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生信(一)BED文件进行排序

关键词:bed; sort; cmp; key; alpha-numeric 问题 在处理NGS数据时,经常要对BED文件进行排序。假设BED文件长这样,分隔符是’\t’: ?...我们要想按照数值大小进行排序,正确的做法是要给sort加上”-n”选项。 ? 这样就会得到预期的结果了。 第二个子问题 如何染色体编号进行排序呢?用上面的”-n”选项可以吗?...虽然加了”-n”选项,但是由于染色体编号都是”chr”开头的,所以sort命令仍然将”chr”后面的数字视作字符串,按照字典排序规则进行排序。 正确的做法是使用”-V”选项。 ? 得到正确答案: ?...最初的问题 有了两个子问题的答案,让我们回到文章开始的问题:如何BED文件进行排序?我们给出如下命令: ? 其中-k选项是指定第几列。...这样的话文章开头提到的那个BED示例文件经过排序后就会变成 ? 这样问题就得到了圆满解决! Python版本 这里我们也分享一种PythonBED文件进行排序的方法。

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map集合进行排序

今天做统计时需要对X轴的地区按照地区代码(areaCode)进行排序,由于在构建XMLData使用的map来进行数据统计的,所以在统计过程中就需要对map进行排序。...二、Map排序 TreeMap TreeMap默认是升序的,如果我们需要改变排序方式,则需要使用比较器:Comparator。...Comparator可以对集合对象或者数组进行排序的比较器接口,实现该接口的public compare(T o1,To2)方法即可实现排序,该方法主要是根据第一个参数o1,小于、等于或者大于o2分别返回负整数...运行结果如下: d:ddddd c:ccccc b:bbbbb a:aaaaa 上面例子是根据TreeMap的key值来进行排序的,但是有时我们需要根据TreeMap的value来进行排序。...value排序我们就需要借助于Collections的sort(List list, Comparator c)方法,该方法根据指定比较器产生的顺序指定列表进行排序

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LUAMap进行排序

Lua中最常见的数据结构就是Table, 用Table表示Map很容易, 但早期Lua没有提供一个针对Map数据结构的排序方法,下面用Moonscript实现了一个Map型数据结构排序函数方法。...其实实现的原理比较简单,就是用两个Table,分别存储Map的Key与Value,用比较简单的冒泡排序或是选择排序Key的Table结构进行排序,在排序的过程中移动Table中Key的存储位置的同时,...也安对应的下标移动Value数组的位置,这样当Key排序好的同时,Value也被排序好了。...下面的例子没有直接使用Lua实现,用了Moonscript实现了这个简单的过程,然后通过Moonc解释程序把Moonscript翻译成Lua, Moonscript天然支持类,并且用Moonscript...降序排序: ? 升序和降序的方法比较简单,直接将与max比较的“>”大于号,改成小于号,或是想反。 升序排序: ?

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使用 Python 波形中的数组进行排序

在本文中,我们将学习一个 python 程序来波形中的数组进行排序。 假设我们采用了一个未排序的输入数组。我们现在将对波形中的输入数组进行排序。...− 创建一个函数,通过接受输入数组和数组长度作为参数来波形中的数组进行排序使用 sort() 函数(按升序/降序列表进行排序)按升序输入数组进行排序。...例 以下程序使用 python 内置 sort() 函数波形中的输入数组进行排序 − # creating a function to sort the array in waveform by accepting...例 以下程序仅使用一个 for 循环且不带内置函数以波形输入数组进行排序 - # creating a function to sort the array in waveform by accepting...结论 在本文中,我们学习了如何使用两种不同的方法给定的波形阵列进行排序。与第一种方法相比,O(log N)时间复杂度降低的新逻辑是我们用来降低时间复杂度的逻辑。

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使用PythonExcel数据进行排序,更高效!

