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如何使用R的sweep函数对表达矩阵进行标准化

如下图所示除了中位数标准化之外，我们还可以使用z-score的方法来对表达谱数据进行标准化： z-score=(表达量-均值)/标准差那么下面小编就给大家演示一下如何使用前面讲到的☞R中的sweep...函数，使用z-score的方法来对表达谱矩阵进行标准化 #为了保证随机数保持一致，这里设置一下种子序列 set.seed(123) #随机生成100个数，构造一个10X10的矩阵 data=matrix...(runif(100,1,10),nrow=10) #设置行名是gene1到gene10 rownames(data)=paste0("gene",1:10) #设置列明是sample1到sample10...) data2 得到的结果如下如果对R里面scale这个函数比较熟悉的小伙伴，可能已经发现了，scale这个函数就能完成z-score的计算，我们来看看这个函数的说明我们来看看scale这个函数的效果...sweep函数得到的结果。

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扭曲你的数据，让其变得具有视觉吸引力

前言本文算是一篇娱乐型的文章吧，并没有牵扯到太多技术性的东西。本文主要写的是如何扭曲你的数据，在不影响结果和其他属性的情况下，使得你数据画出来的图更加好看。本文以“兔子”数据为例。...** 下图为最终整合在一起的结果 [1493973469325_1767_1493973480973.gif] 好了，其它更多的你们可以去它的官网看开始写代码（本文使用R语言）先说说想法...对于每个扰动点，需要找到目标中最近的邻居并计算距离。这可以在nlog(n)中使用K-D tree(一种数据结构)完成，当然还有一个R语言的相关包，RANN，这样做（在nn2函数中实现）。...=nn2(rabbit, new_pts, k=1) if (sum(new_dist$nn.dists) < cur_dist) { cur_dist <<- sum(new_dist...(tgt_pts, src_pts) { cur_dist <<- sum(nn2(tgt_pts, src_pts, k=1)$nn.dists) cur_pts=src_pts for (i in

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如何使用AngularJS和PHP为任何位置生成短而独特的数字地址

在本教程中，您将开发一个Web应用程序，该应用程序使用Google Maps API为您选择的任何地址生成一个简短的数字地址。...您可以按照教程如何在Ubuntu 18.04上快速安装Git来安装和设置Git。第1步 - 获取Google API密钥在本教程中，您将使用JavaScript创建Google Maps的界面。...在createDigitalAddressApp.js文件中定义processForm，并用作辅助函数，将用户提交的信息发送到适当的文件，然后将其处理为mapcode。...让我们继续进行这些更改，并仔细研究这些地图代码是如何生成的。...在这个路易斯安那州的例子中，你会进入US-LA。要了解有关Mapcode如何使用此标准的更多信息，请查看“ 地区和标准代码”参考页。

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R语言模拟疫情传播-gganimate包

本文用gganimate包展示模拟疫情数据本文篇幅较长，分为以下几个部分：前言效果展示小结附录：代码前言前文《R语言模拟疫情传播-RVirusBroadcast》已经介绍了一种用R语言模拟疫情传播的方法...，不过当时为了实时模拟数据（没有事先准备好的数据集可用）的动态展示效果，笔者在RVirusBroadcast中使用的是R中的基础作图功能，在本文中我们将用gganimate包来生成动态图。...gganimate包是一个可以在ggplot作图基础上生成动态图的工具，像ggplot作图一样，使用gganimate包要先把数据集准备好。...+ 1 # 生成人群数据 format_coord <- function(coord, boundary) { if (coord < 0) return(runif(1, 0, 10))..., bed_ncolumn)[1:BED_COUNT], is_empty = T, person_id = 0 # 占用床位的患者的序号，床位为空时为0 ) } ##

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基础知识 | R语言高级数据管理之函数

01 数学函数 > x<-c(1,2,3,4,5,6,7,8,9) > mean(x) [1] 5 > sd(x) [1] 2.738613 02 概率函数 #正态分布函数 x<-pretty(c(...#指数函数 y<-exp(x） plot(x,y,type="l",xlab="NormalDeviate",ylab="Density",yaxs="i") ?...03 随机数的生成 #生成7个随机数 > runif(7) [1] 0.38380225 0.49297152 0.28230372 0.25986600 0.70236043 0.98603726...0.02660941 #再次调用随机数，会发现新生成的和第一次生成的有区别 > runif(7) [1] 0.7906136 0.2597749 0.2442815 0.7137956 0.9609680...0.2076069 0.7164634 #若要重现生成的7个随机数，可以用随机数的种子函数 > set.seed(1234) > runif(7) [1] 0.113703411 0.622299405

