一项便捷且高效的语言对于数据工作者来说是至关重要的。 目前，数据科学绝大多数使用的是R、Python、Java、MatLab和SAS。 其中，尤为Python、R的使用最为广泛。 ?...性能指标是随着线程数从1增加到20而加载数据集所花费的时间。 由于Pandas不支持多线程，因此报告中的所有数据均为单线程的速度。 浮点型数据集 第一个数据集包含以1000k行和20列排列的浮点值。...价格的四个列是浮点值，并且有一个列是日期。 ? 单线程CSV.jl比从data.table中读取的R速度快约1.5倍。 而多线程，CSV.jl的速度提高了约22倍！...但是，使用更多线程，Julia的速度与R一样快或稍快。 宽数据集 这是一个相当宽的数据集，具有1000行和20k列。数据集包含的数据值类型有：String、Int。 ?...因为它是唯一直接以其高级语言完全实现功能的，这有别于先用C实现然后由R或Python工具进行封装。 因此，Julia代码的后续性能将有着更多的可能。
（参考来源：R高效数据处理包dplyr和data.table，你选哪个？） ?...data.table中，还有一个比较特立独行的函数： 使用:=引用来添加或更新一列（参考：R语言data.table速查手册） DT[, c("V1","V2") := list(round(exp(V1...来看看例子： ans1 <- try[try$gender=="M" & try$buy_online=="Y",] #使用”==”操作符，那么它会扫描整个数组，虽然data.table用这种方法也可以提取...这里有一个重要的点:使用”==”操作符，那么它会扫描整个数组，虽然data.table用这种方法也可以提取，但很慢，要尽量避免。...DT数据集按照x分组，然后计算v变量的和、最小值、最大值。 （2）dplyr函数利用%>%（链式操作）来改进： 链式操作是啥意思呢？
写 在前面 在目前为止所有小伙伴们向大猫请教过的R问题中，大猫总结了最常遇见同时也是比较难的三个问题，分别是（1）事件研究法；（2）分组回归；（3）滚动回归。...stkid代表分组变量，有a, b, c, d, e五个类别；x和y分别随机生成 dt <- data.table(stkid = sample(letters[1:5], 100, replace =...keyby语句为data.table包中的分组语句，它能够对keyby中的每一个不同的值（这里为abcde）都分别跑一次回归。...具体而言，如果此时keyby语句循环到'a'，那么.SD就表示原数据集中所有stkid == 'a'的行。在这里，.SD用来作为回归函数lm的输入数据集。 coef函数用来提取回归的系数。...下 期预告 下期我们继续探索data.table包的强大功能，大猫教大家如何用一行代码搞定滚动回归！
接「R」数据操作（一）和「R」数据操作（二） 使用data.table包操作数据 data.table包提供了一个加强版的data.frame，它运行效率极高，而且能够处理适合内存的大数据集，它使用[]...首先，我们仍然载入之前用到的产品数据，不过这里我们使用data.table包提供的fread()函数，它非常高效和智能，默认返回data.table。...接下来，我们学习如何通过by以简便的方式实现数据的分组汇总。...中，by所对应的组合中的值是唯一的，虽然实现了目标，但结果中没有设置键： key(type_class_test0) #> NULL 这种情况下，我们可以使用keyby来确保结果的data.table自动将...(year = year(date))] } 这里我们使用.SD[[x]]提取x列的值，这跟通过名字从列表中提取成分或元素相同。
众所周知，绝大多数数据清洗任务都只能单线程运行，不论是R的data.table包还是SAS的data步都是如此，唯一存在提高空间的就是多次重复的回归拟合进行并行计算。...经过一番搜索，大猫决定使用doParalle包。doParallel包分别针对Windows平台和Linux/Mac平台进行了多核优化，是目前使用最广泛的并行计算包之一。...样 例数据集 我们使用与《10行代码搞定滚动回归》相同的样例数据集，创建过程如下。...(id) ] 语句大体上和非并行版本的地方很像，变动以及需要注意的地方有： 1）n <- 50用来指定滚动窗口。注意，不能把这行代码放到大括号外面！也就是说，n不能作为全局变量！...这个参数的值必须是一个函数，这个函数用来对最终foreach生成的list进行处理，在文中我们设置值为 rbindlist，也即我们要求doParallel将最终的输出的list合并成一个data.table
使用 console.table 该命令支持以表格的形式输出日志信息。打印复杂信息时尝试使用 console.table 来替代 console.log 会更加清晰。 ? table 6....你必须传入一个字符串参数来唯一标记这个计时器的 ID。当你要结束计时的时候可以调用 timeEnd()，并且传入指定的名字。计时结束后控制台会打印计时器的名字和具体的时间。 ? time 12....唯一的问题在于 await 需要在 async 函数中使用。Chrome DevTools 支持直接使用 await。 ?...重写 Overrides 在 Chrome DevTools 上调试 css 或 JavaScript 时,修改的属性值在重新刷新页面时,所有的修改都会被重置。...如果你想把修改的值保存下来,刷新页面的时候不会被重置,那就看看下面这个特性（Overrides）吧。Overrides 默认是关闭的,需要手动开启,开启的步骤如下。
