者使用gRPC来进行高效的远程过程调用。不管你选择哪种方式，都可以根据你的需求来进行选择。...总结：好了，今天我们一起探讨了如何使用GraphQL进行前端数据交互。

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使用ClickHouse Playground进行交互式学习

各位看官一眼就能明白，这是一个类似于notebook的功能，能够基于浏览器进行ClickHouse的交互式查询，非常适合进行CH的学习与功能体验。...现在我们看看CH Playground，都提供了哪些功能目前CH Playground使用了ClickHouse 19.14.10.16版本: ? 由Yandex Cloud云主机提供服务: ?...可以看看我书中的第11章权限部分内置了3个测试数据集，我们可以直接使用它们进行功能验证: ?...在左侧菜单中，目前还提供了Sample采样、URL函数和Date日期函数的典型用例，相信以后还会有更多用例的补充: ?...在今后的文章中，我是不是也可以直接使用Playground来进行实操的说明了:P

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吻逗死(windows)系统下自动部署脚本(for java spring*)及linux命令行工具

(^^)(^^)对于在吻逗死系统下调用linux，纯命令行工具我找了下，大致分为两类：putty系列和GnuWin系列，前者稳健，同时提供图形化工具较为可手，对于纯命令行工具目前在官网能看得到的只有三个...pscp、plink、psftp这三个，如果只是考虑上传下载和远程调用其实已经够了，若想要更丰富的工具请绕道进GnuWin，linux下绝大数类别的命令都有，还有对于linux熟练者，也推荐后者，毕竟跨系统...，两种命令(shell和cmd)都要熟悉，学习成本有点儿高~ 1....本人为部署springboot应用写了个简易自动部署脚本，功能包含: - mvn自动清理打包 - pscp命令上传 - plink命令远程调用(linux下)shell脚本使用方法(参照github...(具体使用同linux哈~) - 可配置为系统环境变量(path),可在目录位置使用 - 可使用_目录+命令关键字_的方式使用 - 具体使用请参照这里：github (^^)(^^)以上工具均放在我的

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使用scp进行与服务器的文件交互(上传和下载)

通常我们上传或下载文件会使用一些软件,如xftp,winscp, finalshell,前面几篇文章已经介绍了如何搭一个命令行环境以及使用命令行去连接服务器,进行交互,这次我们使用命令行来进行文件的上传和下载...,通常当我们想要上传文件到服务器时,不是通过软件就是ftp,比较的繁琐,而且底层使用的原理都是一样的,这次介绍使用scp命令进行命令行端的文件操作,无需再打开软件,找到文件,拖进去或者其他比较费时的操作...使用scp命令下载文件 1 2 3 4 5 6 7 scp -r name@ip:folder local_folder //参数说明: -r : 操作文件夹,如果是单个文件可以不加 name...这篇文章讲到了怎么配置ssh免登陆不需要每次上传或下载文件都输入密码上传文件 1 2 scp -r local_folder name@ip:folder //参数同上,可以发现,互换路径就可以实现上传和下载

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uniapp 在app和小程序端使用webview进行数据交互

以下是代码 app端（需要使用nvue） <button style="z-index...}) }, // 获取到对应webview(关键)通过evalJs(注意大小写，如果不知道evalJ是什么，可自行百度) 执行网页的函数，可对其进行传参...evt) }, // 获取到对应webview(关键)通过evalJs(注意大小写，如果不知道evalJ是什么，可自行百度) 执行网页的函数，可对其进行传参...evt) }, // 获取到对应webview(关键)通过evalJs(注意大小写，如果不知道evalJ是什么，可自行百度) 执行网页的函数，可对其进行传参

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Linux远程管理工具

本节给大家介绍 2 种常见的基于 SSH 协议的远程管理工具，分别是 PuTTY 和 SecureCRT。在使用远程管理工具之前，应先设置宿主机 Windows 与虚拟机 Linux 能够连通。...这里要注意 VMware 的网卡设置，Linux 中更改网络设置可以使用 ifconfig 和 setup 命令，若还是无法进行远程连接，要么就是 SSH 服务没有启动，要么就是 Linux 防火墙默认屏蔽了...对于经常到客户公司做技术支持和维护的朋友来说，该工具的使用相当方便，只要随身携带 U 盘，即可实现"一盘在手，随处登录"。...PSCP（SCP 客户端，在命令行下通过 SSH 协议复制文件）。 PSFTP（SFTP 的命令行客户端，类似于 FTP 的文件传输，基于 SSH 协议）。...Plink（命令行工具，可用于执行远程M务器上的命令）。 Pageant（PuTTY、PSCP、Plink 的 SSH 认证代理）。

