使用purrr::walk()和ifelse生成ggplot_使用purrr:map和ggplot_使用ifelse生成ggplot:较长的对象长度不是较短对象长度的倍数 - 腾讯云开发者社区

迭代方式主要有两种：命令式编程 - for和while 函数式编程 - purrr 准备工作 purrr是tidyverse的核心r包之一，提供了一些更加强大的编程工具。...接下来我们将学习和使用purrr包，它提供的函数可以替代很多常见的for循环应用。R基础包中的apply应用函数族也可以完成类似的任务，但purrr包的函数更一致，也更容易学习。...如果我们想要生成均值、标准差和样本数都不同的正态分布，可以使用： n = list(1, 3, 5) args1 = list(n, mu, sigma) args1 %>% pmap(rnorm...下面是一个示例： x = list(1, "a", 3) x %>% walk(print) #> [1] 1 #> [1] "a" #> [1] 3 一般来说，walk()函数不如walk2...例如有一个图形列表和一个文件名向量，那么我们就可以使用pwalk()将每个文件保存到相应的磁盘位置： library(ggplot2) plots = mtcars %>% split(.

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这些逻辑运算符你都使用正确了吗？

all(x==0))] X1 X3 X4 X5 1 0 0 0 0 2 -1 1 2 3 示例2：purrr包（tidyverse） purrr::discard(df, ~all(....x == 0)) purrr::keep(df, ~any(.x !...） -- Attaching packages --------------------------------------- tidyverse 1.2.1 -- √ ggplot2 3.2.0...注图片来自于tidyverse网站：https://www.tidyverse.org/ 示例3：自建函数 + ifelse 来自拴小林（这个确实自己被搞复杂了） #---生成包含全0列数据集———...stringsAsFactors = FALSE) df #自定义循环判断全0列，全0列re返回1，非返回0# re = rep(NA,dim(df)[2]) for (i in 1:dim(df)[2]){ ifelse

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R 语言逻辑运算：TRUEFALSE | 专题3

.x == 0)) purrr::keep(df, ~any(.x !...） -- Attaching packages --------------------------------------- tidyverse 1.2.1 -- √ ggplot2 3.2.0...) X1 X3 X4 X5 1 0 0 0 0 2 -1 1 2 3 注图片来自于tidyverse网站：https://www.tidyverse.org/ 示例3：自建函数 + ifelse...来自拴小林（这个确实自己被搞复杂了） #---生成包含全0列数据集————## x <- matrix(c(a = rep(0,5), b = c(-1:3)),nrow = 2,byrow = TRUE...stringsAsFactors = FALSE) df #自定义循环判断全0列，全0列re返回1，非返回0# re = rep(NA,dim(df)[2]) for (i in 1:dim(df)[2]){ ifelse

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R 数据整理（十一：用purrr包实现更花样的匿名函数使用）

，可以和apply 等使用类似： map_dbl(strsplit(s, split=",", fixed=TRUE), function(x) sum(as.numeric(x))) ## [1]...，输出列表； imap()根据一个下标遍历； walk()输入一个数据自变量和一个函数，不返回任何结果，仅利用输入的函数的副作用；输入若干个数据自变量和一个函数，对数据自变量相同下标的元素用函数进行变换...输入类型和输出类型两两搭配， purrr包提供了27种map类函数。...walk walk 函数并不会返回任何结果，有时仅需要遍历一个数据结构调用函数进行一些显示、绘图，这称为函数的副作用，不需要返回结果。purrr的walk函数针对这种情形。...那么对于ifelse，是不是可以增加参数，如果对于复杂的内容，就不用一层层套娃了。

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免疫浸润结果可视化

library(ggpubr) library(stringr) # 分组 cibersort_long$Group = ifelse(as.numeric(str_sub(cibersort_long...种细胞之间的相关系数和P值，这个需求你可以写循环实现，或者apply系列，purrr系列等，但是我试过，都太慢了，尤其是数据量很大的时候。...我们可以直接使用ggplot2里面的分面，画一张图。...我们也可以按照tumor和normal分个组，再画图： df_egfr_scatter$sample_type <- ifelse(as.numeric(substr(df_egfr_scatter$ID...然后你可以循环出图并保存到本地，不过我并没有使用上面这种花里胡哨的图，你可以自己修改： library(purrr) plot_list % split