使用一般方法读取文件（也即文件名以.csv为后缀的文件） （1）读取逗号分隔文件 #通常文件第一行是题头（也称列名），逗号是文件内容的分隔符 #尤其需要注意的是在windows操作系统中文件路径需用‘/...#读取制表符分隔文件和读取逗号分隔文件的方法很类似 #唯一不同可能就在与sep这个参数后边的值是\t，实际上\t就是指制表符 mydata <- read.table("c:/mydata.tsv",...直接高效读取以.gz结尾的压缩文件 一般在R中可以使用gzfile()的方式读取压缩文件，但如果使用data.table包里的fread()函数则可以大大提高工作效率。...具体方法如下： #安装并加载data.table包 #使用fread()函数读取文件，这里参数和之前的一致 #唯一的不同就是fread()可以直接读取压缩文件 install.packages(‘data.table...function()的方法 （2）推荐刚入门的小伙伴下载Rstudio，使用起来很方便 （3）data.table这个包的一些功能可能依赖其它包，需要将其依赖包也安装上
： snps：它是一串以rs开头的SNP ID outcomes：它是outcome在MR base中的ID； proxies：它表示是否使用代理SNP，默认值是TRUE，也即当一个SNP在outcome...') 安装data.table包 library(data.table) # 加载R包 t2d <-fread('DIAGRAMv3.2012DEC17.txt',header=T) # 使用fread...结果中没有phenotype、beta和se的信息，因此米老鼠先将它读取到R中，然后转换格式。...米老鼠这里是先把原始的GWAS使用data.table包的fread()函数读到R中，因为这个fread()函数读取大文件的速度非常快，接着我再使用format_data()函数将该数据框转化成TwoSampleMR...另外，今天的内容里还介绍了OR和beta的转换以及se的计算，这个非常重要，希望大家掌握！ 最后，米老鼠整理好了MR base里以IEU开头的outcome信息，有兴趣的朋友可以私聊我获取。
我们在对多列标准进行筛选时，在之前我们还进行了一步非常重要的提取，也就是将每一列观察值提取出某一特定的字段，而后生成一系列变量，这些变量的观测值只可能存在三种情况：醛固酮、继发性醛固酮或者NA。...经过这样的处理我们才能进行上一期公众号所讲述的下一步：以多列标准进行筛选的操作。...在这里通过链接中的推送的lapply使用原理，再加上stringr包中str_match这个函数的使用，截取出诊断结果中出现过的继发性醛固酮或者醛固酮，没有出现过的自动记为NA。...大猫的微信号是： iRoss2007 村长的B站主页是：http://space.bilibili.com/40771572 大猫的R语言课堂关注R语言、数据挖掘以及经济金融学。...我们与大家分享我们的知识和节操，我相信独乐乐不如众乐乐。
第三个参数sed，表示数据的分隔符。可以设为“\t”（tab分隔符）或者“;”（分号分隔符），以读取不同类型的文件。 常用但不被熟知的参数是stringAsFactors。...这样既节省计算时间（当大数据集包含许多字符列，也意味着有许多唯一值），又能保留列为字符。 stringAsFactors参数也可以用在data.frame中。再次创建“Sport”列。...读取大CSV文件和其他文本文件的两个主流的函数是read_delim和fread，前者在readr包中由Hadley Wickham实现，后者在data.table包中由Matt Dowle实现。...readr包中的所有数据提取函数返回的是tibble，该数据类型是data.frame的扩展。最明显的变化是打印的元数据，比如行列数和每列的数据类型。...在数据管理、多层次模型、机器学习、广义线性模型、可视化、数据管理和统计计算等多个领域拥有丰富经验。 本文摘编自《R语言：实用数据分析和可视化技术》（原书第2版），经出版方授权发布。
原来大猫使用的是秀米等富文本编辑器，最然可以实现很花哨的效果，但是每次编辑的时间可能都比写作的时间长，而且富文本编辑器对于代码块的支持极弱，语法高亮没有就算了，但是代码块无法水平滚动就不能忍。...> DF[2:3, sum(B)] 注：在 S-PLUS 中，以上命令必须要用一种非常不直观的方式写出来，如下: > sum(DF[2:3, "B"]) 2004：data.table诞生 2004...在2004年的第一天，Matt 离开了所罗门兄弟，也离开了 S-PLUS。他开始不断尝试，终于用自己的方式重写了[.data.frame这个函数，从而让sum(B)在 R 中也能得以运行。...：把变量v1从第1行到第1000行的值分别设置为1至1000。...这个用户一开始使用lapply和do.call函数，不仅计算时间很长（30 min！），而且代码特别难看： ? 而使用data.table,则简直是一阵春风： ?
