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R包更新过程中readr和cli不匹配

先不说更加复杂的Linux上游分析，单说从R包安装到R语言作图，到GEO、TCGA等数据库数据下载分析，我们随时随处都可能遇到报错。如果你又是个粗枝大叶的，那你就等着被无数的报错纠缠吧。...解决报错的方法 举个例子 这个报错困惑了我一个月，一个月前我还很开心地使用小洁老师的pipelines下载分析GEO芯片数据，4月初突然就出现了一个从没有出现的报错。...non-function），说看起来是我的R包函数冲突了，主要是read_csv惹得祸。...半个月后我突然又想起这个问题，不甘心地去国际版必应搜了搜，第一个跳出的就是当时助教老师发我的githup的链接，我再仔细读了读，有人认为R包更新过程中readr和cli不匹配，有人建议MRAN，cli，...而我的R和readr都是新版本，那我就去更新重装了cli，果然不再报错。 是不是很简单？

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「R」ggplot2在R包开发中的使用

在撰写本文时，ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包！在包中使用ggplot2编程增加了几个约束，特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...在包函数中使用 aes() 和 vars() 为了使用ggplot2创建图形，你很可能至少要使用一次aes()函数。如果你的图形使用了分面操作，你可能也会使用vars()用来指向绘图数据。...由用户指定列名和表达式，而你想要你的函数能够有aes()同样的方式执行非标准计算。 如果你已经像上面的例子一样事先知道了列名，你可以使用来自rlang[2]的代词.data指代你要使用的图层数据。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。

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使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据

第一篇目录 TCGA数据源 查看有多少不同的癌症数据集 查看任意数据集的样本列表方式 查看任意数据集的数据形式 选定数据形式及样本列表后获取感兴趣基因的信息 选定样本列表获取临床信息 综合性获取 从cBioPortal...下载点突变信息 从cBioPortal下载拷贝数变异数据 把拷贝数及点突变信息结合画热图 同理还可以下载所有其它TCGA的数据进行后续分析。...for Systems Biology Next-Generation Clustered Heat Maps, MD Anderson Cancer Center 其中cBioPortal更是被包装到R包里面...：http://www.cbioportal.org/cgds_r.jsp 这里就介绍如何使用R语言的cgdsr包来获取任意TCGA数据吧。...查看任意数据集的数据形式 ## 而后获取可以下载哪几种数据，一般是mutation，CNV和表达量数据all_dataset <- getGeneticProfiles(mycgds, stad2014

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【译文】R做数据分析的有用包的清单

R提供了很多包可以来做数据分析。除了给我们提供一个非常好的界面以便于我们进行统计分析以外，而且它最大的优点就在于R语言得到了全球开发者和许多数据科学大师们的鼎力支持。...现在，可供世界各地的使用者下载的R包多达7000个。 除了一些大家熟悉的R包，比如caret、ggplot、dplyr、lattice，还有很多被证实做数据分析很有用但是不易被我们察觉的包。...鉴于此，我们创立了一个与数据分析相关且易于理解的R包清单。 为了使这份向导更有参考价值，我们还进一步的做了两件事： 1映射这些R包以用于让这些平台可以进行预建模、建模以及再建模的操作。...2创造了一个这些常用包的信息图。而分析师可以方便快捷的打出一份参考资料。这个信息图如下： ? Ryan He 翻译 王陆勤审核 PPV课原创文章，转载请注明出处！...“干货”查看干货 数据分析师完整知识结构 2、回复“答案”查看大数据Hadoop面试笔试题及答案 3、回复“设计”查看这是我见过最逆天的设计，令人惊叹叫绝 4、回复“可视化”查看数据可视化专题-数据可视化案例与工具

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如何使用PacketStreamer收集和分析远程数据包

