使用python编写带有fastq对名称的txt文件_使用python从保持与pdf相同的名称的pdf文件生成.txt文件_如何使用python移动多个名称中带有空格的文件？ - 腾讯云开发者社区

大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。参考：如何使用python读取文本文件中的数字？...python读取txt各个数字 python 读取文本文件内容转化为python的list python：如何将txt文件中的数值数据读入到list中，且在list中存在的格式为float类型或者其他数值类型...python .txt文件读取及数据处理总结利用Python读取txt文档的方法 Python之读取TXT文件的三种方法 python读取 .txt 文本内容以及将程序执行结果写入txt文件 Python...读取文件的方法读写文本文件发布者：全栈程序员栈长，转载请注明出处：https://javaforall.cn/139037.html原文链接：https://javaforall.cn

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使用Python实现批量更改文件夹下图片的名称

一、前言前几天在Python白银交流群有个叫【belongs】的粉丝问了一个使用Python实现批量更改文件夹下图片的名称的问题，如下图所示。他有个文件夹，里面都是照片，怎么批量更改文件名？...import os path = r'D:\hu\python练习\视频剪辑练习\测试图片' # 需要命名的路径 filelist = os.listdir(path) count = 0 # 起始命名数字...后来【瑜亮老师】还给了一个方法，适合在【windows】系统下操作，方法是：全选图片，然后在全选的情况下对第一个图片重命名，后面其他的自动会有序号。...如果用代码删除重复的，可以用图片的大小来删除，os.path.getsize可以知道文件的大小，然后删除图片文件大小相同的就容易了。...这篇文章主要分享了使用Python实现批量更改文件夹下图片的名称的问题，文中针对该问题给出了具体的解析和代码演示，一共两个方法，帮助粉丝顺利解决了问题。

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Caffe学习笔记(二)：使用Python生成caffe所需的lmdb文件和txt列表清单文件

Python版本：Python2.7 运行平台：Ubuntu14.04 最后修改时间：2017.4.20 在上个笔记中，已经学会了如何使用Caffe利用作者给的脚本训练CIFAR-10...本篇笔记主要记录如何将图片数据转换成db文件，图片均值的计算、prototxt配置文件的编写会后续进行讲解。...显然，我们可以使用脚本，有很多方法可供选择shell脚本，python脚本等。而我采用的方式是使用python脚本处理这些文件，生成最终的图片列表清单txt文件。...2.利用python脚本编写图片列表清单txt文件 (1)在caffe根目录下创建一个我们的工程目录my-caffe-project，使用如下指令： cd /home/Jack-Cui/caffe-master...= 3.利用python脚本执行convert_imageset文件生成db文件生成的这个filelist.txt文件，就可以作为第三个参数，直接使用了。

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一起来学shell bash编程(2)

以上面的测试数据为例子，它们的“根“就是： SRR1553607SRR1972917 将上面的根存进去 ids.txt中，然后我们使用更好的写命令或者循环的工具 parallel： cat ids.txt...”，使用 {}进行匹配，指明了对应的输入和生成文件。...如何在bash中操作文件路径？通常，我们必须在bash中操作文件名以删除其中的各个部分。也许我们想要删除目录名称，或者仅保留文件名，或者仅保留不带扩展名的文件名，或者删除扩展名等等。...下面让我看一些例子： FILE=/A/B/C.txt.gzecho $FILE 如预期打印： /A/B/C.txt.gz 从名称中删除目录，并仅使用basenameshell命令保留文件名: FILE=...编写一个脚本的最好的办法是先将需要运行的代码打印出来，而不是直接运行所有的代码： echo fastq $SOMETHING 将每一步的命令打印到屏幕可以让我们更加直观的检查每一行的代码。

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使用Python对Dicom文件进行读取与写入的实现

) 一些简单处理读取成功后,我们可以对 Dicom文件进行一些简单的处理读取并编辑Dicom Tags 可以通过两种方法来读取Tag的值使用的Tag的Description print(ds.PatientID...单张影像的写入经过上面对Tag值的修改, 对图像的切割, 旋转等操作.最后需要重新写入该Dicom文件. ds.PixelData = data_rotated.tobytes() ds.Rows,ds.Columns...迁移到Python的,所以很多方法的使用都跟C++很相似. import SimpleITK as sitk 单张影像的读取有两种方法: sitk.ReadImage() 这种方法直接返回image...只需要一条指令: sitk.Show() 但需要先安装工具ImageJ,否则无法使用.具体的安装链接,可以参考这篇博文:sitk.show()与imageJ结合使用常见的问题同一张Dicom文件使用...到此这篇关于使用Python对Dicom文件进行读取与写入的实现的文章就介绍到这了,更多相关Python Dicom文件进行读取与写入内容请搜索ZaLou.Cn

