Figure1，涉及到5个图，分别是折线图，韦恩图，散点图，频率分布直方图，最后一个知识点是如何将这5个图组合到一起 image.png 首先是定义作图主题的内容 library(ggplot2)...，如果按照他的主题来做出图没有横纵坐标轴 第一个折线图的代码 library(readxl) df.peer <- read_excel("data/20220627/Fig1.xlsx", sheet...坐标轴文本千分位用逗号分隔，论文中没有提供这个代码，可以参考链接 https://scales.r-lib.org/reference/label_number.html image.png 第二个韦恩图的代码...他这里的韦恩图是借助ggforce这个R包直接画了两个圆 df.venn <- read_excel("data/20220627/Fig1.xlsx", sheet = "1b") library...#238b45","#2171b5"))+ theme(axis.line.y = element_line(), axis.line.x = element_line()) p3 分面以后两个
通常密度会随附一种叠加的图表类型，如箱形图，以提供一些其他的数据信息，即矩形上下边框代表第一个和第三个四分位数，中间点是中位数。 小提琴图可以用来观察数据的分布情况，也可用于比较多个组之间的分布。...#p值校正方法 notchwidth = 0.5, #对于有缺口的箱形图，缺口相对于主体的宽度(默认为0.5) linetype = "solid", title = "Fuel efficiency...这里的小提琴图是箱形图和核密度图的组合。...legend.position="none" #不加图例 ) + coord_flip() #翻转坐标 ggnormalviolin ggnormalviolin是使用ggplot2根据指定的均值和标准差创建正态分布的小提琴图的方法...", "len", color = "supp", palette = c("#00AFBB", "#E7B800"), add = "boxplot") 小编总结 写文章时，对样本的分布进行展示和统计分析
其所属的分组不由它们在矩阵中的位置决定，而是在一个单独的列中指定。 术语 数据是我们想要可视化的对象。它包含了若干变量，变量存储于数据框的每一列。...分组指的是在一个图形中显示两组或多组观察结果。小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。需要注意，ggplot2包在定义组或面时使用因子。 这里我们使用mtcars数据集查看分组和面，并进行绘图。...分组 在R中，组通常用分类变量的水平（因子）来定义。 分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如颜色、形状、填充、尺寸和线条类型的视觉特征的分组变量来完成的。...使用添加修改上一个图的代码对图形展示效果进行修改： labs(title="Faculty Salary by Rank and Sex", x='', y='',fill='Gender')...mytheme.png 多重图 基础绘图中，我们使用图形参数mfrow和基本函数layout()把两个或多个基本图放到单个图中，同样，这种方法在ggplot2中不适用。
背景介绍 写论文画图的时候小提琴图，热图，箱线图，画来画去都长得差不多，是不是觉得很烦恼？今天小编为大家介绍一个可以让科研论文统计绘图颜值提升好几个level的R包：ggstatsplot。...ggstatsplot的思路就是将这两个阶段统一在带有统计细节的图形中，提高数据探索的速度和效率。 ggstatsplot提供了多种类别的统计绘图。...ggstatsplot和它的后台组件还可以和其他基于ggplot2的R包结合起来使用。...(“ggstatsplot”) library(ggstatsplot) 02 — 函数介绍 （1）ggbetweenstats：小提琴图，箱形图 此函数用于创建小提琴图、箱形图或组间或组内比较的组合图...并将列联表分析(受试者间设计的皮尔逊卡方检验和受试者内设计的麦克内马卡方检验)的结果包含在图的副标题中。
