将你的数据整理好是一个可敬的、某些情况下是至关重要的技能,所以作者使用了数据木匠这个词。这是本书最重要的一章,将涉及以下内容:
DataFrame DataFrame 是一个表格或者类似二维数组的结构,它的各行表示一个实例,各列表示一个变量。 一. DataFrame数据流编程 二. 数据读取 readr/httr/DBI 1
本期“大猫的R语言公众号”由“村长”供稿。村长,数据科学、指弹吉他及录音工程爱好者,浙大金融学博士在读,在data.table包和MongoDB的使用上有较多经验。
数据处理在数据分析流程中的地位相信大家都有目共睹,也是每一个数据从业者面临的最为繁重的工作任务。 在实际应用场景下,虽然SQL(SQL类专业的etl语言)是数据处理的首选明星语言,性能佳、效率高、容易培养数据思维,但是SQL没法处理构建全流程的数据任务,之后仍然需要借助其他数据分析工具来对接更为深入的分析任务。 R语言作为专业的统计计算语言,数据处理是其一大特色功能,事实上每一个处理任务在R语言中都有着不止一套解决方案(这通常也是初学者在入门R语言时,感觉内容太多无从下手的原因),当然这些不同方案确实存在
作者:NSS 翻译:杨金鸿 术语校对:韩海畴 全文校对:林亦霖 本文约3000字,建议阅读7分钟。 本文为带大家了解R语言以及分段式的步骤教程! 人们学习R语言时普遍存在缺乏系统学习方法的问题。学习者不知道从哪开始,如何进行,选择什么学习资源。虽然网络上有许多不错的免费学习资源,然而它们多过了头,反而会让人挑花了眼。 为了构建R语言学习方法,我们在Vidhya和DataCamp中选一组综合资源,帮您从头学习R语言。这套学习方法对于数据科学或R语言的初学者会很有用;如果读者是R语言的老用户,则会由本文了解
《R for Data Science》: http://r4ds.had.co.nz/
Tidyverse 是 Rstudio 公司推出的专门使用 R 进行数据分析的一整套工具集合,里面包括了readr,tidyr, dplyr,purrr,tibble,stringr, forcats,ggplot2 等包。https://github.com/tidyverse/
由于业务中接触的数据量很大,于是不得不转战开始寻求数据操作的效率。于是,data.table这个包就可以很好的满足对大数据量的数据操作的需求。
我不生产知识,我只是知识的搬运工,以下内容是源于 B站 – 徐州更 的安装教程:可能是最好的R语言安装指南哔哩哔哩bilibili
何品言翻译,广东科技学院大学生,喜欢R语言和数据科学。 王陆勤审核,从事数据挖掘工作,专注机器学习研究与应用。 英文链接:http://www.r-bloggers.com/how-to-learn-r-2/ PPV课原创翻译文章,转载请注明以上信息及原文链接! 数据操作 把原始数据转换成具有一定结构的数据对于健壮性分析是很重要的,对是数据符合处理也是很重要的。R有很多的构建函数对原始数据进行处理,但是不是每个时候都能轻而易举的使用它们。幸运的是,有几个R包可以提供很大的帮助: tidyr包允许你对数据
作为专业人员,要不断的学习新事物,多多读书思考,克服浮躁情绪,才可以让自己的内心清澈如池水。不断的注入活水(新知识),才能滋润心灵焕发神采,才能达到比较高的境界!
CytoTRACE的iCytoTRACE函数需要调用python去除批次效应,因此需要先设置好python环境
所以要从bdata获得pd,adata.var作为fd,adata.X作为count信息
我在简书和公众号上已经分享了很多之前学习的数据分析笔记和文章,覆盖了各方面的内容,数据分析方面以后不会再个人分享特别基础的东西了。接下来我会让师弟师妹们定期分享自己的学习过程。
生物R包网站Bioconductor-安装方式BiocManager::install("包名")
连续两次求贤令:曾经我给你带来了十万用户,但现在祝你倒闭,以及 生信技能树知识整理实习生招募,让我走大运结识了几位优秀小伙伴!大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战,其中几个小伙伴让我非常惊喜,不需要怎么沟通和指导,就默默的完成了一个实战!
