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使用Trimmomatic对NGS数据进行质量过滤

Trimmomatic 软件可以对NGS测序数据进行质量过滤,其去除adapter的功能只是针对illumina的序列,从reads的3’端识别adapter序列并去除,相比cutadapt,少了几分灵活性...但是在过滤低质量序列时,采用了滑动窗口的算法,给定窗口长度和步长,如果该窗口内所有碱基的平均质量值低于阈值,则将该窗口及其以后的碱基全部去除。...序列,在查找时,首先执行一个seed match, 就是只在序列中查找adapter的前几个碱基,如果前几个碱基都找不到,就没必要在查找后面的碱基了,通过seed match可以加快运行速度,2表示在进行...seed match时,允许的最大错配数;当满足了seed match后,trimmomatic会将adapter 序列的全长与输入序列进行比对,从而识别adapter序列。...可以根据自己的需要选择性的执行以上步骤,参数定义的顺序指定了每个步骤被执行的顺序。

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使用fastp对NGS数据进行质量过滤

根据序列长度进行过滤 默认情况下,该软件会根据长度对序列进行过滤,--length_required指定最小长度,小于该长度的reads会被过滤掉;--length_limit指定最大长度,大于该长度的...去除低质量的碱基 fastp支持类似trimmomatic滑动窗口的方式,对序列中的低质量碱基进行过滤,但是它的算法运行速度更快。...默认情况下,是不会根据序列复杂度进行过滤的,如果想要进行过滤,需要添加-Y参数,同时使用-y参数指定复杂度的阈值,取值范围0-100, 默认值为30,复杂度低于30%的序列会被过滤掉。 8....根据index 对序列进行过滤 fastp支持根据index对序列进行过滤, --filter_by_index1参数指定一个index文件,该文件中每行是一个index,如果序列的index在该文件中...fastp支持对UMI标记的序列进行预处理,添加-U参数之后,fastp就可以对UMI数据进行预处理。

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    如何使用EvtMute对Windows事件日志进行筛选过滤

    写在前面的话 在这篇文章中,我们将告诉大家如何使用EvtMute来对Windows事件日志进行筛选过滤。...EvtMute这款工具允许我们使用YARA来进行攻击性操作,并对已经报告给Windows事件日志的事件进行过滤和筛选。...工具使用 EvtMuteHook.dll中包含的是该工具的核心功能,成功注入之后,它将会应用一个临时过滤器,允许报告所有事件,这个过滤器可以动态更新,而不必重新注入。...—Encoded选项将其传递给过滤器: 操作安全注意事项 注入钩子时,SharpEvtMute.exe将会调用CreateRemoteThread,而且这个调用是在钩子设置之前进行的,因此它会被Sysmon...值得一提的是,钩子将使用命名管道来更新过滤器,命名的管道名为EvtMuteHook_Rule_Pipe。 项目地址 EvtMute:点击底部【阅读原文】获取

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    ASP.NET Core 使用UrlFirewall对请求进行过滤

    前言 UrlFirewall 是一个开源、轻便的对http请求进行过滤的中间件,可使用在webapi或者网关(比如Ocelot),由我本人编写,并且开源在github:https://github.com...二.UrlFirewall 介绍 UrlFirewall 是一款http请求过滤中间件,可以和网关(Ocelot)搭配,实现屏蔽外网访问内部接口,只让内部接口之间相互通讯,而不暴露到外部。...具有良好的扩展性,可自己实现验证逻辑,从数据库或者Redis缓存等介质实现对规则的检索。...api/product/*", "Method": "All" } ] } Url 字段表示要拦截的http请求url,支持通配符*和?...四.扩展 如果你想要实现自己的验证逻辑,或者从数据库、Redis缓存等介质查询、获取数据来进行验证;你可以实现IUrlFirewallValidator接口,然后调用AddUrlFirewallValidator

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    使用trim_galore对NGS数据进行质量过滤

    cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。...官网如下 https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 1....trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt的质量过滤算法。下图是过滤前后碱基质量的分布图 ? 可以看到,过滤掉低质量碱基后,序列的整体质量显著提高。 2....其它过滤 对于所有的输入序列,以上3个步骤是肯定会执行的。除此之,trim_galore还支持一些其他的过滤措施,以满足个性化的需求。...通过hardtrim5参数可以将序列截取成固定长度。

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    如何使用prerender-spa-plugin插件对页面进行预渲染

