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批量运行多个R脚本

一个小技巧分享,假如有人写了很多绘图脚本,比如文献:《Preoperative immune landscape predisposes adverse outcomes in hepatocellular...里面就有很多R代码 : 代码文件很多 如果把这些R代码文件一个个打开,然后一个个运行,工作量也不小,所以我们推荐一个技巧: fs=list.files('..../',pattern = '*.R$') fs lapply(fs, function(x){ print(x) source(x) }) 这个技巧有一个小问题,就是有一些脚本可能是缺包或者里面有小...其实理论上应该是在运行每个脚本的时候加上try catch,不过咱们的目标是批量运行每个代码并且保证成功,所以跳过那些运行失败的解决不了问题,反而应该是勇往直前解决问题。...,然后批量运行成功为止。

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批量运行多个R脚本代码

今天,我们利用健明老师推荐的批量运行多个R脚本代码,见证一下该代码的优势。...patients with liver transplantation》的 GitHub (https://github.com/sangho1130/KOR_HCC) ,我们发现其共包含19个R脚本...然后,我们一个一个打开脚本检查了一下其所用到的R包,下载好所要用到的所有R包。但是在下载R包过程中我们发现RGtk2和rsgcc这两个包一直报错,没有解决掉这个问题。...所以,我们把包含这两个包的5个脚本剔除,把剩下的14个R脚本进行批量运行。 #这两个R包下载失败了,如果你们下载成功了,也欢迎分享以下方法!.../',pattern = '*.R$') fs lapply(fs, function(x){ print(x) source(x) }) #正常运行结果 [1] "Figure_1A.R

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批量运行多个R脚本并打印运行状态

曾老师曾经有一篇推文《批量运行多个R脚本》,介绍了批量运行R脚本的思路,同时也提出了一些问题,今天就这个学徒作业,我们来探究一下。 首先前往github[1]下载R脚本。...打开以后可以发现这里有19个R脚本,如果把这些R代码文件一个个打开再运行,无疑增加了很多工作量。...实测在我的R环境下,运行到第3个代码遇到了报错,此时Fig 1A和Fig 1B的结果已经产生。 这个时候我们希望脚本继续运行,同时打印各个脚本运行情况。...我们参考教程R语言tryCatch使用方法:判断Warning和Error[2]和中断运行 r 忽略报错 继续运行[3](这个教程中的代码有些问题,需要自己修改调试),使用「tryCatch」来解决这个问题...接下来我们来统一安装这些缺失的R包,并使用library检验是否成功安装。

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使用expect运行动态脚本(r6笔记第19天)

,所以单纯使用ssh来执行命令,第4,5步就没法完成,这个时候我们可以有几种思路来做,一种是通过连接工具录制脚本,比如secureCRT录制一段脚本,操作一遍之后,以后每次执行就需要重放脚本即可。...如果受到工具的限制,或者觉得录制脚本也不够动态,比如有100台服务器,我们就需要录制100个脚本,查找,运行相比而言工作量还是不少,这个时候我们可以使用Linux中的expect命令来DIY expect...我们假设下面的脚本为test.sh 需要在脚本前声明 #!..."uname -a \r" send "sqlplus -v \r" send "exit \r" send "exit \r" expect eof 运行命令 ...."uname -a \r" send "cat /etc/hosts|grep `hostname` \r" send "sqlplus -v \r" interact 命令的运行结果如下: spawn

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使用Zolom内存解析运行python脚本(不落地)

在目标机器运行python工具 好多工具都是python写的,如果目标机器是linux的话自带python环境可以很方便的运行这些工具,但是windows下是不自带python环境的,所以一种办法是直接在目标环境安装一个...而ironpython可以将python脚本转成.net形式在内存中运行,两个工具可以达到目的: 老版本的silenttrinity; Zolom的小工具https://github.com/checkymander.../Zolom; Zolom编译方式 利用git将代码克隆到本地,然后使用vs2019打开后,再解决方案右键-恢复NuGet包。...看起来代码很简单,加载所有库到内存之后运行代码。...点2:DLL如何打包到exe里 项目中使用的NuGet包里除了IronPython,还使用了Costura.Fody和Fody,把这两个包卸载之后,重新编译之后,会发现多出了一堆Dll文件: Uninstall-Package