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名校博士使用R语言大战医疗蛀虫

在另外一个公众号确实是看到了类似的描述，需要使用R语言这样的专业的数据分析软件啦：需要使用R语言这样的专业的数据分析软件统计分布是概率论和统计学中的一个重要概念，用于描述随机变量在可能取值上的分布情况...概率密度函数描述了随机变量在不同取值上的概率分布情况，而累积分布函数则描述了随机变量小于等于某个特定取值的累积概率。 R语言内置了许多用于生成各种统计分布的函数。...以下是一些常见的内置统计分布系列函数：均匀分布（Uniform Distribution）： runif(n, min, max): 生成n个服从指定区间[min, max]的均匀分布的随机数。...指数分布（Exponential Distribution）： rexp(n, rate): 生成n个服从指定速率参数（rate）的指数分布的随机数。...这些函数可以用于生成服从不同统计分布的随机数，供统计模拟、假设检验、蒙特卡洛方法等使用。注意，每个函数的参数可能有所不同，具体的参数含义可以在R的帮助文档中查找。

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R语言随机数生成

均匀分布函数： runif(n, min=0, max=1)，n 表示生成的随机数数量，min 表示均匀分布的下限，max 表示均匀分布的上限，若省略参min、max，则默认生成[0,1]上的均匀分布随机数...正太分布函数：rnorm(n, mean=0, sd=1)，其中，n 表示生成的随机数数量，mean是正态分布的均值，默认为0，sd 是正态分布的标准差，默认时为1。...二项分布函数：rbinom(n, size, prob)，n 表示生成的随机数数量，size 表示进行贝努力试验的次数，prob 表示一次贝努力试验成功的概率。...指数分布函数：rexp(n,lamda = 1)，n 表示生成的随机数个数，lamda＝1/mean > x = rexp(10,3) > x [1] 0.13044259 0.52299630 0.35504953...其他除了生成上面介绍的几种分布的随机数，还可以生成poisson分布、t 分布、F 分布等很多种分布的随机数，只要在相应的分布名前加“r”就可以。 ?

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R语言基础与入门实践

熟练使用R软件实践1:最初几步 x=1:100#把1,2,...,100个整数向量赋值到x (x=1:100) #同上, 只不过显示出来 sample(x,20) #从1,...,100中随机不放回地抽取...没有人这么用 pi * (1:10)^-2.3#可以对向量求指数幂 x = pi * 10^2 x print(x) #和上面一样 (x=pi *10^2) #赋值带打印 pi^(1:5) #指数也可以是向量...实践4: 包括简单自变量为定量变量及定性变量的回归 ncol(cars);nrow(cars) #cars的行列数 dim(cars) #cars的维数 lm(dist ~ speed, data =...#解方程: f=function(x) x^3-2*x-1 uniroot(f,c(0,2))#迭代求根 #如果知道根为极值 f=function(x) x^2+2*x+1 #定义一个二次函数 optimize...R如何给出警告和结果?)

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R语言模拟疫情传播-RVirusBroadcast

鉴于画图是R语言的优势，所以笔者在读过源码后，写了一个VirusBroadcast程序的R语言版本，暂且叫做RVirusBroadcast。...请再次注意下面两段视频的数据是模拟生成的，纯属虚构，不具有现实意义，仅供电脑模拟实验所用。...，所用的数据也是模拟生成的，还需优化改进。...+ 1 # 生成人群数据 format_coord <- function(coord, boundary) { if (coord < 0) return(runif(1, 0, 10))..., bed_ncolumn)[1:BED_COUNT], is_empty = T, person_id = 0 # 占用床位的患者的序号，床位为空时为0 ) } ##

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巧用R语言生成建模所需的测试数据

只要在使用函数生成随机数之前设定set.seed(n)，即可生成相同的随机数。...注释：n必须一致 #了解第一个随机数生成函数：runif runif(n,min,max)#随机生成n个在min和max之间的随机数 #默认runif(n)中min=0，max=1 #未设置set.seed...=TRUE，对split做精确匹配 #当perl=TRUE时，使用perl的正则表达式规则 #当分隔符为?...匹配零个或一个字符 3 生成拟合概率函数的数据统一的形式：前缀+分布函数名。...d 表示密度函数（density）； p 表示分布函数（生成相应分布的累积概率密度函数）； q 表示分位数函数，能够返回特定分布的分位数（quantile）； r 表示随机函数，生成特定分布的随机数（random

