date - print or set the system date and time
cut 译为“剪切, 切割”,是一个强大文本处理工具,它可以将文本按列进行划分的文本处理。cut命令逐行读入文本,然后按列划分字段并进行提取、输出等操作。
----------文本操作命令---------- sed命令:文本编辑工具 sed是一个很好的文件处理工具,本身是一个管道命令,主要是以行为单位进行处理,可以将数据行进行替换、删除、新增、选取等特定工作,下面先了解一下sed的用法 sed命令行格式为: sed [-nefri] ‘command’ 输入文本 常用选项: -n∶使用安静(silent)模式。在一般 sed 的用法中,所有来自 STDIN的资料一般都会被列出到萤幕上。但如果加上 -n 参数
cut应用场景:通常对数据进行列的提取 (在工作中,我们通常会对数据库或者查出来的日志进行列的提取)
本节将介绍Linux下使用Shell处理文本时最常用的工具: find、grep、xargs、sort、uniq、tr、cut、paste、wc、sed、awk; 提供的例子和参数都是常用的; 我对shell脚本使用的原则是命令单行书写,尽量不要超过2行; 如果有更为复杂的任务需求,还是考虑python吧;
本文将介绍Linux下使用Shell处理文本时最常用的工具:find、grep、xargs、sort、uniq、tr、cut、paste、wc、sed、awk;
文本内容管理和文件查找 文本内容查看 cat //将文件内容标准正序输出(屏幕) -n //显示行号 注意:使用cat查看文件内容时会将文件的所有内容加载至内存,所以应避免使用cat打开巨大文件 tac //将文件内容标准倒叙输出 more //全屏查看文本文件内容,只能从前往后,不能从后往前。 看完自动退出。 less //全屏查看文本文件内容,可从前往后亦可从后往前。看完按Q退出。 head
find、grep、xargs、sort、uniq、tr、cut、paste、wc、sed、awk;
本文将介绍Linux下使用Shell处理文本时最常用的工具:find、grep、xargs、sort、uniq、tr、cut、paste、wc、sed、awk;提供的例子和参数都是最常用和最为实用的;对shell脚本使用的原则是命令单行书写,尽量不要超过2行;如果有更为复杂的任务需求,还是考虑python吧.
本文将介绍Linux下使用Shell处理文本时最常用的工具:find、grep、xargs、sort、uniq、tr、cut、paste、wc、sed、awk; 提供的例子和参数都是最常用和最为实用的; 我对shell脚本使用的原则是命令单行书写,尽量不要超过2行; 如果有更为复杂的任务需求,还是考虑python吧; find 文件查找 查找txt和pdf文件 find . \( -name "*.txt" -o -name "*.pdf" \) -print 正则方式查找.txt和pdf find . -
Linux Shell是一种基本功,由于怪异的语法加之较差的可读性,通常被Python等脚本代替。既然是基本功,那就需要掌握,毕竟学习Shell脚本的过程中,还是能了解到很多Linux系统的内容。
文件管理不外乎文件或目录的创建、删除、查询、移动,有mkdir/rm/mv 文件查询是重点,用find来进行查询;find的参数丰富,也非常强大; 有时候,需要给文件创建一个别名,我们需要用到ln,使用这个别名和使用原文件是相同的效果; 2.1. 创建和删除 创建:mkdir 删除:rm 删除非空目录:rm -rf file目录 删除日志 rm *log (等价: $find ./ -name “*log” -exec rm {} ;) 移动:mv 复制:cp (复制目录:cp -r ) 查看当前目录下文件个数: $find ./ | wc -l 复制目录: $cp -r source_dir dest_dir 2.2. 目录切换 找到文件/目录位置:cd 切换到上一个工作目录: cd - 切换到home目录: cd or cd ~ 显示当前路径: pwd 更改当前工作路径为path: $cd path 2.3. 列出目录项 显示当前目录下的文件 ls 按时间排序,以列表的方式显示目录项 ls -lrt 以上这个命令用到的频率如此之高,以至于我们需要为它建立一个快捷命令方式: 在.bashrc 中设置命令别名: alias lsl='ls -lrt' alias lm='ls -al|more' 这样,使用lsl,就可以显示目录中的文件按照修改时间排序;以列表方式显示; 给每项文件前面增加一个id编号(看上去更加整洁): >ls | cat -n 1 a 2 a.out 3 app 4 b 5 bin 6 config 注:.bashrc 在/home/你的用户名/ 文件夹下,以隐藏文件的方式存储;可使用 ls -a 查看; 2.4. 查找目录及文件 find/locate 搜寻文件或目录: $find ./ -name "core*" | xargs file 查找目标文件夹中是否有obj文件: $find ./ -name '*.o' 递归当前目录及子目录删除所有.o文件: $find ./ -name "*.o" -exec rm {} \; find是实时查找,如果需要更快的查询,可试试locate;locate会为文件系统建立索引数据库,如果有文件更新,需要定期执行更新命令来更新索引库: $locate string 寻找包含有string的路径: $updatedb 与find不同,locate并不是实时查找。