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R tips:使用lapply和do.call读取并合并多个文件

R做数据处理时,数据导入导出是常见操作,对于导入而言,如果源数据保存在多个文件,那么导入后首先就需要进行合并操作。 这个读取及合并操作可以使用lapply和do.call来完成。...先模拟几个数据文件,以用于导入### # 创建6个文件,每个文件有一个数据框,为一行三列数据,列名a,b,c dir.create("test") lapply(1:6, function(x){.... lapply读入6个文件,并使用do.call来调用rbind去合并6个文件### library(magrittr) # 读入数据 file_list %lapply(function(x){ read.table(x, header = T) }) # 使用rbind合并 do.call(rbind, file_list...会报错,比如: # 更改第一个数据框列名为"d" "e" "f" colnames(file_list[[1]])<-c("d","e","f") do.call(rbind, file_list)

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R tips:使用enframe和map2优雅迭代列表

R更易于处理数据形式是data.frame,list并不是太好处理,常用操作就是对它进行循环迭代。...for或者lapply迭代 可以使用for循环或者lapply对列表进行迭代,比如要绘图,则可以: for (i in test) plot(i) lapply(test, plot) 都是将列表三个元素绘制出三个散点图...对于test而言,value就是上面创建三个向量,如下: test_t <- enframe(test) tets_t # # A tibble: 3 x 2 # name value...如果使用ggplot2绘制,则是如下: ? 这里传递test_t参数给map2时使用magrittr包”爆炸运算符“:%$%。...它作用可和with类似,使用它后,管道后面的函数可以直接使用test_t列名。 ggplot2后面的函数部分,x与y分别是对应name和value,最后绘图即可。

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MySQL列名包含斜杠或者空格处理方法

问题解答 对于这种特殊字符,我们一般想到是用转义符进行处理,所以试了下"/"、引号、单引号等常见转义符,发现依然语法错误,又查了下MySQL官方说明: 特殊字符位于列名时必须进行转义,如果列名包含...eg:列名为Column#,应写为[Column#];列名包括括号,必须使用斜杠进行转义,eg:列名为Column[]列应写为[Column[\]](只有第二个括号必须转义)。...其它反引号用法 之前对反引号几乎没有使用过,所以借此机会搜索总结了下反引号相关用法。...尽管可以通过输入字符或者字符串来创建变量值,也可以获取来自于其他Linux命令值。为把Linux命令结果赋予变量,实现需要执行这个命令。...,此时需要加入反引号来区别,但使用表名时可忽略反引号。

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python集合 (set) 创建使用

集合和列表非常相似 集合和列表不同点: 集合只能存储不可变对象 集合存储对象是无序(不是按照元素插入顺序保存) 集合不能也不会出现重复元素 创建集合: 可以使用大括号 { } 或者...方法一:使用{ }来创建集合 s = {10,3,5,1,2,1,2,3,1,1,1,1} print(s) # {1, 2, 3, 5, 10} print(type(s)) # <class '...: unhashable type: 'list' 方法二:使用 set() 函数来创建集合 创建一个空集合 s = set()  print(s) # set() print(type(s)...) # 通过set()来将序列和字典转换为集合,使用set()将字典转换为集合时,只会包含字典键 s = set([1,3,4,4,5,1,1,2,3,4,5])...: 使用 in 和 not in 来检查集合元素 s = {'a','b',1,2,3,1} print('c' in s)   # False print(1 in s)     # True

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R」ggplot2在R包开发使用

尤其是在R编程改变了从ggplot2引用函数方式,以及在aes()和vars()中使用ggplot2非标准求值方式。...如果你已经像上面的例子一样事先知道了列名,你可以使用来自rlang[2]代词.data指代你要使用图层数据。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包通常用于可视化对象(例如,在一个plot()-风格函数)。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R需要类都有plot()方法,但想要依赖一个单一plot()为你每个用户都提供他们所需要可视化需求是不现实...不应该停止你创建自己函数可视化对象! 创建一个新主题 当创建一个新主题时,从已有主题出发总是好实践(例如,theme_grey()),然后使用%+replace%替换需要该包元素。