本文介绍了如何使用dplyr和data.table两个R包进行数据清洗、数据加工和数据分析,通过几个实际案例展示了dplyr和data.table的常用功能和高效操作。
有群友问如果文件比较大,读入 R 比较慢怎么办?我告诉他用 data.table 包的 fread 读取。
在小伙伴问大猫的所有关于R的问题中,“如何最快学R”应该是呼声最高的话题了。以前大猫曾经把自己的经验总结成一篇万字长文发在人大经济论坛中,但是由于篇幅太长,很少有小伙伴有时间看完。从今天开始,大猫会陆续把原来的这篇心得经过提炼后发出来,同时还会增加一些新的内容。
要纵向合并两个数据框,可以使用 rbind( )函数。被合并的两个数据框必须拥有相同的变量,这种合并通常用于向数据框中添加观测。例如:
大型数据集通常是高度结构化的,结构使得我们可以按不同的方式分组,有时候我们需要关注单个组的数据片断,有时需要聚合不同组内的信息,并相互比较。
今天在使用连接操作时发现:虽然都是合并操作函数,dplyr 包里的 *_join() 和基础包里面的 merge() 存在差异,不同的数据结构,结果也会存在偏差。
Python和R是数据科学生态系统中的两种主要语言。它们都提供了丰富的功能选择并且能够加速和改进数据科学工作流程。
最近jimmy老师在学徒群了扔了一个数据挖掘文献图表复现任务,作为老师的新晋小透明学徒,希望可以表现一下,在分析数据集GSE62133时,并没有其平台GPL14951相应的注释包,把这个探索过程分享一下吧,希望可以帮助到大家!
Python/R/Julia中的数据处理工具多如牛毛「如pandas、spark、DataFrames.jl、polars、dask、dplyr、data.table、datatable等等」,如何根据项目需求挑选趁手的武器,H2O.ai机器学习平台维护的一个项目给出答案。
本文来自 stack overflow 上的一个帖子 base与data.table适用 📷 SQL版 📷 流行的dplyr 📷 最后看看各种操作的性能吧 📷 data.table 就是牛批!(可惜没有tidyverse易用) 测试代码: library(microbenchmark) library(sqldf) library(dplyr) library(data.table) sapply(c("sqldf","dplyr","data.table"), packageVersion, simpli
在此基础上,我还写了CellphoneDB的笔记:细胞通讯分析之CellphoneDB初探(一),在这个帖子里简单介绍了CellphoneDB,以及CellphoneDB的环境配制、单样本实战,最后提供了一个可视化的函数cellphoneDB_Dotplot。另外,cellphoneDB似乎是不支持小鼠等其他物种的数据,因此我写了 一行代码完成单细胞数据人鼠基因同源转换,提供了一个函数,一行代码完成人鼠的基因同源转换,然后用转换后的数据走cellphoneDB流程即可。
一般来说,我们做生存分析,会有(P<0.05)和(P>0.05)两种结果。KM plot在生物医学中很常见,主要用来做预后分析,比如可以根据表达量把病人分成两组,然后比较哪组病人预后好,进而可以得出基因表达量高低与病人预后好坏相关性的结论。 画KM plot时,有时候会比较纠结怎样对病人进行分组,如何来设置分组的cutoff。一般来说常见的几种设置cutoff值得思路如下: 1:大多数情况下,根据表达量从低到高对样本进行排序,取前50%为低表达,后50%为高表达,然后画KM plot。 2:还有一些文章也会将样本表达量均分为三组或者四组。 3:一些文章也会选一些其它的cutoff,比如前1/3和后2/3,前25%和后25%(中间50%的数据去掉)。
有小伙伴拿自己的数据试了一下,反馈预测结果太多了。一般对于多个数据库或者多个软件预测的结果,可以通过取交集来提高预测结果的可信度,并且这样也能大大减少最后预测结果的数目。
如果你是一位数据分析师,必须学习并掌握结构化查询语言——SQL。但它主要用于查询检索数据,所以往往还需要掌握一门编程语言。
前文说到,在PDE5和ED这篇文章中,作者提到血压的数据是meta分析整合而得的。因此我也关注了一些gwas meta分析的知识,METAL是最常见的,简单介绍一下~
如果我们想探索一下什么基因研究的最多,那就是检索pubmed数据库资源。在 NCBI的ftp里面关于人的一些基因信息 :
本期开始大猫将直奔主题,从“语法灵活性(Syntax)”、“性能与并行计算(Performance & Parallel Computation)”、“商业/社区支持(Support)”三个方面比较不同统计软件。本期主题是“语法灵活性(Syntax)”,首先总结我们平时做的研究具有I/O Intensive以及Interactive的特点,然后告诉大家什么样的语法才最适合具有这些特点的研究工作。
这本书将教我们如何用R来做数据科学:学习如何将自己的数据导入R中,把它变成最有用的结构,转换,可视化并对数据进行建模。在这本书中,我们会学习数据科学需要实用技能。就像化学家学习如何清洁试管和储存实验室一样,我们将学会如何清洁数据,绘制绘图——还有许多其他的东西。
