打开R脚本的中文乱码问题 很多初学者友好型代码里面都是有中文注释的，所以大家拿到这样的代码然后使用自己的电脑的Rstudio打开就会不小心看到乱码，当然是有解决方案的。...最后，在打开R代码文件的时候，选择File -> Reopen with encoding菜单，就可以选择我们使用UTF-8编码打开文件，这样子就可以正确地显示中文了。...R下载包失败 首先看看电脑是否联网，然后看看R能否真的能够下载数据，测试代码download.file进行文件下载： download.file(url = "http://www.bio-info-trainee.com.../wp-content/uploads/2019/02/heatmap.jpg", destfile = "heatmap.jpg") 发现无法直接下载内容，证明R在连接网络时出现了问题...包的getGEO函数总是无法下载肿么办 不再赘述。
从网上获取数据 大数据的一个重要数据源便是互联网。从网络上获取数据并用来分析是非常重要的。...为了得到这些数据，一个普通青年的做法便是来到一个网站，找到数据连接，然后右键->目标另存为，最后从本地文件夹中导入R。但是如果要下载的数据文件数目比较多，再这么做就从一个普通青年降级为了二逼青年。...为了应对需要下载多个文件的情况，R提供了函数download.file()，使得R可以从互联网上直接把数据拽下来。...(url, destfile); } 值得注意的是： 凡是以http开头的，放心大胆的使用download.file() 凡是以https开头的，这个函数可能失效 在设置路径时可以通过file.exists...如何打开这样的一个文件？其实最简单的就是用EXCEL表格打开了，我们只要在打开文件时作为 XML 列表打开文件。当打开 XML 源时，Excel 会查找 XML 样式表 (XSL) 的标记。
使用rio的通用数据导入 多功能包，名副其实，提供简单易用和计算高效的函数，其目标是简化数据导入导出过程。R的数据导入导出手册中有些函数已经过时了，比如WriteXLS包，且很难学习。...其无需指定可选的format参数，另外可以从网络下载数据。json格式的导入还可以使用jsonlite和和geojasonio包。...在基础R中stringAsFactors=TRUE时才会将字符不转化为因子，而fread()和read_csv()函数默认返回字符型。...R外预处理文本 读入一个4G的文本文件，会耗尽16G的内存RAM，可以使用shell命令split等分割文件，采用数据库是另外一个解决方案。...Protocol Buffers格式 谷歌的，RProtoBuf包提供了R接口。 从互联网获得数据 download.file()函数和zip()可以批量下载和解压数据。
本案例目标网址，今日头条的头条指数行业报告，全都是pdf格式的，需要先抓包获取PDF文件地址，之后我会随机抽取其中5个地址（因为PDF下载要看网速的，特别慢），然后将其中两个地址设置为不存在地址。...当遇到一个错误地址导致程序遇阻时，使用异常函数先捕获错误异常，然后使用next命令进行绕过即可（Python中的next命令是continue）。...接下来使用含有两个越界地址的向量进行PDF循环下载： 存在隐患的代码： setwd("D:/R") for(i in 1:nrow(Test)){ download.file(Test$path[i]...Python： import json import random import requests import pandas as pd import osimport time 仍然时先抓取PDF下载地址...，通常在循环中下载二进制文件或者提取数据，使用R语言中的next或者Python中的continue函数可以成功绕过循环中的失败任务，从而保持整个进程一直进行到循环结束，自动退出！
collapse = "") kegg_rest(url) 实际上， 它就根据我们的物种，拼凑了一个 网页，比如：https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway，可以使用浏览器打开...（utils::download.file和 downloader::download）我都测试了，是可以独立下载的： utils::download.file( "http://rest.kegg.jp...（utils::download.file和 downloader::download），我是使用默认参数进行下载，都没有设置协议，我看了看函数里面的协议是： getOption("clusterProfiler.download.method...") [1] "libcurl" 也就是说，它们两个下载函数（utils::download.file和 downloader::download）使用默认的方法，也就是 'auto' 是可以去访问我们的浏览器可以访问的...仅仅是因为R语言里面的下载文件的函数的协议需要注意，这两个函数两个下载函数（utils::download.file和 downloader::download），都太底层了。
我的电脑里面有一千多个生物信息学多组学数据处理相关的r包，最近三五年基本上没有怎么安装过新的包，但是最近在一个新电脑里面进行视频号直播的时候发现下面的代码读取cel文件格式的affymetrix表达量芯片的时候其实是会自动安装一个包...如果大家打开上面的URL就会发现是；404 Not Found nginx/1.22.1 ，因为清华大学现在开始节省资源了，别说是3.17了，哪怕是3.18都不是主要的直接下载，目前（2024年05月26...日 ）能直接下载的 是 3.19，而且需要配合4.4版本的r，而我的电脑还是4.3，所以就很尴尬。...如果大家现在使用的R语言是 4.3 ，Bioconductor 版本是 3.18 ，那么使用 BiocManager::install 的时候可能会报错 Warning: unable to access...但是这个并不是一劳永逸的解决方案，因为西湖大学也有可能会把 bioconductor的 3.18以 及此前版本的相关bioconductor包文件数据归档，并从其同步来源中被移除，为节约镜像站磁盘空间。
