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使用awk和正则表达式过滤文件中的文本或字符串

当我们在 Unix/Linux 中运行某些命令来读取或编辑字符串或文件中的文本时，我们很多时候都会查找指定特征的字符串。这可能会使用正则表达式。 什么是正则表达式？...正则表达式可以定义为表示多个字符序列的字符串。关于正则表达式的最重要的事情之一是它们允许你过滤命令或文件的输出、编辑文本或配置文件的一部分等等。...通配符的 awk 在(.)将匹配包含字符串loc, localhost, localnet 在下面的例子中。...让我们看一个例子来证明这一点，采用正则表达式r*z，这意味着匹配以字母开头r并以z以下行结尾的字符串： this is rumenz, where you get the best good tutorials...将匹配文件中包含字符a或l或1在一行中的所有字符串/etc/hosts. # awk '/[al1]/{print}' /etc/hosts 下一个示例匹配以K或k开头的字符串T： # awk '/

2.2K10

跟着NC学cfDNA全基因组片段化丰度谱分析

(2) code -这包含rpcr和rLucas(分析中广泛使用的两个包)、一些具有必要功能的单独r脚本，以及与模型创建有关的4个文件夹。...bed_to_granges.sh --将前面步骤生成的bed文件转换为R中的Granges。 gc_count ts.sh --为每个GC层的片段计数创建一个表。用于在片段级进行GC校正。...create-training-set.r和create-testing-set.r和生成完整的特征矩阵，包括临床数据，用于训练和验证本文使用的模型。...任何R用户都可以快速轻松地使用它。其设计的初衷是助研究人员以促进有效的进行项目管理，可重复性的分析，同时进行协作和对结果进行共享。 2....一个缺少文件的处理 在学习使用的过程中，发现code/preprocessing/01-bed-to-granges.r中缺少cytosine_ref.rds这么个文件，如果对基因组不太熟悉可能不太好解决

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【Rust投稿】从零实现消息中间件(3)-SUBLIST

简化实现 上一篇中提到subject是一种Trie树,在实现的过程中发现非常琐碎,也不好讲解,因此考虑先实现一个简单版本的.具体来说就是 不支持*和>两种模糊匹配 所有的主题就是一个普通字符串 为了简化...,先不考虑cache 但是支持负载均衡,也就是SUB中的Queue....思路 由于不支持*和>,那么就意味着所有的主题就是一个普通字符串,没有了层次结构. 所以直接使用Map即可. 实现 数据结构的定义 开工之前,先想好相关数据结构,这样事半功倍....因此使用Arc方便传递,同时满足tokio多线程的要求....这是有意为之的,因为我们在向BTreeSet中插入新的Sub的时候不需要关心他们真实的顺序,只是需要关心他们是否相同. 所以我们比较的对象是他们的地址而不是内容.

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通过shell来比较oracle和java中的字符串使用(r4笔记第49天)

public char charAt(int index) 返回字符串中第index个字符； oracle中可以使用substr来简单实现，需要注意两种方式的下标，在java的charAt中是以0开始，...str的位置； oracle中可以使用instr来模拟实现，而且oracle可以更加的灵活。...fromIndex开始第一次出现str的位置； oracle中还是使用Instr，而且使用方法和上例类似。...prefix字符串开头； public boolean endsWith(String suffix) 判断一个字符串是否以suffix字符串结尾； oracle中的实现可以通过匹配符%来实现，也可以使用正则表达式...，返回分隔后的字符串数组 oracle中目前没有发现有现成的方法实现，只能自己DIY通过pl/sql来实现，内部也是在使用substr来递归解析。

1.8K50

《Python分布式计算》 第6章 超级计算机群使用Python （Distributed Computing with Python）典型的HPC群任务规划器使用HTCondor运行Python任务

