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R语言基因组数据分析可能会用到的data.table函数整理

因此，在对大数据处理上，使用data.table无疑具有极高的效率。这里主要介绍在基因组数据分析中可能会用到的函数。...fread 做基因组数据分析时，常常需要读入处理大文件，这个时候我们就可以舍弃read.table，read.csv等，使用读入速度快的fread函数 fread(input, sep=...，y需要设置key，x并不需要设置key； by.x,by.y 用来计算重叠的列名或者列号的矢量，by.x和by.y的最后两列都应该对应各自的(x,y的）start和end区间列，并且start...by.y默认key(y)； maxgap 设定两个区域空白区允许的最大值，参数尚不能使用； minoverlap 设定两个区域最小的重叠区，参数尚不能使用； type...设置重叠类型。

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大厂算法面试:使用移动窗口查找两个不重叠且元素和等于给定值的子数组

如此类推，我们从数组最左端出发，如果窗口内元素和小于给定指定值，那么就向右移动end，如果大于给定值，那么就像左移动一个单位，当窗口挪出数组，也就是end的值大于数组最后一个元素的下标时，查找结束，当前能找到所有满足元素和等于特定值的所有子数组...第二步就是找到不重叠而且两个数组长度之和最小的子数组。这就是cornner case，也是不好调试通过的地方。...首先使用对应sub_array记录当前找到的满足条件的子数组，使用subarray_index作为遍历队列的标记。...，在这个遍历的过程中，我们记录下长度最小的子数组，使用shortest_array_index进行标记。...，因此时间复杂度为O(n)，同时我们需要使用一个队列来存放满足条件的子数组，因此空间复杂度为O(n)，这道题的难点在于获得两个不重叠的子数组，我花费了大量的时间在调试这一点上，如果面试机考中出现这道题，

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R Tricks: 如何处理Gaps & Islands问题？

提 出问题 话说有个擅长使用SQL的小伙伴在StackOverflow上提出了这样一个问题，他说，Gaps & Islands问题在SQL中能很容易解决，那么在R中也能高效解决吗？...我们可以发现，第1至4行的时间是有重叠的，其中最早的起始时间是（2014-01-15 08:00:00），最晚的结束时间是（2014-01-15 11:00:00）。而第5与第6行的时间也有重叠。...上一行代码中，使用的关键函数是累计最大值函数cummax。此外，由于cummax不能直接处理日期格式，所以需要先将日期转化为数字进行比较，完了再转换回日期。...从上图中我们可以看到，1-4行的grp值都为0，说明属于同一组；而5-6行的grp值为1，说明属于新的一组。...本 期总结 本期大猫带领大家学习了如何处理Gaps & Islands问题——也即如何合并时间上有重叠的观测。我们灵活使用了cummax与cumsum函数，他们在处理分组数据的时候尤其有用。

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文心一言 VS 讯飞星火 VS chatgpt （195）-- 算法导论14.3 3题

文心一言，去掉math，代码正常运行： 在Go语言中，你可以使用结构体来表示区间，并使用切片来存储区间集合。然后，你可以遍历区间集合，找到与给定区间重叠且具有最小低端点的区间。...然后，我们调用FindOverlapWithMinStart函数来查找与target重叠且具有最小低端点的区间，并打印结果。...然后，我们实现了一个插入函数，用于将新的区间插入到区间树中。最后，我们实现了一个overlapSearch函数，用于查找与给定区间重叠的区间。...在main函数中，我们创建了一个包含多个示例区间的切片intervals，并指定了待查找重叠区间的区间i。...findMinOverlappingInterval 函数在这个区间树中查找与给定区间 i 重叠且具有最小低端点的区间，或者在这样的区间不存在时返回 nil。

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Python数据分析之数据预处理（数据清洗、数据合并、数据重塑、数据转换）学习笔记

（2）duplicated()方法支持从前向后（ first）和从后向前（last）两种重复值查找模式，默认是从前向后查找判断重复值的。换句话说，就是将后出现的相同条目判断为重复值。 ...1.3.1 常用的检测方法有3σ原则（拉依达准则）和箱形图  ​ 3σ原则是基于正态分布的数据检洳而箱形图没有什么严格的要求，可以检测任意一组数据，  1.3.1.1 3σ原则  ​ 是指假设一组检测数据只含有随机误差...inner：使用两个 DataFrame键的交集，类似SQL的内连接  ​ 在使用 merge()函数进行合并时，默认会使用重叠的列索引做为合并键，并采用内连接方式合并数据，即取行索引重叠的部分。  ​...merge()函数还支持对含有多个重叠列的 Data frame对象进行合并。  ​ 使用外连接的方式将 left与right进行合并时，列中相同的数据会重叠，没有数据的位置使用NaN进行填充。 ...注意：使用combine_first()方法合并两个DataFrame对象时，必须确保它们的行索引和列索引有重叠的部分  3.

