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生信人自我修养:Linux 命令速查手册(全文引用)

表达式与操作符 Awk 表达式符号与 C 语言类似,基本表达式有数字字符串,变量,字段,数组以及函数调用。变量无需声明,它们在首次使用时被初始化为null。...语言中,通常测试一个记录、字段或字符串是否与一个正则表达式匹配,匹配返回 1,不匹配返回 0。...正则表达式用两个反斜杠/包围。 expr ~ /r/ # 评估expr是否与r匹配。匹配意思是expr一个子串是否在正则表达式r定义字符串集中。...';' -v OFS='\t' '{print $1,$2,$NF}' file # 读入文件以逗号;分隔,打印第1,第2最后,并且打印时以制表符作为分隔符 number=10;awk...fa # 提取chr1chr2序列 Bash 脚本模板 #!

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如何快速计算文件中所有数字总和?

答案:使用 awk 命令awk '{ sum += $1 } END { print sum }' numbers这是一个 awk 脚本,用于计算名为 numbers 文件每一行第一个字段(即第一)...{' '}' 之间部分是 awk 程序块。sum += $1 表示初始化或累加一个名为 sum 变量,每次遇到新行时将该行第一个字段(由 $1 表示)加到 sum 上。...它打印出 sum 变量值,也就是之前累加所有数字总和。因此,此命令整体作用是从 numbers 文件累加所有第一数值,最后显示出这个总和。...使用 paste 跟 bc 命令paste -sd+ numbers | bc具体说明如下:paste:paste 是一个在Unix/Linux系统命令,用于合并文件。...它接收通过管道传来由 paste 合成带有 + 分隔算术表达式字符串计算该表达式结果。综上所述,整个命令作用是将 numbers 文件所有数值相加求和。

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生信人自我修养:Linux 命令速查手册

表达式与操作符 Awk 表达式符号与 C 语言类似,基本表达式有数字字符串,变量,字段,数组以及函数调用。变量无需声明,它们在首次使用时被初始化为null。...语言中,通常测试一个记录、字段或字符串是否与一个正则表达式匹配,匹配返回 1,不匹配返回 0。...正则表达式用两个反斜杠/包围。 expr ~ /r/ # 评估expr是否与r匹配。匹配意思是expr一个子串是否在正则表达式r定义字符串集中。...';' -v OFS='\t' '{print $1,$2,$NF}' file # 读入文件以逗号;分隔,打印第1,第2最后,并且打印时以制表符作为分隔符 number=10;awk...fa # 提取chr1chr2序列 Bash 脚本模板 #!

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awk-grep-sed简单使用总结(正则表达式应用)

想要匹配零个或者多个字符可以使用* #\w+[\w.]*@[\w.]+\.\w+  完整邮箱地址(因为第一个字符不能为.啊) "+""."...* //这样子会匹配第一个最后一个之间所有 原因:因为*+都是贪婪型字符,可以在之后加?就可以变成懒惰型 #.*?...:位于一个能够用来构成单词字符(与\w可以匹配字符)一个不能用来构成单词字符(\W)之间 \B不匹配一个单词边界 #\B-\B  //匹配- 字符串边界:(用来定义字符串边界元字符有两个:^定义字符串开头...文件名 同时可以将awk写在文本使用awk -f调用 awk脚本: 如果设置了-F选项,则awk每次读一条记录或一行,使用指定分隔符指定域。...$0,t}' grade   这样将在最后打印每一累加,最后再打印一次最终值  awk内置函数:  gsub(r,s)    在整个$0用s代替r    类似于sed查找替换  index