本章，我们学习另一种部署分布式Python应用的的方法。即使用高性能计算机（HPC）群（也叫作超级计算机），它们通常价值数百万美元（或欧元），占地庞大。...它往往是一个特殊格式的文本文件，后面有一个例子。 然后，用户使用命令行或库提交任务描述文件（上图中的步骤1）到任务规划器。...现在提交一个简单的Python文件。新的任务文件很相似，我们只需更改Executable和Arguments。我们还要传递一些环境变量给任务，提交100个实例。...为了在DAG中组织任务，我们需要为每一个任务写一个提交文件。另外，我们需要另写一个文本文件，描述任务的依赖规则。 假设我们有四个任务（单进程或多进程集合）。...PBS Pro和HTCondor一样，是一个复杂的系统，功能很多。这里介绍的只是它的表层，但是作为想要在PBS HPC机群上操作的人，作为入门足够了。

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服务器集群任务调度系统大比拼！

有幸在工作中体验了几个计算集群的使用，几乎每个计算集群都有专门的集群调度系统，而当需要在短时间对多个系统做测试是第一道障碍就是熟悉各个调度系统的操作指令，以下列举近期使用到的几个分布式作业调度系统的常用操作指令和几个超算中心使用体验...@ 2.60GHz 共28物理核，内存为188G，在体验期间曾遇到频繁开启关闭超线程现象，同时也有幸在同系统内对开启或关闭超线程做了点小测试，测试结果显示开启超线程对计算密集型进行有小幅加速效果，但在以核时计费的系统中需要注意...: 查看计算节点使用情况 qsub job.pbs: 提交作业 job.pbs中填写提交参数与执行程序，参数格式为 #PBS -q queue qstat： 查看已提交作业 可通过-u 参数指定用户名进行只查看自己的任务...qdel JOBID： 取消已投递作业 某高校计算集群 普通计算节点配备两颗Intel(R) Xeon(R) Gold 6150 CPU @ 2.70GHz CPU，36物理核，内存188G，是体验中单节点性能最好的集群...SGE， 以下为常用指令 qconf -sql： 显示队列 qconf -sq QUEUE: 显示指定队列信息 qhost： 查看计算节点使用情况 qsub： 提交作业 qstat：查看已提交作业 qdel

5.3K41

【孟德尔随机化】02文献复现（一）

文章的数据分析量可以用“庞大”来形容，所以作者提供了Shell脚本命令，用于通过qsub命令将一个名为wrap_manifest.sh的脚本提交到集群作业调度系统中运行。...在 MR 中，显著的 e/s 变异被用作工具变量 (IV)，以促进因果推断。...使用 R中的 TwoSampleMR 和 MendelianRandomization 软件包，对所有显著共定位位点的 e/sQTL（暴露）和 POAG 或 IOP GWAS（结果）的汇总统计数据应用了双样本...为避免血统混杂，MR 使用了 POAG GWAS 和 IOP GWAS 的欧洲血统子集（主要包含欧洲人）。...使用 Egger-截距检验和 MR-PRESSO 全局异质性检验对有 3 个或更多 IV 变异的病例进行水平多向性检验。P < 0.05 表示存在水平多向性。

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盘一盘如何「体系化」学习 Python 基础知识

---- 数据：数据的重要性不需要多讲，在 Python 中数据可分两大类： 元素型：整数、浮点、布尔、None 容器型：字符串、元组、列表、字典、集合 数据会被命名成变量，变量（词）之间会发现联系（...）： 把函数当成输入参数 把函数当成输出结果 介绍完数据和函数后，我们可得出 如果只处理数据，将其存储在列表，字典或其他数据中 如果只处理行为，而没有存储数据，则使用函数更合适 如果同时要处理到数据和行为呢...---- 高级特征：这是都是些锦上添花的东西，包括格式化字符串、正则表达式、解析表达式、生成器、迭代器和装饰器等等。...一句话来总结这些知识点： 格式化字符串：f-string，用法 f' {v1} {v2} ... {vn} .'...正则表达式：r-string，用法 re.function(pattern, text) 解析表达式：列表、字典、集合解析式，用 [], {}, () 生成器：生成器是迭代器，但反之不是 生成函数 +

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【STM32F429的DSP教程】第11章 基础函数-绝对值，求和，乘法和点乘