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孟德尔随机化：代码分享（二）

第一部分在这里：孟德尔中介分析全流程代码（一） 话不多说，上代码—— 1加载包 library(tidyverse) library(data.table) library(ivpack) library...默认 "设置是在有 3 个或更少的遗传变异时使用固定效应模型，否则使用随机效应模型。...二阶项包含了遗传与暴露相关性的不确定性--使用简单加权法可以忽略这种不确定性。 psi 基因与暴露的相关性与样本重叠产生的每个变异体与结果的相关性之间的相关性。...默认值为 0，相当于严格的双样本孟德尔随机分析（无重叠）。如果样本之间完全重叠，则相关性应设置为暴露与结果之间的观察相关性。只有在权重选项设置为 "delta "时，该相关性才会用于计算标准误差。...distribution 用于计算置信区间的分布类型。可选项有 "正态分布"（默认）或 "t-分布"。 alpha 用于计算置信区间的显著性水平。默认值为 0.05。

2.4K41

基因组分析工具的瑞士军刀—BEDtools

这些工具允许进行广泛的基因组分析任务，包括寻找重叠的基因或基因组区域、计算覆盖率、寻找最近的基因组特征等。...通过使用额外的参数（如“-wa -wb”），可以展示两个数据集B1和B2中与A数据集重叠的所有区域 ## 输出A和B有交集的区域 bedtools intersect -a ....比如ChIP-seq实验中的多个区间重叠时，这个命令可以把这些重叠的区间合并成一个大的连续区间。...例如，如果你想合并所有相距不超过1000个碱基对（bp）的特征区间，你可以使用 `-d 1000` 参数 bedtools merge -i ....比方来说，如果你有一个记录了某转录因子结合位点的BED文件，使用 bedtools complement 可以帮助你识别出那些没有转录因子结合的基因组区域。

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想进行ATAC实战分析却苦于没有实际数据，看这里

最为广泛使用的公共数据库包括GEO, TCGA, Encode等等，这些数据库称得上包罗万象，囊括了各种组学的数据。在没有实际数据集的情况下，都可以上这些数据库来找一找。...Visualization, 提供了对应的物种，转录因子名称，文献等注释信息，以及常规的QC指标和基因组浏览器的可视化结果 Data, 提供了bed，bigwig格式的peak calling结果，以及...BETA软件预测的peak对应的靶基因 Toolkit, 提功了3种最经典的分析结果，对于感兴趣的基因，预测调控该基因的转录因子，对于感兴趣的染色体区间，查找结合到该区间的转录因子，对于输入的peak区间...，查找结合区域与输入区间高度重叠的转录因子 通过首页的检索功能，可以快速检索感兴趣的数据集，以ATAC为例，检索条件示意如下 ?

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提升编程效率的利器: 解析Google Guava库之集合篇RangeMap范围映射（六）

基于红黑树的实现：Guava中的TreeRangeMap是基于红黑树实现的，红黑树是一种自平衡的二叉查找树。这种数据结构保证了RangeMap能够提供高效的范围查找和插入操作。...TreeRangeMap 插入重叠区间的行为： 当你尝试向 TreeRangeMap 插入一个与已保存区间发生重叠的新区间时，TreeRangeMap 会采取以下行为： 切割原有区间：为了确保每个区间都是互不重叠的...，TreeRangeMap 会对与新区间重叠的已保存区间进行切割。...当您调用 get(K key) 方法时： 查找对应的区间：TreeRangeMap 会使用其内部的红黑树结构来高效地查找包含给定值 K 的区间。...由于区间是排序的，并且树结构允许快速查找，因此这个过程通常是相当高效的。 返回区间对应的值：一旦找到了包含值 K 的区间，TreeRangeMap 就会返回该区间映射的值。

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文心一言 VS 讯飞星火 VS chatgpt （196）-- 算法导论14.3 4题

文心一言： 要在给定的时间内列出与区间 i 重叠的所有区间，我们可以使用区间树（Interval Tree）这种数据结构。...然后，我们实现了一个overlapSearch函数，用于查找与给定区间重叠的区间。最后，我们在main函数中创建了一棵区间树，并调用overlapSearch函数来查找所有与给定区间重叠的区间。...定义一个函数 query(node, interval)，用于在指定的节点 node 下查找与区间 interval 重叠的区间。 2....混元： 以下是使用 Go 语言实现的一个算法，它可以在 O(min(n, klogn)) 时间内列出与给定区间 i 重叠的区间。这个算法不会修改树，而是使用一个辅助函数来遍历树并收集重叠的区间。...listOverlappingIntervals 函数在这个区间树中查找与给定区间 i 重叠的区间，并返回一个包含这些区间的切片。

