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R语言 数据框、矩阵、列表的创建、修改、导出

数据框数据框的创建数据框来源主要包括用代码新建(data.frame)，由已有数据转换或处理得到(取子集、运算、合并等操作)，读取表格文件(read.csv,read.table等)及R语言内置数据函数...，data.frame数据框允许不同列不同的数据类型，但同一列只允许一种数据类型*数据框中括号内行在列前df1 <- data.frame(gene = paste0("gene",1:4),...函数可以避免此前的错误a<-fread("soft.txt",data.table = F)class(a)#但其不会有行名，且其会有一个data.table的数据结构多出来，可以设置data.table...=F解决#设置行名如下rownames(a)<-a[,1]#import能够更有效地导入且避免一些错误library(rio)a=import("exercise.csv",format = "\t")...#取子集方法同数据框t(m) #转置行与列，数据框转置后为矩阵as.data.frame(m) #将矩阵转换为数据框列表列表内有多个数据框或矩阵，可通过list函数将其组成一个列表l <- list(m1

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「r」dplyr 里的 join 与 base 里的 merge 存在差异

构造数据集 下面是一个可重复的例子，构造两个数据集，一个是基于 data.frame 的列表，另一个是就要 data.table 的列表： x <- list( a = data.frame(r1...r4 r1 r3 r2 #> 1 S1 S2 S2 S1 S1 #> 2 S2 S1 S1 S2 S2 看起来似乎有点不可理喻，但实际上上面我构造的数据集是有点特别的：前 2 个子集和第 3 个子集是没有可以连接的列的...本质上是 data.table 体格的泛型函数不支持类似基础包中的操作。 如何编写代码支持对上述数据集的连接操作？...但特殊情况下，即类似我上述构造的数据集：数据子集不是所有但两两之间都存在共有的列，但按照一定的顺序确实能够将其合并。...如果 be_join 不为空，进行如下的循环： 如果存在，则将这个子集和 to_join 按共同列合并 如果不存在，使用循环位移一位，将当前 be_join 的第 2 个子集移动为 第 1 个。

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R语言之内存管理

在处理大型数据过程中，R语言的内存管理就显得十分重要，以下介绍几种常用的处理方法。...(x <- 1:1e6) #查看执行命令时内存的变化 memory.size(T) #查看已分配的内存 注意刚开始时已使用内存和已分配内存是同步增加的，但是随着R中的垃圾被清理...，已使用内存会减少，而已分配给R的内存一般不会改变。...大家都知道R中矩阵的维度并不需要赋一个固定的值（很多语言的数组长度不能为变量），这为写程序带来了极大的方便，因此经常在循环中会出现某个矩阵越来越长的情况，实际上，矩阵每增长一次，即使赋给同名的变量，都需要新开辟一块更大的空间...在xp系统上试了一下，得到的存储地址总是不变，不知道xp系统上有没有效... 4，选取数据集的子集 这是没有办法的办法，迟早要处理全部的数据，不过可以借此调试代码或是建模，如在合适的地方清理中间对象

1.9K20

R语言函数的含义与用法，实现过程解读

在R的安装程序中只包含了8个基础模块，其他外在模块可以通过CRAN获得。 R的特点 (1) 有效的数据处理和保存机制。 (2) 拥有一整套数组和矩阵的操作运算符。...(8) R语言是自由软件，可以放心大胆地使用，但其功能却不比任何其它同类软件差。 (9) R语言具有丰富的网上资源 一   入门训练 1....在每个R任务结束时用户都有机会保存当前有效的所有对象。如果用户这样做的话，对象将被写入当前目录一个名为.RData。当R被再次启动时R会从这个文件中再载入workspace。...使用> methods(class="data.frame")可以查看数据帧的通用函数。 使用> methods(plot)可以查看plot函数能处理的类别。 十一   R的统计模型 待阅。...对line()等函数绘制的线条和坐标轴都有效果。 col=2 点、线、文本、填充区和图像使用的颜色。每种图形元素都有其可用的颜色列表，这个参数的值就是颜色在列表中的序号。