中的不可恢复状态。...可以通过发送COOKIE_ECHO块来通过此检查，该块在触发错误之前将重置序列号设置为所需的值。 更具挑战性的是在TSN上执行的检查。它与累积TSN进行比较，后者最初被设置为与重置序列号相同的值。...实际执行的比较是一个“序列号大于”，它确定一个值是在另一个值之前还是在后面，假设序列号在所有位都被设置时滚动到零。...从传入数据包中读出的TSN必须是SctpTransport指针的前四个字节，而累积的TSN必须是该指针的后四个字节，因为它与重置序列号的值相同。所以这实际上是指针的两半部分之间的比较。...我首先用序列号填充它，然后使用它崩溃的地址来计算要更改的内存。在使用crash locations创建假vtable之后，我最终在一个到X8的分支上发生了崩溃，唯一的另一个可控寄存器是X21。
以mtcars这个R自带的数据集为例，我们知道mtcars[1]的运行结果，是选择这个数据集的第一行，结果如下： ? mtcars[1,1]的运行结果，是选择第一行第一列的元素，结果如下： ?...首先，我们单独看i只有一个1的情况下是什么运行结果，为了让运行出来的代码被认定是data.table的格式，我们在j中加入.SD（不清楚.SD用途的小伙伴可以查看data.table的manual，或者查看笔者上一篇推送用...可见，在DT的i中输入一个数字和用一般的提取符号`[`只输入一个数字的结果完全一样，就是提取这个数据集中的某一行。...接下来，我们在by的位置加上一个1，代码如下： mtcars[1, .SD, 1] 再来看看运行结果： ? 这时多了一列变量，变量名缺失，且只有一行观测值为数字“1”。...结 果分析 从这样一段拆解当中，我们大致就可以明白为什么会出现这样的结果了，整体的运行思路就是：首先选出了第一行，而后在by中以一个变量名默认为NA的变量为基准，最后在j中生成了一个默认变量名为V1的变量
但是，一直有个缺点，如果需要计算的量比较大时，就不方便了，去搜了一下文献，发现了一个最近发表的R包，不仅可以计算反转录的RNA体积，还可以帮助选择定量方法，简直是神仙R包，本期就介绍一下它的使用吧。...4.1 示例数据 df.1包含至少2列，孔的位置和Cq值。...如果内参基因和目的基因的扩增效率不相等，我们就不能使用2-ΔΔCt法了，需要选择无参的方法。...5.1 示例数据 cq.table至少包含position和Cq值。...res[["figure"]]提取结果的可视化图，这里我为了更加美观，提取了数据进行美化。
写在前面 从这期开始，大猫课堂将会推出一个新的系列：R练习50题，目的是使用50道练习题让大家掌握常用的数据操作，例如寻找每组最大的N个观测等。...虽然具有明显的金融背景，但是它和其他学科所遇到的数据集是相通的：在我们的数据集中，每个股票代码symbol和日期date的组合都决定了唯一的一个观测，相当于数据集的key，这种由“横截面”与“时间序列”...和date组合决定了一个唯一的观测。...其中，updown是我们新建的字符变量，用来表示分组，它只取两个值：UP, DOWN。这其中的难点是建立updown这个变量。我们使用了ifelse这个函数。...它是data.table内置函数之一，和unique几乎执行相同的操作，唯一不同的是，unique返回的是不重复的item（是一个向量），而uniqueN返回的是不重复的数量（是一个数字）。
LSM树使用一种延迟和批量索引更改的算法，以一种类似于合并排序的有效方式将基于内存的组件的更改级联到一个或多个磁盘组件。...每笔交易都会从三个表中的每一个表中更新一个列值，从余额列中随机选择一行（包含100个字节）提取金额增量：分支表（包含1000行）、柜员表（包含10000行）和账户表（包含100000000行）；然后，事务在提交之前将一个...LSM树使用一种算法来延迟和批量索引更改，以一种让人想起合并排序的特别有效的方式将更改迁移到磁盘。...第4节对滚动合并过程进行了更详细的解释，其中考虑了并发和恢复设计。 LSM树的一个重要效率考虑因素是，当C1树的特定级别上的滚动合并过程以相对较高的速率通过节点时，所有读写都在多页块中。...（非常高）和支持以最便宜的方式将其插入写入磁盘所需的多页块I/O所需的磁盘成本（极低）。
