step1 对matrix进行转置:使gene名变为列名,将样本名转化为data.frame中的第一列
str_detect(x,"h")##是否含有关键词h,生成与X长度相等的逻辑值向量,可用于向量取子集;
Vector向量----一维 matrix矩阵----二维,只允许一种数据类型 data.frame数据框----二维,每列只允许一种数据类型 list列表----可装万物 图片 数据框来源: 图片 内置数据框 x=iris volcano View(volcano) ##表格视图 > class(volcano) ##数据框中包括哪些数据类型 [1] "matrix" "array" heatmap(volcano) ##热图 > letters [1] "a" "b" "c" "d" "e" "f
有读者在公众号后台留言问下图应该如何实现 image.png image.png 实现这个图的办法很多,今天的推文介绍使用R语言ggplot2包实现这个图的方法。 第一步是准备数据 部分数据集如下 image.png image.png 总共4列 前两列是变量 第三列是相关系数 第四列是 显著性P值 前面的变量需要注意的是,因为只画上三角,所以准备数据的时候是 : 总共的变量是10个 第一列10个x1,接下来是紧接着9个x2,然后是8个x3 第一步树读入数据 df<-read.csv("202103
承接R&Python Data Science 系列:数据处理(1)继续介绍剩余的函数。
博客原文:https://suzan.rbind.io/2018/01/dplyr-tutorial-1/ 作者:Suzan Baert
约等于表格 但是:列有要求(同一列只允许同一种数据类型);不是文件(可以导出来成为一个文件);
#https://mp.weixin.qq.com/s/mrtjpN8yDKUdCSvSUuUwcA
数分小伙伴们都知道,SQL中的case when语句非常好用,尤其在加工变量的时候,可以按照指定的条件的进行赋值,并且结合其他嵌套用法还可以实现非常强大的功能。
该函数的主要格式是:DataFrame.select_dtypes(include = None,exclude = None),返回DataFrame列的子集。
matrix 矩阵-二维,只允许一种数据类型;data.frame数据框-二维,每列只允许一种数据类型。
本示例数据集很小,实际中数据量很大,可以根据使用filter()函数筛选出后续需要的“行”子集。
pandas发展了如此多年,所包含的功能已经覆盖了大部分数据清洗、分析场景,但仍然有着相当一部分的应用场景pandas中尚存空白亦或是现阶段的操作方式不够简洁方便。
内置数据多用于新手练习,eg:iris、volcano、letters、LETTERS
坑:rnorm(10,mean = 0,sd = 18)rnorm(10,mean = 0,sd = 18)<(-2) :[]中和[]外是两个向量。
修改行名和列名,其实就是修改向量,要修改全部行名就给全部赋值,如果要改一个列名就给取子集赋值。如:修改第二列的列名,就是修改【列名这个向量】的第二个元素
df1 <- data.frame(gene=paste0("gene",1:4),
数据框来源主要包括用代码新建(data.frame),由已有数据转换或处理得到(取子集、运算、合并等操作),读取表格文件(read.csv,read.table等)及R语言内置数据
豆花寄语:学生信,R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。
报错信息表明rcorr函数在尝试计算Spearman相关性时遇到了问题,原因是数据中的某些变量(列)的观测值数量不足以进行相关性分析。具体来说rcorr 函数要求每个变量至少有5个观测值来计算相关性。
1)现在学“表格” 二维:二维有两个:(1)matix 矩阵 —— 二维,只允许一种数据类型。(2)data.frame 数据框—— 二维,每列只允许一种数据类型(列与列之间相不相同都行)。
大家好,本文为R语言数据处理120题系列完整版本。作者精心挑选120道数据处理中相关操作以习题形式发布,一共涵盖了数据处理、计算、可视化等常用操作,并对部分题目给出了多种解法与注解。动手敲一遍代码一定会让你有所收获!