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R语言极值理论：希尔HILL统计量尾部指数参数估计可视化

相关视频尾部指数的希尔HILL统计量估计。更具体地说，我们看到如果，和，然后希尔HILL估计为。...首先，让我们考虑一个帕累托生存函数，以及相关的分位数函数 > Q=fuction(p){unro(funion(x) S(x)-(1-p),loer=1,per=1e+9)$root} 我们将考虑更复杂的生存函数...这是生存函数和分位数函数， > plot(u,Veie(Q)(u),type="l") 在这里，我们需要分位数函数从这个分布中生成一个随机样本， > X=Vectorize(Q)(runif(n)...使用前面的代码，生成具有生存函数的随机样本实际上是极其简单的 > Q=function(p){uniroot(function(x) S(x)-(1-p)} 如果我们使用上面的代码。...再次考虑数千个样本，让我们看看 Hill 统计量如何，所以这些估计量的（经验）平均值是本文选自《R语言极值理论：希尔HILL统计量尾部指数参数估计可视化》。

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Day4_R语言基础—CG

1. 安装R和RStudio R的安装从R project网站的CRAN中找到MacOS版本下载链接下载安装包。...R语言汇集大量函数和软件，可以提供强大的功能，在生信数据分析中应用最为广泛，是生信工作者需要掌握的最基本的编程语言。...Rproject使用教程链接（生信星球公众号）练习目的：如何并行多个项目，也就是多个工作目录。...尝试使用R作图尝试做图： plot(rnorm(50)) 图片 plot(runif(50)) 图片 rnorm()和runif()函数区别：rmorm生成正态分布的随机数，runif生成均匀分布的随机数..._ rnorm(n, mean=x, sd=y)#生成n个平均数为x，标准差为y的随机数 runif(n, min=x, max=y)#生成n个x(最小数)到y(最大数)的服从均匀分布的随机数 boxplot

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R语言之系统聚类（层次）分析之图谱形式完整版

,hang=1,cex=0.5,labels = NULL) 另类聚类图将hclude生成的对象转换为另类的聚类图 > hcd = as.dendrogram(hc) > plot...一个非常有用的功能dendrapply可以应用一个函数的一dendrgoram所有节点。如果我们要添加一些色彩的标签这是非常方便的。...= 5) 4种不同类型的聚类树形图 plot.phylo函数的4种不同类型的聚类树形图 plot(as.phylo(hc), type ="cladogram", cex = 0.9...例如： plot(as.phylo(hc), type = “fan”, tip.color = hsv(runif(15, 0.65, 0.95), 1, 1, 0.7), edge.color...= hsv(runif(10, 0.65, 0.75), 1, 1, 0.7), edge.width = runif(20,0.5, 3), use.edge.length = TRUE, col

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「R」数值与字符处理函数

，log()为自然对数、log10()为常用对数、 exp(x) 指数函数统计函数函数描述 mean(x) 平均数 median(x) 中位数 sd(x) 标准差 var(x) 方差 mad(x...x按列进行中心化或标准化注意：默认情况下，函数scale()对矩阵或数据框的指定列进行均值为0、标准差为1的标准化。...概率函数在R中，概率函数形如：[dpqr] distribution_abbreviation() 其中第一个字母表示其所指分布的某一方面 d = 密度函数 p = 分布函数 q = 分位数函数 r...qnorm(.9, mean=500, sd=100) [1] 628.1552 生成50个均值为50,标准差为10的正态随机数 rnorm(50, mean=50, sd=10) [1] 49.38745...runif(5) [1] 0.1137034 0.6222994 0.6092747 0.6233794 0.8609154 通过手动设定种子，就可以重现你的结果。

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R 语言画图中英文字体解决方案

如果你使用的是 Linux，字体应该位于 /usr/share/fonts 目录下。示例来一个示例，示例后面有各个函数的解释。...R 函数 runif()是 R 语言生成均匀分布随机数的函数，句法是：runif(n, min=0, max=1)，其中 n 表示生成的随机数数量，min 表示均匀分布的下限，max 表示均匀分布的上限...；若省略参数 min、max，则默认生成 [0,1] 上的均匀分布随机数。...例子如下： > runif(5, 0, 1) # 生成5个[0,1]的均匀分布的随机数 [1] 0.5993 0.7391 0.2617 0.5077 0.7199 > runif(5)...# 默认生成5个[0,1]上的均匀分布随机数 [1] 0.2784 0.7755 0.4107 0.8392 0.7455 round是 R 语言里的 “四舍五入” 的函数，具体的规则采用 banker's