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R语言函数的含义与用法，实现过程解读

在R的安装程序中只包含了8个基础模块，其他外在模块可以通过CRAN获得。 R的特点 (1) 有效的数据处理和保存机制。 (2) 拥有一整套数组和矩阵的操作运算符。...(8) R语言是自由软件，可以放心大胆地使用，但其功能却不比任何其它同类软件差。 (9) R语言具有丰富的网上资源 一   入门训练 1....在每个R任务结束时用户都有机会保存当前有效的所有对象。如果用户这样做的话，对象将被写入当前目录一个名为.RData。当R被再次启动时R会从这个文件中再载入workspace。...使用> methods(class="data.frame")可以查看数据帧的通用函数。 使用> methods(plot)可以查看plot函数能处理的类别。 十一   R的统计模型 待阅。...对line()等函数绘制的线条和坐标轴都有效果。 col=2 点、线、文本、填充区和图像使用的颜色。每种图形元素都有其可用的颜色列表，这个参数的值就是颜色在列表中的序号。

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生信课程note-3

class3数据框、矩阵和列表向量-一维：表格—二维 ：matrix 矩阵-二维，只允许一种数据类型；data.frame数据框-二维，每列只允许一种数据类型。...#重点：数据框#1.数据框来源# （1）用代码新建# （2）由已有数据转换或处理得到# （3）读取表格文件 （对数据框操作）# （4）R语言内置数据 （可以直接使用的的数据框）heatmap(volcano...) ，iris,letters,LETTERS是r语言内部的数据，可以导出为表格文件打开，但没办法用别的软件直接打开数据框。...用于取子集的逻辑值向量：与x对应，不必须由x生成。（例子中即通过score为gene取子集）记住，==是等于的意思，>-是赋值的意思## 代码思维#如何取数据框的最后一列？...","r2","r3","r4")#只修改某一行/列的名colnames(df1)[2] <- "CHANGE"列名和行名都是向量#6.两个数据框的连接test1 <- data.frame(name

1.3K40

R3数据结构和文件读取

（x有哪些元素在y不存在）#重点向量筛选(取子集)[]：中括号里面是向量（有4种生成方式）将TRUE对应的值挑选出来，FALSE丢弃。...左连接可以使用merge(x, y, by="common_column", all.x = TRUE)实现，其中x和y是要连接的两个数据集，by指定用于连接的列名，all.x设置为TRUE表示保留左侧数据集的所有行...右连接可以使用merge(x, y, by = "common_column",all.y=TRUE)实现，其中all.y设置为TRUE表示保留右侧数据集的所有行。...= 1)#尝试将第一列设置行名但失败，因为有重复的字符(a,a,b,b)## Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep,...当sep = "\t"时，read.table将使用制表符作为分隔符来读取文本文件中的数据。#4.soft 的行数列数是多少？

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对表型数据框进行去冗余

上次GEO课程回答了学员问题：使用R语言在向量的任何位置插入任何元素 实力演示了如何自定义函数，这样大家就可以无限制创造方法来解决自己特殊的需求，课后一个月的答疑期，发现大家还是有各式各样的问题，比如下面的表型信息...很明显，有些信息是冗余的，有些是有效信息可以用来分组，但是表型记录太多，看起来会混淆，所以需要去除那些冗余信息，就是在所有样本里面表型记录都一致的列。...我们来举一个例子，下面的代码创建一个模拟的表型信息； pd=data.frame(1:10,4,7,3,'a','d', LETTERS[1:10],letters[1:10...我们首先判断第一列非冗余元素的个数，下面的代码 length(unique(pd[,1])) 然后对每一列都使用同样的代码，那就是apply技巧： apply(pd, 2, function(x){...这样虽然是判断了每一列的非冗余元素个数，但并不是逻辑值，没办法去用来对数据框取子集。

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50-R茶话会 （十：R编程效率提升指北）

在循环中对变量进行修改尤其低效， 因为R在修改某些数据类型的子集时会复制整个数据对象。（这个在前面提到过） R以向量、矩阵为基础运算单元， 在进行向量、矩阵运算时效率很高， 应尽量采用向量化编程。...R 3.1.0版本以后列表元素在修改时不制作副本， 但数据框还会制作副本。...+ 1 } }) ## 用户 系统 流逝 ## 0.01 0.01 0.03 x <- as.data.frame(x) replicate() 函数中用simplify=FALSE 使结果总是返回列表...要注意的是， 上面第二个程序中的as.data.frame(x)也是效率较差的。将数据保存在列表中比保存在数据框中访问效率高， 数据框提供的功能更丰富。...另外，WIN OS 下还提供了特别的R 版本，可以实现更加方便的R 的并行运算。不过在使用R 的并行时需要注意合理分配线程及内存释放的管理。