关于PacketStreamer  PacketStreamer是一款高性能远程数据包捕获和收集工具，该工具由Deepfence开发，并且应用到了Deepfence的ThreatStryker安全监控平台中以根据需要从云工作负载来收集网络流量...  PacketStreamer的传感器会在目标服务器上启动，传感器负责捕捉流量数据，部署过滤器，然后将捕捉到的流量传输到中央接收器中。...在这个过程中，还可以使用TLS对业务流进行压缩和/或加密。 PacketStreamer对接收器支持从多个远程传感器接收PacketStreamer数据流，并将数据包写入到一个本地pcap文件。...工具运行机制如下图所示： PacketStreamer传感器在远程主机上收集原始网络数据包，并使用BPF过滤器选择要捕获的数据包，并将它们转发到中央接收进程，在那里它们将以pcap格式导入。...然后，我们可以处理pcap文件或将流量实时反馈到各种网络数据处理工具中，如Zeek、Wireshark Suricata，或作为机器学习模型的实时数据流。

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跟着Molecular Ecology学数据分析：R语言lfmm包做环境数据和变异数据的关联分析

，linux系统解压rar文件 mamba install unrar unrar x birch.rar 之前有一篇推文介绍了LEA这个R包做环境数据和变异数据的关联分析，如果数据量比较大的话运行速度是非常慢的...之前推文的链接是 跟着Nature Communications学数据分析：R语言LEA包做变异位点和环境数据的关联分析 https://bookdown.org/hhwagner1/LandGenCourse_book...= ""), header = F) 模型拟合 tictoc这个R包可以计算R语言的命令运行的时间，环境数据一次性全部放进去，不用一个一个算 library(tictoc) tictoc() K=...https://github.com/GabrieleNocchi/betula-platyphylla-local-adaptation 链接下载 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本...公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！

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文献笔记六十一：分析GDC数据库中的数据的R语言包GDCRNATools

论文 GDCRNATools: an R/Bioconductor package for integrative analysis of lncRNA, miRNA and mRNA data in...ceRNA网络分析 差异表达分析 功能富集分析 生存分析 数据可视化 火山图、热图、GO富集分析结果、KEGG富集分析结果等 接下来重复帮助文档中的例子 帮助文档链接 http://bioconductor.org...write.manifest = F, method = 'gdc-client', directory = rnadir) 在linux系统中重复到这一步的时候遇到报错...ImportError: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.18' not found (required by /tmp/_MEIylVP0W/libstdc++ 我的解决办法是把它默认下载的...image.png 这里TEC和IG分别是啥？ 长链非编码RNA的差异表达火山图 gdcVolcanoPlot(deLNC) ?

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TCGAplot：用于TCGA多组学数据的泛癌分析和可视化R包

除了这些在线网站工具之外，还有一些用于TCGA 数据下载、基因组和表达分析的 R 软件包，例如 TCGAbiolinks 和 IBOR。...然而，目前还没有用于泛癌表达以及基因表达与 TMB、MSI、TIME 和启动子甲基化之间相关性分析的集成R包。因此，我们开发了一个用于TCGA多组学数据的泛癌分析和可视化R包，名为TCGAplot。...图 1 TCGAplot R 包中内置数据的摘要。 包括配对和未配对的TPM矩阵。Meta、TMB、MSI、启动子甲基化、免疫细胞比率和免疫评分也包含在该数据中。...使用 TCGAbiolinks R包下载体细胞突变和DNA甲基化beta值数据，选择TSS1500岛区域内的探针作为启动子区域。使用cBioPortalData R包 下载 TCGA患者的MSI值。...具体而言，已经开发了多种函数来执行泛癌配对/未配对表达分析、相关性分析、生存分析以及用户定义的函数分析。总的来说，我们开发了一个R包，用于TCGA多组学数据的泛癌分析和可视化。

2.9K10

使用Apprenda和R分析应用程序工作负载数据

所有这些信息都可以输入到数据中心工具中，帮助IT人员做出重要的、数据驱动的决策。 然而，在DevOps的世界里，大家常常会以有创意和创新性的方式使用这些数据。...R一个以数据挖掘和统计分析为核心的强大的编程语言，它为数据分析技术提供了多种直接的工具，并且可以使用社区维护包对其进行扩展。...在下面的一个简单的例子中，笔者使用标准R函数加上三个包（通过R的install.packages()函数的可以很容易地引用（译注：即include，在一些语言里提供类似功能的关键字还包括using、import...虽然不可否认的是，饼图在信息量上是打折扣的，但重点是数据是可用的，并且可以分组、过滤、操纵，并可以轻松地通过R进行分析。 在这个例子中，我使用了RStudio的开源版本。...同时它作为数据的中心，当使用一些创造性的分析方法时，能提供新的见解。这种洞察力为企业提供了一个机会，帮助他们更好地为开发人员和应用程序提供服务，同时提高运行效率。

