1安装包 问题： 如何安装R包？ 方法： 使用install.packages()函数来安装包，括号中写上要安装的包的包名。...install.packages(c("ggplot2","dplyr")) 2加载包 问题： 如何加载一个已经安装了的包？ 方法： 使用library()函数，括号中写上要加载的包名。...read_excel("datafile.xlsx", col_types = c("blank", "text", "date" ,"numeric") 6管道操作符%>% 问题： 如何以一种易读的方式调用一个函数并将其结果传递给另一个函数...方法： 使用管道操作符%>%（快捷键：Ctrl+Shift+m) #管道符由dplyr包提供 library(dplyr) #看一下morley数据集 view(morley) # Expt Run...dplyr包中的filter()函数， #仅仅保留Expt为1的那些行，之后该结果传递给summary()函数计算统计结果 morley %>% filter(Expt ==1) %>% summary
)示例数据直接使用内置数据集iris的简化版:test dplyr五个基础函数library(dplyr)创建一个示例数据框data 函数都用于将两个数据框按照某些共同的列进行合并，但它们有一些区别：语法差异：inner_join()函数来自于dplyr包，其语法更加简洁明了，通常使用管道操作符%>%进行链式调用。...，其中x和y是要合并的两个数据框，by是指定用于合并的列名。merge()函数是基础R中的函数，其语法为merge(x, y, by = NULL, ...)...，也是用来合并两个数据框，by参数也是指定用于合并的列名。包依赖：inner_join()函数属于dplyr包，因此需要先加载dplyr包才能使用。...例如，当两个数据框中存在重复的列名时，inner_join()会自动为其中一个数据框的重复列名添加后缀以区分，而merge()函数则不会自动处理，需要手动指定后缀。
（data.table）中查找特定的列名：列名应为“sample”、“gene”和“mutation”。...输入为数据框，其中列名为“chromosome”、“start”、“end”、“segmean”和“sample”，每一行表示一个具有拷贝数变异的片段。...基本输入为数据框，其列名为：“chrom”、“chromStart”、“chromEnd”、“name”和“gieStain”，这些列名与从 UCSC SQL 数据库中可获取的格式相匹配。...在这里，使用附带的数据集 cytoGeno 中预加载的基因组 hg38。...输入数据为数据框，其列名为“chromosome”、“position”、“n_vaf”（正常组织的变异等位基因频率）、“t_vaf”（肿瘤组织的变异等位基因频率）和“sample”，以及通过参数chr
包，该软件包中的飞机航班数据将用于本文中dplyr包相关函数的演示。...2.2 列名重命名 为了让列名简单易懂，可以使用rename函数，进行列名重命名。...2.3 删除缺失数据 我们采用dplyr包中的filter()函数，进行缺失数据的删除。脚本输入代码： myFlights 函数及组合结果 我们使用dplyr包中的summarize()函数，进行数据统计指标的获取及组合。计算出不同目的地的平行航行距离以及平均延误时间。...通过管道的连接方式，让数据或表达式的传递更高效，使用向右操作符%>%，可以直接把数据传递给下一个函数调用或表达式。
使用简单的表格展示gt基础 让我们使用一个R datasets包中不是很流行的数据集islands：它是一个命名向量。...我们使用dplyr根据它准备一个tibble： # 获取世界10个最大的大陆 islands_tbl <- dplyr::tibble( name = names(islands),...使用tab_source_note()函数可以在表格底部添加源注释。它除了可以使用markdown，还可以调用多次。...它们每一个都可以（1）提供一个行名或列名的向量（2）1个行索引/列索引的向量（3）包含在vars()函数中的裸列名（4）选择帮助函数starts_with()、ends_with()、contains(...在gt()函数中填入rowname_col参数即可生成根部分。另外，我们可以用另一个包含列名为rowname的数据集作为gt生成根部分的内容。