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使用命令行界面运行Python脚本

标签:Python,argparse 本文将讲解如何使用带有argparse库的命令行界面运行Python脚本。...我们可以在命令行上键入不同的参数并将这些参数传递到脚本中,而不是每次运行脚本时都更改.py文件中的代码。因此,使用CLI是非常灵活和方便的,而且,从黑屏启动程序会让你更酷,更像一个真正的程序员。...下面进入有趣的部分,我们希望在运行程序时从命令行传递这三个变量。 步骤4:从命令行解析参数 从命令行解析参数的最简单方法是使用sys.argv,它是传递给Python脚本的命令行参数列表。...让我们看看如何通过在命令行中运行以下简单脚本使用sys.argv。...使用命令行界面运行Python脚本 实际测试一下这个程序。可以使用任何PDF文件进行测试,这里测试文件名是“data.pdf”。

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使用ts-node直接运行ts脚本

应用场景 在代码日常中,经常会需要写各种脚本,今天使用ts写了个脚本运行的时候各种报错,还是决定写下来。 运行ts脚本需要一个库ts-node,这个库不能全局安装,否则会报错。...yarn add -D ts-node # 或者 npm i ts-node -D 使用 安装好后开始添加配置项: 在ts.config.json中添加配置"mudoule": esnext或es2005.../data.js',另外.ts后缀也要改为.js 然后就可以使用命令行命令运行ts脚本。 node --loader ts-node/esm ....❝SyntaxError: Cannot use import statement outside a module ❞ 无法在模块外使用import,解决这个问题需要在package.json文件中添加...❝TypeError [ERR_UNKNOWN_FILE_EXTENSION]: Unknown file extension ".ts" ❞ 我收到这条报错的时候,命令行命令使用的是ts-node .

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后台运行python脚本

在Linux系统中,可以使用nohup命令将一个进程放到后台运行,并将该进程的输出重定向到一个文件中。以下是在后台运行Python脚本的步骤: 打开终端,并进入Python脚本所在的目录。...输入以下命令: nohup python script.py > output.log & 其中,script.py是要运行的Python脚本的文件名,output.log是输出日志的文件名。...&符号表示将该命令放到后台运行,nohup命令可以保证即使关闭终端,该进程也能继续运行。 执行完上述命令后,可以关闭终端。...Python脚本将在后台继续运行,同时将输出重定向到output.log文件中。 如果需要停止后台运行的Python脚本,可以使用ps命令查找进程ID,然后使用kill命令停止该进程。...例如: ps aux | grep script.py 该命令会列出所有包含script.py的进程,记录下进程ID,然后使用以下命令停止进程: kill

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shell脚本后台运行

使用&符号在后台执行命令 你可以在Linux命令或者脚本后面增加&符号,从而使命令或脚本在后台执行,例如:. $ ./my-shell-script.sh & 2....使用nohup在后台执行命令 使用&符号在后台执行命令或脚本后,如果你退出登录,这个命令就会被自动终止掉。要避免这种情况,你可以使用nohup命令,如下所示: $ nohup ....使用screen执行命令 通过nohup和&符号在后台执行命令后,即使你退出登录,这个命令也会一直执行。但是,你无法重新连接到这个会话,要想重新连接到这个会话,你可以使用screen命令。....使用at将一个命令作为批处理执行 使用at命令,你可以让一个命令在指定的日期和时间运行,例如要在明天上午10点在后台执行备份脚本,执行下面的命令: $ at -f backup.sh 10 am tomorrow...使用watch连续地执行一个命令 要想按一个固定的间隔不停地执行一个命令,可以使用watch命令,如下所示: $ watch df -h

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