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ROC曲线纯手工绘制

之前给大家介绍了很多画ROC曲线的R包和方法： R语言画多时间点ROC和多指标ROC曲线临床预测模型之二分类资料ROC曲线绘制临床预测模型之生存资料的ROC曲线绘制生存资料ROC曲线的最佳截点和平滑曲线...今天我们纯手工计算真阳性率/假阳性率，并使用ggplot2手动画一个ROC曲线。...我们可以编写一个函数，帮我们计算真阳性率和假阳性率，这段函数参考了知乎张敬信[1]老师的文章。...cal_ROC <- function(df, cutoff){ df cutoff,"猜他是肿瘤","猜他不是肿瘤"...的范围，超出这个范围的阈值没有意义~ range(ca125_1) ## [1] 30.02914 113.66834 计算： cutoff <- seq(30,113, 2) rocs <- purrr

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「Workshop」第四期：Tidyverse 实战批量建模可视化

本次主要介绍了一些基本的正则表达式用法以及公式的创建和使用，然后介绍使用 tidyverse 组合拳进行批量建模和可视化。...本文代码和资料部分涉及的链接请访问 https://xsliulab.github.io/Workshop/[1] 第四期内容（原文）。点击原文阅读更佳，可以查看视频。...www.datacamp.com/community/tutorials/r-formula-tutorial 因变量与自变量 y ~ x 公式表示字符串转公式实战：结合 tidyverse 对 mtcars 进行批量建模和生成...ggplot2 图形编程将变量名组合转为公式目标数据结构与生成分组处理 purrr 批量建模与可视化图形拼接参考资料 [1] https://xsliulab.github.io/Workshop.../: https://xsliulab.github.io/Workshop/ [2] 查看本期代码: showcase.R [3] 小抄-因子: factors.pdf [4] 小抄-purrr: purrr.pdf

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R语言实用技巧(1)R包检索

github.com/jsugarelli/packagefinder/ https://github.com/TimTeaFan/loopurrr/ ❞ R包文档检索 ❝经常会遇到一些R包安装的问题使用...install.packages会提示R包不存在，这种问题可能是R包未提交到CRAN官方仓库，而安装github上的包则需要知道作者名及仓库名，因此使用packagefinder包在Rstudio内执行代码则会直接跳转到...packagefinder", dependencies = TRUE) library(packagefinder) go("ggh4x","website") # 打开ggh4x包主页循环格式转换 ❝使用...#> [1] "iwalk" "pwalk" "walk" "walk2" #> #> $accumulate #> [1] "accumulate" "accumulate2" #> #>...purrr::map(sum) [[1]] [1] 1 [[2]] [1] 3 [[3]] [1] 6 循环转换 x %>% purrr::map(sum) %>% as_loop()

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python使用os.listdir和os.walk获得文件的路径

os.walk： os.walk介绍：我们在桌面上面建立一个file目录，里面的组织结构如下： file(dir): --|file1(dir): --|file1_test1.txt...输入一个路径名称，以yield的方式（其实是一个生成器）返回一个三元组 dirpath, dirnames, filenames， dirpath为目录的路径，为一个字符串。...比如上面的 C:\Users\Administrator\Desktop\file和C:\Users\Administrator\Desktop\file\file1等。...比如在 C:\Users\Administrator\Desktop\file下面有两个目录：file1和file2，那么它就列出了这个目录路径下的目录名称。...同样在 C:\Users\Administrator\Desktop\file下面有两个文件file_test1.txt和file_test2 .txt，那么程序将会列出这两个文件名。

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「R」tidyverse 中的公式函数

公式生成匿名函数利用公式这一特点，tidyverse 系列包有很多函数支持用单侧公式替换函数。如果你仔细阅读过相关文档，例如 ?...基本用法假设我们要对 df 中的 x 和 y 列进行归一化处理，在不使用 scale() 函数的情况下，我们可能会手写一个函数： scale2 <- function(x) { (x - mean...identical( purrr::map_df(df, ~ (.x - mean(.x)) / sd(.x)), purrr::map_df(df, ~ (. - mean(.)) / sd(...$x 和 df$y，这里使用了 dplyr 包的 mutate() 语境，所以可以直接写列名。...第三步：简单绘制结果图 library(ggplot2) ggplot(df, aes(x, rs)) + geom_point() ?