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Day07 生信马拉松-数据整理R

2.3 mutate,数据框新增一列 test <- mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width) #R修改必须要赋值,不赋值=没发生 test...4.2.1 对列表/向量每个元素实施相同操作 lapply(1:4,rnorm) 4.2.2 批量画图 lapply(1:4, function(i){ plot(iris[,i],col...("gene",1:3) #设置行名 colnames(exp) = paste0("test",1:6) #设置列名 exp[,1:3] = exp[,1:3]+1 exp 6.2.2 数据整理 library...### ggplot2 分面相关设置(facet)详解 7.一些实操便捷函数 7.1 match() 函数 load("matchtest.Rdata") x y ## 把y列名正确替换为x里面的...dir() # 列出工作目录下文件 dir(pattern = ".R$") #列出工作目录下以.R结尾文件 file.create("douhua.txt") #用代码创建文件 file.exists

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V5版seurat读取不同格式单细胞数据

如果是单个样品,直接读取进来然后创建seurat对象即可:初试SeuratV5版本 主要区别在于,V4版本中一般是循环读取样品,使用CreateSeuratObject创建seurat对象,然后使用merge...而在V5版seurat如果是分开读取多个文件后,再使用merge函数其实并没有把每个样品表达量矩阵merge。...那我们可以先把多个样品合并成为了一个超级大表达量矩阵,并使其行名为基因名,列名为barcodes信息,后面直接针对它来使用CreateSeuratObject函数去构建Seurat对象,就是完美的下游分析输入数据啦...使用Seuratv5来读取多个10x单细胞转录组矩阵 使用Seuratv5来读取多个不是10x标准文件单细胞项目 不同格式单细胞多数据读取方法 读取数据进行分析之前,我们需要安装加载需要R包,...samples,但是数据是整合 下载数据之后,分别读取barcodes、genes以及matrix矩阵文件,将三个文件对应整理成一个规范带有行列名矩阵,再创建seurat对象即可 #加载需要R

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R语言】R因子(factor)

R因子用于存储不同类别的数据,可以用来对数据进行分组,例如人性别有男和女两个类别,根据年龄可以将人分为未成年人和成年人,考试成绩可以分为优,良,,差。...R 语言创建因子使用 factor() 函数,向量作为输入参数。...levels:指定各水平值, 不指定时由x不同值来求得。 labels:水平标签, 不指定时用各水平值对应字符串。 exclude:排除字符。 ordered:逻辑值,用于指定水平是否有序。...这个顺序也是有讲究,一般是按字母顺序来排列。我们也可以按照自己需要来排列因子顺序。...关于这个参数后面我们还会给大家举个更实际,跟临床数据相关例子。 R因子使用还是更广泛,例如做差异表达分析时候我们可以根据因子将数据分成两组。

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如何使用 TypeScript as const 创建只读对象

防止数据被意外修改:使用 as const 创建对象在创建后无法修改,这有助于防止数据在代码不同部分被意外修改。...console.log(person.name); // 输出 "Alice" 在这个例子,我们使用 as const 创建了一个名为 person 常量对象。...可以与对象展开语法结合使用:可以创建一个新对象,该对象是现有对象副本,但其中一些属性使用 as const 声明为只读。...在第二个例子,deepReadonlyObject 所有属性,包括嵌套属性,都是只读,无法修改。 实际应用场景 配置文件:使用 as const 定义配置文件,确保配置项不被意外修改。...例如,确保组件属性在使用过程不会被修改。

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R循环绘图

❝本节来介绍在 R如何使用ggplot2结合for循环绘图并保存,下面通过一个案例来看具体操作 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(data.table) library...library(patchwork) 设置文件路径 file_name <- "loop_data.tsv" 读入数据 dat <- fread(file_name, sep="\t") 获取唯一城市名称进行循环...cities = unique(dat$city) 创建一个空列表来保存创建图 city_plots = list() 循环遍历并绘图保存 for(city_ in cities) { city_plots...element_text(size=10,face="bold")) print(city_plots[[city_]]) ggsave(city_plots[[city_]],file=paste0...".pdf"), width =3.04, height =3.10, units = "in", dpi=300) } 上面我们将每一张图都单独输出了,下面来介绍如何将其全部组合起来,分别介绍两种R方法