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Shell 正则表达式及综合案例及文本处理工具

匹配任意一个字符 * *不单独使用,他一个字符连用,表示匹配上一个字符0次或者多次 [] []表示匹配某个范围内一个字符 \ 表示转义字符,一般特殊字符连用表示特殊字符本身 例1:匹配以a字符开头...*t [6,8] ------匹配6或者8 [0-9] ------匹配一个0-9 数字 [0-9]* ------匹配任意长度数字字符串 [a-z] ------匹配一个 a-z 之间字符...,第一个数字符合手机号形式,而第二个明显不符合。...,默认是制表符"\t" -c 按字符进行切割,后加n表示取第几列 比如-c 1 比如一个文本文件有以下诗歌: 比如说我们需要提取第一,那应该这样写,按空格指定分割第一;如下: cut -d "...搜索passwd文件以root关键字开头所有行,输入该行第1第7 间以","分割 cat /etc/passwd | awk -F ":" '/^root/ {print 3

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linux运维命令梳理(三)

5、使用/屏蔽一个特殊字符含义 有时需要查找一些字符或字符串,而它们包含了系统指定为特殊字符一个字符。...awk语言最基本功能是在文件或者字符串基于指定规则浏览抽取信息,awk抽取信息后,才能进行其他文本操作。完整awk脚本通常用来格式化文本文件信息。 通常,awk是以文件一行为处理单位。...由于hash不是顺序存储,因此在显示数组内容时会发现,它们并不是按照你预料顺序显示出来。数组变量一样,都是在使用时自动创建awk也同样会自动判断其存储数字还是字符串。...#查询以5开头以两个大写字母结尾行 cat、more、less、tail、head命令 一、cat 显示文件连接文件内容工具 cat 是一个文本文件(查看)(连接)工具,通常与more搭配使用...,假如文件1条记录某个字段值(默认是第一个字段,从1开始计数)与文件2条记录某个字段值(默认是第一个字段,从1开始计数)一致,那么在最终打印结果,将这两条记录拼接成一条记录。

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_Shell 正则表达式及综合案例及文本处理工具

$匹配一行结束.匹配任意一个字符**不单独使用,他一个字符连用,表示匹配上一个字符0次或者多次[][]表示匹配某个范围内一个字符\表示转义字符,一般特殊字符连用表示特殊字符本身例1:匹配以a字符开头...*t[6,8] ------匹配6或者8 [0-9] ------匹配一个0-9 数字 [0-9]* ------匹配任意长度数字字符串 [a-z] ------匹配一个 a-z 之间字符...第一个数字符合手机号形式,而第二个明显不符合。..."\t"-c按字符进行切割,后加n表示取第几列 比如-c 1比如一个文本文件有以下诗歌:比如说我们需要提取第一,那应该这样写,按空格指定分割第一;如下: cut -d " " -f 1 cut_test.txt...搜索passwd文件以root关键字开头所有行,输入该行第1第7 间以","分割 cat /etc/passwd | awk -F ":" '/^root/ {print 3.

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Linux文本处理详细教程

-type d -print //只列出所有目录 -type f 文件 / l 符号链接 / d 目录 find支持文件检索类型可以区分普通文件符号链接、目录等,但是二进制文件和文本文件无法直接通过...this] [is] [en] [example] 子串匹配标记 第一个匹配括号内容使用标记 1 来引用 sed 's/hello\([0-9]\)/\1/' 双引号求值 sed通常用单引号来引用;...; $0:这个变量包含执行过程当前行文本内容; $1:第一个字段文本内容; $2:第二个字段文本内容; echo -e "line1 f2 f3\n line2 \n line 3" | awk...,NR==6{print}' 确定文本 打印处于start_pattern end_pattern之间文本: awk '/start_pattern/, /end_pattern/' filename...迭代每一个字符 ${string:start_pos:num_of_chars}:从字符串提取一个字符;(bash文本切片) ${#word}:返回变量word长度 for((i=0;i<${#word

