使用Reticulate的新手:我如何从这个python脚本中获取对象以在R中使用？ - 腾讯云开发者社区

这里我建议使用conda 进行管理，非常方便。而在R 中使用python，则需要安装R 包reticulate。...先前我们提到过conda 的使用，而现在，可以直接以R 代码的形式进行管理。不过需要注意的是，这里的conda 命令，更多的还是为了方便的控制python。...直接在R 中运行python 模块与函数 reticulate 包非常牛X 的一点是，它允许我们使用R 风格的代码来运行python。...另外，我们在python 中执行的这些操作，都会被保存在py 对象中。...创建python 脚本运行类似在R 中，我们通过source 运行R 脚本。reticulate 包提供了source_python() 函数，可以让我们加载python 中的函数。

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R studioR 工具指南（十六：详说R 中运行python）

source 的作用是获取脚本中的所有对象。...R 与py 的转型虽然R 和python 都是面向对象（新手）的编程语言，但是从数据类型上来看，二者还是存在很大区别的：通常来说，我们在R 中使用python 函数，会默认的将py 类型数据转型为..." 一些小建议个人还是觉得，虽然一些代码方便了我们在R 中使用py，比如np_array 等方便我们在R 中直接获得py 中的类型对象；但是，相比起熟练的掌握R 中的python 语法，倒不如直接去学习...我们可以直接将命令打包成python 脚本，直接在R 中通过py_run_file 运行其即可；再或者，我们也可以使用source_python，从而直接使用封装在py 脚本中的函数或对象，再对它们进行转型...当然，从我个人来说，我还是更偏向直接运行py 脚本的；毕竟这样你也基本不用去管py 与R 的对象转型，又可以偷懒一点～因此，教程里有很多R 中的python 指令我自己也都没有看了，如果你想学习，可以参见

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reticulate包｜数据科学者的福音

[1] 这一切有它就行了——reticulate 包 reticulate 包涵盖了用于 Python 和 R 之间协同操作的全套工具，在 R 和 Rstudio 中均可使用，主要包括： 1）在 R 中支持多种方式调用...包括 R Markdown、加载 Python 脚本、导入 Python 模块以及在 R 会话中交互式地使用 Python。...4）使用 r 对象从 Python 中访问在 R 块中创建的对象。作图可以直接用 python 引擎绘图。...source_python() 使用 reticulate 包中的 source_python('py 文件路径')可以导入 py 文件中的变量，这样就可以在 R 代码块中使用外部变量。...("data.py") paste0(A, B) #我是庄闪闪,来自浙江温州 py_run_file() 在 R 代码块中运行项目文件夹中的 test.py 文件，可使用以下代码 library(reticulate

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放弃 PK，拥抱合作——R 和 Python 能做出什么新花样？

基本上有两种方法可以同时在一个项目中使用Python和R。 Python中的R PypeR PypeR提供了一种通过管道从Python访问R的简单方法。...R对象作为python实现的类的实例公开，在许多情况下，R函数作为这些对象的绑定方法。 rpy2 rpy2在Python进程中运行嵌入式R。...Science Accessing R from Python using RPy2 R调用Python 我们可以选择以下的一种方法在Python中运行R脚本： rJython 这个工具包使用Jython...reticulate reticulate包为Python和R之间的协同操作提供了全套工具。在以上提供的所有方法中，reticulate被最广泛使用，更重要的是，它使用Rstudio开发的。...reticulate 包提供下列工具：支持从R中以多种方式调用Python，包括R标记、加载Python脚本、导入Python模块，以及在R会话中交互式地使用Python。

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如何在 Rstudio 中使用 python 语言（图文详解）

install.packages("reticulate") install.packages("Rcpp") 在R中运行python包都要通过这个进行下载安装，可以理解为一个R-Python接口测试安装环境...(r.mydata.speed) # 回到R exit ----------------- # py object获取python里的对象t summary(py$t) 这样就可以使用Pandas读取和操作数据...Rmarkdown reticulate包含一个用于R Markdown的Python引擎，具有以下功能： 1）可在R会话中嵌入的单个Python会话中，运行Python块。...同时Python块之间的共享变量/状态。 2）可打印Python输出，包括matplotlib的图形输出。 3）可使用py对象访问R中Python块中创建的对象。...4）使用r对象从Python中访问在R块中创建的对象。