你需要更新数据库,以获得最新的文件索引信息。 2.5. 查看文件内容 查看文件:cat vi head tail more 显示时同时显示行号: $cat -n 按页显示列表内容: $ls -al | more 只看前10行: $head - 10 ** 显示文件第一行: $head -1 filename 显示文件倒数第五行: $tail -5 filename 查看两个文件间的差别: $diff file1 file2 动态显示文本最新信息: $tail -f crawler.log 2.6. 查找文件内容 使用egrep查询文件内容: egrep '03.1\/CO\/AE' TSF_STAT_111130.log.012 egrep 'A_LMCA777:C' TSF_STAT_111130.log.035 > co.out2 2.7. 文件与目录权限修改 改变文件的拥有者 chown 改变文件读、写、执行等属性 chmod 递归子目录修改: chown -R tuxapp source/ 增加脚本可执行权限: chmod a+x myscript 2.8. 给文件增加别名 创建符号链接/硬链接: ln cc ccAgain :硬连接;删除一个,将仍能找到; ln -s cc ccTo :符号链接(软链接);删除源,另一个无法使用;(后面一个ccTo 为新建的文件) 2.9. 管道和重定向 批处理命令连接执行,使用 | 串联: 使用分号 ; 前面成功,则执行后面一条,否则,不执行:&& 前面失败,则后一条执行: || ls /proc && echo suss! || echo failed. 能够提示命名是否执行成功or失败; 与上述相同效果的是: if ls /proc; then echo suss; else echo fail; fi 重定向: ls proc/*.c > list 2> &l 将标准输出和标准错误重定向
chattr 命令用于改变文件属性 这项指令可改变存放在ext2文件系统上的文件或目录属性,这些属性共有以下8种模式:
Linux 系统中文本处理有多种不同的方式,系统为我们提供了三个实用命令,来实现对行列的依次处理功能,grep命令文本过滤工具,cut列提取工具,sed文本编辑工具,以及awk文本报告生成工具,利用这三个工具可以灵活的过滤截取任何系统文本内容。
这是linux文本操作常用的几个命令,现在进行总结下 命令 常用用法 参数意义/示例 常用作用 cut cut -d '分隔符号'-f fileds cut -d ":" -f 3,5 切,纵向切,切列,相当于剪切,取的是某1列或某几列 cut -c 字符范围 cut -c 12- 切割排列整齐的信息 paste paste [-d] file1 file2 -d后面是分隔符,默认[tab]分隔 追加列,纵向添加,和cut反向对应 cat file1|paster file2 - -如果是管道命令,fi
history # 表示上一条 !! # 上一条命令的最后一个参数 !$ # 执行history的第555条 !!555 # 执行最近的一条以vi开头的 !vi # 键补全 vi 按两下出来全部v
今天主要分享一个shell脚本,用来获取linux系统CPU、内存、磁盘IO等信息。
vim有三种操作模式,分别是命令模式(Command mode)、输入模式(Insert mode)和底线命令模式(Last line mode)。
还有一个要注意的是 awk -F ","' { print $2}' test. txt,用-F 可以指定切割的分割符号
学习Linux系统的朋友们肯定都会接触到正则表达式,或者开发人员也会遇到这个东东,说起正则表达式,使我想起“会者不难,难者不会”这句话,的确如此,相信很多人刚接触正则表达式,肯定一头雾水,觉得很难学会,是的,民工哥也是这么个感觉,但是相信大家都认真去学习、去练习,肯定能学会的。
是对字符串操作的一种逻辑公式,就是用事先 定义好的一些特定字符、及这些特定字符的组合,组成一个 “规则字符串”,这个“规则字符串”用来表达对字符串的 一种过滤逻辑。
1.在给定文件中查找与条件相符字符串的命令及查找某个目录下相应文件的命令为:(多选)(AC)
1)在当前目录中,查找后缀有 file 字样的文件中包含 test 字符串的文件,并打印出该字符串的行。此时,可以使用如下命令:
# tar tf data.tar.gz #t是列出存档文件目录,f是指定存档文件
第二行后面加入两行字 使用\可以一次加多行,每一行之间都必须要以反斜杠 \ 来进行新行标记
正则表达式 (Regular Expression, RE, 或称为常规表达式)是通过一些特殊字符的排列,用于『查找/替换/删除』一行或多行文字或字符串,简单的说,正则表达式就是用在字串的处理上面的一种『表示公式』,正则表达式并不是一个工具程序,而是一个对字符串处理的标准依据,如果您想要以正则表达式的方式处理字串,就得要使用支持正则表达式的工具程序才行,这类的工具程序很多,例如 vi,vim,sed,awk,gawk,egrep等.