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跟着Nature Communications学数据分析：R语言LEA包做变异位点和环境数据的关联分析

/10.1111/mec.16788 代码链接https://github.com/GabrieleNocchi/betula_platyphylla_local_adaptation 这个里是有对应的数据的...今天的推文我们学习一下NC这篇论文中 鉴定与环境因素相关的变异位点 （Identification of environment-associated genetic variants）的代码 需要准备两个输入数据...一个是基因型数据，格式如下 image.png 每行是一个样本，每列是一个变异位点 还有一个是环境数据 image.png 这两个数据是LEA这个R包自带的示例数据 分析代码 library(LEA...alpha=0.8)+ theme_bw(base_size = 20)+ theme(panel.grid = element_blank()) 论文中最终设置变异位点和环境数据关联的...then merge 5-runs results, and calculate the average Pvalue of every site and turn in to q-value in R

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使用Apprenda和R分析应用程序工作负载数据

在一个数据量较大的例子中，让我们看看R的表现，这是一个以数据挖掘和统计分析为中心的强大的编程语言。它为许多类型的数据分析技术提供了直接的工具，并且可以使用社区维护包进行扩展。...在下面的简单例子中，我使用标准的R函数加上三个包（使用R的install.packages（）函数很容易将包包含进来）： jsonlite用于解析Apprenda API返回的JSON数据。...返回的数据被解析并存储在一个名为'r'的变量（在R中，这是一个向量）中，，该变量现在有151条记录，每条记录为一个应用程序工作量。...'r'变量中的每条记录都有15个变量（属性），我们可以使用这些变量在整个结果集合上运行分析。...不可否认，饼图是相当简单的方式来呈现这个信息的，但重点是数据是可用的，可以分组，过滤，操纵，并与R分析非常简单。 在这个例子中，我使用了RStudio的开源版本。

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看我如何使用Isip拦截、分析和修改网络数据包

今天给大家介绍的是一款名叫Isip的模拟工具，该工具套装可用于数据包修改、嗅探、模拟中间人攻击、模糊测试和模拟DoS攻击等等。 ?...new命令创建一个新的sip数据包，如果你没有给数据包命名的话，isip会默认以message-{id}的形式命名数据包。...isip:packet>newisip:packet>new r1 使用list命令列举出所有新创建的sip数据包： isip:packet>list 使用show命令查看数据包属性，你还可以配合ip、...send命令发送数据包： isip:packet>send message-1 1isip:packet>send message-1 150 使用parse命令解析数据包中的文本信息： isip:packet...>parse test/test1.txt r1 使用load命令从pcap文件中加载数据包，如果你没有对数据包命名，工具会自动以message-{id}的形式命名： isip:packet>load

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Js中闭包的概念和具体使用

前言 闭包在js里面是一个比较抽象的概念,但在面试里,是一个必问的话题,往往面试官希望你列举一些使用闭包的例子或手写一个闭包 闭包,简单一句话讲就是能够读取其他函数内部变量的函数,当需要函数内容部的变量被外部的代码所访问时...,其中被嵌套函数就可以称为是一个闭包 闭包的真正目的,就是要把局部的函数永久的保存下来,被外部的变量和代码所访问和使用 当a函数中内部的函数被a函数以外的函数所访问到,那就可以称为一个闭包 闭包最常见的用途就是把一个变量永久的保存下来...如果你把父函数当做对象使用,把闭包当做它的公有方法,把内部变量当做它的私有属性,这时候,要注意不要随便的改变父函数的内部变量的值 03 闭包的用途 对外提供公有属性和方法(也就是函数外部读取函数内的局部变量...) 保存变量于内存中,避免全局变量的污染(上面的一个示例就是的,局部变量被保存下来了的) 有时候需要一个模块中定义这样的变量,执行某些操作后,始终保存上一次的值,希望这个变量一直保存在内存中,但又不会污染全局变量...,这个时候,我们就可以使用闭包 总结 闭包的概念比较抽象,但是在js里面是一个非常重要的知识点,涉及到如何访问读取和修改变量,可以对外提供公有的属性和方法,保存变量于内存当中,避免全局变量的污染

