使用R‘脱字符’包中的预测函数 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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「R」获取R包中的函数和对象列表

问题你想知道包里有什么。方案在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version

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「R」使用modules包来组织R的函数集合

接触过Python的朋友肯定对模块很熟悉，R的代码组织方式以包为主。但基于文件的模块形式也是可以实现的，modules[1] 包提供了这种支持。...安装和使用直接从CRAN下载即可： 1install.packages("modules") 使用了解2个函数的使用就可以了。一是import()，用于替换library()加载包。...基于上面的思想，我将去年写的R包安装以及TCGA样本名重过滤等几个函数单独通过GitHub page进行了部署。...这里一个对绝大部分读者有用的函数是install()，它之前被放在R包wfun中。我前几天把它重新进行了迁移和修改。...代码核心其实就是各种情况的检查，优先使用适合的包和函数进行下载、安装。它的存在就是方便国内使用者，特别是初学者简便地下载、安装包。

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「R」ggplot2在R包开发中的使用

尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...在包函数中使用 aes() 和 vars() 为了使用ggplot2创建图形，你很可能至少要使用一次aes()函数。如果你的图形使用了分面操作，你可能也会使用vars()用来指向绘图数据。...你用字符串向量来表示列名。由用户指定列名和表达式，而你想要你的函数能够有aes()同样的方式执行非标准计算。...常规任务最佳实践使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！

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R语言 shiny包中的交互调用函数renderUI

本次展示shiny的功能有： 1、读取本地数据； 2、交互展示数据（view） 3、动态交互作图（自动读取上传数据的列名）体验网址：https://yanshenli.shinyapps.io...x = input$variableNames_x, title = "ggplot") } }) } shinyApp(ui, server) 一个完整的shiny...，在ui中通过*input调整数值参数、上传数据等，并将数据传递给server进行相应计算；然后，Server对数据进行计算、绘图，并将计算结果（图片、表格等）返回给ui 最后，通过ui中的*output...来展示server计算返回的结果（图片、表格等）

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转义字符r在Python内置函数print()中的妙用

在Python 3.x中，内置函数print()用来实现格式化输出，各参数含义请参考本文末尾的相关阅读。本文重点介绍print()函数的end参数以及转义字符'\r'的妙用。...本文末尾的相关阅读中已经提到，end参数用来确定print()函数在输出全部内容之后以什么结束，默认是转义字符'\n'，也就是换行符，在使用时可以根据需要修改这个参数的值，例如： ?...那么，如果把end参数设置为回车符'\r'，会是什么样的效果呢？...下面的代码 from time import sleep for i in range(1000): print(i, end='\r') sleep(0.01) 运行效果如下面的视频所示：

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使用R中merge()函数合并数据

大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。使用R中merge()函数合并数据在R中可以使用merge()函数去合并数据框，其强大之处在于在两个不同的数据框中标识共同的列或行。...如何使用merge()获取数据集中交叉部分 merge()最简单的形式为获取两个不同数据框中交叉部分。举例，获取cold.states和large.states完全匹配的数据。...如何理解不同类型的合并 merge() 函数支持4种类型数据合并: Natural join: 仅返回两数据框中匹配的数据框行，参数为：all=FALSE....，所以R基于两者state的name进行匹配。...总结本文详细介绍R中merge()函数参数及合并数据类型。利用sql的表连接概念进行类比，简单易懂。

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【基础】R语言1：R包的使用

调出函数library() require()内置基础包basedatabase：存放数据集utils：工具函数grDevices：绘图相关graphics：R绘图函数stats：与统计相关的函数methods...：一般定义方法和类splinesstats4tcltk试例help(package"R包名称") #查看R包详情信息library(help="R包名称")ls(package:R包名称) #列出包中所有函数...data（package=R包名称）#列出包中包含的所有数据集detach(package:R包名称) #移除R包remove.package(R包名称) #卸载R包R包批量迁移installed.package...() #显示所有已安装R包

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R中的sweep函数

函数的用途 base包中的sweep函数是处理统计量的工具，一般可以结合apply()函数来使用。...函数的参数 sweep(x, MARGIN, STATS, FUN = "-", check.margin = TRUE, ...) x:即要处理的原数据集 MARGIN：对行或列，或者数列的其他维度进行操作...…… 下面我们结合几个具体的例子来看 #创建一个4行3列的矩阵 M = matrix( 1:12, ncol=3) 1.每一行都减去这一行的均值 #方法一，通过rowMeans函数来计算每一行的均值...sweep(M,1,rowMeans(M)) #方法二，通过apply函数来计算每一行的均值，MARGIN=1，对行做操作 sweep(M,1,apply(M,1,mean)) 2.每一行列都减去这一列的均值...#方法一，通过colMeans函数来计算每一列的均值 sweep(M,2,colMeans(M)) #方法二，通过apply函数来计算每一列的均值，MARGIN=2，对列做操作 sweep(M,2,