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115-R编程17-赋值运算符

还是可以参见：[[113-R编程16-R的内部机制1]] 内容，这也和R 机制中的懒惰求值有关。....<- 为何出现 通过上面的案例，我们可以很明显的感觉到，在形参中使用<- 赋值的复杂。因此，并不推荐大家在调用函数时输出参数的同时进行赋值。 = 用于参数传递， <- 用于赋值。...所以，为了避免上面的作用域、懒惰求值等等复杂的问题，做到该赋值时赋值，该传参时传参，两不干预，基本99% 的上述相关问题，全部都解决了。 但这并不意味着<- 不是个好东西。...最开始学习R 时，我也时常会图省事用= 进行替代。 但其实，这个赋值号的意义本身是很清晰的。这个箭头，它是有方向的。...若在查找过程中寻找到该名称的变量，就会进行赋值操作。否则，将在顶层环境中创建变量并赋值。 即如果想在多层函数的内部使用 <<- 改变全局环境中内容的话，需要注意中间函数是否存在相同名称的变量。

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R语言基因组数据分析可能会用到的data.table函数整理

版权声明：本文为博主原创文章，转载请注明出处 R语言data.table包是自带包data.frame的升级版，用于数据框格式数据的处理，最大的特点快。...因此，在对大数据处理上，使用data.table无疑具有极高的效率。这里主要介绍在基因组数据分析中可能会用到的函数。...，默认_； subset 指定要铸造的子集;利用； margins 函数尚不能应用（作者还没写好），预计设定编辑汇总方向； fill 填充缺失值； drop 设置成FALSE...正则表达式集； cols 要匹配的字符矢量； 例子在讲melt函数的时候已有 rbindlist 类似于data.frame的rbind，不过比rbind的速度更快，并且总是返回...key，x并不需要设置key； by.x,by.y 用来计算重叠的列名或者列号的矢量，by.x和by.y的最后两列都应该对应各自的(x,y的）start和end区间列，并且start列应该总是小于

3.2K10

「R」数据操作（三）：高效的data.table

接「R」数据操作（一）和「R」数据操作（二） 使用data.table包操作数据 data.table包提供了一个加强版的data.frame，它运行效率极高，而且能够处理适合内存的大数据集，它使用[]...data.table和data.frame，也就是说data.table继承了data.frame的一些行为，但增强了其他部分。...例如，使用setkey()将id设置为product_info中的一个键： setkey(product_info, id) 同样的，函数无任何返回，但我们已经为原始数据设置了键，而且原来的数据看起来也没变化...中，by所对应的组合中的值是唯一的，虽然实现了目标，但结果中没有设置键： key(type_class_test0) #> NULL 这种情况下，我们可以使用keyby来确保结果的data.table自动将..." setDT()可以将任意的data.frame转换为data.table，并设置键。

5.9K20

生信技能树DAY 3 R语言入门

作业讲解 R data 文件：存储有用变量，传递数据 save load # 使用save()函数保存为RData文件 # 创建一些要保存的变量 study1.df <- data.frame(id =...% 与 intersect取交集 的区别：取交集会自动去除重复值 使用负号注意不要写成赋值符号 # 生成10个随机数: rnorm(n=10,mean=0,sd=18)，用向量取子集的方法，取出其中小于...（3）读取表格文件 （4）R语言内置数据 2.新建和读取数据框 # data.frame 函数 df1 <- data.frame(gene = paste0("gene",1:4),...","r2","r3","r4") #只修改某一行/列的名 colnames(df1)[2] <- "CHANGE" # 修改第二列的列名，就是修改列名这个向量的第二个元素 6.两个数据框的连接 merge...$， 只用一个中括号取出来的是只有一个元素的列表 x[[1]] ## [,1] [,2] [,3] ## [1,] 1 4 7 ## [2,] 2 5 8

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从零开始的异世界生信学习 R语言部分 02 数据结构之数据框、矩阵、列表