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snakemake 学习笔记2

过程介绍 1, 安装snakemake 2, 新建文件 3, 新建一个简单的Snakemake参数文件 4, 扩展, 去关联输出文件 5, 使用全局变量, 关联文件 6, 批量运行 1, 安装snakemake...这里需要时python3, 不支持python2 pip3 install --user snakemake pyaml 2, 新建几个FASTQ文件这里, 我们新建两个配对的RNA-seq数据,...格式是FASTQ的文件, 然后经过下面两步处理: 第一步: 数据质量控制第二部: 将基因表达合并为一个文件创建文件创建genome.fa文件, 使用touch创建空文件即可创建fastq文件夹..., SAMPLES,里面有两个元素: Sample1和Sample2 定义一个rule，名称为all， input使用expand函数, 能够将数组的内容解析给{sample} rule all:..., 使用命令: snakemake -np 参数介绍 -n 或者—dryrun, 表示只生成命令, 但是不执行命令, 可以预览一下生成的命令.

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实操分享-使用MAGeCK分析Bulk CRISPR Screen数据

count' 命令名称 # '-l yusa_library.csv' Step2 准备的library文件名 # '-n escneg'输出结果文件名,输出文件名为escneg.count.txt...# '--sample-label "plasmid,ESC1"',告诉mageck你的实验分组与样本号一一对应 # '--trim-5 23' Step3 设置去接头（可选） # '--fastq...ERR376998.fastq ERR376999.fastq' Step1下载&解压的原始数据 escneg.count.txt(结果文件)展示： sgRNA Gene plasmid...# 'mageck test' 命令名称 # '-k escneg.count.txt' mageck count的结果 # '-t ESC1',告诉mageck你的实验组是谁，名称与escneg.count.txt...列名对应 # '-c plasmid',告诉mageck你的对照组是谁，名称与escneg.count.txt列名对应 # '-n esccp' 设置输出文件名为'esccp.gene_summary.txt

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Juicer软件的安装详解

软件安装是生物信息实战中最基础的技能之一，只有确保软件安装无误，后续使用起来才会得心应手，不会有很多的bug。...安装依赖软件 juicer核心采用java语言进行开发，同时内置了perl, python, bash等开发的脚手架脚本。...在序列比对环节使用了bwa软件，而后续操作比对产生的bam文件，会用到samtools软件。...，第二个参数为自定义的基因组版本，第三个参数为基因组fasta文件的路径，输出文件的名称为第二个参数和第一个参数用下划线链接，后缀为txt, 上述代码的输出文件为 hg19_HindIII.txt 5....准备样本的fastq序列执行完前4步软件就已经安装好了，软件运行时对样本文件的存放位置也有要求，必须位于work目录下，以样本名作为一个子目录，序列文件存放于fastq目录下，示意如下 /opt/juicer

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HiC-Pro实战详解

酶切图谱通过软件自带的脚本可以产生基因组对应的酶切图谱，输入内切酶的名称或者酶切位点序列都可以，用法如下 digest_genome.py -r A^AGCTT -o mm9_hindiii.bed...参数指定样本fastq文件文件所在目录，-o参数指定输出结果的目录，-c参数指定配置文件的名称。...对于fastq文件所在目录，结构如下所示 ├── dixon_2M │ ├── SRR400264_00_R1.fastq.gz │ └── SRR400264_00_R2.fastq.gz └...── dixon_2M_2 ├── SRR400264_01_R1.fastq.gz └── SRR400264_01_R2.fastq.gz 每个样本一个子文件夹，下面是对应的双端测序的...fastq文件。

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使用python找到PDF文件的文本位置、字体大小、字体名称和字体颜色

看了https://cloud.tencent.com/developer/ask/sof/1162044，需要获得pdf文件的段落的字体大小。...正好在做这方面的工作，还是使用fitz，就可以获得字体的大小具体思路是：现将pdf转换成html，在使用bs4解析html具体代码如下：pdf2html：将pdf转换成html，这一步在转换时，有时会丢失一些字体信息...pdf2list：调用pdf2html现将pdf转换成html，在使用BeautifulSoup对html进行解析。...html_content = '' for page in tqdm(doc): html_content += page.get_text('html') # print('开始输出html文件...节点，并读取取style属性，主要包括字体名称、字体大小、字体颜色，是否加粗pdf2html没有提取到。

