我这里只说 2 种常用方式，它们互相排斥： 使用 par() 函数设定 mfrow 或者 mfcol 进行控制。 使用 layout() 函数。...如果使用 mfrow，那么图像区域会被按行依次使用；如果使用 mfcol，那么图像区域会按列依次使用。...layout() 将图片内部区域分割为一组行和列，但行高和列宽度可以分别控制，并且每个子图可以占据超过一行或一列的位置。 layout() 用矩阵作为参数来表示上述的思想，矩阵的值就是子图的序号。...如果某子图序号多次出现，那么该子图就会占据多个区域。 layout(matrix(1:4, byrow=TRUE, ncol=2)) layout.show(4) ?...更多的操作查看文档啦~ 这里其实只要知道 layout() 函数，以及通过矩阵设定子图排列的思想使用起来就简单的。 更复杂的操作就要学习 grid 了，可能未来的某天我会学习并写写。
森林图常见于元分析，但其使用绝不仅如此，比如我现在想要研究的对象有诸多HR结果，我想要汇总为一张图，森林图就是个非常好的选择。...ggpubr包提供的森林图是针对变量分析绘图，我也尝试使用了metafor包的forest画图函数，但太灵活了，我除了感觉文档画的不错，但实际使用却很难得到想要的结果。...安装： install.packages("forestplot") 文本 森林图可以与文本连接起来并自定义。...文本表 下面是一个使用文本表的例子： library(forestplot) #> 载入需要的程辑包：grid #> 载入需要的程辑包：magrittr #> 载入需要的程辑包：checkmate #...多个置信区间范围 这在对比时非常有用： tabletext <- tabletext[,1] forestplot(tabletext, mean = cbind(HRQoL$
学习文档: https://cran.r-project.org/web/packages/NMF/vignettes/heatmaps.pdf Heatmap引擎 NMF包中的热图引擎是由aheatmap...引擎具体的优点作者有在文档是写，我就不唠叨了。 数据和模型 为了演示热图函数的用法，我们这里创建一个随机的NMF输入矩阵，以及一些注释和协变量。...接着，我们使用NMF模型来分解矩阵。 res = nmf(X, 3, nrun = 10) 混合系数矩阵：coefmap NMF结果的混合系数矩阵可以使用coefmap()函数进行绘制。...par(opar) 基底矩阵：basismap 基底矩阵可以使用basismap函数进行绘制，默认的行为是添加basis注释通道，每一行显示主导的基底组分，即每一行有最高负载的基底组分。...：aheatmap 还有很多自定义画热图的例子，使用下面的命令查看。
云雨图介绍 我们使用r语言中ggplot2包绘制云雨图，云雨图可以看做是核密度估计曲线图、箱线图和抖动散点图的组合图表。...我们可以使用自定义的半小提琴函数geom_flat_volin()、箱型图函数geom_boxplot和抖动散点图函数geom_jitter()叠加实现。...设置工作路径和导包并且导入数据 setwd('你的工作路径') #导包 library(ggplot2) #导入数据 data <- read.csv('data1.csv') 2.3 ggplot2库实现图形绘制...2.3.1绘制半提琴图 2.3.2绘制抖动散点图 2.3.3叠加箱线图 2.3.4实现坐标翻转 2.3.5去除边框调整字体等微调 theme_bw()+ theme(panel.grid.major...大家以后有需要可以使用云雨图。
