首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往
您找到你想要的搜索结果了吗?
是的
没有找到

cpu time和clock time、real time、wall time都是什么?以及在不同语言中如何计算

怎么计算CPU time 和Clock time 1.fortran语言中 在 Fortran 程序中,可以使用 Fortran 标准库中的 CPU_TIME 函数来计算程序的 CPU time,以及可以使用系统调用...在 Python 中,可以使用 time 模块来计算程序的 CPU 时间和 Wall Clock 时间。...f"CPU time: {cpu_time} seconds") print(f"Clock time: {clock_time} seconds") 4.linux系统中 在 Linux 系统中,可以使用命令行工具...具体使用方式为在命令行前加上 time 命令,例如: time ./my_program.exe 该命令会输出程序的 CPU 时间、wall time 和其它统计信息。...注意,time 命令实际上是运行了一个外部命令,因此它只能计算该命令的执行时间,而不能直接计算一个函数或程序的 CPU 时间和 wall time

1.8K10

手动计算logFC(wilcoxon差异分析)

前段时间有小伙伴问怎么手动计算logFC,今天说一下。 logFC是log fold change的缩写,也就是log之后的差异倍数。...这个差异倍数意思是某个基因在A组表达量的平均值是B组表达量平均值的几倍。 这个东西的计算其实很简单的,就是常规的对数计算而已。...limma做差异分析 首先对这个数据做下差异分析,也是用easyTCGA包,1行代码即可,基因芯片数据也是支持的。...如果是count矩阵,会自动使用DESeq2、limma、edgeR进行差异分析; 如果是tpm、fpkm、基因表达芯片数据,它会自动检测需不需要进行log2转换,然后进行wilcoxon和limma的差异分析...logFC 根据前面的理论,我们可以自己计算logFC,思路就是分别计算某个基因在两组中的平均表达量,然后直接相减即可。

1K30

python time模块的使用

>>> time.strftime( ISOTIMEFORMAT, time.localtime() ) ‘2007-06-02 12:54:29′ 用上我们的时间格式定义了,使用strftime对时间做一个转换...>>> time.strftime( ISOTIMEFORMAT, time.localtime( time.time() ) ) ‘2007-06-02 12:54:31′ >>> time.strftime...( d, t ):     '''     d=2006-04-12 16:46:40     t=2小时    return  2006-04-12 18:46:40    计算一个日期相差多少秒的日期...d2 ):     '''     minus to iso format date,return seconds     计算2个时间相差多少秒     '''     d1=ISOString2Time...==============+ 一、简介   time模块提供各种操作时间的函数   说明:一般有两种表示时间的方式:        第一种是时间戳的方式(相对于1970.1.1 00:00:00以秒计算的偏移量

1.6K30

Python中的Time和DateTime

time模块主要用于处理时间相关的操作,例如获取当前时间、时间的计算和格式化等。它提供了一些函数和常量,包括: time():返回当前的时间戳(自1970年1月1日午夜以来的秒数)。...time类:表示时间,包括时、分、秒和微秒。 timedelta类:表示时间间隔,例如两个日期之间的差异datetime.now():返回当前的日期和时间。...下面是计算两个datetime对象之间差异的示例 from datetime import datetime, timedelta # Create two datetime objects...例如,你可以使用datetime.now()获取当前日期和时间,使用date.today()获取当前日期,还可以进行日期的加减运算,计算两个日期之间的差异等。...如果你只需要表示和处理时间,使用time模块即可。如果你需要处理日期和时间,包括进行日期计算、格式化等操作,那么还需要使用datetime模块。 作者:Ebo Jackson

14940

使用DiffBind进行peak 差异分析

DiffBind是一个用于peak差异分析的R包,源代码保存在Bioconductor上,链接如下 http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html.../DiffBind.html 该R包采用了RNA_seq中差异基因表达的思路来进行peak的差异分析,和macs2的差异功能不同,DiffBind需要依赖已有的peak calling结果,将peak区域当做...RNA_seq中的基因区域,然后对这些区域进行定量和差异分析,其核心的差异分析通过调用RNA_seq中常用的R包来实现,支持以下3种差异分析的R包 DESeq DESeq2 edgeR RNA_seq中进行定量...dba.analyze(tamoxifen) tamoxifen.DB <- dba.report(tamoxifen) 从函数名称也可以看出,从DBA对象开始,整个过程分为以下4步 count,计算...Use of replicates strongly advised.') } 除了差异分析功能,DiffBind还提功了丰富的可视化功能,具体用法请参考官方文档。

