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如何在Ubuntu 14.04上设置R.

“综合R档案网络”（CRAN）是一系列站点（称为镜像），它们携带相同的材料，由许多R包和R分发本身组成。您可以从任何CRAN镜像下载R和许多R软件包，但我们将使用RStudio镜像。...sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github('daattali/shinyjs')\"" 让我们通过尝试加载来验证shinyjs是否已正确安装。...R 在R中，尝试加载shinyjs包。 library(shinyjs) 运行上一个命令可能会产生一些消息，但不会显示错误消息。...要了解有关R的更多信息，请访问官方R网站，或尝试使用该swirl软件包学习R实践和交互式。 有关CRAN及其提供的更多信息，请访问CRAN官方网站。...我们还了解了从GitHub和CRAN安装R软件包之间的区别，以及如何确保这些软件包可供CVM上的所有用户使用。 更多Ubuntu教程请前往腾讯云+社区学习更多知识。

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如何在Ubuntu 14.04上设置R.

“综合R档案网络”（CRAN）是一系列站点（称为镜像），它们携带相同的材料，由许多R包和R分发本身组成。您可以从任何CRAN镜像下载R和许多R软件包，但我们将使用RStudio镜像。...sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github('daattali/shinyjs')\"" 让我们通过尝试加载来验证shinyjs是否已正确安装。...R 在R中，尝试加载shinyjs包。 library(shinyjs) 运行上一个命令可能会产生一些消息，但不会显示错误消息。...要了解有关R的更多信息，请访问官方R网站，或尝试使用该swirl软件包学习R实践和交互式。 有关CRAN及其提供的更多信息，请访问CRAN官方网站。...我们还了解了从GitHub和CRAN安装R软件包之间的区别，以及如何确保这些软件包可供CVM上的所有用户使用。 更多Ubuntu教程请前往腾讯云+社区学习更多知识。

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生信爱好者周刊（第 52 期）：真正的“科技与狠活”：全球首个人工“优选基因”的“完美婴儿”马上2岁啦！

8.5 nm 横向位置，使用 1000 个检测到的光子）。...awesome-rshiny - 棒极了的Shiny学习列表[5] 该库收录了一系列Shiny相关的教程、工具、软件包、图书、论坛。学习Shiny，值得收藏。...仓库链接：https://github.com/grabear/awesome-rshiny 资源推荐 | GSVA教程[6] 基因集变异分析(GSVA)是一种特殊类型的基因集富集方法，它可以对单个样本进行分析...本教程中我们演示了如何使用GSVA包处理microarray和RNA-seq表达数据。 历史上的本周 2021 【周刊】第 12 期：你的饮食模式需要改变吗？...- 棒极了的Shiny学习列表: https://github.com/grabear/awesome-rshiny [6] 资源推荐 | GSVA教程: https://bioconductor.org

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人生并不是只有yes和no两个选择哦

cran.package.list <- c("shiny","shinydashboard","rhandsontable","shinyFiles", "shinyjs...出现的这个要求升级包的提示 在她自己的电脑上面使用我们的批量安装R包代码出现的这个要求升级包的提示，如下所示： ? 如果点yes 就会出现R重设置报错，并且出现下面窗口： ?...既然选择yes和no都有问题，那么是不是就无解了呢？...忘记了自己的目标 其实并非是只有yes和no两个选择，就好像新手司机需要横跨两个城市，但是一年实习期并不能上高速，但是即使是跑高速公路失败，难道就没有其他的选择吗？不走高速，难道你就不能出行了？...同样的道理，我们的目标是安装包，并不一定要使用那个代码，拆解开了，一个个运行，搞清楚为什么会失败即可。完全不需要在这个选择题上面继续纠结下去的。

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数据分析师的自我修养丨如何进阶为数据科学家

：D3、RShiny 专业领域：自然语言处理、OCR和计算机视觉 ?...RShiny仪表板是不错的探索数据交互方式 掌握这些技能需要大量的时间（可能比获得专业学位更久）。但每个人都不能满足现状，必须不断学习。...Coursera和Udemy等网站上有大量免费课程。吴恩达的机器学习课程和斯坦福大学的神经网络课程都非常棒，而且很有趣。...许多Python用户喜欢使用Anaconda和Jupyter Notebook。许多R用户喜欢用R Studio。 3. 解决实际问题 尝试解决工作中的实际问题，与商业专家和数据工程师一起工作。...使用高效的工作方式 积累一定基础后，使用GitHub等版本控制系统改进自己的工作流程，以便进行部署和代码维护，还可以使用Docker。 7.