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linux、awk。。

Shell 脚本可以作为它们之间粘合剂,将各个部分整合到一起,例如从数据库导出数据、调用 Python 脚本进行分析,然后使用一个工具进行可视化。...示例 假设我们有一个名为file.txt文本文件,内容如下: apple,3 orange,2 banana,5 我们想要使用Awk命令提取第一(水果名称),打印输出。...在主模块,我们使用print命令来打印每个学生姓名分数, 1表示第一个字段(姓名), 2表示第二个字段(分数)。 最后,我们指定了要处理文件file.txt。...~ /a$/ { print $0 }' file.txt 在上面的示例,我们使用正则表达式来匹配文本模式。 第一个代码块使用^a匹配所有以a开头单词,打印匹配到行。...第二个代码块使用[0-9]匹配包含数字行,打印匹配到行。 最后一个代码块使用NF !~ /a/排除以a结尾单词,打印匹配到行。

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shell学习教程(超详细完整)

$1是函数sum 第一个参数 #在函数也可以使用位置参数变量,不过这里$1指是函数第一个参数 do s=$(( $i+$s )) done echo "The sum of...f 号: 提取第几列 -d 分隔符: 按照指定分隔符分割 -n 取消分割多字节字符 -c 字符范围: 不依赖分隔符来区分列,而是通过字符范围(行首为0)来进行字段提取。...用于判断两个值是否相等,如果是给变量赋值,请使用“”号 关系运算符 != 不等于 关系运算符 A~B 判断字符串A是否包含能匹配B表达式字符串 关系运算符 A!...n"}’ student.txt #awk命令只要检测不到完整单引号不会执行,所以这个命令换行不用加入“|”,就是一行命令 #这里定义了两个动作 #第一个动作使用BEGIN条件,所以会在读入文件数据前打印...条件判断两个值是否相同,请使用 “==”,以便变量赋值进行区分。 在看看该如何实现流程控制,假设如果Linux成绩大于90,就是一个好男人(学PHP表示压力很大!)

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Shell四剑客实操案例

1Mb文件; 02Shell编程四剑客之SED SED是一个非交互式文本编辑器,它可对文本文件标准输入进行编辑,标准输入可以来自键盘输入、文本重定向、字符串、变量,甚至来自于管道文本,与VIM编辑器类似...#查询不包括xy行号行;r #从另一个文件读文件;w #将文本写入到一个文件;y #变换字符;q #第一个模式匹配完成后退出;l #显示与八进制ASCII码等价控制字符; 常用SED工具企业演练案...grep或fast grep简写,它们把所有的字母都看作单词,正则表达式元字符表示其自身字面意义,不再有其他特殊含义,一般使用比较少。...;-n 顺便输出行号; 学习Grep时,需要了解通配符、正则表达式两个概念,很多读者容易把彼此搞混淆,通配符主要用在LinuxShell命令,常用于文件或者文件名称操作,而正则表达式用于文本内容字符串搜索替换...匹配除括号以外任意一个字符; 常用GREP工具企业演练案: grep -c “test” jfedu.txt 统计test字符总行数;grep -i “TEST” jfedu.txt 不区分大小写查找

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shell文本处理工具sed、cut、awk

heihei/' 1 xujinding 2 wuyicheng 3 caiyufei 4 wahaha 5 heihei world 6 heihei java 注意 是每行第一个 (...^a/{print $0}' passwd 搜索 passwd 文件,以:分隔,输出以 a 字母开头所有行第 1 第 6 ,两之间加上--字符 [admin@ datas]$ awk -...1 第 6 ,以--分割,且在开头第一行上面添加一行列名“1 ”“6 ”,以--分隔,在最后一行下面添加一行内容"这是所有的以 a 开头 1、6 两"。...、6 两"}' passwd 显示xu第一次出现到ding第一次出现之间行(包含xuding对应行) awk '/xu/,/ding/ {print $1}' awktest BEGIN...> for(i in a){print i,a[i]} \ > }' 因为awk数组下标可以是数字字母,数组下标通常被称为关键字(key)。