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R 语言画图中英文字体解决方案

如果你使用的是 Linux，字体应该位于 /usr/share/fonts 目录下。示例来一个示例，示例后面有各个函数的解释。...学习几个 R 函数 runif()是 R 语言生成均匀分布随机数的函数，句法是：runif(n, min=0, max=1)，其中 n 表示生成的随机数数量，min 表示均匀分布的下限，max 表示均匀分布的上限...；若省略参数 min、max，则默认生成 [0,1] 上的均匀分布随机数。...例子如下： > runif(5, 0, 1) # 生成5个[0,1]的均匀分布的随机数 [1] 0.5993 0.7391 0.2617 0.5077 0.7199 > runif(5)...# 默认生成5个[0,1]上的均匀分布随机数 [1] 0.2784 0.7755 0.4107 0.8392 0.7455 round是 R 语言里的 “四舍五入” 的函数，具体的规则采用 banker's

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学习小组笔记Day4-蘑菇

1.R和Rstudio的安装见百度网盘2.关于R和RstudioR是一种编程语言，汇集了许多函数，RStudio是免费提供的开源集成开发环境（IDE）。...RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择。...R语言中plot()函数的基本格式如下：plot(x,y,...)plot函数中，x和y分别表示所绘图形的横坐标和纵坐标；函数中的...为附加的参数。...runif：生成均匀分布随机数的函数是runif（）句法是：runif (n,min=0,max=1) n表示生成的随机数数量，min表示均匀分布的下限，max表示均匀分布的上限；若省略参数min、max...,则默认生成 0,1上的均匀分布随机数。

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乌龟爬爬:TurtleGraphics in R

简单来说：这个函数设置乌龟的活动范围。...默认乌龟出现在区域中间，头朝北（上） mode可以设置为clip，erro，cycle分别对应乌龟出界时候的反应，具体分别为 clip：可以出界，看不见它 erro：不允许乌龟出界，如果出去会有错误提示...180) { turtle_forward(dist = 1) turtle_right(angle = 2) } }) ?...if 5 function(函数) turtle_init() turtle_square <- function(r){ for (i in 1:4) { turtle_forward(r...n) { turtle_left(runif(1,0,360)) turtle_forward(runif(1,0,1000)) } }) ?

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131-R茶话会23-R的随机数有点坑

前言最近我在复现一篇文章的操作。发现每一次生成的结果都有所不同。难道是我的操作出了问题？难道是我用的R 包版本不对，函数不同？难道是随机数的问题？后来发现，果然是随机数的问题。...R 内内置了许多的随机相关的函数，比如： > runif(1) [1] 0.06532152 > runif(2) [1] 0.2081815 0.8665349 > sample(10,3) [1]...电脑永远无法真正实现随机数，R 也不例外，关于生成看似“随机”数的原理，可以参考：Set.seed in R - Control Random Numbers - ProgrammingR[1] 如果我们想要控制随机数...2-随机数，即用即换我们如果希望随机函数生成指定结果，永远要在其之前配置相关的种子。...额外补充并不是所有R 的使用者都会注意到随机数的问题了。因此，考虑是否发生随机数的一个方法是，既然set.seed是即用即废，那么这也是个用来判断某个步骤是否调用了随机数的方法。

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分析样本差异：β多样性距离

A: β多样性是指在一个梯度上从一个生境到另一个生境所发生的多样性变化的速率和范围，它是研究群落之间的种多度关系。不同群落或某环境梯度上不同点之间的共有种越少，β多样性越大。...群落成分指数研究的是不同生境间物种数目的差异，例如最常用的Whittaker指数计算方法如下： βw=S/mα-1 其中S为所研究系统中记录的物种总数；mα为各样方或样本的平均物种数。...=braycurtis, subsample=T, output=square) #其中参数output=square则结果生成的是方形的矩阵，也即距离矩阵，可以通过设置output参数获得 #使用计算系统发育多样性产生的...距离以外，微生物群落的距离矩阵均可以通过R计算获得。...下面我们以生态学领域我们常用vegan包中的vegdist()函数为例，此函数使用方法如下所示： vegdist(x, method="bray", binary=FALSE, diag=FALSE,

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