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Python中字符串的format函数使用

从python2.6之后，python中的字符串就有了str.format()函数这一格式控制的强大工具。...相比于之前使用%的格式控制手段，str.format()函数显然更加符合我们的思维习惯，而且更加简洁。语法作为字符串的一个方法，它以{}和:来代替%，进行格式控制。...{}中的值来指定format中用以代替他的值。...格式限定符填充与对齐填充常跟对齐一起使用 ^、分别是居中、左对齐、右对齐，后面带宽度 :号后面带填充的字符，只能是一个字符，不指定的话默认是用空格填充比如 In [15]: '{:>8}'....，本例中.2表示长度为2的精度，f表示float类型。

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Go | 函数（包）的使用

本文通过一个实现加减乘除运算的小程序来介绍go函数的使用，以及使用函数的注意事项，并引出了对包的了解和使用。...一个文件里出现超级多的函数 utils.go 文件，专门用于定义函数，让其它文件来调用，工具函数的封装， db.go 文件，专门定义对数据库操作的函数 main.go 文件，引入其它文件，使用工具函数...，代码更专注继而引出包的概念，分门别类的使用，也有利于多人协同开发，相同的函数名可以存在不同的包下面包的原理包的本质，实际上就是创建不同的文件夹，来存放程序文件。...引入使用（封装实现加减乘除的工具函数）包名.函数名省略 GOPATH/src 或 GOROOT/src，前提是在 env.GO111MODULE=off 的情况下 import "包的路径" //...package "包名" 必须在文件的第一行，然后再 import 引包路径， GOPATH or GOROOT src目录下， env.GO111MODULE 包里面要暴露的函数，函数名必须大写

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ChAMP R包安装中的事故

ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...ChAMP的功能确实是更加的强大和完整，同时也意味它的依赖包会特别的多，从而出现dll文件达到上限的错误。本文记录的解决方案，适合于任何操作系统，希望可以帮助到大家。

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「R」tidyverse 中的公式函数

本文的写作由来是知识星球一个朋友对如何在 tidyverse 系列包中使用公式函数（单侧公式）不太熟悉，所以通过本文分享一下我的心得。...img 公式保存了创建它的环境使用到 R 的朋友几乎都用过公式，它在统计建模方面给了我们极大的方便。不过，公式相比于数值、逻辑值这些数据类型，有什么特点吗？...公式函数用法核心是什么公式函数的优点在于提供了一种构造匿名函数的简洁方式。而核心在于在同一行代码表示如何使用输入构造出输出。...基本用法假设我们要对 df 中的 x 和 y 列进行归一化处理，在不使用 scale() 函数的情况下，我们可能会手写一个函数： scale2 <- function(x) { (x - mean...在公式中，我们可以直接使用前面已经定义的变量，这里是 cfs。

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R中的替换函数gsub

R中gsub替换函数的参数如下 gsub(pattern, replacement, x, ignore.case = FALSE, perl = FALSE, fixed = FALSE,...useBytes = FALSE) 其中pattern是要替换的字符，replacement是替换成的字符，x是对应的string或string vector。...Tutorial替换成Examplers [1] "R Examples" "PHP Examples" "HTML Examples" 还有其他的一些例子来灵活使用这个函数，结合正则表达式。...，我们知道组织病理分期分成stage I，stage II，stage III和stage IV四个分期接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成两个组，并转换成因子我们使用gsub函数...，并转换成因子我们还是使用gsub函数 #删除组织病理学分期末尾的A，B或者C等字母，例如Stage IIIA，Stage IIIB stage=gsub("[ABCD]$","",clin$ajcc_pathologic_stage

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DAY6- R包的使用

R包的加载镜像设置后下载options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源options(BioC_mirror...="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源install.packages(“包”)或者BiocManager::install(“包”)。...#取决于你要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor，可以在歌搜到install.packages("dplyr")library(dplyr) #在使用前需要调取‘dplyr’包dplyr...包的使用> test mutate(test,new= Sepal.Length * Sepal.Width) #新增加列 Sepal.Length...，列合并时需要两个数据框的行相同 x y z1 1 10 1002 2 20 2003 3 30 3004 4 40 400

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R代码|dplyr包的使用示例

代码代码来自《r-data-science-quick-reference-master》的内容。 dplyr包的使用例子。...## 加载R包 library(tidyverse) iris_df <- as_tibble(iris) print(iris_df, n = 3) head(iris_df$Species)...%>% filter(str_starts(Species, "v")) %>% print(n = 3) iris_df %>% filter(str_ends(Species, "r"...mean_income ) ) %>% spread(key = "year", value = "mean_income") 温馨提示：第一步：运行一边代码，掌握相应的包和函数使用...第二步：迁移到自己的数据集，进行应用