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生存分析是什么？手动和使用R的示例

它主要在生物统计学课程或高级统计学研究计划中教授。 在本文中，我们将解释什么是生存分析，以及它是如何以及在哪种情境中使用的。...我将解释生物统计学家用于分析生存数据的主要工具和方法，以及如何估计和解释生存曲线。 我们将详细展示如何在R中应用这些技术，附带具体示例。在实际应用中，生存分析几乎总是通过统计程序完成，而不是手工完成。...因此，生存分析的目标是以适当的方式对时间至事件数据进行建模和描述，考虑到这种类型数据的特点。 生存分析中的常见函数 我们不会深入讨论细节，但重要的是要了解生存分析中最常见的函数。...为了完整起见，让我们使用一个更大的数据集来进行另一个示例；{KMsurv}包中的舌头数据集。...事件指示器包含在变量D3中。 对于这个测试，我们使用双侧替代假设和5%的显著性水平。

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跟着Nature学数据分析：R语言peer包处理RNAseq分析的批次效应

https://github.com/YaoZhou89/TGG/tree/main/5.Genetic_analysis 论文中做了eQTL的相关分析，转录组数据处理部分的方法写到 Genes with...=df_mean) rownames(df_final) <- rownames(df) return(df_final) } 这个代码是什么意思暂时还没看明白，还得查查 然后是peer这个R包...https://github.com/PMBio/peer 这个R包的主页，但是按照这个主页的安装方法试了一下没有成功，主要是编译的时候需要复制文件到usr目录下，我没有权限，不知道怎么更改编译的目录...主页上提供的R包下载链接好像失效了， 找到了一个简书链接 https://www.jianshu.com/p/3b613cafafe8 提供了一个编译好的R包的下载链接 下载下来我试了一下，只能在linux...系统下使用，R语言版本需要用3.几，直接用conda安装一个3.6版本的R，使用是没有问题的 加载的时候直接指定R包的路径 代码 library(peer) expr = read.csv('examples

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使用TCPDUMP和Ethereal抓包分析HTTP请求中的异常情况

,我在本地Windows电脑和远程Linux测试机进行了网络抓包分析. ?...由于出现的几率很随机,但是出现频率挺高,我先在linux测试机中使用tcpdump进行的抓包分析,可以看到正常的请求是可以看得到数据的,异常的请求根本就没有连接数据,因此断定异常的数据根本就没有请求到我当前的机器....然后在本地windows电脑中使用Ethereal进行抓包分析,才发现了原因....我本地有进行域名绑定测试机host,host所使用的ip是内网IP,是这种形式172.16.228.187,但是在抓到的数据包中变成了我之前绑定的host是个公网IP,由于安全原因,公网IP已经被禁止直接访问了.../flushdns 那么下面这个是我正常情况下的tcpdump抓包结果,可以解释下各条记录的意义 tcpdump -i eth1 port 80 使用tcpdump一定要用-i参数指定下监听哪个网卡,可以使用

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与数据挖掘有关或有帮助的R包和函数的集合

与数据挖掘有关或者有帮助的R包和函数的集合。...:survfit,survdiff,coxph 3、关联规则与频繁项集 常用的包： arules：支持挖掘频繁项集，最大频繁项集，频繁闭项目集和关联规则 DRM：回归和分类数据的重复关联模型 APRIORI...算法，广度RST算法：apriori,drm ECLAT算法：采用等价类，RST深度搜索和集合的交集：eclat 4、序列模式 常用的包：arulesSequences SPADE算法：cSPADE 5...、时间序列 常用的包：timsac 时间序列构建函数：ts 成分分解:decomp,decompose,stl,tsr 6、统计 常用的包：BaseR,nlme 方差分析:aov,anova 密度分析:...其他：aggregate,merge,reshape 9、与数据挖掘软件Weka做接口 RWeka:通过这个接口，可以在R中使用Weka的所有算法。

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