6、 sed -i '/Root/s/no/yes/' /etc/ssh/sshd_config sed 在这个文里 Root 的一行,匹配 Root 一行,将 no 替换成 yes。
uniq 命令用于检查及删除文本文件中重复出现的行,一般与 sort 命令结合使用。
精心整理了生物信息学中常用的 Linux 命令,很不容易。所有命令的用法都经本人亲自测试。掌握这些命令,是每一个生信人基本的自我修养。
作者精心整理了生物信息学中常用的 Linux 命令,很不容易。所有命令的用法都经本人亲自测试。掌握这些命令,是每一个生信人基本的自我修养。
常用命令介绍 历史命令(History) history:查看历史命令,默认1k条 !!:上一条命令 !$:获取上一条命令的最后一个参数 !+数字:运行第几条历史命令 !+字符串:从历史命令最近一条开始匹配,以该字符串开头的命令 别名(alias) 列出所有的别名设置:alias 设置别名:alias a=’b’ 取消别名设置:unalias a 重定向 重定向符号 重定向,覆盖原来的内容:> 重定向,追加到原来的内容:>> 反向重定向,目标是一个程序:< 错误重定向,覆盖原来的内容:2> 错误重定向,追
-w:word 精确查找某个关键词 pattern less -S Data/example.gtf | grep -w 'gene' ##匹配文件中含有gene的文字
1.正则表达式 ^ 行起始标志 $ 行尾标记 . 匹配任意一个字符 [ ] 匹配包含在[字符]之中的任意一个字符,coo[kl]匹配cook或cool [^] 匹配除[^字符]的任意一个字符 [-]
linux 有很多工具可以做文本处理,例如:sort, cut, split, join, paste, comm, uniq, column, rev, tac, tr, nl, pr, head, tail.....,学习 linux 文本处理的懒惰方式(不是最好的方法)可能是:只学习grep,sed和awk。
实际容忍度很高,pattern写在左后,或者options写在pattern后面都可以
Grep是用于快速搜索匹配模式的简单工具,但是awk更像是一种编程语言,用于处理文件并根据输入值生成输出。
本系列文章一共三篇,分别为《脚本编程与 Linux 命令》、《接入层与网络基础》和《 MySQL 与 SQL 优化》,由腾讯高级工程师 luaruan(阮永顺) 原创、张戈博客整理分享,如有勘误请在博客留言。
用于文本搜索,匹配文件内容,语法格式为:grep pattern filename,例如:
作者:Kade Killary 机器之心编译 参与:Nurhachu Null、思源 对很多数据科学家而言,他们的数据操作经常需要使用 Pandas 或者 Tidyverse。理论上,这个说法没有任何错误,毕竟这就是这些工具存在的原因。然而,对于分隔符转换这样的简单任务而言,这些工具往往是大材小用,我们可以直接使用命令行快速处理。 命令行应该是每个开发者都希望掌握的,尤其是数据科学家。熟悉终端的来龙去脉可以毫无疑问地可以让我们变得更加有效率,因此命令行还是计算机技术中的一个很棒的历史课。例如,awk 这个
要注意的是,有些命令不支持正则模式,比如fs、find等,有些是支持正则的,比如grep、awk、sed等。正则的语法和js中的正则几乎没有区别,下面仅简单罗列下常用的正则:
Linux文本内容管理和文件查找 1、文本内容管理命令 1.1文本内容排序 sort //默认升序排序,不是按数值大小排序的 -n //根据数值大小进行排序 -r //逆序排序 -t //字段分隔符 -k //以哪个字段为关键字进行排序 -u //去重,排序后相同的行只显示一次 -f //排序时忽略字符大小写 uniq
gff/gtf:9列,序列名字,注释来源,基因结构,起始位置,终止位置,碱基测序结果可信度,链的+向与-向,密码子偏移,其他属性
为了方便以后工作使用和复习,吐血整理记录一下学习shell脚本的笔记,看这篇文章需要对linux系统熟悉,希望对大家有所帮助!
locate会根据/var/lib/mlocate内的数据库记载,找出用户输入的关键字文件名,即所有包含该关键字的文件都将被输出。但是因为数据库的更新一般为一天一次,所以如果需要查找新的内容,需要用updatedb指令更新数据库,updatedb会根据/etc/updatedb.conf去查找硬盘内的文件名,并更新数据库文件
5)有两个命令能帮助我调试脚本:set -e 遇到执行非0时退出脚本,set-x 打印执行过程。
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