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Soft-introspective VAEs:超越AlphaFold2,揭示K-Ras蛋白新视野

今天我们介绍华盛顿大学的David baker课题组发表在bioRxiv上的工作。探索蛋白质构象的整体,这些构象对功能有贡献,并且可以被小分子药物所靶向,仍是一个未解决的挑战。本文探讨了使用软自省变分自编码器(Soft-introspective Variational Autoencoders)来简化蛋白质结构集合生成问题中的维度挑战。通过将高维度的蛋白质结构数据转化为连续的低维表示,在此空间中进行由结构质量指标指导的搜索,接着使用RoseTTAFold来生成3D结构。本文使用这种方法为与癌症相关的蛋白质K-Ras生成集合,训练VAE使用部分可用的K-Ras晶体结构和MD模拟快照,并评估其对从训练中排除的晶体结构的采样范围。本文发现,潜在空间采样程序可以迅速生成具有高结构质量的集合,并能够在1埃范围内采样保留的晶体结构,其一致性高于MD模拟或AlphaFold2预测。

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