2.7K10

golang中使用gorm写入time.Time的类型时间问题

TOC概述当我们使用golang来构建一个web应用或者其他使用到数据库的应用的时候,通常会选择使用gorm库。主要原因还是因为gorm库操作方便,简单易用。...而gorm在model层的结构体定义中,也提供了time.Time类型。但是在实际的使用中,如果我们不注意的话,可能会遇到一些奇怪的问题。遇到的问题1....:online_at;type:datetime;default:null;comment:上线时间" json:"online_at"`}方法二:使用*time.Time来代替在定义Tag model...的时候,如果类型定义为 *time.Time, 在gorm处理SQL的时候,零值就会使用null来拼接。...个人更推荐使用gorm的标签来制定default值。这样在真正需要指定时间的时候,只需要time.Now()即可,而不是t := time.Now() 然后将 &t 赋值。

1.6K20

python 模块、time、datetime 导入使用(4.0)

调用的都是系统级的接口, 提供时间的访问和转换的功能 查看时间 获取当前时间 # 有时区的 time.localtime() 返回的是一个time.struct_time对象 时间戳 time.time...() 时间的格式化输出 now = time.localtime() now = time.strftime("%Y-%m-%d %H:%M:%S", now) print(now) # 可以省略时间对象...now = time.strftime("%Y-%m-%d %H:%M:%S") 运算 将时间对象转换为list, 对相应的时间重新赋值后, 通过time.struct_time生成一个新的时间对象...time_list = list(time.localtime()) time_list[2] = 4 time.struct_time(time_list) 时间休眠 当前程序休眠n秒 time.sleep...(3) 时间模块datetime 封装了time, 提供了更高级和更友好的接口 查看时间 # 获取计算机时间, 返回的是一个datetime.datime对象 datetime.datetime.today

63620

宏基因组数据分析:差异分析(LEfSe安装使用及LDA score计算

文章目录 导读 原理 LDA score计算 安装 分析 文件输入格式 数据格式转换 lefse分析 绘制lefse结果图 绘制特征条形图 绘制系统发育树图 参考资料 导读 LEfSe(Linear...原理 首先在多组样本中采用的非参数检验Kruskal-Wallis秩和检验检测不同分组间丰度差异显著的特征; 然后在上一步中获得的显著差异特征,用成组的Wilcoxon秩和检验进行组间差异分析(若没有亚组...,该步跳过); 最后用线性判别分析(LDA)对数据进行分类和评估差异显著的物种的影响力(即LDA score)。...LDA score计算 计算步骤包括(详细计算过程看源码): 拟合lda模型,获取第一特征向量; 对第一特征向量进行标准化; 根据标准化后的第一特征向量,计算样本新坐标; 根据分组信息,计算组间距离,作为效应系数...如果物种太多,可以进一步对差异分析结果进行筛选过滤,只对差异特征进行绘图。

2.5K11

GWAS计算BLUE值3--LMM考虑残差异计算BLUE值

GWAS计算BLUE值3--LMM考虑残差异计算BLUE值 #2021.12.13 本节,介绍如何使用R语言的asreml包拟合混合线性模型,定义残差异质,计算最佳线性无偏估计(blue) 1....使用asreml计算BLUE值(定义残差同质) library(asreml) m1 = asreml(height ~ RIL, random = ~ location + location:RIL...使用asreml计算BLUE值(定义残差异质) m2 = asreml(height ~ RIL, random = ~ location + location:RIL + location:rep,residual...两个模型达到极显著,所以定义残差异质的模型是更好的。 所以,该数据,应该选择地点异质的模型作为计算BLUE值的模型。 6....模型3(同时考虑互作的残差异质和地点的残差异质)的BIC为2541.703 两模型达到极显著。

76420
领券