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scRNA-seq数据处理—文件格式小结

然而，使用独特分子标识符（UMI）的protocol 通常包含一个带有细胞和UMI barcode 和 adapters 但没有任何转录序列的read。...alignment行使用具有以下列的标准格式： QNAME：read名称（通常包括UMI条形码） FLAG：数字标记表示比对的“类型”，链接：所有可能的“类型”的解释 RNAME：参考序列名称（即染色体读数被比对到了什么序列上...为了确保多比对reads的单个拷贝首先按read名称排序，并使用samtools删除次级比对。Picard也包含了一种将BAM转换为FastQ文件的方法。...（提示：使用FLAG）任务3：将CRAM转换为两个Fastq文件。每个read都得到一份拷贝吗？...（9）attribute：以分号分隔的标签值对的额外信息对的列表（例如姓名/身份证，生物类型）空字段标有“。”。根据我们的经验，Ensembl是最容易使用的，并且具有最大的注释集。

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rMATS进行差异可变剪切分析并可视化

常见的可变剪接软件包括rMATS，Asprofile以及miso等。本文主要介绍rMATS软件的使用，并对结果利用rmats2sashimiplot可视化。...和rMATS-turbo-Linux-UCS4），如何确定使用哪个文件夹下的文件呢？...Fastq和bam文件均为二代测序过程中常见的文件，此处不做过多描述，主要看一下txt格式文件中的信息。...FASTQfile(s) for the sample_1.文件内以逗号分隔重复样本的FASTQ文件名(Onlyif using fastq) --s2 s2.txt A text file contains...FASTQfile(s) for the sample_2.文件内以逗号分隔重复样本的FASTQ文件名(Onlyif using fastq) --b1 b1.txt A text file records

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新格元的单细胞转录组软件CeleScope实战

，有对这款试剂盒及其分析软件（celescope）的介绍，在github上有软件的使用说明及下载：https://github.com/singleron-RD/CeleScope 其官方文档也很清晰：...安装一个Python模块，结果因为它太多的依赖，我们怕 pip install 失败，所以首先使用conda新建了一个 celescope的小环境，在这个小环境里面安装了大量的依赖，最后才小心翼翼的...接下来需要下载PRJNA764023数据集的fastq文件制作如下所示文件名 fq.txt 是的文本文件，内容如下所示： fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR159...2.fastq.gz 一个简单的脚本就可以批量下载上面文本文件里面的全部的fastq文件啦： cat fq.txt |while read id do ascp -QT -l 300m...：样本名称，是所有输出文件的前缀下面是官网示例： $cat .

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宏转录组学习笔记--另一个教程

mkdir -p ~/metatranscriptomics cd ~/metatranscriptomics Python脚本我们已经编写了许多脚本来从您将要使用的工具中提取和分析数据。...但是，这里我们没有提供过滤条件，因此所有输入reads都传递到输出fasta文件。现在，我们可以使用BLAT对载体污染数据库进行额外的比对。...从此输出文件中，我们需要使用脚本来过滤rRNAreads：从此输出文件中，我们需要使用脚本来过滤rRNAreads： /Users/zd200572/Miniconda/envs/py2/bin/python...-r genus注意事项：命令行参数是： -t：分类ID的层次表示 -n：与每个分类ID对应的分类名称 -i：海归类分类 -o：摘要报告输出文件 -r：将为其生成摘要的分类等级问题9：kaiju分类了多少...-q：输入文件名。 -d：数据库名称。 -e：保存匹配的期望值（E）阈值。 -k：要保留的最大比对序列数为10。 t：临时文件夹。-o：输出文件名。 -f：输出文件为表格格式。

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使用fdopen对python进程产生的文件进行权限最小化配置

需求背景用python进行文件的创建和读写操作时，我们很少关注所创建的文件的权限配置。...常用方法及其缺陷分析常用的python文件创建和读写方法，是直接通过内置的open函数创建一个文件。这里如果是使用with语法来创建的，结束语句后会自动关闭被打开的对象。...总结概要使用python进行文件的创建和读写时，常规的内置函数open得到的结果会是一个644权限的文件，这不一定能够满足很多对安全性需求较高的执行环境的要求。...因此我们可以通过fdopen来对所创建的文件进行进一步的权限约束，具体的操作方法可以在mode中定义一系列的权限配置，比如带有USR的表示当前用来执行python文件的用户，带有GRP的表示用来执行python...这当中尤其是OTH这个选项往往是不必要开放的权限，我们也可以根据具体的场景需求对创建的文件权限进行配置。

