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跟着PNAS学作图:R语言ggplot2绘制面积

论文中公布了部分作图代码,作图使用到的是R语言的ggplot2。跟着其中的代码学习一下。...论文本地文件是e2113075119.full.pdf 今天的推文重复一下论文附件的Fig S1 这个是用面积来展示的拟南芥基因组变异长度的分布 论文中提供的代码链接是 https://github.com...library(ggplot2) library(data.table) library(dplyr) 将数据整理成作图要求的格式 dat$length = dat$V1 dat[which(dat...论文中提供的代码是因为有很多相同的数据要处理,所以他把作图代码整理成了函数的形式,大家可以研究一下论文中提供的代码 总共有18个这种,最后如果要拼图可以借助aplot这个R包,这个R包里有一个函数是...p,p,p,p,p,p,p,p,p),ncol=4)+ plot_annotation(tag_levels = "a") dev.off() 最终结果如上 今天推文的示例数据和代码可以推文开头提到的

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R」数据可视化10:面积

本文作者蒋刘一琦,自嘲是一个有艺术追求的生信狗,毕业于浙江大学生物信息学专业,目前复旦大学就读研究生,研究方向为宏基因组。 什么是面积 面积是一种源于折线图但是改变了其展现方式的图形。...William Playfair,苏格兰工程师和政治经济学家,是图形化统计方法的创始人,是面积的发明人,除此之外他还发明了折线图、条形、饼等。...他发表于1786年的著作The Commercial and Political Atlas中使用面积: ? 让我们来看一个维基百科给的例子: ?...通过上述例子可以看出面积和折线图很相似,很多时候两者可以相互替代,以丰富数据可视化的形式。...怎么做面积 1)需要什么格式的数据本次使用的是一个US economic time series的名叫economics的数据。我们选择其中的两列数据:psavert和uempmed。

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Top50ggplot2Visualizations_第2幅:面积

第一部分 公众号里有朋友提问——散点图添加拟合曲线的图中如何添加一条虚线对角线? ?...image.png 就是由A变成B;应该有很多方法可以实现,这里我使用geom_segment()函数 geom_segment()函数需要四个参数:起点位置坐标和终点位置坐标,默认是实线;通过linetype...上面图片的实现代码 head(cars) library(ggplot2) p1<-ggplot(cars,aes(x=speed,y=dist))+ geom_point()+ geom_smooth...), linetype=2) ggpubr::ggarrange(p1,p2,ncol=2,labels = c("A","B")) 第二部分 原文地址 http://r-statistics.co.../Top50-Ggplot2-Visualizations-MasterList-R-Code.html 今天重复这个教程的第二幅 Area Chart 直译过来是面积 面积通常是用来展示某个指标和某个基准线来比较

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R语言可视化——面积(区域)及其美化

今天要跟大家分享的是面积,也就是经常提到的区域。...=Fac))+geom_area() 默认情况下,加入分类变量之后的面积的位置调整参数为堆积:我们可以通过添加位置参数position进行确认: ggplot(data5,aes(Year,Sale...,fill=Fac))+geom_area(position="stack") 面积图层位置调整与之前介绍过的一样,都可以通过调整position内的参数完成: ggplot(data5,aes(Year...,Sale,fill=Fac))+geom_area(position="identity",alpha=0.1) #不做任何位置变换,但是由于面积区域图层间相互遮挡,造成阅读不便。...当然,面积也不适合使用dodge参数的,dodge参数要求横坐标为离散刻度(即不可以相互遮挡) ggplot(data5,aes(Year,Sale,fill=Fac))+geom_area(position

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R-ggplot2 基础图表绘制-柱形

,横轴为绑定变量区间分隔的取值范围,纵轴则表示变量不同变量区间上的频数。...大家可以认真学习下theme() 设置的属性,这可是设置精美可视化作品的关键。...geom_bar()绘制柱形 若想使用geom_bar()绘制统计频数的直方图,可以添加scale_x_binned() 加以限制辅助。...grid包添加图片美化 添加与绘制图表主题、颜色等元素相关的图片,可以使你的可视化作品增色不少,ggplot2添加图片则十分简单。这里我们选择了与主题相符的图片,用于提升绘图结果的美观性。...总结 以上就是R-ggplot2关于基础柱形的绘制推文教程,太具体的原理性这里也没做过多介绍,感兴趣的可以自行查阅相关资料。接下来还有Python版本的哦! 练习数据获取

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使用R语言ggplot2包绘制SCI论文配密度散点图

R适用于统计分析,绘图的一款编程软件,R属于开源,自由,免费的软件。随着生物信息学的发展,R语言在数据分析和绘制图形上都有着十分重要的优势。尤其是现在大部分科研绘图,都使用R语言来完成的。...那么下面我就用所学R知识不多的情况下教大家绘制这幅SCI配。 本次绘图工具:RStudio。 RStudio是R的集成开发环境,界面更加丰富实用,使用起来更加方便。...本次绘图所使用R包:ggplot2和ggpointdensity ggplot2是R语言绘制图形一个十分重要也是非常基础的一个包,使用ggplot2再加上R自带的base画图基本可以完成所有图形的绘制...ggpointdensity) 3.导入数据 data = read.csv("1_zd_aodPM25.csv") 4.使用ggplot2开始画图 p2 = ggplot(data, aes(x=...,总共使用了30行左右的代码,是不是很赞,大家对这幅有什么建议或者有什么问题都可以私聊我,也可以找我要源代码。

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R-ggplot2 空间绘图 - 房价气泡的绘制

,如果遇到喜欢的图表我也会进行仿制和再现的。...geojson数据格式读取 ggplot2 可视化展示 openxlsx 实现R灵活读取excel文件 ggtext包实现文本定制化操作 geojsonio包对geojson数据格式读取 这里使用的数据和上期推文的数据一样...label.position = "bottom", nrow=1))+ labs( title = "香港售二手房分布...ggtext 实现文本同行不同颜色设置 对一行文本不同颜色、粗细等文本属性的设置,ggtext包 可以轻松实现(这个Python目前还无法高效实现),这里我们只放出相应的代码,如下: #导入ggtext...包 library(ggtext) #需要定制文本的地方 labs( title = "香港售二手房分布", subtitle="数据来源: <span style

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R语言可视化——ggplot绘制中心密度辐射

因为ggplot2一直没有看到好的关于密度辐射(或者称它为热力辐射,就是那种PowerMap可以通过颜色色度探查区域指标分布密度的图表类型)的合适解决方案,最近在看github官网上ggmap...的介绍帖,看到作者ggmap函数嵌套了geom_polygon图层并并使用fill=..level..参数和stat="density_2d"来来制作类似的热度辐射。...rstudy的文件包(我刘万祥老师的公众号里发现的,现在应该也还可以获取),如果手上没有数据可以添加魔方学院的QQ群,群共享里查找R语言资料。...(共享文件比较多,可能需要找一阵子) 另一个是之前讲解REmap热度辐射时用过的城市价值指标数据集,推送后会共享魔方学院的QQ群里。...,必须加载才能用 感兴趣的小伙伴儿可以移步去github官网上搜索ggmap官方介绍,里面使用ggmap调用谷歌地图做的热度,效果很棒。

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