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跟我一起玩转shiny

我们生信技能树已经有多位大神发表了自己的网页工具，其中基于R语言的shiny框架是比较适合初学者的，而且手把手的教程不少： 把你的shiny网页工具部署在云服务器 手把手教你使用shiny创建一个网页工具...保持正确的要点 渲染和输出 session的解释 ID的用法 根据数据更新UI 表格-方案选择 表格-renderTable 表格-kableExtra 表格-DT 绘图-基本图形 绘图-ggplot2...绘图-交互图plotly 绘图-交互图echarts 用户上传数据 用户下载数据-图表 用户下载数据-程序产生的文件 网页表格收集数据 调试-控制台 调试-shinyjs-runcodeUI 调试-reactlog...美化-应用CSS 美化-插入图片 美化-加入加载动画 部署-shinyapp.io 部署-shiny server 课程还在研发和筹备中，期待你的参与，文末有加入shiny交流群的方式！...RNA测序数据的用户友好工具用于分析和可视化单细胞RNA测序数据的用户友好工具 https://github.com/immcore/iS-CellR ?

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R语言广义线性模型(GLM)、全子集回归模型选择、检验分析全国风向气候数据|附代码数据

从变量相关关系图和矩阵，可以看到temperatureMin和temperatureMax，windChillMin，windChillMax，以及gustSpeed和windSpeed之间，rainfall...和changeInRainfall，以及lightningRisk和lightningCategory之间都有教明显的线性相关关系。...点击标题查阅往期内容 R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型（GLMM）和线性混合模型（LMM） R语言用潜类别混合效应模型(Latent Class Mixed Model ,LCMM)分析老年痴呆年龄数据...mixed effect model R语言LME4混合效应模型研究教师的受欢迎程度 R语言 线性混合效应模型实战案例 R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型（GLMM）和线性混合模型（LMM...基于R语言的lmer混合线性回归模型 R语言用WinBUGS 软件对学术能力测验建立层次（分层）贝叶斯模型 R语言分层线性模型案例 R语言用WinBUGS 软件对学术能力测验（SAT）建立分层模型 使用

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R语言使用bootstrap和增量法计算广义线性模型（GLM）预测置信区间|附代码数据

p=15062 最近我们被客户要求撰写关于广义线性模型的研究报告，包括一些图形和统计输出。 考虑简单的泊松回归 。...---- 增量法 实际上，使用表达式作为置信区间不会喜欢非中心区间。因此，一种替代方法是使用增量方法。...我们的想法是从数据集中取样，并对这些新样本进行log-Poisson回归，并重复很多次数， ---- ---- 本文选自《R语言使用bootstrap和增量法计算广义线性模型（GLM）预测置信区间...点击标题查阅往期内容 R语言广义线性模型GLM、多项式回归和广义可加模型GAM预测泰坦尼克号幸存者 R语言广义线性模型(GLM)、全子集回归模型选择、检验分析全国风向气候数据 R语言用Rshiny探索lme4...mixed effect model R语言LME4混合效应模型研究教师的受欢迎程度 R语言 线性混合效应模型实战案例 R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型（GLMM）和线性混合模型（LMM