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任意基因在泛癌中的表达量展示

3.4.1 ✔ purrr 1.0.1 ## ✔ tibble 3.2.1 ✔ dplyr 1.1.1 ## ✔ tidyr 1.3.0 ✔ stringr 1.5.0...= ggplot2::element_text(angle = 45,hjust = 1)) TCGA 单独使用TCGA泛癌的数据进行展示是花样最多的，你在pubmed中以pan cancer为关键词进行检索...select(sample_id,project,all_of(gene)) %>% # 这个分组你可以任意指定，并不一定要tumor、normal mutate(sample_type=ifelse...$project) # 自定义函数 get_paired_sample <- function(exprset){ # get paired samples sample_group <- ifelse...TCGA+GTEx TCGA+GTEx就没有配对展示了，除此之外都和TCGA的泛癌展示方式差不多。

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ggplot2优雅的进行批量绘图-多版本代码

= "Oceania") %>% select(2, 3, 4) years <- unique(dat$year) city_plots = list() 迭代每个年份，生成绘图并保存 for...patchwork包将所有图拼接在一起 wrap_plots(city_plots, nrow = 3) purrr版循环 dat % filter...# 使用 patchwork 包将所有图拼接在一起 wrap_plots(city_plots, nrow = 3) 循环+方差分析 # 读取数据并进行过滤和选择 data % map(make_plot) walk2(plots, names(plots), ~ggsave(filename = paste0("plot_aov-", .y, "....目前此文档(2023+2024)「已经更新上传了150+案例文档」，每个案例都附有相应的数据和代码，并配有对应的注释文档，方便大家学习和参考。

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ggplot2优雅的绘制流程图

, 'Maybe', 'Maybe', 'How many legs\ndo you walk on?', 'Yes', 'How many legs\ndo you walk on?'..., 'Two', 'How many legs\ndo you walk on?'..., 'Yes_4', 'Yes_4', 'You\'re not a horse_4' ) 创建图形和布局 graph %left_join(boxes, by = "step") %>% select(-c(label, type, y, xmin, xmax)) %>% mutate(y = ifelse...s_e == 'to' & id %in% c(5, 14) ~ x - box_width,T ~ x)) base_colors <- thematic::okabe_ito(2) 数据可视化 ggplot

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R可视化之美化山脊图

基因集可视化是很常见的分析内容，山脊图使用较少，原因可能是默认生成的图片不美观。本文提供山脊图的美化后的效果图，供选择。...1、加载R包 rm(list=ls()) library(Seurat) library(purrr) library(dplyr) library(ggplot2) library(cowplot)...library(ggridges) library(RColorBrewer) library(viridis) 2、读取Seurat object，生成可视化基因集 sce <- readRDS('...1], fill.by = 'feature') p 3.2 美化默认ridgeplot：对基因表达量着色 # Color by gene expression level p$data %>% ggplot...(x='', y='', title = gene_set) + theme(legend.position = "top") } ridge.plot <- plot_grid(plotlist=purrr

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数据流编程教程：R语言与DataFrame

如果使用purrr包就可以很好的解决这一问题。...参考 Wisdom's Quintessence: Purrr package for R is good for performance 的例子：具体使用可以参考Rstudio Blog:purrr...数据可视化 ggplot2/ggvis 1. ggplot2 ggplot2 是一个增强的数据可视化R包，帮助我们轻松创建令人惊叹的多层图形。...更多操作可以查看ggplot2与数据可视化速查表和官方文档实战可以参考R Graphics Cookbook一书。...6.知乎的高分问答：如何使用 ggplot2？