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用R也可以跑Python了

通过安装包，你现在可以在R上运行Python的安装包和函数了~ 今天文摘菌就来教教你咋用这个reticulate包。...您在Python中创建的对象可在R中使用（反之亦然）。通过使用repl_python（）函数，可以使Python和R交互。...R会话怎样从R中获取在python中创建的对象你可以在利用py object获取python里的对象。...#利用ggplot2绘制线图 library(ggplot2) ggplot(py$t, aes(AIR, Year)) + geom_line() 怎样从Python中获取在R中创建的对象您可以使用...先在R中创建一个对象： mydata = head(cars, n=15) 在Python REPL中调用之前在R中所创建的对象： repl_python() import pandas as pd r.mydata.describe

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用R也可以跑Python了

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同一个项目中让R和Python无缝工作的五种方法

在最近的示例中，我想创建一个Shiny应用程序来生成参数化的Powerpoint文档，这个应用我是用R的tidyverse对我的数据进行编码处理，使用Python编写了Powerpoint编辑代码，因为这在...使用repl_python()在Python中实时编码在项目中如果需要测试Python和R可以使用 Reticulate软件包中的repl_python（）函数将R终端切换到Python终端，以便您可以在...您可以使用exit命令退出它，然后在R中编写更多代码，然后再回到Python终端，它仍然会记住上一个会话中的所有对象，这意味着它很容易在各种语言之间无缝地移动。这是一个简单的示例： ?...将Python函数转换为R函数当同时使用这两种语言时,你最终会需要将Python代码作为一个R的函数来执行.如果将编写的Python函数写到一个文件中,然后R中调用source_python()，那么这个文件可以以源代码文件的形式使用...对我来说，这个功能让我的工作中有了更多的可能。我希望这些技巧能够帮助您开始探索Python和R所提供的最佳功能。

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🤔 Reticulate | 如何在Rstudio中优雅地调用Python！？

1写在前面最近遇到一个大名鼎鼎的包叫Scanpy，用于单细胞测序的分析，不过需要在Python中运行。于是，我就研究了一下如何在Rstudio中调用这个神包。...这里和大家分享一下如何在Rstudio中调用python吧。...reticulate::repl_python() ---- 有时候你只是不知道自己的python在哪里，那你可以这样做来获取路径。...reticulate::py_install("matplotlib") ---- 4.1 方法一在Python Script中调用python功能。...中使用source_python，调用我们事先写好的这个Python Script了。

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无法在R里面加载相应版本的python

reticulate可以实现R与python的相互切换,即在R里面调用python的脚本、模块等。...library(reticulate) #查看是否安装python py_available() [1] TRUE 当我加载r-velocity这个conda环境时，出现了一个使用python版本的错误...r-velocity环境下是安装的python3.8，且我需要conda路径下面python3.8的版本 Sys.which("python") ## python ## "/usr/bin/python...#指定python路径 use_python('/home/miniconda3/bin/python',required = T) py_config() 经过搜索发现需要改.Renviron文件，这个文件在主目录下...,从过ls -a会看到 ls -a 加入conda下的python路径，重新启动RStudio就可以啦 RETICULATE_PYTHON="/home/miniconda3/envs/r-velocity

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CellChat 细胞通讯分析（预处理）

https://mp.weixin.qq.com/s/ZsUQogkqcPXkaNDIV8GhWg安装包using函数是我写在$HOME/.Rprofile中的函数，因此每次打开R就能使用。...使用pak管理R包，可以从Bioconductor、CRAN、Github、本地、URL安装R包，解决了R包安装需要多个不同R包去安装的问题。...leidenalgwhich python# /opt/homebrew/Caskroom/mambaforge/base/envs/SC/bin/python每个分组的细胞通讯网络流程脚本第一次使用...CellChat，好像这个处理过程是固定的，但是可视化是个性化的，又因为处理过程需要消耗些时间，所以写成脚本,可同时在后台把所有分组处理好。...exit说明createCellChat可以有多种方法构建CellChat对象，可以是我上边那种方法，因为我从Anndata导出数据；当然也可以用Seurat去构建。