本文介绍基于R语言中的readxl包与ggplot2包，读取Excel表格文件数据，并绘制具有多个系列的柱状图、条形图的方法。 ...首先，我们配置一下所需用到的R语言readxl包与ggplot2包；其中，readxl包是用来读取Excel表格文件数据的，而ggplot2包则是用以绘制柱状图的。...这里我们就直接通过ggplot2包的ggplot()函数，对柱状图加以绘制即可；具体代码如下所示。...") 其中，ggplot()函数的第一个参数data表示需要参与绘图的数据，第二个参数mapping表示我们需要用哪一列数据作为X轴，哪一列作为Y轴；同时，其内部的fill参数表示我们需要将柱状图分为多个系列...接下来，加号后面的geom_bar参数，是我们绘制多序列柱状图所需要设定的，其中position参数设置为"dodge"就表示我们希望将不同的系列平行放置（如果不设置position参数，那么不同系列的柱子就会垂直堆积
热图是我们展示数据时常用的图形，今天小编教大家使用"pheatmap" 快速绘制热图。 首先，我们需要准备输入文件。比如，我想绘制热图来比较30个基因在6个组织里的表达情况。 ?...如图所示，第一列为基因名，第一行为不同组织的名称，整理好后保存为制表符分隔的txt格式，准备好输入文件后我们就可以开始绘制热图啦。...cellwidth：热图每格的宽度。 cellheight：热图每格的高度。 cluster_cols：对列进行聚类。 cluster_rows：对行进行聚类。 执行完代码后，热图就绘制好啦！ ?...在colorRampPalette后输入要更改的颜色，（10）代表将色阶分为10个梯度。...pheatmap还有许多其他功能，具体使用方法大家可以参考： https://www.jianshu.com/p/1c55ea64ff3f 参考资料： https://cran.r-project.org
2017.12.15日厦大生命科学前沿课上，一位博士师姐分享的一篇论文中，多次应用韦恩图，看起来特别美，于是特地去R语言官网阅读关于Venn Diagram的使用。...从网上高手博客中看到一些例子，故敲一遍代码以熟悉Venn Diagram包的使用。...这种方式画的图与第一种方式画出结果一样！...接下来利用draw.triple.venn绘制三个集合的韦恩图 > draw.triple.venn(area1=Length_A, area2=Length_B, area3=Length_C,n12...当然韦恩图会画，最重要的还是要会分析！
之前课题组一个师妹有需要绘制一个带相关性又能展示生存分析显著性的极坐标图，所以造了ggpolar这个包，今天分享给大家，感兴趣的读者不妨使用自己的数据模仿下，应用到自己的分析项目中去。
p=23322 月亮图和饼图 饼图把一个圆分成多个部分，这些部分的弧长（以及面积）代表一个整体的比例。...月亮图也是如此，它把一个圆分成多个部分，这些部分的面积代表整个圆的比例，但在月亮图中，这些部分被画成圆的月牙形，就像月相。 ? 使用月亮图而不是饼图背后的动机主要是审美的选择。...用法 ggplot2数据可视化包，为R语言中的月亮图提供支持。它们的绘制方式与ggplot2中的点最为相似：它们的位置由一个x和一个y坐标定义，它们的大小与坐标系无关，所以它们总是保持圆形。...工作实例 地图上的月亮图 多饼图的一个常见用途是表示地图上不同坐标处的比例。x和y维度已经致力于地图坐标，所以像柱状图这样的比例可视化就比较困难。这是一个尝试月形图的绝佳机会!...饼图地图在人口遗传学中很流行，所以让我们看一下该领域的一个例子。数据包含果蝇种群中Adh基因的两个变体的频率。这些种群中有许多都很接近，所以我们必须处理过度绘制的问题，我们在下面手动处理。
p=22537 在本文我们在ggplot2中制作的饼实际上是一个条形图转换为极坐标。如果我们想制作一个像上面截图那样的地图，这就很困难了。 相关视频 但在地图上绘制饼图时，它也有自己的缺点。...首先，当我们绘制大量的饼图时，它以光栅图像的形式渲染，使得它的渲染速度很慢。 本文创建了一个封装函数，使其更容易绘制一组饼图。 例如，假设我们有以下数据。...set.seed(123) long <- rnorm(50, sd=100) lat <- rnorm(50, sd=50) 在地图上绘制饼图。...ggplot(map_data('world'), aes(long, lat) +pie(aes(x=long, y=lat, group=region, r=radius 这是一个简单应用，我发现很多人喜欢它