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RNA-seq入门实战（八）：GSVA——基因集变异分析

msigdbr下载数据可以指定物种，用msigdbr_species() 和 msigdbr_collections()可以查看支持的物种和基因集类别。...GSVA的运行使用GSVA需要输入基因表达矩阵和基因集。...adj.P.Val <= ',padj_cutoff, '\n FoldChange >= ',round(2^log2FC_cutoff,3)) g <- ggplot...stringer dplyr tidyr readr purrr tibble forcats library(ggthemes) library(ggprism) p_cutoff=0.001 degs...nrow() high0 % filter(lg_p % nrow() high1 <- nrow(dat_plot) p <- ggplot

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dll生成和使用

在使用此 DLL 的 // 任何其他项目上不应定义此符号。...// 有关类定义的信息，请参阅 DllGenerate.h CDllGenerate::CDllGenerate() { return; } 编译生成结果到这里dll文件已经生成完毕...这里使用Viewdll软件从结果看到，未加extern "C"的导出函数的函数名被修改了?...fnDllGenerate@@YAHXZ dll查看.png 动态调用dll文件声明头文件，说明我想用windows32方法来加载和卸载DLL 然后用...这个指针类型，要和你调用的函数类型和参数保持一致，记住，是指针参数就是(int ,int) 定一个句柄实例，用来取DLL的实例地址。

1.1K2 0

R语言基础5（绘图基础）

常用可视化R包和函数 1，作图 base ggplot2 ggpubr 2，拼图 par里的mfrow grid.arrange cowplot patchwork 3，导出经典三段论 ggsave...两个属性 ### Q2-1 空心形状和实心形状都用color设置颜色 ggplot(data = iris)+ geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,...= aes(x = cut)) #统计变换使用场景 #5.1.不统计，数据直接做图 fre = as.data.frame(table(diamonds$cut)) fre ggplot(data...h开头，生成与X长度相等的逻辑值向量，可用于向量取子集； str_ends(x,"h")##是否以h结束，生成与X长度相等的逻辑值向量，可用于向量取子集； str_replace(x,"o","a")#...(i>0,"+","-") ifelse(x,yes,no) x:逻辑值或逻辑向量； yes：逻辑值为TRUE时的返回值 no：逻辑值为FALSE时的返回值 x = rnorm(3) x ifelse

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45. R编程（七：向量类型详解2）

同样的操作也可以用来取子集：一些使用的注意事项一般来说，c() 是创建向量的语法，但R 也提供了一些例外：可不要因为它们养成坏习惯了哦。 2....system.time(sapply(test001, if_else_statement)) system.time(vectorized_if_else(test001)) system.time(ifelse..."hot", "cold")) 用户系统流逝 0.070 0.005 0.086 这里有人还做了一张图：https://thatdatatho.com/vectorization-r-purrr...28%29%20converts%20a%20scalar%20function%20to%20a,vectorize%20functions%20would%20be%20with%20the%20purrr...应对策略尽量避免循环和嵌套次数。 4.

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🤩 ggstatsplot | 一个满足你日常统计需求的高颜值R包（四）

mpg 图片 4. dotplot展示样本分布 4.1 初步绘制用到的函数是ggscatterstats 由于因子太多，我们在这里用filter函数过滤一下 df <- dplyr::filter(ggplot2...::mpg, cyl %in% c("4", "6")) ## 生成足够多的颜色 paletter_vector <- paletteer::paletteer_d( palette =...color = paletter_vector, size = 5 ), title = "Distribution of mileage of cars", #ggtheme = ggplot2...::theme_dark() ) 图片 --- 4.2 复杂分组绘制用到的函数是grouped_ggdotplotstats 我们看一下不同cyl和cty的manufacturer分布情况当然你也可以使用...purrr包批量绘制，前面几期都讲过了，这里就不赘述了 grouped_ggdotplotstats( ## arguments relevant for ggdotplotstats data

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「R」用purrr实现迭代

这些逻辑运算符你都使用正确了吗？

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