使用简单的表格展示gt基础 让我们使用一个R datasets包中不是很流行的数据集islands：它是一个命名向量。...我们使用dplyr根据它准备一个tibble： # 获取世界10个最大的大陆 islands_tbl <- dplyr::tibble( name = names(islands),...它除了可以使用markdown，还可以调用多次。...它们每一个都可以（1）提供一个行名或列名的向量（2）1个行索引/列索引的向量（3）包含在vars()函数中的裸列名（4）选择帮助函数starts_with()、ends_with()、contains(...在gt()函数中填入rowname_col参数即可生成根部分。另外，我们可以用另一个包含列名为rowname的数据集作为gt生成根部分的内容。
2 R 2.1 利用dplyr包实现多个列上连接数据框 dplyr包允许我们在多个列上连接两个数据框。...只需在by中添加列，这些列称之为“键”，比如by = c("x1" = "x2"， "y1" = "y2") ，结果如下所示： library(dplyr) set.seed(5) df1 中存储模型 假设我们想对鸢尾花数据集中的每个物种分别构建不同的回归模型，可以使用以下两种不同的方法: 用一个列表存储模型 my_models<-list() for (s in unique...Species==s,] my_models[[s]]<-lm(Sepal.Length~Sepal.Width+Petal.Length+Petal.Width, data=tmp) } Call...此时，可以定义一个形参，对形参应用sapply，并将固定的值赋给其余参数: # this is the function like a linear equation # of the form y=
3 加载 library和require，两个函数均可。使用一个包，是需要先安装再加载，才能使用包里的函数。...因此，当你使用 vars 变量时，你实际上是在引用那些具有这些名称的列。这样做的目的通常是为了在后续的函数调用中简化代码，特别是在你想要操作数据框中特定的列时。...在dplyr包的filter()函数中使用时，它可以用于筛选数据框中匹配给定集合中任一值的行。这行代码的作用如下： filter(test, ...): 在test数据框中筛选行。...包中的 inner_join 函数来合并两个数据框（data frames）的命令。...这意味着函数将查找 test1 和 test2 中列名为 "x" 的列，并基于这两列中的匹配值来合并行。只有当两个数据框中都存在列 "x" 且某些行在这一列的值相等时，这些行才会出现在最终的结果中。
索引数据框中的某一列 df$A可以索引数据框df中列名为A的列的所有值。那么假如列名是一个R对象怎么做？...分别指定为x轴和y轴）指定绘图属性，但如果列名字是一个R对象呢？...这一情况常发生于自定义函数时。 library(ggplot2) ggplot(data=df, aes(x=A, y=B)) + geom_point() 如下：就需要使用sym和!!...了，都来源于rlang包。 sym把一个R字符串对象转换为一个symbol。 (bang-bang操作符)!!则把symbol再转回R字符串对象，等同于直接写这个对象。...library(dplyr) df %>% select(A,B) ## A B ## 1 1 2 ## 2 2 4 ## 3 3 6 ## 4 4 8 ## 5 5 10 # 等同于
博客原文：https://suzan.rbind.io/2018/01/dplyr-tutorial-1/ 作者：Suzan Baert 这是一系列dplyr函数中的第二篇文章。...其次，它需要以函数形式的变异指令。 如果需要，请使用代字号或funs（）之前（见上文）。...在这种情况下，您可以包装任何列的选择（使用select（）函数内可能的所有选项）并将其包装在vars（）中。 其次，它需要以函数形式的变异指令。 如果需要，请使用代字号或funs（）之前（见上文）。...如果我想在几分钟内完成，我可以使用mutate_at（）并将包含列的所有'sleep'包装在vars（）中。 其次，我在飞行中创建一个函数，将每个值乘以60。...如果要添加另一个数据框的信息，可以使用dplyr中的连接函数。
dplyr包实现数据的清洗处理，包括数据整合、关联、排序、筛选、汇总、分组等。...1）安装、加载dplyr包、准备数据 install.packages("dplyr") #加载dplyr包 使用dplyr包处理数据前，建议先将数据集转换为tbl对象。...data(iris) #本文使用iris示例数据集。 2）数据记录筛选（行筛选） filter函数:按指定条件筛选符合条件中逻辑判断要求的数据记录。...:可以通过指定列名选择指定的变量进行分析，得到的为选择的列。...11）数据合并 dplyr包中也添加了类似cbind()函数和rbind()函数功能的函数，它们是bind_cols()函数和bind_rows()函数。