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使用python3和高性能全文检索引擎Redisearch进行交互

上一篇介绍了一款高性能全文检索引擎Redisearch，它不仅性能强劲，部署也方便，这里介绍一下如何用python客户端和它进行交互。...使用redisearch-python:https://github.com/RediSearch/redisearch-py 首先，安装 pip3 install redisearch...language='chinese') # Simple search res = client.search("人工智能") print(res.docs[0].title) 可以看到，基本上和命令行中的操作方式没有太大区别...其实它的官方文档很简单，只是介绍了基本用法，但是你如果阅读了它的源码，发现一些常用操作它也进行了封装，比如 #删除索引 client.drop_index() #获取当前索引的基本信息 client.info

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如何使用plink进行二分类性状的GWAS分析并计算PRS得分

这篇博客，用之前GWAS教程中的示例数据（快来领取 | 飞哥的GWAS分析教程），把数据分为Base数据和Target数据，通过plink运行二分类的logistic模型进行GWAS分析，然后通过PRSice...-2软件，进行PRS分析。...---- 正文 ---- 数据使用GWAS分析教程中的数据。 HapMap_3_r3_1.bed HapMap_3_r3_1.bim HapMap_3_r3_1.fam 1....提取base和target数据集注意，正常来说，base和target应该避免有亲缘关系，应该是独立样本。这里没有检测独立性，分为两类，只为演示。...对base数据进行GWAS分析这里，将性别作为协变量，将PCA的3个值作为协变量，进行GWAS分析，把表型数据单独提取出来。

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在Python中使用Pygal进行交互可视化

拥有可视化的信息摘要比浏览电子表格更容易识别模式和趋势。由于数据分析的目的是获得见解和发现模式，将数据可视化将使其更有价值，更容易探索。不同类型的图表和图表使交流数据发现更快和更有效。...在本文中，我们将介绍一个Python库，它可以帮助我们创建引人注目的、令人惊叹的、交互式的可视化。...Pygal允许用户创建漂亮的交互式图，这些图可以以最佳的分辨率转换成svg，以便使用Flask或Django打印或显示在网页上。...应用接下来，我将使用美国COVID-19病例数据集来解释Pygal的不同方面。首先，为了确保一切顺利进行，我们需要确保两件事: Pandas和Pygal都装上了。...一种方法是使用树图。假设我们想要查看案例数量最多的10个州的详细案例分布情况。然后，在绘制数据之前，我们需要先对数据进行操作。我们需要根据案例对数据进行排序，然后按州进行分组。

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使用spark与MySQL进行数据交互的方法

在项目中，遇到一个场景是，需要从Hive数据仓库中拉取数据，进行过滤、裁剪或者聚合之后生成中间结果导入MySQL。对于这样一个极其普通的离线计算场景，有多种技术选型可以实现。...1）灵活性高相比sqoop和HSQL，spark可以更灵活的控制过滤和裁剪逻辑，甚至你可以通过外部的配置或者参数，来动态的调整spark的计算行为，提供定制化。...1、数据准备创建了Hive外部分区表关于分区和外部表这里不说了。...你可以去使用这些方法，实现复杂的逻辑。...3）编译和执行编译完成后，生成jar包from-to-mysql-1.0-SNAPSHOT-jar-with-dependencies.jar 使用默认参数提交到yarn队列。

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六款Linux常用远程连接工具

官网：https://www.netsarang.com/zh/xshell/ secureCRT SecureCRT 支持 SSH，同时支持 Telnet 和 rlogin 协议。...SecureCRT 是一款用于连接运行包括 Windows、UNIX 和 VMS 的理想工具。通过使用内含的 VCP 命令行程序可以进行加密文件的传输，网工应该很熟这个软件，经常使用它连接设备。...官网：https://www.vandyke.com/ WinSCP WinSCP 是一个 Windows 环境下使用 SSH 的开源图形化 SFTP 工具客户端。同时支持 SCP 协议。...官网：https://winscp.net/ PuTTY PuTTY 是 SSH 和 telnet 客户端，最初由 Simon Tatham 为 Windows 平台开发。用 MIT 许可证授权。...包含的组件有：PuTTY、PuTTYgen、PSFTP、PuTTYtel、Plink、 PSCP、Pageant，默认登录协议是 SSH，默认的端口为 22。

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