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无重叠区间——贪心算法

给定一个区间的集合，找到需要移除区间的最小数量，使剩余区间互不重叠。 注意: 可以认为区间的终点总是大于它的起点。 区间 [1,2] 和 [2,3] 的边界相互“接触”，但没有相互重叠。...示例 2: 输入: [ [1,2], [1,2], [1,2] ] 输出: 2 解释: 你需要移除两个 [1,2] 来使剩下的区间没有重叠。...示例 3: 输入: [ [1,2], [2,3] ] 输出: 0 解释: 你不需要移除任何区间，因为它们已经是无重叠的了。...题解：又是给了一组数组，问之间有无重叠区间，显然可以考虑将其排序之后，逐个比较，考虑局部最优解，符合贪心算法思想 因为区间的终点始终大于它的起点，我们考虑将其按照终点大小，由小到大排序 这里直接调用Arrays.sort...，需移除一个，再和下一区间左边界比较，此时count++; 若小于等于，则说明，区间无重叠，这时取到下一区间的右边界，向右递进，再和下下区间的左边界进行比较，直至到达数组末尾。

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常见编程模式之合并区间

合并区间（Merge Intervals） 基本原理及应用场景 合并区间模式是一种处理重叠区间的有效手段。在很多包含区间的问题中，我们可能需要去找出重叠的部分或将重叠部分合并。...合并区间（Medium） 给出一个区间的集合，请合并所有重叠的区间。...[0] end = interval[1] merged.append([start, end]) # 将最后一组区间添加到结果中...（形式上，闭区间 [a, b]（其中 a <= b）表示实数 x 的集合，而 a <= x <= b。两个闭区间的交集是一组实数，要么为空集，要么为闭区间。...插入区间（Hard） 给出一个无重叠的，按照区间起始端点排序的区间列表。 在列表中插入一个新的区间，你需要确保列表中的区间仍然有序且不重叠（如果有必要的话，可以合并区间）。

1.1K20

准备程序员面试？你需要了解这 14 种编程面试模式

用于识别使用二指针的时机的方法： 可用于你要处理排序数组（或链接列表）并需要查找满足某些约束的一组元素的问题 数组中的元素集是配对、三元组甚至子数组 下面是一些满足二指针模式的问题： 求一个排序数组的平方...下面是一些满足快速和慢速指针模式的问题： 链表循环（简单） 回文链表（中等） 环形数组中的循环（困难） 4．合并区间 合并区间模式是一种处理重叠区间的有效技术。...在很多涉及区间的问题中，你既需要找到重叠的区间，也需要在这些区间重叠时合并它们。...如果你被要求得到一个仅含互斥区间的列表 如果你听到了术语「重叠区间（overlapping intervals）」 合并区间模式的问题： 区间交叉（中等） 最大 CPU 负载（困难） 5....a）使用 HashMap 将图（graph）存储到邻接的列表中；b）为了查找所有源，使用 HashMap 记录 in-degree 的数量 2．构建图并找到所有顶点的 in-degree。

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准备程序员面试？你需要了解这 14 种编程面试模式

用于识别使用二指针的时机的方法： 可用于你要处理排序数组（或链接列表）并需要查找满足某些约束的一组元素的问题 数组中的元素集是配对、三元组甚至子数组 下面是一些满足二指针模式的问题： 求一个排序数组的平方...下面是一些满足快速和慢速指针模式的问题： 链表循环（简单） 回文链表（中等） 环形数组中的循环（困难） 4．合并区间 合并区间模式是一种处理重叠区间的有效技术。...在很多涉及区间的问题中，你既需要找到重叠的区间，也需要在这些区间重叠时合并它们。该模式的工作方式为： 给定两个区间（a 和 b），这两个区间有 6 种不同的互相关联的方式： ?...如果你被要求得到一个仅含互斥区间的列表 如果你听到了术语「重叠区间（overlapping intervals）」 合并区间模式的问题： 区间交叉（中等） 最大 CPU 负载（困难） 5....a）使用 HashMap 将图（graph）存储到邻接的列表中；b）为了查找所有源，使用 HashMap 记录 in-degree 的数量 2．构建图并找到所有顶点的 in-degree。

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多基因风险评分（PRS）分析教程

我们可用 md5sum检查文件的完整性： md5sum Height.gwas.txt.gz 参考基因组 我们还需要检查 base data 和 target data 是否使用了相同的参考基因组。...若使用了不同的参考基因组，则需要用 LiftOver[3] 进行坐标转换，使他们保持一致。 GWAS 结果 QC Base data 和 target data 都应执行严格的质量控制步骤。...样本重复 由于示例的 target data 是模拟产生的，所以这里的 base data 和 target data 之间没有重叠的样本。...bim filefwrite(bim, "EUR.QC.adj.bim", col.names=F, sep="\t") 4.确定在 base 和 target 上有不同等位基因的 SNPs (通常是由于使用不同参考基因组或...由于 target data 是模拟的，所以这里的 base data 和 target data 之间没有重叠的样本。

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