DSP库中函数的通用格式，后面就不再赘述了。  ...这里__QSUB实现的是32位数的饱和减法。还有__QSUB16和__QSUB8实现的是16位和8位数的减法。 函数参数：   第1个参数是原数据地址。   第2个参数是求绝对值后目的数据地址。  ...函数解析：   第23到34行，对于M4和M7带DSP单元的芯片使用。   第35到38行，对于不带DSP单元的M0，M0+和M3使用。  ...实际应用中基本不需要这么高的精度，这个函数将低14位的数据截取掉，反应在函数中就是两个数的乘积左移14位，也就是定点数的小数点也左移14位，那么最终的结果的格式是16.48。...第51到52行的SIMD指令__PKHBT，将两个Q15格式的数据保存的结果数组中，从而一个指令周期就能完成两个数据的存储。 函数参数：   第1个参数是乘数地址。   第2个参数是被乘数地址。

1.7K30

ARM汇编语言指令集汇总

BX 带状态跳转，更改指令集 BLX 带链接和状态切换的无条件跳转，更改指令集 BXJ 跳转，更改为 Jazelle TBB , TBH 表跳转字节、半字 存储器和寄存器交互数据指令（内存访问） ➡️...指令 简介 AND 与 ORR 或️ EOR 异或️ 移位 因为是2进制，逻辑移位左移变大,右移变小，且按2的倍数进行 LSL 逻辑左移 ⬅️ LSR 逻辑右移 ⬅️ ROR 将 Rm 中的值向右循环移...R1的值与寄存器R2的值按位异或，并根据结果设置CPSR的标志位 ThumbEE指令 指令 简介 ENTERX, LEAVEX 将状态更改为 ThumbEE 或更改状态 ThumbEE CHKA （检查数组...位清零指令 BIC R0，R0，＃％1011 该指令清除 R0 中的位 0、1、和 3，其余的位保持不变 BKPT 断点，当指令到达某个特定地址处时，使用此指令来检查系统状态 MRS 将 PSR 的内容移到通用寄存器中...，MRS{cond} Rd, psr MSR 将通用寄存器的立即数或内容加载程序状态寄存器 (PSR) 的指定位段中 CPS 更改处理器状态，只允许在特权模式下使用 SMC 安全监控调用 SMC{cond

1.3K20

CONQUEST 编译安装指南 Slurm 篇

前言   在实际的生产环境中，使用单用户模式直接运行命令的机会不是很多，通常是采用提交作业任务给集群计算的方式。...所谓“核时”就是一个 CPU 核运行一个小时，这也是高性能计算中通常使用的资源衡量单位。...作业属性： 通过命令行参数传递给 qsub 命令； 在 PBS 脚本中以 #PBS 方式指定。...Slurm 使用基于 Hilbert 曲线调度或肥胖网络拓扑结构的最适算法，以便优化并行计算机中的任务分配。...通过 srun 进行的任务加载 作业步可只使用作业中的部分节点 一个作业可包含多个作业步，可并发运行 在作业内通过作业步 ID 标识 作业运行模式   Slurm 系统有三种作业运行模式：

2.3K10

【STM32F407的DSP教程】第11章 基础函数-绝对值，求和，乘法和点乘

DSP库中函数的通用格式，后面就不再赘述了。  ...这里__QSUB实现的是32位数的饱和减法。还有__QSUB16和__QSUB8实现的是16位和8位数的减法。 函数参数：   第1个参数是原数据地址。   第2个参数是求绝对值后目的数据地址。  ...函数解析：   第23到34行，对于M4和M7带DSP单元的芯片使用。   第35到38行，对于不带DSP单元的M0，M0+和M3使用。  ...实际应用中基本不需要这么高的精度，这个函数将低14位的数据截取掉，反应在函数中就是两个数的乘积左移14位，也就是定点数的小数点也左移14位，那么最终的结果的格式是16.48。...第51到52行的SIMD指令__PKHBT，将两个Q15格式的数据保存的结果数组中，从而一个指令周期就能完成两个数据的存储。 函数参数：   第1个参数是乘数地址。   第2个参数是被乘数地址。