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Rsweep函数

函数用途 base包sweep函数是处理统计量工具,一般可以结合apply()函数来使用。...当我们我们需要将apply()统计出来统计量代回原数据集去做相应操作时候就可以用到sweep()。...函数参数 sweep(x, MARGIN, STATS, FUN = "-", check.margin = TRUE, ...) x:即要处理原数据集 MARGIN:对行或列,或者数列其他维度进行操作...,与apply用法一样 STATS:需要对原数据集操作用到统计量 FUN:操作需要用到四则运算,默认为减法"-",当然也可以修改成"+","*","/",即加、乘、除 check.margin:是否需要检查维度是否适宜问题...…… 下面我们结合几个具体例子来看 #创建一个4行3列矩阵 M = matrix( 1:12, ncol=3) 1.每一行都减去这一行均值 #方法一,通过rowMeans函数来计算每一行均值

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R语言利用vcf文件计算等位基因频率和连锁不平衡(LD)R

首先使用beagle做基因型填充 beagle gt=smoove_filtered.vcf out=smoove.filtered.impute nthreads=2 读取vcf文件 library...) R2 <- list() if(is.list(p)){ biv <- which(unlist(lapply(ht,function(x){length(levels(x))}))...} } return(R2) }) 整个函数逻辑还看不明白 这里自定义函数还用到了compiler这个R包,有什么作用暂时不太明白 函数是输入两个位点等位基因和等位基因频率 calcLD(...gt.list[[1]],p[[1]],gt.list[[3]],p[[3]]) gt.list 格式 p数据格式 以上是本期推文内容 一个R语言零散知识点:pivot_longer()函数把多列数据转换成长格式...把向量里两个列名单独生成一列 cols 里列如果数据类型不一样是不能合并 names_to 生成是新生成列名 values_to 也是指定列名 欢迎大家关注我公众号 小明数据分析笔记本

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PyTorch模型创建

最全最详细PyTorch神经网络创建~ 话不多说直接开始~ 神经网络创建步骤 定义模型类,需要继承nn.Module 定义各种层,包括卷积层、池化层、全连接层、激活函数等等 编写前向传播,...规定信号是如何传输 可以用 torchsummary 查看网络结构,如果没有的话,使用pip命令进行安装 Module: 神经网络模板 import torch.nn as nn import torch.nn.functional...,以及相同步长 m = nn.conv2d(16,33,3, stride=2) #使用非方形卷积核,以及非对称步长和补零 m = nn.conv2d(16,33,(3,5),stride=(2,...1),padding=(4,2)) #使用非方形卷积核,以及非对称步长,补零和膨胀系数 m = nn.Conv2d(16,33,(3,5),stride=(2,1),padding=(4,2),dilation...转置卷积通常用于生成器网络,将低分辨率图像转换为高分辨率图像。

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Vuevdom创建

本来准备开始之前打算好新项目,打算基于taro进行多端开发。但是本地安装版本太低,用taro update 更新版本,然后taro init 命令创建初始化项目后,项目根本跑步起来。...三个create-**.js定义了组件、元素、函数组件创建方法。patch.js则是虚拟domdiff算法。vnode.js则是对虚拟dom定义。...创建vnode 创建vnode实际上就是对vnode构造函数进行实例化。比如创建一个emptyNode(空节点)。...创建函数式组件 函数式组件先是定义了一个类vnode构造函数,然后构造函数返回了一个由createElement方法生成一个vnode实例。...比如vdom中有很多地方也用到了lifecycle方法。而lifecycle本身也是个非常复杂东西。 这篇内容大致介绍了vdom涉及内容以及vdom创建。细节部分接下来会慢慢拆解。

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