    文主要是介绍使用prerender-spa-plugin插件在针对前端代码进行预渲染。 预渲染(SSG)和服务端 渲染有一定的区别。...背景 因为之前的网站是使用Vue开发的,这种前端JavaScript渲染的开发模式,对于搜索引擎来说非常的不友好,没有办法抓取到有效的信息。因此为了进行SEO,我们需要对页面进行一些预渲染。...现状 目前商企通官网情况列举如下: 技术栈使用的是Vue,脚手架使用的是vue-cli,使用JavaScript前端渲染方案(这个方案对技术栈没有要求,兼容所有方案) 发布工具使用的是公司的工具,打包过程中...- renderAfterDocumentEvent:这个的意思是在哪个事件触发后,进行预渲染的抓取。这个事件是需要在代码中自己使用dispatchEvent来触发的,这样自己可以控制预渲染的时机。...,我们可以使用替换的插件,针对处理前后的内容进行替换,来达到我们的诉求。

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    更简洁的参数校验,使用 SpringBoot Validation 对参数进行校验

    在开发接口时,如果要对参数进行校验,你会怎么写?编写 if-else 吗?虽然也能达到效果,但是不够优雅。...今天,推荐一种更简洁的写法,使用 SpringBoot Validation 对方法参数进行校验,特别是在编写 Controller 层的方法时,直接使用一个注解即可完成参数校验。.... // 新加的字段,被包含的参数类,使用 @Valid 就能传递校验,如果不使用 @Valid 注解,则无法传递校验。...@Valid private ClassInfo classInfo; }复制代码再使用 postman 测试一次 分组校验此外还可以使用分组校验,令一组方法对某些字段校验,而令一组方法对其他字段校验...总结在实际开发中,我们可以使用 Spring Boot Validation 提供的注解进行参数校验,提高代码的可读性,避免编写大量的 if-else 代码块和重复的校验语句。

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    使用 Keras Tuner 对神经网络进行超参数调优

    在本文中,你将了解如何使用 Keras Tuner 调整神经网络的超参数,我们将从一个非常简单的神经网络开始,然后进行超参数调整并比较结果。你将了解有关 Keras Tuner 的所有信息。...对于更复杂的模型,超参数的数量会急剧增加,手动调整它们可能非常具有挑战性。 Keras 调优器的好处在于,它将有助于完成最具挑战性的任务之一,即只需几行代码即可非常轻松地进行超参数调优。...答案是,超参数在开发一个好的模型中起着重要的作用,它可以产生很大的差异,它会帮助你防止过度拟合,它会帮助你在偏差和方差之间进行良好的权衡,等等。...使用 Keras Tuner 调整我们的超参数 首先,我们将开发一个基线模型,然后我们将使用 Keras tuner 来开发我们的模型。我将使用 Tensorflow 进行实现。...步骤3 实例化tuner并调整超参数 你将使用HyperBand Tuner,它是一种为超参数优化而开发的算法。它使用自适应资源分配和提前停止来快速收敛到高性能模型。

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    GraphQL 与 OData:同为可查询 API 的两条路线,差异、共性与融合路径

    (graphql.org)OData则把这种能力做成了标准化的URL规则与系统查询参数,比如$select、$expand、$filter、$orderby等,让客户端在遵守OData协议的前提下控制返回字段...它的关键是URLConventions:同样是获取数据,但表达方式是对某个资源路径附加系统查询参数。...并且协议对URL构造规则写得非常细。(docs.oasis-open.org)一个非常现实的结果是:OData的很多请求天然可被HTTP缓存体系理解(同样的URL就是同样的资源表示)。...(docs.oasis-open.org)于是你会发现一些有趣的对应关系:GraphQL的选择集≈OData的$select+$expand的组合GraphQL的参数化字段过滤≈OData的$filterGraphQL...(spec.graphql.org)OData的灵魂是:我用统一的资源路径与协议化查询参数去做“投影、过滤、展开”,服务端更容易做成通用能力与标准中间件,但表达复杂业务聚合时会更依赖协议扩展点与实现能力

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    ASP.NET Web API对OData的支持