1（空心圆圈），第二个使用符号2（空心三角形），以此类推。...另外，我们对分组变量的10个水平的符号都进行了定义，而不是7个。这种图形设置效果将会一直存在，直到关闭图形设备。你可以按照此方式对其他任意图形参数进行修改。 ?...它将把第一幅图放置到第二幅图的上面。具体来讲，第一个plot()函数把页面分割成一列 两行的矩阵，并将图形放置到第一列、第一行中（自上往下、从左至右地计数）。...依赖于GTK+ GUI，用户可以使用鼠标编辑图形 与identify()函数不同，playwith()既对R基础图形有效，也对lattice和ggplot2 图形有效。...这意味着你可通过鼠标对观测点进行选择和识别，并且对其中一幅图形的观测点突出显示时，其他被打开的图形将会自动突出显示相同的观测点。另外，还可通过鼠标来收集图形对象（诸如点、条、线）和箱线图的信息。
本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。 什么是箱形图 箱形图（Box-plot）是一种用作显示一组数据分散情况的统计图，因形状如箱子而得名。...除了生信领域，该图在其他领域也经常被使用。主要用于反映原始数据分布的特征，并且可以进行多组数据分布特征的比较。...箱形图能显示出一组数据的最大值(Maximum)、最小值(Minimum)、中位数(Median)及上下四分位数(1st/3rd Quartile),同时还可以显示逸出值(Outlier)。 ?...箱形图怎么画 (1) 需要什么格式的数据 我们需要的数据只要两列，一列为x，一列为y。本次我们使用R中提供的iris数据。 ?...比如我们想要探究不同物种的花萼长度差异。 (2) 如何使用ggplot2做箱形图 利用ggplot2画图的核心命令是geom_boxplot。我们先来尝试做一个最最基础也是最丑的boxplot图。
箱形图(Box-plot)又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。在各种领域也经常被使用。...2 ggplot2 使用ggplot2来画箱线图是现在常用的方法 library(tidyverse)# 定义一种主题，方便后面重复使用theme_boxplot<- theme(panel.background...同样的，我们可以对箱线图添加抖动点，但是分组之后，并不能直接添加抖动点，需要增加两列信息来辅助画抖动点 # 增加dist_cat和scat_adj ，用于画抖动点data% mutate...小提琴图本来是由两个左右对称的密度估计曲线构成，那么对数据分组之后，我们可以只保留两个小提琴图的各一半，这样更能直接的观察出两组之间的差异！...，它可以直接帮你画出箱线图、密度分布图、直方图、点图、偏差图，最重要的是画这些图的同时标上significance levels，使用起来也比较简单。
与基础图形不同的是，要调用ggplot2函数需要下载并安装该包 > install.packages("ggplot2") 第一次使用前还要进行加载 > library(ggplot2) 本次教程中，将用三个数据集解释...分组指的是在一个图形中显示两组或多组观察结果。小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。ggplot2包在定义组或面时使用因子(factor)（主要涉及函数facet_grid()）。...函数ggplot()指定要绘制的数据源和变量，几何函数则指定这些变量如何在视觉上进行表示(使用点、条、线和阴影区)。表1列出了几种常见的几何函数（目前有37个几何函数可供使用）。 表1，几何函数 ?...为了给大家展示这些选项的作用，这里给出两个例子（图5，6）。图6中将小提琴图和箱线图结合起来，这对于基础图形来说，就很难实现了。 表2，几何函数中的常见选项 ? 图5，展示常见选项的图例 ?...图6，小提琴图和箱线图的组合 ? 讲到这里，必须要强调使用ggplot2的最终目的还是为了更好的理解数据。而为了理解数据，在一个图中画出两个或更多组的观察值通常是很有帮助的。