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R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型（GLMM）和线性混合模型（LMM）|附代码数据

p=3138随着软件包的进步，使用广义线性混合模型（GLMM）和线性混合模型（LMM）变得越来越容易最近我们被客户要求撰写关于广义线性混合模型的研究报告，包括一些图形和统计输出。...由于我们发现自己在工作中越来越多地使用这些模型，我们开发了一套R shiny工具来简化和加速与对象交互的lme4常见任务。...shiny的应用程序和演示演示此应用程序功能的最简单方法是使用Shiny应用程序，在此处启动一些指标以帮助探索模型。 在第一个选项卡上，该函数显示用户选择的数据的预测区间。...本文选自《R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型（GLMM）和线性混合模型（LMM）》。...mixed effect modelR语言LME4混合效应模型研究教师的受欢迎程度R语言 线性混合效应模型实战案例R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型（GLMM）和线性混合模型（LMM）R语言基于

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R语言广义线性模型(GLM)、全子集回归模型选择、检验分析全国风向气候数据

从变量相关关系图和矩阵，可以看到temperatureMin和temperatureMax，windChillMin，windChillMax，以及gustSpeed和windSpeed之间，rainfall...和changeInRainfall，以及lightningRisk和lightningCategory之间都有教明显的线性相关关系。...点击标题查阅往期内容 R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型（GLMM）和线性混合模型（LMM） R语言用潜类别混合效应模型(Latent Class Mixed Model ,LCMM)分析老年痴呆年龄数据...mixed effect model R语言LME4混合效应模型研究教师的受欢迎程度 R语言 线性混合效应模型实战案例 R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型（GLMM）和线性混合模型（...语言的lmer混合线性回归模型 R语言用WinBUGS 软件对学术能力测验建立层次（分层）贝叶斯模型 R语言分层线性模型案例 R语言用WinBUGS 软件对学术能力测验（SAT）建立分层模型 使用

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R语言广义线性模型(GLM)、全子集回归模型选择、检验分析全国风向气候数据|附代码数据

从变量相关关系图和矩阵，可以看到temperatureMin和temperatureMax，windChillMin，windChillMax，以及gustSpeed和windSpeed之间，rainfall...和changeInRainfall，以及lightningRisk和lightningCategory之间都有教明显的线性相关关系。...点击标题查阅往期内容R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型（GLMM）和线性混合模型（LMM）R语言用潜类别混合效应模型(Latent Class Mixed Model ,LCMM)分析老年痴呆年龄数据...mixed effect modelR语言LME4混合效应模型研究教师的受欢迎程度R语言 线性混合效应模型实战案例R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型（GLMM）和线性混合模型（LMM）R语言基于...fit)的问题基于R语言的lmer混合线性回归模型R语言用WinBUGS 软件对学术能力测验建立层次（分层）贝叶斯模型R语言分层线性模型案例R语言用WinBUGS 软件对学术能力测验（SAT）建立分层模型使用

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Nucleic Acids Research 在线发表癌症miRNA组学数据库CancerMIRNome

也要感谢师兄弟姐妹和生信技能树的朋友提供的帮助。...关于Shiny app开发 是否要选择使用Shiny开发数据库/网页工具 我自己只会用Shiny，看到其他人用更“高端”的工具开发数据库也会着实羡慕一下。尤其是UI，简直太好看了。...另外有很多针对advanced Shiny app开发的R包可以直接拿来学习和使用。...分享一下我经常用到的可以让网页看起来更专业的R包： shinythemes dashboardthemes shinydashboard shinydashboardPlus shinyjs shinyWidgets...绘图-交互图plotly 绘图-交互图echarts 用户上传数据 用户下载数据-图表 用户下载数据-程序产生的文件 网页表格收集数据 调试-控制台 调试-shinyjs-runcodeUI 调试-reactlog