R 语言中，不管是安装包，还是下载数据，很多时候都会用到download.file这个函数。...如果你在安装包或者下载数据过程中出现中断，或者异常，想要判断是远程源服务器的问题，还是自身服务器的问题，还是网络故障，甚至于你想要换一种方法去继续你的下载，了解一下download.file还是很有帮助的...上面的链接是关于download.file函数非常详细的一个文档，个人非常关注就是它关于method参数设置和理解。...关于 download.file 的几点理解和值得注意的地方： download.file 是来源于 R 自带的 utils 包的一个函数，使用 packageVersion("utils") 可以查看该包的版本...在类 Unix 系统中，默认使用 "libcurl" 的方法，而对 file:// 的链接会使用 "internal" 的下载方法。
Fama French 因子的导入和整理 我们的首要任务是获取 FF 数据，幸运的是，FF 在互联网上提供了他们的因子数据。我们将记录导入和清理这些数据的每个步骤。...当我们需要更新此模型或扩展到 5 因素案例时，可以节省时间。 看看 FF website. 数据被打包为 zip 文件，所以需要做的不仅仅是调用 read_csv()。...使用tempfile() 基础 R 中的 函数来创建一个名为 temp. 这是我们将放置压缩文件的地方。 temp <- tempfile() R 创建了一个名为的临时文件 temp 。...下载 3-factor zip。 我们想将它传递给 download.file() 并将结果存储在 temp....be faor fmt furl <- glue 现在我们传递 full_url 给 download.file(). download.file 最后，我们可以在使用 函数read_csv(
++)); do # 构建完整的下载链接 file_url="${base_url}GCST${i}/GCST${i}.tsv.gz" # 使用wget下载文件到指定目录...也可以很轻松的替换成为其它编程语言，比如在R语言中，你可以使用download.file函数来完成这个任务。...# 使用download.file下载文件到指定目录 download.file(file_url, destfile = file.path(download_dir, paste0("...在Python中，你可以使用requests库来下载文件。...（向量，矩阵，数组，数据框，列表） 文件读取和写出 简单统计可视化 无限量函数学习 Linux的6个阶段也跨越过去 ，一般来说，每个阶段都需要至少一天以上的学习： 第1阶段：把linux系统玩得跟Windows
数据抓取中的密集任务处理，往往会涉及到性能瓶颈，这时候如果能有多进程的工具来进行支持，那么往往效率会提升很多。 今天这一篇分享在R语言、Python中使用调用多进程功能进行二进制文件下载。...在R语言中，文件下载的思路一般有三种可选方案： 方案1——构建显示循环： #构造下载程序：myworks<-function(data){ setwd("D:/R") dir.create...方案2——使用plyr包中的向量化函数 ###使用向量化函数 library("plyr") library("dplyr") library("foreach") mylist<-foreach(...这次一共使用了……99.46，好吧，我可能用的假的多进程，不过总之总耗时少了不是嘛，从99.91到98.72,还是节省了将近1.19秒。...居然比R语言的循环慢了三秒钟，接下来尝试使用多进程/多线程来尝试下载这些PDF文档。
R语言代码： 在R语言中，你可以使用download.file函数来下载文件。...在download.file函数中，mode = "wb"用于指定以二进制模式下载文件。...你可以使用lapply函数来替代for循环，以下是使用lapply的R代码： urls <- sprintf("https://bis.zju.edu.cn/binfo/textbook/4_%d.pptx...urls和filenames列表，对每一对URL和文件名调用download_file函数进行下载。...sprintf函数用于创建带有格式的字符串，以生成URL和文件名。这样的写法相对于显式的for循环，更符合R语言的函数式编程风格。
/mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/rvest_0.3.4.tar.gz' In addition: Warning message: In download.file...pkgs, destdir = tmpd, available = available, : download of package 'rvest' failed 然后发现诡异的报错，是这个包无法被下载...，这个时候我没有紧张，下意识的认为是清华镜像问题，所以我重新下载; > install.packages('rvest') Installing package into '/home/ubuntu/R...更多R学习 我在在生信分析人员如何系统入门R(2019更新版) 里面给初学者的知识点路线图如下： 了解常量和变量概念 加减乘除等运算（计算器） 多种数据类型（数值，字符，逻辑，因子） 多种数据结构（向量...，矩阵，数组，数据框，列表） 文件读取和写出 简单统计可视化 无限量函数学习
3D 模型[3]：使用 rgl 包，通过数据表构建 3D 乐高模型。...今天这一期主要介绍第一个部分： 马赛克 首先读取 PNG 或 JPEG 图像，然后使用 image_to_mosaic 和 build_mosaic 函数 构建成乐高版本的马赛克图。...这里是先建立一个临时文件 img，然后将网上的一张图下载下来，并存储到 img 中。之后读取图像和转化为马赛克数据，最后构建成马赛克图。...image img <- tempfile() download.file("https://r-charts.com/images/favicon.png", img,...|用R给心仪的对象表白吧 图形，这时得到的表白爱心构建步骤如下： 是不是还挺 Romantic 的 使用乐高的材料 你可以通过 build_pieces 函数，告诉大家这个图使用了哪些颜色，形状的乐高材料