最近有小伙伴推荐我多写写一个增强 pandas 功能的库—— pyjanitor 。他提供了许多实用功能,结合 pandas 使用能够大大提升我们的代码效率,那么我就针对这个库做一个系列教程。
例如: Sample_Name = OR2, 就在其添加的carHLH列中的对应空格填写carHLH(+),
1.1 判断数据类型class() 1.2 按Tab键自动补全1.3 数据类型的判断和转换 (1)is 族函数,判断,返回值为TRUE或FALSE
semi_join anti_join实际上没有发生过两个数据框的连接,其实是对左边的数据框取子集
在R语言中绘制表格的包我们介绍了非常多,除了专门绘制基线资料表的compareGroups/tableone/table1,还介绍了绘制普通表格的gt,以及扩展包gtExtra。
约等于“表格”原因:数据框不是独立的文件,是二元内部的一个数据,电脑上可能并没有这样一个文件,不是在电脑上真实存在的文件;excel表格没有要求一列只有一种数据类型,而数据框要求一列只能有一种数据类型。
碎碎念:这个没啥好仔细展示的,含义也很直观,主要是要记住有这个函数,等需要用的时候回来找
When you click the Knit button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:
小编已经搭建了一套稳定的真核转录组分析流程,可以完成「从原始数据分析到最终出结果分析文档」基本包含目前RNA_seq文章的所有分析内容。「有数据分析需求的朋友可联系小编进行咨询」
https://www.nature.com/articles/s41477-022-01146-6#Sec44
数据类结构 数据类型 一维 vector 向量 数值、字符、逻辑都可;只有长度;只允许一种数据 二维 matrix 矩阵 向量二维化 只允许一种数据类型 二维 data.frame 数据框-二维,每列只允许一种数据类型 1.数据框来源 1)用代码新建 2)由已有数据转换或处理得到 3)读取表格文件 4)R语言内置数据 2.新建和读取数据框 df1 <- data.frame(gene = paste0("gene",1:4),change = rep(c("up","down"),each = 2),
在这个过程中你可能会发现问题,例如下次在进到rstudio的话,查看镜像,又不在了,怎么办呢
ClickHouse 是Yandex开源的一个用于实时数据分析的基于列存储的数据库,其处理数据的速度比传统方法快100-1000 倍。 ClickHouse的性能超过了目前市场上可比的面向列的 DBMS,每秒钟每台服务器每秒处理数亿至十亿多行和数十千兆字节的数据。
each和times的区别是times输出的是abcdabcdabcd,each输出的是aaabbbcccddd
sql 中的 过滤、分组、聚合、排序、表连接,在 pandas 中全都有对应方法。
《R for Data Science》: http://r4ds.had.co.nz/
❝本周「VIP群」有个朋友询问下面这张图的绘制方法,需要对两组数据做统计分析并且只给差异显著的添加阴影背景,那么肯定是要全部通过代码来自动实现这些需求;即然观众老爷有需求那小编就来详细拆解一下这张图的代码,下面来看具体案例 ❞ 📷 加载R包 library(tidyverse) library(rstatix) library(ggpubr) library(GGally) library(ggsci) 导入数据 df <- read_csv("easy_input.csv") ❝由于要根据显著性来添
1.载入包 library(tidyverse) list.files() * * * 2.长宽数据转换 family_data <- read_tsv('C:/Users/Administrator/Documents/R_work/03_BD_L_microbiome/00_rawdata/outfiles/expr.relative_abundance.abfam.txt') head(family_data) # A tibble: 6 x 19 Family `Bd-1-1` `Bd-1-2`
上次我们简单介绍了gt包的理念以及基本的用法,今天我们通过一个完整的示例详细说一下gt包的各种用法!
笔者最近需要使用pyspark进行数据整理,于是乎给自己整理一份使用指南。pyspark.dataframe跟pandas的差别还是挺大的。
继上一篇讲了Put和Delete之后,这一篇我们讲Get和Scan, 因为我发现这两个操作几乎是一样的过程,就像之前的Put和Delete一样,上一篇我本来只打算写Put的,结果发现Delete也可以走这个过程,所以就一起写了。 Get 我们打开HRegionServer找到get方法。Get的方法处理分两种,设置了ClosestRowBefore和没有设置的,一般来讲,我们都是知道了明确的rowkey,不太会设置这个参数,它默认是false的。 if (get.hasClosestRowBefore()
相信大家对SQL都非常熟悉了,可能有些小伙伴会有疑问,算法工程师不是跑模型的吗?还需要学SQL?其实,很有必要!原因大概有以下几点吧:
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