3文章目录 一、绘制多图 1、绘制多图 2、代码示例 二、设置图形对话框在 Windows 界面的位置和大小 三、在一个图形上绘制多个小图形 一、绘制多图 ---- 1、绘制多图 存在一种绘图情况 ,...需要同时展示两条曲线 , 但是二者的 x 或 y 轴差距过大 , 需要绘制在两个图中 ; 在绘制每个图前 , 先调用一次 figure , 就会在新的对话框中生成一张新的图形 ; 使用示例如下 :...500 像素 ; 三、在一个图形上绘制多个小图形 ---- 使用 subplot 可以指定内部的小图形 ; subplot(m, n, 1); m 参数 : 行数 ; n 参数与 : 列数 ; 第三个参数是...); axis normal % 在第一行第二列绘制图形, 坐标轴方形 square subplot(2,2,2); plot(x,y); axis square % 在第二行第一列绘制图形, 坐标轴...); axis equal tight 执行结果 : 上面绘制出来的图的效果 , 最正确的是第 张图的样式 equal , x 轴上长度 1 与 y 轴上长度 1 相同 , 是最直观的效果 ;
作者：严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源 地理网络图与传统的网络图不同，当引用地理位置进行节点网络可视化时，需要将这些节点放置在地图上，然后绘制他们之间的连结...首先准备需要的R包，当需要一次性加载多个R包时，我们可以利用pacman，它整合了library包中的一些相关函数，利用pacman包中的p_load函数可以自动加载需要的R包，如果没有找到则会自动安装缺失的...R包。...注意：geoms的顺序很重要，因为它定义了先绘制哪个对象，先绘制的将被后面的图层覆盖。因此我们先绘制了连线(edges)，然后绘制节点(nodes)，最后绘制节点的标签(labels)。...方法二：ggplot2+ggraph ggplot2有一个名叫gggraph的扩展包（点我了解更多的ggplot2扩展包）专门为网络图的绘制添加了geoms美学，它可以帮助我们对节点和连线使用单独的标度
R适用于统计分析，绘图的一款编程软件，R属于开源，自由，免费的软件。随着生物信息学的发展，R语言在数据分析和绘制图形上都有着十分重要的优势。尤其是现在大部分科研绘图，都使用R语言来完成的。...那么下面我就用所学R知识不多的情况下教大家绘制这幅SCI配图。 本次绘图工具：RStudio。 RStudio是R的集成开发环境，界面更加丰富实用，使用起来更加方便。...本次绘图所使用的R包：ggplot2和ggpointdensity ggplot2是R语言绘制图形一个十分重要也是非常基础的一个包，使用ggplot2再加上R自带的base画图基本可以完成所有图形的绘制...知乎的这篇文章：https://zhuanlan.zhihu.com/p/109468400，详细介绍了R和Rstudio的安装，大家可以参考一下。 接下来打开RStudio来完成这幅图的绘制。...，总共使用了30行左右的代码，是不是很赞，大家对这幅图有什么建议或者有什么问题都可以私聊我，也可以找我要源代码。
//www.jointjs.com/ joint.js 是另一个创建图标库的工具，也提供免费版和商业版 jsPlumb http://www.jsplumb.org/ jsPlumb是一套开源的流程图创建工具... ，小巧精悍，使用简单 d3 http://d3js.org 在html5领域，d3可谓是最好的可视化基础库，提供方面的DOM操作，非常强大。...g6 https://g6.antv.vision/zh G6 是一个简单、易用、完备的图可视化引擎，它在高定制能力的基础上，提供了一系列设计优雅、便于使用的图可视化解决方案。