文章标题:《Single-cell reconstruction of the adult human heart during heart failure and recovery reveals the cellular landscape underlying cardiac function》
读取CSV文件最好的方法是使用read.table函数,许多人喜欢使用read.csv函数,该函数其实是封装的read.table函数,同时设置read.table函数的sep参数为逗号(",")。read.table函数返回的结果为data.frame。
SGMII接口(开启自协商)调试分为三个步骤,先测试SGMII最基本功能仿真、再测试SGMII最基本功能自回环上板、最后直接测试开启自协商功能后上板
-(3)注意:之前提到过,矩阵的某一列不能单独转换数据类型,需要把矩阵转换成数据框再转换某列的数据类型;或者把这列单独提取出来再转换其数据类型;
实际上, 这个方法还是过于粗糙了,肿瘤微环境的复杂程度,远不止基质和免疫细胞简单的归类。我随手查了一个比较新的综述文章:《Tumor microenvironment complexity and therapeutic implications at a glance》,链接是https://biosignaling.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12964-020-0530-4,感兴趣的可以自己研读:
使用R编程处理一个超出计算机内存限制的巨大数据集时,可以采用以下策略(其他编程语言同理):
相似性原理(similar property principle)指出,总体相似的分子应具有相似的生物活性。
关于dplyr的基本操作我已经写过很多笔记了,不再赘述,这篇文章重点介绍 dplyr 的一个函数 do() 的用法。
Matt:“老子在给世界上最大的金融机构打工,你竟然说 BUG 修复要等6个月?!”
也许很多小伙伴都注意到了,这一期的文章和往期的排版有所不同,因为从这一期开始,大猫将使用markdown来进行写作,并在最后用css来进行渲染输出。原来大猫使用的是秀米等富文本编辑器,最然可以实现很花哨的效果,但是每次编辑的时间可能都比写作的时间长,而且富文本编辑器对于代码块的支持极弱,语法高亮没有就算了,但是代码块无法水平滚动就不能忍。相比之下,markdown不仅对于代码有着先天的支持,而且只要在第一次设定好css,以后每次编辑的时间几乎为零,直接复制粘贴到公众号平台就可以渲染出非常漂亮的网页,简直美滋滋!
原作者 David Venturi 编译 CDA 编译团队 本文为 CDA 数据分析师原创作品,转载需授权 一年以前,我还只是一个没有任何编程经验的技术宅。在试着上了一些在线课程之后,我深受启发,接着决定开始学习加拿大最好的计算机科学课程之一。 两周后,我意识到我可以通过 edX ,Coursera 和 Udacity 来学习我需要的一切知识,并且更快、更有效、成本更低。所以我退学了。 在不久之后,我开始通过使用在线课程创建自己专属的数据科学硕士学位。并且制定了一份数据科学编程方向的课程清单,其中很多
数据框来源主要包括用代码新建(data.frame),由已有数据转换或处理得到(取子集、运算、合并等操作),读取表格文件(read.csv,read.table等)及R语言内置数据
发文章,写论文,分组统计检验直方图是最常见和最实用的,你是否还在烦恼如果把图画好,帮你解决困难啦!这里分享下同事新鲜写就的绘图脚本,自带了示例数据,可以一键出图,助力你的科研和学习。
核心软件包是ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr和forcats,它们提供了建模、转换和可视化数据的功能。
作者:Matt 自然语言处理实习生 http://blog.csdn.net/sinat__26917383/article/details/51302425 笔者寄语:本文大多内容来自未出版的《数据挖掘之道:基于R的实战之旅》的情感分析章节。本书中总结情感分析算法主要分为两种:词典型+监督算法型。 监督算法型主要分别以下几个步骤: 构建训练+测试集+特征提取(TFIDF指标)+算法模型+K层交叉验证。 基于监督算法的情感分析存在着以下几个问题: (1)准确率而言,基于算法的方法还有待提高,而目前的算
解决R语言排序问题的方法: order from base arrange from dplyr setorder and setorderv from data.table arrange from plyr sort from taRifx orderBy from doBy sortData from Deducer Most of the time you should use the dplyr or data.table solutions, unless having no-dependen
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