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Google Earth Engine（GEE）—有JS和python为什么GEE还要使用rgee？

与平台交互的方式有以下几种： discover 代码编辑器 Javascript 客户端库 Python客户端库 R 客户端库本网站重点介绍最后一个，您可以使用 R 客户端库向地球引擎服务器和开发Web...基于Tyler Erickson 演示的简短比较。代码编辑器 rgee 易于上手易于在脚本之间共享代码。分享脚本很简单更轻松地过渡到 Web 应用程序 ( Shiny )。...交互式菜单以确认是否重新启动 R 会话以查看更改。但是，rgee::ee_install() 的使用不是强制性的。您可以依靠自己的自定义安装。这也是允许的。...组成该组的依赖项如下所示： Google 云存储凭据 Google 云端硬盘凭据请参阅下一节以了解如何正确设置这两个凭据。 7....在这个小例子中，将向您展示如何在全球范围内显示 SRTM 高程值！。

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CytoTRACE推测细胞分化状态

/SC/bin/python 修改bug 找到intervaltree/intervaltree.py这个脚本修改bug #25行的 import collections #替换为 import collections.abc...as collections #我的intervaltree/intervaltree.py文件路径在 /opt/homebrew/Caskroom/mambaforge/base/envs/SC/lib...mamba activate SC ipython import scanoramaCT 安装CytoTRACE using函数是我写在$HOME/.Rprofile中的函数，因此每次打开R就能使用。...using的功能是一次加载多个包，并且使用了suppressPackageStartupMessages函数，因此不会显示加载包过程中的信息。...这里使用了Arrow格式作为R和Python的中间数据，可以参考。

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Google Earth Engine（GEE）——基本 rgee - 地图信息

尽管如此，R 和 Python 的语言设计差异在特定场景下可能会导致一些问题。我们确定了三个潜在的错误案例。它们中的每一个都在下面进行了深入解释。...1.地图信息错误：在以下两种情况下使用map方法时会出现此问题：（1）使用低于1.14的网状版本的用户（请更新！）；(2) 如果您使用ee$List对象进行引导。...通过添加函数ee_utils_pyfunc应该可以轻松解决这个问题。它将允许在将 R 函数发送到reticulate....用户需要考虑到地球引擎方法的大多数参数都严格限制为仅允许整数值。R 中整数的创建非常简单，您只需要在特定数字的末尾添加字母L或使用函数as.integer。...不幸的是，这个范围对于处理自UNIX 纪元以来以毫秒为单位保存的Google Earth Engine 时间节点是非常不够的。

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如何在RStudio进行python编程

我最喜欢RStudio的几点: 补全功能强大, 无论是前字母, 中间字母, 最后字母, 统统支持有没有方便开发R包, 将自己写的函数, 打成包, 很方便有没有 rmarkdown, 支持markdown...包, 安装所需要的包, CRAN中, 以后copy别人的代码, 不用担心包安装的问题了. github应该还不支持只支持64位电脑了, 新版本不再支持32位电脑 1 测试Rstudio中编写Python...1.2 支持Python脚本创建 ? 1.3 支持python语法补全这里, 我输入num, 按键tab, 然后出现候选的numpy, ?...坑1 新版本的Rstudio, 需要R包:reticulate在1.10以上, 如果是1.09会报错, 而如果你的R是microsoftR是老版本的话, CRAN不是默认的镜像, 安装不成1.10版本...解决方法: 使用github安装: library(devtools) install_github("rstudio/reticulate")

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R语言深度学习知多少

看起来也是rstudio支持的，不过这个是通过r-reticulate，这个工具大家应该接触过的，可以在R语言和python之间传递数据。...“reticulate包涵盖了用于Python和R之间协同操作的全套工具，在R和Rstudio中均可使用，主要包括：1）在R中支持多种方式调用Python。...包括R Markdown、加载Python脚本、导入Python模块以及在R会话中交互式地使用Python。...2）实现R和Python对象之间的转换(例如R和Python数据框、R矩阵与NumPy数组之间)。3）灵活绑定到不同版本的Python，包括虚拟环境和Conda环境。...深度（机器）学习早已经不是高大上的东西，它已经化为生产力实实在在地用在了我们的工作和生活中，未来他的门槛一定会更低的，是我们每个人都需要使用也会使用的工具，应该是随手可得，现在就有网页工具也能解决专门的问题