当光电二极管反向偏置（且反向电压小于雪崩击穿电压）时，与入射光强度成正比的电流分量将流过二极管。该电流分量通常称为光电流。 由于光电流随光强度线性增加，我们可以使用光电二极管来构建光电探测器。...这种光检测结构的抽象表示如下所示。 复位开关在曝光周期开始时闭合，以将光电二极管反向偏置到电压 VD。接下来，开关打开并产生与入射光强度成正比的光电流。...超过一定的光强，二极管将饱和，累积电荷将等于上图所示的最大值。因此，必须谨慎选择整合期。 另一个应考虑的非理想效应是，除了光电流之外，还有另一种称为暗电流的电流分量流过二极管。...4滚动快门伪像 对于许多 CMOS 图像传感器，不同像素行的曝光周期开始的时间略有不同。通常，行从上到下按顺序重置。在给定行的积分时间过去后，应开始读出。因此，光积分就像重置过程一样从上到下依次发生。...现代高端 CMOS 传感器具有更快的读出速率，并且可以更轻松地避免这种非理想效应。此外，还有具有全局快门的 CMOS 图像传感器，其中所有像素的重置和曝光周期同时发生。
一般为了对样品进行分组注释我们还需要在GEO网站下载样品Metadata信息表SraRunTable.txt，接下来就需要在R中对输出结果进行操作，转化为我们想要的基因表达counts矩阵。...)编辑构建样品名和分组信息 2. counts与TPM转换 基因表达量一般以TPM或FPKM为单位来展示，所以还需要进行，若还想转化为FPKM或CPM可参见Counts FPKM RPKM TPM 的转化与...g2s <- fread('g2s_vm25_gencode.txt',header = F,data.table = F) #载入从gencode的gtf文件中提取的信息文件 colnames(g2s...这里只展示了获取基因表达的TPM值，如果还想了解如何获得FPKM值请参考文章：获取基因有效长度的N种方法中第二部分内容以及Counts FPKM RPKM TPM 的转化。...值 colnames(tpm) <- colnames(txi$counts) #### 导入或构建样本信息, 进行列重命名和分组 #### b <- read.csv('.
data.table，比as.data.table快，因为以传地址的方式直接修改原对象，没有拷贝 copy(x) 深度拷贝一个data.table，x即data.table对象。...)直接修改某个位置的值，rownum行号，colnum，列号，行号列号推荐使用整型，保证最快速度，方法是在数字后面加L，比如1L，value是需要赋予的值。...sep2,对于是list的一列，写出去时list成员间以sep2分隔，它们是处于一列之内，然后内部再用字符分开； eol，行分隔符，默认Windows是"\r\n",其它的是"\n"； na,na...(x)] #和上面一样 DT[x=="a"] # 和上面一样,和使用on一样，都是使用二分查找法，所以它们速度比用data.frame的快。..."] #左联接 X[DT, on="x"] #右联接 DT[X, on="x", nomatch=0] #内联接,nomatch=0表示不返回不匹配的行,nomatch=NA表示以NA返回不匹配的值
用法是：gather(data,key,value，-religion),分别是数据框，要转换成分类的列名,单元值的列名和清除收集的变量 使用seperate()分割联合变量 分割是指将一个实际由两个变量组成的变量分割成两个独立列...正则表达式 R与stringr分别使用grepl()和str_detect()来进行，我比较喜欢基础R的，不知你喜欢安装包还是用基本的。...与基本R中类似函数不同，变量无需使用 $ 操作符就可直接使用，设计与magrittr包的%>%管道操作符一起使用，以允许每个数据阶段写成新的一行。其是一个大型包，本身可以看成一门语言。...非标准计算 代码中没有引号包裹的原始名字，这种方式叫做非标准计算（NSE），高效交互使用函数，减少键盘输入，允许Rstudio中自动完成。还是函数名多个_。...RODBC是一个资深包，提供R与SQL server的接口。DBI包提供了通用接口与驱动程序的类集，如RSQLITE，是访问数据库的统一框架，允许其他驱动程序以模块包添加。
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