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【R语言】rep函数的使用

我们在做数据分析的时候，经常需要产生一些重复序列。例如，做差异表达分析时需要用到的分组变量，绘制ceRNA网络的节点文件中的RNA type列等等。...今天小编就来给大家介绍一下R中生成重复序列的函数rep。你可以把它看作时repeat这个英文单词的缩写，就很容记住了。...函数形式：rep(x, time = , length = , each = ,) 参数说明： x：代表的是你要进行复制的对象，可以是一个数字，一个字符，或者是一个向量。...times：代表的是复制的次数，只能为正数。负数以及NA值都会为错误值。复制是指的是对整个向量进行复制。 each：代表的是对向量中的每个元素进行复制的次数。...）中的每个元素复制两次 [1] 1 1 2 2 3 3 4 4 从上面的例子我们可以看出，times这个参数控制整个数组循环几遍，而each这个参数控制数组中每个element循环几遍。

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字符串函数（4）字符串函数的限制使用

字符串函数前面我们讲了strlen、strcat、strcpy、strcmp函数的使用和模拟实现。 hello，我是结衣。...今天我们讲字符串函数strcpy、strcat、strcmp函数的限制使用。就是可以自己限制字符的使用数目。将这些函数中间填加‘n’变为strncpy、strncat、strncmp。...strncpy函数使用该函数可以将源字符串复制到目的字符串中，并且可以限制复制的字符个数。...return 0; } strncat函数格式和上面一样的代码 #include #include int main() { char ch1[20]...,记得用%d return 0; } 因为代码很简单，结衣相信大家都可以看懂的，就没有过多的解释。

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JavaScript中的匿名函数及函数的闭包

构造函数，把参数列表和函数体都作为字符串，很不方便，不建议使用。...2、闭包闭包的英文单词是closure，这是JavaScript中非常重要的一部分知识，因为使用闭包可以大大减少我们的代码量，使我们的代码看上去更加清晰等等，总之功能十分强大。...闭包的含义：闭包说白了就是函数的嵌套，内层的函数可以使用外层函数的所有变量，即使外层函数已经执行完毕（这点涉及JavaScript作用域链）。...x , y) * } * , time); * } */ 3、举例匿名函数最大的用途是创建闭包（这是JavaScript语言的特性之一），并且还可以构建命名空间，以减少全局变量的使用。...4、注意 4.1 闭包允许内层函数引用父函数中的变量，但是该变量是最终值示例六： /** * * * one * two * <li

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使用R包PreMSIm根据基因表达量来预测微卫星不稳定

恰好学员群有人问到了R包PreMSIm根据基因表达量来预测微卫星不稳定的问题，借花献佛分享给大家，文章发表在Computational and structural biotechnology journal...MSI诊断检测的方法和应用正常情况下，可以通过DNA检测和免疫组织化学（immunohistochemistry，IHC）法，根据结直肠癌中MSI被检测出的频率可以将其分为三类： MSS，无明显的MSI...包的测试数据有了15个基因在8个样品的表达量矩阵，接下来就是运行msi_pre函数即可： > msi_pre(input_data) Sample MSI_status 1 Sample1...如果你有自己的表达量矩阵，也可以使用它内置的一个数据清洗函数：data_pre library(PreMSIm) path = system.file("extdata", "example.txt",...当然了，开发了分类模型，通常是还需要做大量验证，所以需要收集对应的癌症的其它数据集来评价你的模型。如果能开发成为了一个R包是最好的，甚至可以写成一个R包。

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R中的stack和unstack函数

我们用R做数据处理的时候，经常要对数据的格式进行变换。例如将数据框（dataframe）转换成列表（list），或者反过来将列表转换成数据框。...那么今天小编就给大家介绍一对R函数来实现这样的功能。这一对函数就叫做stack和unstack。从字面意思上来看就是堆叠和去堆叠，就像下面这张图展示的这样。...那么R里面这两个函数具体可以实现什么样的功能呢？下面这张图可以帮助大家来理解。unstack就是根据数据框的第二列的分组信息，将第一列的数据划分到各个组，是一个去堆叠的过程。...一、unstack 下面我们来看几个具体的例子例如现在我们手上有一个数据框，里面的数据来自PlantGrowth 我们可以先看看PlantGrowth 中的内容，第一列是重量，第二列是不同的处理方式...，后面小编会使用这两个函数来给大家举个真实的应用案例，敬请期待。

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