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单细胞多样本整合之R语言版scVI

上个帖子简单介绍了scVI和scANVI，以及其python环境部署，并尝试运行了一个示例数据，详见：单细胞多样本整合之scVI和scANVI 利用reticulate可以在R语言中运行scVI，本期推文对此做一简单介绍...环境部署虽然使用R语言运行，但仍需部署一个scvi的Python环境，这部分与推文【单细胞多样本整合之scVI和scANVI】的环境部署部分一样： mamba create -n scvi python...将Seurat数据转化为AnnData对象关于Seurat数据转化为AnnData对象（R语言单细胞与Python数据互转），很久之前我介绍过一个R/Python包diopy，详见：巧用Python...番外总体感受：R语言版本的scVI还是Python版的运行的舒服一些，因此我建议能使用Python的尽量还是使用Python。...另外，以后有志于专注单细胞数据分析的，特别是大样本单细胞数据分析，我觉得还是有必要学习一点Python。最后，上期推文【单细胞多样本整合之scVI和scANVI 】我使用CPU跑了好几个小时。

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数据科学大Battle，你站Python还是R

导读：Python 或 R，这是一个问题。在数据科学工作中，你可能也经常遇到这个选择困难问题。...希望这篇文章能帮助那些在数据科学中纠结于选择Python还是R的小伙伴们。如果你是数据科学领域的新手，或者你需要在项目中选择一个语言来用，这篇文章一定能帮到你。 01 也许存在第三种选项 ?...用例：某些类型的工作或任务中，更适用于使用两种语言中的一种。同时使用两种语言：在Python中使用R，在R中使用Python。 R与Python预测能力的比较：介绍一个“自给自足”的练习。...整个“科学与数据研究”群体存在着很多子群体，虽然这些子群体存在交叉，你可能会疑惑他们在更广的大群体中是如何交互并有着不同的表现的。...当然，虽然错误在所难免，但每一个精心规划的项目都应该为数据科学家预留一部分空间，让他们学习和实验。保持开放的态度，并拥抱多元化。最后，从个人角度来说，我将主要使用Python。

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业界 | 数据科学大Battle，你站Python还是R

、大数据文摘出品编译：Marcy、浩哥儿、Charlene、云舟 Python 或 R，这是一个问题。在数据科学工作中，你可能也经常遇到这个选择困难问题。...希望这篇文章能帮助那些在数据科学中纠结于选择Python还是R的小伙伴们。如果你是数据科学领域的新手，或者你需要在项目中选择一个语言来用，这篇文章一定能帮到你。...用例：某些类型的工作或任务中，更适用于使用两种语言中的一种。同时使用两种语言：在Python中使用R，在R中使用Python。 R与Python预测能力的比较：介绍一个“自给自足”的练习。...有些操作分析在一种语言上已经进行了优化，但在另一种语言上却没有。但无论如何，我们还是要进行这项比较。非常简单的循环语句比较开始之前，我们先思考一下在使用层面Python和R的区别。...当然，虽然错误在所难免，但每一个精心规划的项目都应该为数据科学家预留一部分空间，让他们学习和实验。保持开放的态度，并拥抱多元化。最后，从个人角度来说，我将主要使用Python。

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Seurat Weekly NO.06 || Scanpy2Seurat

语法，在R里面该如何操作呢？...自然是在R里调用Python了，所以别问人家用的是R还是python了，这两个可以相互运行的语言，其实是一种语言。...library(reticulate) reticulate::py_config() Sys.which('python') # 该python 下要安装了anndata # usethis::edit_r_environ...LoadH5Seurat.R这个脚本的大部分函数，所以我们Fork一份seurat-disk 对应的我们改https://github.com/tuqiang2014/seurat-disk/blob/...Seurat Weekly NO.2 || 我该如何取子集？

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R studioR 工具指南（十四：在Rstudio中使用python和conda）

R studioR 工具指南（十六：详说R 中运行python）

reticulate包｜数据科学者的福音

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用R也可以跑Python了

用R也可以跑Python了

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无法在R里面加载相应版本的python

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R语言深度学习知多少

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