2K20

【STM32H7的DSP教程】第11章 DSP基础函数-绝对值，求和，乘法和点乘

DSP库中函数的通用格式，后面就不再赘述了。  ...这里__QSUB实现的是32位数的饱和减法。还有__QSUB16和__QSUB8实现的是16位和8位数的减法。 函数参数：   第1个参数是原数据地址。   第2个参数是求绝对值后目的数据地址。  ...函数解析：   第23到34行，对于M4和M7带DSP单元的芯片使用。   第35到38行，对于不带DSP单元的M0，M0+和M3使用。  ...实际应用中基本不需要这么高的精度，这个函数将低14位的数据截取掉，反应在函数中就是两个数的乘积左移14位，也就是定点数的小数点也左移14位，那么最终的结果的格式是16.48。...第51到52行的SIMD指令__PKHBT，将两个Q15格式的数据保存的结果数组中，从而一个指令周期就能完成两个数据的存储。 函数参数：   第1个参数是乘数地址。   第2个参数是被乘数地址。

1.5K20

m6A图文复现08-Peak结果可视化metaPlotR

下面是MeRIP-seq 图表复现笔记 上一期我们使用了Guitar包对Peak结果进行可视化，见：m6A图文复现07-Peak结果以及分布特征图 今天展示另一种可视化方法：使用metaPlotR包。...这个包将一些bash命令以及位置处理信息封装在了perl脚本中，然后使用R进行了可视化。下载地址：https://github.com/olarerin/metaPlotR。...cut -f 1-6 | sort -k1,1 -k2,2n >metaPlotR/" $1 ".sorted.bed"}' |sh 二、参考基因组注释文件 1）下载GRCm39 fa文件 前面我们使用的是...创建转录组中每个核苷酸的主注释文件 # 创建转录组中每个核苷酸的主注释文件 # chroms/为刚刚解压后的文件 perl make_annot_bed.pl --genomeDir chroms/ -...# 即，出现在5 ' utr中的位点的值从0到1，其中0和1分别代表5 ' utr的5 '和3 '末端。 # 类似地，CDS中的位点值从1到2,3 ' utr值从2到3。

2.1K10

27 个问题，告诉你Python为什么这么设计

为什么 join()是一个字符串方法而不是列表或元组方法？ 异常有多快？ 为什么Python中没有switch或case语句？ 难道不能在解释器中模拟线程，而非得依赖特定于操作系统的线程实现吗？...任何动作都不会将值 8 更改为其他值，在 Python 中，任何动作都不会将字符串 "8" 更改为其他值。 为什么必须在方法定义和调用中显式使用“self”？ 这个想法借鉴了 Modula-3 语言。...可以使用 doctest 和 unittest 模块或第三方测试框架来构造详尽的测试套件，以运行模块中的每一行代码。 适当的测试规程可以帮助在Python中构建大型的、复杂的应用程序以及接口规范。...但是不允许你跳到循环的中间，这通常被认为是滥用goto。谨慎使用。 为什么原始字符串（r-strings）不能以反斜杠结尾？...此类处理器将不匹配的尾随反斜杠视为错误，因此原始字符串不允许这样做。反过来，允许通过使用引号字符转义反斜杠转义字符串。当r-string用于它们的预期目的时，这些规则工作的很好。

6.6K11

27 个问题，告诉你Python为什么这么设计？

任何动作都不会将值 8 更改为其他值，在 Python 中，任何动作都不会将字符串 "8" 更改为其他值。 为什么必须在方法定义和调用中显式使用“self”？ 这个想法借鉴了 Modula-3 语言。...许多Python模块可以作为脚本运行，以提供简单的“自我测试”。即使是使用复杂外部接口的模块，也常常可以使用外部接口的简单“桩代码（stub）”模拟进行隔离测试。...可以使用 doctest 和 unittest 模块或第三方测试框架来构造详尽的测试套件，以运行模块中的每一行代码。 适当的测试规程可以帮助在Python中构建大型的、复杂的应用程序以及接口规范。...但是不允许你跳到循环的中间，这通常被认为是滥用goto。谨慎使用。 为什么原始字符串（r-strings）不能以反斜杠结尾？...此类处理器将不匹配的尾随反斜杠视为错误，因此原始字符串不允许这样做。反过来，允许通过使用引号字符转义反斜杠转义字符串。当r-string用于它们的预期目的时，这些规则工作的很好。

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