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生物信息 awk 简明教程基本用法

awk 就是这一类工具一个,它依次处理文件每一行,读取里面的每一个字段,对于我们在生信中很多每行格式都相同文本文件来说,awk 可能是最方便一个工具,不但可以省去很多不必要脚本程序,还可以通过对它灵活应用...默认情况下,awk 将根据空格制表符(tab),把每一行自动切分成若干个字段,并在系统里依次用 $1,$2,$3,... 代表第一个字段、第二个字段、第三个字段等等。...除此之外,对于某些不是以空格tab作为分隔符存储文件,或者在文件某一信息是以其它分隔符串接起来,比如 VCF INFO 那一,它是 VCF 第八,该信息往往比较丰富,并且各个字段之间是通过逗号...其中包括,变量 NF 表示当前行按照输入分隔符切分之后一共有多少列(或者说多少字段),所以 $NF就表示最后一个字段,在一些数非常多文件 NF 是很有用,我们不用数数 数到眼花,也能立刻获得最后一个字段...虽然还不是十分全面,但我觉得能够掌握好上面的使用方法,灵活应用,其实已经可以用一行命令处理很多基本分析需求了,不必为了一个小功能费劲去写一个程序。

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Linux Awk用法总结

使用Awk,我们可以做以下事情: 将文本文件视为由字段记录组成文本数据库; 在操作文本数据库过程能够使用变量; 能够使用数学运算字符串操作; 能够使用常见编程结构,例如条件分支与循环; 能够格式化输出...而awk脚本同样可以写到一个文件通过-f参数指定,这一点sed是一样。...每条记录由多组成,每一表示一个字段(Field)。Awk一个文本文件视为一个文本数据库,因此它也有记录字段概念。...n可以为一个变量,例如$NF代码最后一个字段,而$(NF-1)表示倒数第二个字段。 数组 数组是一种特殊变量,在awk,比较特殊地是,数组下标可以为数字或者字符串。...,第一是语句名称,第二是对应说明: 现在我们要将两内容分别输出到statement.txtdescription.txt两个文件: 下面是一个重定向到命令例子,假设我们要对下面的文件进行排序

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linux awk 函数定义变量赋值,LinuxAwk定义、用法详解

使用Awk,我们可以做以下事情:   将文本文件视为由字段记录组成文本数据库;   在操作文本数据库过程能够使用变量;   能够使用数学运算字符串操作;   能够使用常见编程结构,例如条件分支与循环...而awk脚本同样可以写到一个文件通过-f参数指定,这一点sed是一样。一般多个action序列组成,当读入记录匹配时,才会执行相应action命令。...每条记录由多组成,每一表示一个字段(Field)。Awk一个文本文件视为一个文本数据库,因此它也有记录字段概念。...n可以为一个变量,例如NF代码最后一个字段,而   数组   数组是一种特殊变量,在awk,比较特殊地是,数组下标可以为数字或者字符串。...,第一是语句名称,第二是对应说明:   现在我们要将两内容分别输出到.txt.txt两个文件:   下面是一个重定向到命令例子,假设我们要对下面的文件进行排序:   可以通过将print

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linux awk命令使用详解

Awk是一种文本处理工具,它可以用来从文本文件提取数据对其进行处理。Awk命令非常强大,可以将它用于各种文本处理任务,包括数据转换、数据提取、报告生成等。...在本文中,我们将深入探讨Awk命令用法,并提供一些常见示例。 什么是awk Awk是一种文本处理工具,它可以读取一个或多个文本文件执行指定操作。...-f:指定一个包含Awk脚本文件。 Awk命令模式 Awk命令模式用于匹配输入文件文本。模式可以是一个正则表达式,也可以是一个字符串。...以下命令将打印文件file.txt第一内容: awk '{print $1}' file.txt 示例3:打印文件第二第三内容 以下命令将打印文件file.txt第二第三内容...以下命令将使用":"作为分隔符,打印文件file.txt第一第二内容: awk -F: '{print $1,$2}' file.txt 示例8:使用变量 以下命令将定义变量x为10,使用

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