标签:Python与Excel,pandas 表排序是Excel中的一项常见任务。我们对表格进行排序,以帮助更容易地查看或使用数据。...然而,当你的数据很大或包含大量计算时,Excel中的排序可能会非常慢。因此,这里将向你展示如何使用PythonExcel数据表进行排序,并保证速度和效率!...准备用于演示的数据框架 由于我们使用Python处理Excel文件中的数据,几乎在默认情况下,我们都将使用pandas库。...我们会加载一个示例Excel文件(可到知识星球完美Excel社群中下载),文件中有4列,分别为ID、顾客、购买物品和日期。 图1 pandas排序方法 pandas有两种主要的排序方法。...在下面的示例中,首先顾客的姓名进行排序,然后在每名顾客中再次“购买物品”进行排序

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使用SnpSift filterVCF文件进行筛选

当完成突变位点注释之后,我们会得到一个巨大的VCF文件文件大小从几十M到几十G不等。在数量如此多的突变位点中,我们只会根据注释结果从中挑选部分感兴趣的突变位点,这就要求VCF文件进行过滤。...如此大的文件用Excel 操作是不现实的,脚本语言处理大文件时效果也不尽人意,所以SnpEff的开发团队专门开发了一款工具,叫做SnpSift, 用来VCF文件进行过滤。...多个值的变量 当一个变量有多个值时,可以使用下标进行访问,下标从0开始,比如CI95=0.04167,0.5417,这个变量的值进行筛选可以采用如下的写法 "( CI95[0] > 0.1 ) & (...对于多个样本的基因型,也可以使用上面提到的通配符进行筛选。 4....文件进行过滤,在后续的文章中,还会介绍更多该软件实用的功能。

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Python中list进行排序

很多时候,我们需要对List进行排序,Python提供了两个方法 给定的List L进行排序, 方法1.用List的成员函数sort进行排序 方法2.用built-in函数sorted进行排序(从2.4...开始) 这两种方法使用起来差不多,以第一种为例进行讲解: 从Python2.4开始,sort方法有了三个可选的参数,Python Library Reference里是这样描述的 cmp:cmp specifies...stable sort >>>A.sort() >>>L = [s[2] for s in A] >>>L >>>[('a', 1), ('b', 2), ('c', 3), ('d', 4)] 以上给出了6中List...排序的方法,其中实例3.4.5.6能起到以List item中的某一项 为比较关键字进行排序....L是仅仅按照第二个关键字来排的,如果我们想用第二个关键字 排过序后再用第一个关键字进行排序呢?

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使用Comparable和ComparatorJava集合对象进行排序

在现实生活中,我们可能会遇到需要对集合内的对象进行排序的场景,比如,有一个游戏得分排行榜,如先按照分数的高低由高到低排序,在分数相同的情况下,按照记录创建的时间由早到新的顺序排序。...在Java语言中,要实现集合内对象的排序,咱们可以采用如下两种方式来完成: 使用Comparable来实现 使用Comparator来实现 接下来,我们先使用Comparable和Comparator...、结合示例来完成集合内对象排序的功能,然后,这两种方式进行比较;最后,结合多属性排序的话,给出相对较好的实践方法。...对象的集合类进行排序即可,集合的排序可以采用java.util.Collections类的sort方法完成。...采用Comparator的方法,是一种类外部的实现,不需要对需要排序的类(如GameRecord)进行改变,保持原有状态即可。

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linux下使用core文件程序进行debug

由于刚开始linux的认识不足,就忽略了这样一个重要的调试信息。...core文件对于程序员诊断和调试程序是非常有帮助的,因为对于有些程序错误是很难重现的,例如指针异常,而core文件可以再现程序出错时的情景。结合gdb的调试命令可以对core文件进行调试。...二.如何保存core文件。 在linux下,默认的情况是core dumped并不产生core文件,因为此项功能默认是被关闭。使用ulimit -c命令可以查看是否启动core文件。...core文件,小于等于时可以产生core文件 综上,只需要使用ulimit -c unlimited就可打开core文件了,注意需要在root用户下执行此命令,否则权限不足执行失败。...core文件进行简单debug。

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