数据框 data.frame 数据框 约等于表格：1.数据框不是一个具体文件，只是R语言内部的一个数据；2.数据框每一列只能有一种数据类型 图片 新建和读取数据框 #新建和读取数据框 df1 <- data.frame...,"b","c") #加列名 m m[2,] #矩阵取子集不支持使用$ m[,1] m[2,3] m[2:3,1:2] m #矩阵中的重要函数 t(m) #行列的转置，行变列，列变行，行名和列名都跟着变换...as.data.frame(m) #将转换为数据框 #作图 pheatmap::pheatmap(m) #使用pheatmap包中的pheatmap函数做图，热图会先进行聚类，之后再作图。...pheatmap::pheatmap(m,cluster_rows = F,cluster_cols = F) #调节函数中的参数，画出的热图不聚类 图片 图片 列表新建和取子集 l <- list(m1...= matrix(1:9, nrow = 3), m2 = matrix(2:9, nrow = 2)) l l[[2]] #列表取子集 l$m1 #列表中的元素有名字，可以用

1.8K20

2023.4生信马拉松day3-数据结构

；-列表什么都可以放；-class()函数可以用于判断数据类型/数据结构本节内容图片1.数据框来源-（1）用代码新建df1 <- data.frame(gene = paste0("gene",1:...df1$p.value <- c(0.01,0.02,0.07,0.05) df1#改行名和列名rownames(df1) <- c("r1","r2","r3","r4")#只修改某一行/列的名colnames...= "NAME")6.矩阵#新建矩阵m <- matrix(1:9, nrow = 3)#加列名colnames(m) <- c("a","b","c") m#取m的子集——注意矩阵中不能使用$进行取子集...(2:9, nrow = 2))l#列表取子集，直接取出来的元素是列表l$m18.补充知识# 元素的名字scores = c(100,59,73,95,45)names(scores) = c("jimmy...paste0("flower",1:5)rownames(a) <- paste0("flower",1:nrow(a))a# 4.探索列表取子集l[2]和l[[2]]的区别（提示：数据结构）l[2]

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R语言数据分析利器data.table包 —— 数据框结构处理精讲

版权声明：本文为博主原创文章，转载请注明出处     R语言data.table包是自带包data.frame的升级版，用于数据框格式数据的处理，最大的特点快。...将一个R对象转化为data.table，R可以时矢量，列表，data.frame等，keep.rownames决定是否保留行名或者列表名，默认FALSE,如果TRUE,将行名存在"rn"行中，keep.rownames...DT的属性，setattr(x,name,value) x时data.table,list或者data.frame,而name时属性名，value时属性值，setnames(x,old,new)，设置x...,默认FALSE,如果TRUE，跳过空白行 key，设置key，用一个或多个列名，会传递给setkey showProgress,TRUE会显示脚本进程，R层次的C代码 data.table,TRUE...(x)] #和上面一样 DT[x=="a"] # 和上面一样,和使用on一样，都是使用二分查找法，所以它们速度比用data.frame的快。

5.6K20

Pandas 2.2 中文官方教程和指南（三）

R Python 数组 列表 列表 字典或对象列表 data.frame 数据框 ddply 在 R 中使用名为 df 的 data.frame 来按 month 汇总 x 的表达式： require...c(2,3,4)) data.frame(melt(a)) 在 Python 中，由于 a 是一个列表，你可以简单地使用列表推导式。...中使用名为 a 的列表来将其融合成一个 data.frame 的表达式： a <- as.list(c(1:4, NA)) data.frame(melt(a)) 在 Python 中，这个列表将是一个元组的列表...中使用名为a的列表的表达式，你想要将其融化成数据框： a <- as.list(c(1:4, NA)) data.frame(melt(a)) 在 Python 中，这个列表将是一个元组的列表，...中使用名为a的列表的表达式，你想要将其融化成数据框： a <- as.list(c(1:4, NA)) data.frame(melt(a)) 在 Python 中，这个列表将是一个元组的列表，

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R语言里面如何高效调试代码

例如，你可以选择总是使用小写字母，或者总是使用下划线来分隔单词。 避免使用R的保留字：R有一些保留字，如if，else，function等，这些都不能用作变量名。...使用自动补全：在许多R的开发环境（如RStudio）中，你可以通过键入变量名的前几个字母，然后按Tab键来自动补全变量名。这可以帮助你避免拼写错误。...以上这些策略可以帮助你更有效地管理你的R代码中的命名，并减少因为命名错误导致的问题。...c(1, 2, 3) + c("a", "b", "c") # 这会产生错误 数据框子集：如果你尝试使用一个字符向量来索引一个只有数字列名的数据框，你会得到一个错误。...然后，你需要确保你的操作是对这种类型的对象有效的。如果需要，你可能需要将你的对象转换为另一种类型，你可以使用如as.numeric()或as.character()等函数来进行类型转换。

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