使用ggplot2进行数据可视化② 添加其他变量的一种方法是aesthetics。 另一种对分类变量特别有用的方法是将绘图分割为多个子图，每个子图显示一个数据子集。...如果您不想在行或列维度中进行构面，请使用。 而不是变量名，例如facet_grid（.〜cyl）。 Genometric Objects 两个图包含相同的x变量，相同的y变量，并且都描述相同的数据。...每个图使用不同的可视对象来表示数据。 在ggplot2语法中，我们说它们使用不同的geom。 geom是绘图用于表示数据的几何对象。 人们经常根据情节使用的几何类型来描绘情节。...例如，条形图使用条形图，折线图使用线条图，箱形图使用箱形图格栅等。 散点图打破了这一趋势; 他们使用点geom。 如上所述，您可以使用不同的geom来绘制相同的数据。...请注意，此图包含同一图表中的两个geom！我们将很快学会如何在同一个地块中放置多个geoms。
image.png 重复的图片是Figure1中的堆积柱形图和箱线图，然后将其组合 ? 需要的工具及准备 本次可视化基于windows 10系统。...第二列：每个组里的不同物种。第三列：每个分组里的每个物种的相对丰度。 这样分清层次后，我就自己生成了以下数据，并存为CSV格式。 ?...各类检验适用 的情况如下： ? ggsignif主要的一个函数是geom_signif()，使用方法和ggplot2中其他的geom_***()一样，作为图层添加到图形中就可以，他的主要参数为： ?...然后对上述结果进行一个分组： p3<-p2+geom_boxplot()+facet_wrap(~gender)#分箱处理 运行得到分组的箱图： ?...,p2,p3,labels = c("A","B","C","D",ncol=2,nrow=2))#两行两列 说明：输入每个箱图的名字p0,p1,p2,p3,给定图名，几行几列，运行就可以得到组合图：
aes : 同样适用于修改geom_XXX() aes参数控制了对哪些变量进行图形映射，以及映射方式 图形属性（aes）横纵坐标、点的大小、颜色，填充色等 几何对象函数 描述 geom_abline 线图...箱线图 geom_contour 等高线图 geom_crossbar crossbar图（类似于箱线图，但没有触须和极值点） geom_density 密度图 geom_density2d 二维密度图...二维密度图，用六边形表示 stat_boxplot 绘制带触须的箱线图 stat_contour 绘制三维数据的等高线图 stat_density 绘制密度图 stat_density2d 绘制二维密度图...scale_gradient 两种颜色构建的渐变色 scale_gradient2 3中颜色构建的渐变色 scale_gradientn n种颜色构建的渐变色 scale_grey 灰度颜色 scale_hue...均匀色调 scale_identity 直接使用指定的取值，不进行标度转换 scale_linetype 用线条模式来展示不同 scale_manual 手动指定离散标度 scale_shape 用不同的形状来展示不同的数值
ggplot2 命令的基本组成 具体来讲，在 ggplot2 程序包中，每一副图都是由若干组件组成的，这些组件包括： data: 数据，必须为 data.frame。...coordinate system: 数据可视化，主要是在二维平面上表示数据的关系，所用坐标系一般为平面直角坐标，有时会用到极坐标、地图投影等。ggplot2 软件默认使用平面直角坐标。...geoms: 包括 geoms_开头的各种对象，用来绘制各种基本组件，包括点、线、面、多边形、柱状图、箱线图等。 aesthetics: 图形的美学特征，如颜色、形状、透明度、大小、分组等。...完整的 ggplot2 绘图命令， 总是以 ggplot() 开始。 ggplot() 及其参数奠定整个 ggplot2 图形的基础，最重要的两个参数为 data 和 mapping。...aes 可以直接访问 data 参数所输入数据框的各列，从而直接控制图形的横坐标、纵坐标、分组以及各组的颜色、大小、透明度等等。