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空转工具盘点 | 空间转录组细胞类型聚类方法综合比较

同时设计了一个RShiny程序，使用真实数据提供的空间位置并考虑到预定的空间模式，将真实细胞类型标签分配给模拟数据中的单个细胞（或点）。...对于采用组织学染色的空间转录组学方法，研究团队模拟了红色、绿色和蓝色 (RGB) 的像素值，以反映真实的 H&E 颜色范围和真实的细胞类型分配。...图片研究团队将聚类方法视为把观察到的空间转录组学数据作为输入和输出聚类标签的函数和/或算法的集合。在本研究中，比较了以下七种软件工具提供的 15 种聚类方法。...图片测试结果图片聚类精度：Seurat-LVM、SpaGCN和Seurat-LV总体上是最准确的聚类方法。使用来自空间坐标和组织学图像的附加信息的方法并不能系统地优于仅使用基因表达信息的方法。...图片图片软件使用：基于Seurat和SpaGCN的方法具有最佳的计算效率，Seurat、SpaCell和stLearn具有最佳的软件支持。

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R语言回归、anova方差分析、相关性分析 《精品购物指南》调研数据可视化|附代码数据

p=30990 最近我们被客户要求撰写关于回归、anova方差分析、相关性分析的研究报告，包括一些图形和统计输出。...本研究使用对《精品购物指南》所做的一次调查结果作为本次案例分析的数据。试图分析目前阅读《精品购物指南》的群体特征，以及影响阅读《精品购物指南》的时间的因素,从而更好地对受众群体和市场做出分析。...PYTHON链家租房数据分析：岭回归、LASSO、随机森林、XGBOOST、KERAS神经网络、KMEANS聚类、地理可视化 R语言广义线性模型(GLM)、全子集回归模型选择、检验分析全国风向气候数据 R语言用Rshiny...mixed effect model R语言LME4混合效应模型研究教师的受欢迎程度 R语言 线性混合效应模型实战案例 R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型（GLMM）和线性混合模型（LMM...基于R语言的lmer混合线性回归模型 R语言用WinBUGS 软件对学术能力测验建立层次（分层）贝叶斯模型 R语言分层线性模型案例 R语言用WinBUGS 软件对学术能力测验（SAT）建立分层模型 使用

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空转工具盘点 | 空间转录组细胞类型聚类方法综合比较

同时设计了一个RShiny程序，使用真实数据提供的空间位置并考虑到预定的空间模式，将真实细胞类型标签分配给模拟数据中的单个细胞（或点）。...对于采用组织学染色的空间转录组学方法，研究团队模拟了红色、绿色和蓝色 (RGB) 的像素值，以反映真实的 H&E 颜色范围和真实的细胞类型分配。...数据集信息概要 研究团队将聚类方法视为把观察到的空间转录组学数据作为输入和输出聚类标签的函数和/或算法的集合。在本研究中，比较了以下七种软件工具提供的 15 种聚类方法。...使用来自空间坐标和组织学图像的附加信息的方法并不能系统地优于仅使用基因表达信息的方法。 不同测序深度下的稳健性：考虑到测序深度降低到50%，基于Seurat的方法是最稳健的方法。...软件使用：基于Seurat和SpaGCN的方法具有最佳的计算效率，Seurat、SpaCell和stLearn具有最佳的软件支持。

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轻松获取GSE matrix文件等稳定下载链接

引言当我们想获得一个gse的matrix文件和补充文件, 一般情况下可以直接用网页下载, 用 R 的话也可以使用 getGEO(gse) 和 getGEOSuppFiles(gse)函数 , 但是如果在服务器或者网络非常不好的情况下...当然是上代码和做网页啦~效果展示网页地址:getgeofilelinks.yeyeziblog.eu.org当输入GSE号, 可以有两种选择, 第一是获得matrix文件地址, 第二是补充文件地址, 而如果使用...52242943 bytes (49.8 MB)事实上这个链接可以在浏览器打开, 会直接下载一个压缩文件, 如果在链接中去掉文件名, 可以看到这个储存点的庐山真面目:图片基于此, 有大佬设计了基于文本替换和网页元素爬取的..., typeDown = "annot")然后, ChatGPT的帮助下我们获得了一个shinyAPP代码:library(shiny)library(xml2)library(DT)library(shinyjs...Heroku进行部署, 但失败了, 所以使用服务器部署.使用 git clone https://github.com/sandy9707/getGEOFileLinks.git 下载文件, 在服务器上使用

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