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Juicer实战详解

样本的原始序列放置在软件安装目录的work/sample/fastq目录下，sample替换成自己定义的名称。...Hi-C图谱包含的染色体名称，对于一些random, unplace_scaffold序列，可以直接在该文件中去除，这样在不会出现在最终结果中。...索引；-p参数指定染色体长度文件；-y指定基因组酶切图谱的路径；-d指定样本原始文件存放的路径；-D指定软件的安装路径，-t指定bwa比对使用的线程数，默认是使用全部线程。...需要注意的是, 在指定文件路径时，最好指定成绝对路径，特别是fastq文件所在路径。因为软件运行过程中会使用软链接，相对路径会出错。...由于Hi-C数据的测序量非常大，以及后续分析算法的复杂度，对服务器计算资源的要求相当高，必须高性能服务器才能满足要求，而该软件所需的GPU卡成本也非常高，一块的成本在2万元左右，这些因素一定程度制约了Hi-C

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Juicer: 辅助基因组组装

生成酶切图谱文件# 需要将 DpnII 换为测序过程使用的酶# genome 替换为基因组的名字python /home/juicer/misc/generate_site_positions.py..."}{print $1, $NF}' genome_DpnII.txt > genome.chrom.sizesfastq文件# juicer/work 文件夹下创建fastq文件夹存放fastq文件...mkdir fastq# 文件名称需要整理如下格式work └── fastq ├── Sample1_R1.fastq.gz ├── Sample1_R2.fastq.gz...bwa索引# -p参数指定染色体长度文件；# -y指定基因组酶切图谱的路径；# -d指定样本原始文件存放的路径；# -D指定软件的安装路径，# -t指定bwa比对使用的线程数，默认是使用全部线程。...其中"merged_nodups.txt"就是下一步3D-DNA的输入文件之一。

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HiC Pro 环境配置及使用

nservant/hicpro 代表镜像名称； /HiC-Pro_3.0.0/bin/HiC-Pro 代表 HiC Pro 可执行文件的文件路径；其后相关参数，均为 Hic Pro 程序的参数。.../HiC-Pro -c /data/E234/config-hicpro.txt -o analysis -i /data/E234/data Hic Pro 使用如果已经完成 config-hicpro.txt...该命令对输入的 fasta 序列有一定要求：对于每条序列，除了最后一行外，其他行的长度必须相同。...>genome.sizes 如果你拿到的是 bam 文件，需要生产 fastq 文件，可通过下面的文件生成 fastq 文件。...bedtools bamtofastq -i E234_R1_2.hicup.bam -fq E234_R1_2.fastq HiC Pro 使用首先确定 HiC Pro 的所在目录，例如 Python

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Juicer: HiC数据分析与辅助基因组组装

genome.fa 生成酶切图谱文件 # 需要将 DpnII 换为测序过程使用的酶 # genome 替换为基因组的名字 python /home/juicer/misc/generate_site_positions.py...="\t"}{print $1, $NF}' genome_DpnII.txt > genome.chrom.sizes fastq文件 # juicer/work 文件夹下创建fastq文件夹存放...fastq文件 mkdir fastq # 文件名称需要整理如下格式 work └── fastq ├── Sample1_R1.fastq.gz ├── Sample1...bwa索引 # -p参数指定染色体长度文件； # -y指定基因组酶切图谱的路径； # -d指定样本原始文件存放的路径； # -D指定软件的安装路径， # -t指定bwa比对使用的线程数，默认是使用全部线程...其中"merged_nodups.txt"就是下一步3D-DNA的输入文件之一。

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三代测序 - Oxford Nanopore (ONT) 数据分析 - 数据质控和过滤

对于二代测序，可以使用fastQC软件对原始下机数据质量进行全面的统计及绘图，多样本时可进一步结合使用multiQC。...2.对下机原始序列进行过滤，剪切和污染序列的去除可以使用 Chopper 。...Wouter De Coster， Rosa Rademakers 实验室的博后，编写了一系列软件对长度长测序原始下机数据进行统计质控和对污染序列进行去除的软件，也是现在常用的ONT质控软件。...intended for long read sequencing 对长度长序列的cram和bam文件进行质量评估。....fastq.gz -o SRR21721848_NanoStat -n SRR21721848.txt # -o 要和 -n 一起连用，才能生成 SRR21721848_NanoStat 文件夹以及文件夹里的

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如何使用python读取txt文件中的数据

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三代测序 - Oxford Nanopore (ONT) 数据分析 - 数据质控和过滤

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