绘图系统 ggplot2初识 更多下期详解 引言 不同类型变量常用的图表 连续数值变量 一个数值变量可以用：柱状图，点图，箱图 两个数值变量可以用：散点图 分类变量 一个分类变量的可视化：频率表，条形图...两个分类变量的可视化：关联表，相对频率表，分段条形图 一个分类变量一个数值变量： 分类箱图、条形图 1 Lattice绘图系统 特点：一次成图；适用于关系变量间的交互：在变量z的不同水平，变量y如何随变量...用来分组的变量（因子） index.cond 列表，设定面板的展示顺序 key(或auto.key) 函数，添加分组变量的图例符号 layout 两元素数值型向量，设定面板的摆放方式（行数和列数）；如有需要...1.5 页面布局 lattice无法使用par()函数，因此需要将图形存储到对象中，然后利用plot()函数中的split = 或position = 选项来进行控制 split的方法，将第一幅图放置到第二幅图的上面...：第一个plot()函数把页面分割为一列两行的矩阵，并将图形放置到第一列第一行中；第二个plot()函数将图形放置到第一列第二行中，由于plot()函数默认启动新的页面，因此使用newpage = FALSE
，下面我们就对ggplot2的语法规则进行探索： 3.1 ggplot2的绘图过程 我们先来看一下ggplot2的绘图过程： 仅根据上面的图，你心中一定很是疑惑，没关系，请你先短暂浏览上面这个过程...，下面我们对这个过程进行一系列拆分，再回过头来理解这个过程（接下来会连续使用到mpg数据集）； 3.1.1 图层 图层，就是生成在基础图床上的一种图形，它表现了信息的一种特点，例如： library...，当传入的属性值非正常输入时，譬如colour中输入的是data中某列类别型变量时，整个绘图过程不会有异常，因为ggplot2内部非常“宽容”地对类别型变量进行了标度转换，如下例： qplot(displ...，该函数有两个主要的参数，对应了数据和图形属性映射，这两个参数将作为接下来绘图的默认参数，直到在新加的图层中设定了新的参数，默认值才会被修改‘；其中，数据指定绘图所使用的默认数据框且必须是数据框；映射的设定则与...，并多次使用过，它控制生成的图像类型； 3.2.5 位置调整 位置调整指的是对该层中的元素位置进行微调，ggplot2中所有可用的位置调整参数如下： 名称 描述 dodge 禁止重叠，并排放置 fill
z-score标准化可以去除不同环境因子量纲的影响。 一般情况下，上面方法中默认MARGIN=1是默认对样品进行处理，默认MARGIN=2是默认对物种或者环境变量进行处理。...为了比较不同标准化方法对群落数据的影响，我们使用只有两个物种的虚拟群落进行处理，然后在笛卡尔坐标系进行展示（彼此之间是欧氏距离）： #假设虚拟数据：2个物种在5个样方的分布 spe1=c(0.1,0.2,0.3,0.4,0.5...，虽然经常使用中心化等方法，但是需要使用盖度等对不同物种进行加权，因此直接进行总和标准化从某种意义上是使用相对丰度进行加权）。...②箱型图 对于双变量其中一个为因子型变量或者分组变量，可以采用boxplot()箱型图来展示不同小组变量数据分布，如下所示： attach(mtcars) boxplot(mpg~cyl, xlab="...倍箱子高度（四分位数间距），设置add=T可以讲箱形图绘制在当前图像上。
相关性热图 用来显示哪些样本相似性高 每个色块表示两个样本的相关性，图片为关于对角线对称的 差异基因热图 2.散点图和箱线图 图片 箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图...在各种领域也经常被使用，常见于品质管理。它主要用于反映原始数据分布的特征，还可以进行多组数据分布特征的比 较。...图片 图片 箱线图的上边缘和下边缘并不是数据中的最大值和最小值 图片 箱形图提供了一种只用5个点对数据集做简单总结的方式。这5个点包括中点、Q1、Q3、分部状态的高位和低位。...箱形图很形象的分为中心、延伸以及分布状态的全部范围。 箱形图中最重要的是对相关统计点的计算,相关统计点都可以通过百分位计算方法进行实现。...图片 作图时注意给表达矩阵加上分组信息，才能作图。 分组向量中的表达矩阵中的每一个样本需要一一对应；同一个分组对应一个关键词。