使用dplyr高效处理数据 这个包名的意思是数据框钳，相比基础R的优点是运行更快、与整洁数据和数据库配合好。函数名的部分灵感来自SQL。 ?...与基本R中类似函数不同，变量无需使用 $ 操作符就可直接使用，设计与magrittr包的%>%管道操作符一起使用，以允许每个数据阶段写成新的一行。其是一个大型包，本身可以看成一门语言。...列改名 rename()，使用反引号‘`’包裹，允许R使用不规范的列名。...非标准计算 代码中没有引号包裹的原始名字，这种方式叫做非标准计算（NSE），高效交互使用函数，减少键盘输入，允许Rstudio中自动完成。还是函数名多个_。...mongolite包可以连接MongoDB，MonetDB也可以。 数据库与dplyr 必须使用src_*()函数创建一个数据源。
Day6-学习dplyr_R包加载包library(dplyr)示例数据直接使用内置数据集iris的简化版:test dplyr五个基础函数1....mutate(),新增列2.select(),按列筛选,列名列号都可以.select(数据框，列号/列名)3.filter()筛选行filter(数据框，列名==想筛选的值的行)4.arrange()...,按某1列或某几列对整个表格进行排序arrange(数据框, 排序的列名)，desc从小到大排序参数5.summarise()：汇总正在上传图片...dplyr两个实用技能1：管道操作 %>% (cmd.../ctr + shift + M)2：count统计某列的unique值dplyr处理关系数据1.內连inner_join,取交集2.左连left_join3.全连full_join4.半连接：返回能够与...y表匹配的x表所有记录semi_join5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join6.简单合并：bind_rows()函数需要两个表格列数相同，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数
tidyverse就是Hadley Wickham将自己所写的包整理成了一整套数据处理的方法，包括ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr、forcats...library(tidyverse) #加载以下tidyverse中核心的packages: ggplot2：画图，可视化数据 dplyr：操控数据，过滤、排序等 tidyr：清理数据 readr：(...install.packages("tidyverse") #安装包 关联的包比较多，耐心等待一会儿 library(tidyverse) #使用前，记得载入包 以下讲：readr（读）、tibble...：数据整理 dplyr包的下述五个函数用法 4.1 筛选: filter 4.2 排列: arrange 4.3 选择: select 4.4 变形: mutate 4.5 汇总: summarise...Temp - 32) / 1.8 mutate(airquality, new = -Ozone, Temp = (Temp - 32) / 1.8) 4.5 汇总: summarise() #对数据框调用其它函数进行汇总操作
在使用ggstatsplot包绘制图形时遇到"Error in select(): ! Names must be unique."的错误，这通常意味着在数据处理过程中，列名或其他标识符出现了重复。...根据搜索结果，这个问题可能与数据处理方式有关，尤其是在使用dplyr包的select()函数时。 解决这个问题的一种方法是确保在进行选择操作时，所选的列名是唯一的。...例如，如果你在创建一个自定义函数来绘制图形，并且函数内部使用了select()，你需要确保传递给select()的变量名在数据框中不是重复的。...如果需要从函数参数中动态选择列，可以使用rlang包中的sym()或!!操作符来避免非预期的列名重复问题。...此外，如果错误发生在使用ggstatsplot的ggwithinstats()函数时，这可能是因为在处理大量数据点时，函数内部的某些操作导致了列名不唯一。
箱式图用于多组数据平均水平和变异程度的直观分析比较。每组数据均可呈现其最小值、最大值、平均水平，最小值、最大值形成间距都可以反映数据的变异程度。 主要函数为geom_boxplot()。...如果每一行为一个样本，每一列为一个基因则需要使用t()进行转置。...3) colnames(exp) = paste0("sample",1:8) 2 数据处理 2.1 添加分组信息 library(tidyr) library(tibble) library(dplyr...) dat = t(exp) %>% # “%>%”为管道符，相当于linux中的“|” as.data.frame() %>% # 只有数据框才能使用将行名变成一列的命令 rownames_to_column...values_to = "count") # 其余的列名 长数据 3 作图 library(ggplot2) p = ggplot(pdat,aes(gene