    如果你过去在给你的REST服务创建搜索、过滤、或者分页API的时候感觉很麻烦,那么OData将是一个不错的选择。 目前很多接口,无论是基于SOAP、REST还是别的都在交换数据时使用不同的模式。...取代创建客户端签名和参数,我们问了如下的问题:“如果你将数据集作为源处理,并为最频繁使用的操作定义模式,像查询、分页、排序、新建、删除和更新,服务接口因该是什么样子的?” 这也就导致OData的创建。...使用下面的代码对Format进行数据格式化: public static class WebApiConfig { public static void Register(HttpConfiguration...我将使用Fiddler去测试这个服务 ? ? 我们没有写任何一个特别的逻辑去支持这些功能,全部都由框架来提供的。是不是OData为你的搜索、过滤、或者分页API的时候提供了一个很好的选项。...,应该使用AllowedLogicalOperators对其进行验证: [Queryable(AllowedLogicalOperators = AllowedLogicalOperators.Equal

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    基于jQuery的ajax对WebApi和OData的封装我们还是先来看看要求在看看目标:思路封装方式

    基于jQuery的ajax对WebApi和OData的封装   WebApi 的使用带来了一个显著的特点,对type有一定的要求。一般ajax的type无非就是两种,GET和POST。...我们还是先来看看要求 1、  WebApi对type有要求。 2、    OData有自己的使用方式和语法格式。 在看看目标: 1、  使用简单。 2、  便于更改。 3、  便于更换。   ...封装方式   公用属性的封装,就要看实际需求了,比如我的项目里需要对租户ID进行处理,对head里的Authorization的处理(存储token)、cors跨域的处理,访问成功后的统一处理,失败后的统一处理等...这样做便于切换,OData是很强大,但是并不意味着一定会一直使用OData,哪天不用了,客户端的调用代码总不能也跟着大变脸。...和参数 25 if (typeof ajaxInfo.url !

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    Asp.Net Web API 2第十八课——Working with Entity Relations in OData

    客户端可以使用OData操作实体间的关系。给定一个产品,你可以找到该产品的供应商。您也可以创建或者删除关系。例如,您也可以为一个产品设置一个供应商。   ...在实践中,这可能比使用整形键不太常见的。但它是值得的看到OData如何处理除了整数以外的其他键类型。 接下来,我们将通过在Product类上添加一个Supplier的属性来建立一个关系。...但是一个导航属性也能返回一个集合(一对多或者多对多的 关系)。...它也是很重要的在键参数上拥有【FromOdataUri】的属性。当它从请求的URL中解析键时,这个属性将会告诉Web API去使用Odata语法规则。...例如: DELETE /odata/Customers(1)/$links/Orders(1) 这里展示的则是1对多的关系中,删除其中的一个的例子。 这个请求就是从客户1中移除订单为1的。

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    【API架构】REST API 行业辩论:OData vs GraphQL vs ORDS

    它使具有 SQL 和其他数据库技能的开发人员能够构建对 Oracle 数据库的企业级数据访问 API,当今的现代、最先进的应用程序开发人员希望使用这些 API,并且确实越来越需要使用这些 API 来构建应用程序...因此,您可以通过创建可以调用的函数来进行过滤、排序和连接等操作,但应用程序开发人员必须了解它们在语义上的工作方式才能知道它们的行为是什么。...呈现元数据 图 4 图 4 比较了表面元数据,这是分析和数据管理应用程序的核心,需要以可互操作的方式以编程方式对模式进行逆向工程。...但是,GraphQL 中没有任何内容可以告诉您可以为这些参数传递什么以及指定为参数的值如何导致函数运行。并且这种行为在不同实现的基础上可能会有所不同。...相比之下,当您使用 orderBy 查询参数时,OData 会准确地告诉您它的行为方式,因为它的行为被定义为规范的一部分。 建议 GraphQL 几乎就像一种编程语言,这使得它非常灵活。

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    让OData和NHibernate结合进行动态查询

    http://www.odata.org/ OData的特点就是可以根据传入参数动态生成Entity Framework的查询,最终实现动态的SQL的查询。...在OData API查询时,用户前端是url跟参数,但是在服务器端,我们是接收到的是一个ODataQueryOptions对象,其实我们需要做的就是把这个对象进行解析,生成NHibernate能够理解的查询形式...网上找到微软官方已经写了这么个转换方法,主要是对ODataQueryOptions对象下的Filter和OrderBy进行转换,另外两个参数Top和Skip很简单,就是一个整数。.../NHibernateFilterBinder.cs Filter和OrderBy属性都会被转换成HQL,然后我们就需要进行NHibernate的查询了。...PageResult里面有个NextPage的URI参数,我们可以传Null。

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