1 图表介绍1.1 热图输入数据：数值型矩阵/数据框颜色深浅代表数值的大小1.2 散点图1.3 箱线图1.3.1 输入数据横坐标：一个有重复值的离散型变量纵坐标：连续型向量1.3.2 箱线图中五条线的含义箱线图比较分布情况箱型图不显示原始数据点...此外，它们用星号显示落在箱须之外的离群值箱形图显示五个数据：1、最小的数字（最小值）2、第一个四分位数（25%位点值）3、中间的数字（中位值）4、第三个四分位数（75%位点值）5、最大的数字（最大值）箱线图用于比较单个基因在两组之间...2.6.4 富集分析的可视化气泡图、柱状图/条形图Y叔Clusterprofiler 默认使用p.adjust可以按照CC、MF、BP对图片进行分面也可以上、下调基因分开富集，合并画图3 代码分析流程3.1...3)让exp列名与pd的行名顺序完全一致 临床信息中的分组信息与表达矩对应p = identical(rownames(pd),colnames(exp));pif(!...：2个脚本之间的衔接：清空环境变量+load Rdata3.3.1 获取分组信息的三种方法：有现成的可以用来分组的列自己生成使用字符串处理的函数获取分组# Group(实验分组)和ids(探针注释)rm
他的老师希望能把一个基因集里所有的基因（一个通路里面的，或者上下调最显著的基因列表）都做箱线图，表现在两个组中的表达情况。...一个基因集中的基因往往超过十个，这次就不能像之前那样一个个的画图拼接，必须要用循环做图了。...，而且case 和 control两个分组内部都是10个病人。...(fill=factor(condition)),show.legend = FALSE) + theme_bw() 如下所示： 选取一个基因进行绘图 因为要写循环，对全部的基因批量绘图，...✦ 统计转换（Statistical trassformations, stats）是对数据进行某种汇总，例如将数据分组创建直方图，或将一个二维的关系用线性模型进行解释。
一、简介 上一篇中我们介绍了ggplot2的基本语法规则，为了生成各种复杂的叠加图层，需要了解ggplot2中一些基本的几何图形的构造规则，本文便就常见的基础几何图形进行说明； 二、各基础图形 2.1...我们主要使用两个参数控制线条的位置，slope控制斜率，intercept控制截距，下面是一个简单的例子，我们在散点图层上叠加截距为20，斜率为2的直线： library(ggplot2) p <-...)+ theme(plot.title = element_text(hjust=0.5)) h 2.3 bar() 基础的条形图我们前面一篇中已经涉及到了，所以这里我们只与上述的堆积面积图进行对比...，它通过图形表现五数概括的情况，在数据基本的描述性统计中具有重要意义，而ggplot2中必然可以绘制箱线图，而且可以绘制得非常精美，下面先看一个最朴素的分组箱线图形式： p <- ggplot(mpg,...= rownames(mtcars))) p + geom_text() 对出现标签遮挡的情况进行抹除（不建议使用）： p + geom_text(check_overlap = TRUE)
之前介绍了如何将多个性状的箱线图放在一个图上，比如learnasreml包中的fm数据，它有h1~h5五年的株高数据，想对它进行作图。...现在我用melt函数时，就不用载入reshape2了，直接用data.table包就行 tidyverse中的tidyr中的pivot_longer函数，这个更简单，用过这个函数，再也没有迷路过。...第三个names_to是变量的名称，这里定义为Year 第四个values_to是保存的性状名，这里是Height 可以看到，长数据有3列，分别是： TreeID Year Height 3. ggplot2...作图怎么搞 之前我使用ggplot2作图时，想做什么图，就在网上copy代码，然后根据自己的数据名称，修改代码，然后运行代码。...我看了ggplot2的入门，画图分为三个部分： 数据在哪里：re是数据 x轴，y轴在哪里：x轴是Year，y轴是Height 画什么类型的图：这里是箱线图，所以是geom_boxplot 「如果是画分组散点图
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