但目前seurat包已经更新到5.0.1版本，更新后使用起来也花了一些时间Seurat包更新与使用初探 虽然感觉在seurat对象结构上，V4和V5版本区别不大——V5和V4版Seurat对象内部结构对比详细版...而在V5版的seurat中如果是分开读取多个文件后，再使用merge函数其实并没有把每个样品的表达量矩阵merge。...那我们可以先把多个样品合并成为了一个超级大的表达量矩阵，并使其行名为基因名，列名为barcodes信息，后面直接针对它来使用CreateSeuratObject函数去构建Seurat对象，就是完美的下游分析的输入数据啦...使用Seurat的v5来读取多个10x的单细胞转录组矩阵 使用Seurat的v5来读取多个不是10x标准文件的单细胞项目 不同格式单细胞多数据读取方法 读取数据进行分析之前，我们需要安装加载需要的R包，...之前的推文也整理过需要安装的系列R包 library(COSG) library(harmony) library(ggsci) library(dplyr) library(future) library
一个代码在R console中是直接运行到结束的，如果想要获得其中间态：语句，可以使用expr函数来捕获它。...这些函数在rlang包中有更加系统的相同角色的存在：parse的对应函数是parse_expr（语句还重新变为字符串，使用expr_text）。...下面完成的上述操作的所需的函数都是rlang包中相应函数。 如何使用!!...辅助dplyr完成编程工作 上面的例子中，之所以group_var不起作用，是因为dplyr直接将group_var当做变量名，然后去mtcars中寻找名字叫做group_var的列，这肯定是会报错的。...也不局限于dplyr，它是R MetaProgram的一部分 比如对于ggstatplot包而言，它是一个统计及绘图的包，常规使用如下： ### 两种写法都可以 mtcars %>% ggstatsplot
今日学习内容：如何安装R包？...认识dplyr，函数、功能等---安装和加载R包镜像设置方法一：手动设置，Tools→Packages→Primary CRAN repository方法二：自动运行教程来自：https://www.jianshu.com.../p/861224f4251aoptions() 设置R运行过程中的一些选项设置options()$repos 查看使用install.packages安装时的默认镜像options()$BioC_mirror...查看使用bioconductor的默认镜像R最重要的两个配置文件: 一是.Renviron，能够设置R的环境变量； 二是.Rprofile，如果启动时找到这个文件，那么就替我们先运行一遍（这个过程就是在启动...(dplyr)dplyr五个基础函数mutate() 新增列，(x，列名=相关数据)select() 筛选列，（x，列号或列名）filter() 筛选行，（x，列名==想要的行）需要逻辑判断arrange
今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...#务必要打引号 02 R包的调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号 部分人可能会因为镜像的问题失败，解决方法https://mp.weixin.qq.com...的两个实用技能 1.count统计某列各元素出现的次数 count(test,Species) 2.管道操作 %>%（CTRL+SHIFT+M） 加载任意一个tidyverse包都可以使用管道符号...其核心包有ggplot、readr、tibble、purrr、 tidyr 、dplyr、ggplot、forcats 和stringr8个. 我们这里用的是dplyr包，因此可以使用管道。...4.semi_join 半连接:返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join(类似于excel中的vlookup函数) semi_join(x=test1,y=test2,by='x') 5.
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