我之前遇到过这种情况并且多年来尝试过各种方法，所以我会分享自己一些的尝试和简单的解决方法，用于在Tableau中使用空白圆绘制蝌蚪图等图表。...蝌蚪图 在我们开始之前，这里有一个Emma Cosh（https://twitter.com/EGCosh）嘲笑过的蝌蚪图（不是用Tableau绘制的）。 这不是一个新的图表。...回顾一下，这个图和连接点图（也叫哑铃图）有相同的作用，但是这个是用单点绘制的。 就个人而言，我喜欢Emma为这个由一条线和一个单点组成的图形提出的名称：蝌蚪图。...注意 – 你可以使用Control键多选所有这些，然后双击最后一个。这将立即改变所有颜色而不用手动改变每一个的颜色。...带有空心圆圈的哑铃图： 前一时段用空心圆而当前时段用实心圆表示的哑铃图： 用白色圆圈在点与线之间构造间隙的哑铃图： 带有空心圆圈的棒棒糖图： 带有空心圆圈的折线图
工作任务和目标：批量在多个Excel工作表中生成一个柱状图 第一步，在kimi中输入如下提示词： 你是一个Python编程专家，完成下面任务的Python脚本： 打开文件夹：F:\aivideo 读取里面所有的...xlsx文件； 打开xlsx文件，创建一个空的柱状图对象； 为柱状图指定数据源:工作表中第二列的数据。...设置柱状图的标题为"1-9月注册人数"，选择图表样式为1，并设置y轴和x轴的标题分别为"注册人数"和"月份"。 将创建好的柱状图添加到工作表的指定位置（从A8单元格开始）。 保存工作簿。...import load_workbook from openpyxl.chart import BarChart, Reference, Series # 指定文件夹路径 folder_path = r'F...bar_chart = BarChart() print("创建了空的柱状图对象") # 为柱状图指定数据源：工作表中第二列的数据 # 假设第一个工作表是我们要操作的 sheet = workbook.active
编写程序，使用pandas读取其中的数据，然后绘制柱状图和热力图对学生的成绩数据进行可视化。...技术要点：1）使用pandas读取Excel多WorkSheet中的数据；2）使用pandas函数merge()横向合并DataFrame；3）柱状图与热力图的绘制。 测试数据： ? 参考代码： ?
保存完之后，就可以使用“Close”命令把Figue给关闭。 开多个绘图窗画图 如果想要在不同的Figure窗口中画图的话，就需要使用figure函数开多一个窗口。...还有一种办法，是在一个Figure窗中，分成几个格子，每个格子里画一种图形。这个时候就要用subplot函数了。 >>subplot(1,2,1); %1行2列的格子，然后在第1个格子里画图。...值得注意的是，这个时候我们的图形被绘制在了Figure2上，即最后活动的那个Figure窗上。...类似方法，想绘制第一行第2列上，就使用代码： >>subplot(1,2,2);>>plot(t,y2); 就是先使用subplot指定绘制的格子数和第几个格子，然后用同样的plot函数绘制图形。...imagesc的用处 可以用clf命令把Figure中已经绘制的图形给擦除掉。 我们经常会使用不同的颜色啊、形状啊什么的来表示不同的数值。在Octave中，可以使用imagesc函数将数据给图形化。
导语 GUIDE ╲ 之前我们介绍了一项整合多维组学通路分析的工作ActivePathways，能够在多个数据集中识别到显著富集的通路，包括那些在单个数据集中不明显的通路。...今天来介绍一下这个R包的使用方法和使用输出文件进行Cytoscape绘制网络图。...下面这个图就是ActivePathways工作中对乳腺癌样本分析的绘图，下面就教大家怎样进行数据分析以及绘制这种节点为饼图的网络图~ R包介绍 ActivePathways的输入文件只需要两类，一个是...上传Enrichment Map构图文件 使用 terms文件 (pathways.txt)和缩减版的gmt文件 (pathways.gmt)在Cytoscape中创建一个富集图示。...（2）在“style”面板下，设置image/Chart1使用饼图，重置节点信息。
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