用R语言抓取网页图片——从此高效存图告别手工时代 因为害怕爬太多，会被禁IP，毕竟知乎每天必看的，被禁了那就不好了，特意选了个图片不多的摄影外拍的帖子。...library(dplyr) library(plyr) 爬取过程： url<-"https://www.zhihu.com/question/31785374/answer/150310292" #获取目标网页...#根据Name列表中的内容，img下面有关于三个带图片网址的属性，第一个src是打开帖子直接看到的，后两个data-original\data-actualsrc是该图片的原地址，就是点击图片后大图的网址...#建立新文件夹 dir.create("D:/R/Image/zhihu/image") #使用for循环批量下载： for(i in 1:length(Name1)){ download.file(...建立批量下载任务：无论是使用for循环还是使用其他的向量化函数都可以，图多的话还是建议尝试使用apply组函数或者plyr包内的升级版apply函数族。
能不能把这一部分也整合到R代码中。 接下来小编就给大家讲讲如何使用R来从miRBase数据库中下载人的最新的miRNA注释信息，然后使用R来出来提取所有的miRNA的ID号。...☞miRBase数据库介绍及miRNA数据下载 #miRBase数据库中人的miRNA的注释文件 link="https://www.mirbase.org/ftp/CURRENT/genomes/hsa.gff3..." #保存到本地的文件名 file="hsa.gff3" #下载注释文件并保存到本地的hsa.gff3中 download.file(link,file) #读取hsa.gff3的内容，跳过#开始的行...前面小编还给大家介绍过R中另外一对函数save和load，同样可以用来保存和读取数据。...☞R的save，load函数和 .rda文件 使用这段代码能够保证，大家分析时用到的人的miRNA肯定是最新最全的。其实也没有必要每次分析之间都去下载hsa.gff3这个文件，处理一遍。
下载RcisTarget使用所需的数据库，包括两种数据库： Gene-motif rankings: which provides the rankings (~score) of all the genes...Available values: 7 or 10 species 具体的数据库在：https://resources.aertslab.org/cistarget/ 可以直接下载，也可以通过以下链接下载...因此需要提供motif与转录因子的相关联的文件。...: data(motifAnnotations_hgnc) 对于其他版本的motif，可以使用importAnnotations从源文件导入。...nErnGenes：高度排名的基因数量 rankAtMax：在最大富集时的排名，用于确定富集的基因数。
，在ATAC-seq数据中推测RNA水平用于共嵌入分析 数据下载 测试数据下载地址: scATAC-seq: h5格式 scATAC-seq metadata: csv文件 scRNA-seq: h5格式...可以复制下载链接到浏览器下载，也可以直接在R语言用download.file中进行下载。...我们之前使用过Seurat对scRNA-seq数据进行预处理和聚类，下载地址为Dropbox。...我们使用之前的锚点从scATAC-seq细胞中推断RNA-seq的值，后续分析就相当于两个单细胞数据的分析流程。 注意: 这一步只是为了可视化，其实不做也行。...举个例子，从巨噬细胞(megakaryocytes)到成熟的血小板细胞(pletelet)由于没有细胞核，无法被scATAC-seq技术检测到。
上一讲我们提到了，跟着cytofWorkflow，可以使用read.flowSet函数全部的FCS文件后，会产生一个对象，这里面变量名是 samp 。...其实cytofWorkflow只是一个流程而已，这个read.flowSet函数来自于R包。 但有了FCS文件不够，具体的每个样本是有临床表型的，而且呢，里面的抗体也是有对应的生物学意义的。...md[,3:4]) # 样本的表型信息 ## 真正的表达矩阵 library(HDCytoData) fs <- Bodenmiller_BCR_XL_flowSet() # 如果网络不好，也可以自行下载...CATALYST 包的 prepData函数把3个信息整合起来哈。...如果你有自己的FCS文件，就需要使用read.flowSet函数读取，然后自己制作抗体表格，以及样本表型表格。必须要严格follow这里面的例子哦！
最近很多小伙伴表示，在使用R语言下载GEO数据集，或者其它文件，会遇到时间不够的情况，比如如下所示的报错： In download.file(url, destfile, method, mode =...seurat.nygenome.org/src/contrib/pbmc3k.SeuratData_3.1.4.tar.gz': Timeout of 60 seconds was reached 其实就是全局变量utils::download.file...() in R 里面，默认它仅仅是给你60秒的时间去下载文件。.../R-patched/library/base/html/options.html http://endmemo.com/r/options.php 其实，如果是geo数据集，如果你使用默认的方式下载很慢...但是，如果你下载表达量矩阵发现搞不定，仍然是需要下载cel文件，就最好是不要使用r代码来下载了，直接去geo主页面浏览器点击下载，比如自己下载 GSE18997 ： library(oligo) library
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