在Linux操作系统中，可以使用各种命令和工具来处理和转换文本文件。当需要将以逗号分隔的CSV文件转换为以制表符分隔的TSV文件时，可以使用一些简单的命令和技巧来实现。本文将详细介绍如何在Linux中将CSV文件转换为TSV文件。
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我有一个制表符分隔的文件，有超过2亿行。 什么是最快的方式在Linux中将其转换为CSV文件？ 这个文件确实有多行标题信息，我需要在路上去除，但标题的行数是已知的。 我已经看到了sed和gawkbuild议，但是我想知道是否有“首选”的select。
其实从去年 11 月份就准备学习 PyClone 了，在网上搜了一些教程，发现基本上都是随便写的，对软件的使用及结果介绍的不够系统，既然这样，就只能靠自己一点点慢慢啃了。这个过程遇到不少了 Python 模块的 bug ，还得感谢 @琪音 熬夜帮忙解决。拖延症一直到今天才想把 PyClone 系统整理一下。内容比较多，主要参考：
一行命令将count转为CPM/TPM/FPKM 的软件为rnanorm,是一个基于Python开发的命令行工具。安装可以通过命令安装：
我们知道，不管是16S等扩增子测序，还是宏基因组，最后最重要的结果，就是物种的丰度情况了，qiime2给出的16S丰度结果是一个计数，对于许多软件来说这是可用的，那么如果我们想获得一个直接的百分比数据应该怎样做呢？
Shell 脚本作为数据处理的得力助手，在文本清洗、数据格式转换等领域扮演着重要角色。本文将带您深入探索 Shell 脚本在数据处理中的实际运用。我们将介绍几个实用的例子，展示如何利用简单的脚本命令处理文本文件和数据，清洗格式、提取信息。让我们一起来揭开这个充满实用技巧的数据处理世界。
前面我们使用 pyclone 分析了肿瘤样本的 clusters 结构，接下来我们进一步分析肿瘤进化，画一个鱼图，需要用到的工具是 citup 和 Timescape
pandas是用于数据分析的开源Python库，可以实现数据加载，清洗，转换，统计处理，可视化等功能。
尽管目前已经有大量物种基因组释放出来，但还是存在许多物种是没有参考基因组。使用基于酶切的二代测序技术，如RAD-seq，GBS，构建遗传图谱是研究无参考物种比较常用的方法。Stacks就是目前比较通用的分析流程，能用来构建遗传图谱，处理群体遗传学，构建进化发育树。 这篇教程主要介绍如何使用Stacks分析基于酶切的二代测序结果，比如说等RAD-seq，分析步骤为环境准备，原始数据质量评估， 多标记数据分离，序列比对（无参则需要进行contig de novo 组装），RAD位点组装和基因分型，以及后续的标记
一直迷惑于如何把qiime2和picrust结合起来用来分析16S的数据，直到这两天，看到了微生太公众号的视频教程，才有了眉目，原来如此。详细视频教程可以查找相关公众号获得。前面看到picrust2已经处于beta状态了，其可以嵌入于qiime2中，使用更方便，可是我的试用结果却差强人意，或许是我的使用过程有问题，16G内存的要求一般的电脑也难以实现。之前使用picrust1网页版（Galaxy平台，不是三星的那个，是个生物信息云平台软件系统）分析的效果还可以，于是决定用picrust1再试试。发现pcirust在今年6月份更新了1.1.4版。
#!/bin/bash sslInput(){ clear # 情况历史窗口记录 sslpem="/eisccn/ssl" ; echo "ssl https 证书存放路径： $sslpem " mkdir -p $sslpem # 说明：此脚本只适用于一个配置.conf文件单独一个网站模式。不支持一个配置文件多个网站情况 # 复制粘贴证书字符 echo " #-------------- 写入 pem 后缀文件证书字符 ---------------------# #-------
作者 | Simon Willison 译者 | 王强 策划 | 万佳 我上周在 Twitter 上发起了一个关于 API 端点的讨论。相比一次返回 100 个结果，并要求客户端对所有页面进行分页以检索所有数据的 API，这些流式传输大量数据的端点可以作为替代方案： 假设这种流式传输端点有了高效的实现，那么提供流式 HTTP API 端点（例如一次性提供 100,000 个 JSON 对象，而不是要求用户在超过 1000 个请求中每次分页 100 个对象）有任何意想不到的缺陷吗？——Simon Willi
其中有一个资源是最新的（2023年10月）NC文章《Genome-wide association analysis of plasma lipidome identifies 495 genetic associations》里面的数据在GWAS catalog ，里面的索引号是 GCST90277238-GCST90277416，但是这个公众号的小伙伴却不知道该如何批量下载， 或者说发现规律去写代码，而且手动整理好全部的链接后下载然后把它当做是宝贝来宣传。。。。
WebP是由Google在2010年基于VP8视频格式开发的开放图像格式。从那时起，使用WebP格式的网站和移动应用程序的数量迅速增长。Google Chrome和Opera本身都支持WebP格式，这些浏览器占网络流量的大约74％，因此如果网站使用WebP格式的图像，用户可以更快地访问网站。
最近读微生态公众号中宏基因组的文章，发现阿童木写的教程，宏基因组的数据可以导入qiime2分析。于是有了发现新大陆的感觉，qiime2是一个优秀的可视化工具，有它在手，分析不愁呀，可是作者并没有给出怎样导入数据的教程，我摸索了一番，基本解决了问题，欢迎交流呀！数据是使用biobakery的流程得到的metaphlan3的结果，如下图所示：
pyclone介绍 可以根据多个样品突变的allele frequency 和 copy number，推断出有该突变的细胞克隆所占的比例（cellular prevalence）在不同样品间的变
megan，Metagenome Analyzer Microbiome analysis using a single application。是一款综合性的微生物物种分类工具，将多款物种分类的工具集合到一个软件中。mega 不仅可以完成物种分类，同时还包括非常强大的可视化功能，可以用户物种分类结果的可视化，只需点点鼠标即可完成其他软件复杂的图。我们几乎可以将任何软件物种分类的功能表输入到megan 中进行数据可视化。
引言：生物信息学文件多样，通常我们会遇到各种将不同格式进行转换或者把文件修改成我们想要的那种格式的需求，不懂生信的小伙伴们会请教会生信的小伙伴，其实会生信的同学面对这些问题时往往也会很头大（OS：我们也不是万能的呀！
Web 是基于 same-origin policy 构建的：这是一种安全功能，它是用来限制文档和脚本如何与其他来源的资源进行交互的。该原则限制了网站访问跨域资源的方式。例如，来自 https://a.example 的文档被禁止访问 https://b.example 上托管的数据。
2016年7月18日，披露了一个名为HTTPoxy的CGI应用程序漏洞。攻击者可以通过传递带有请求的HTTPProxy 标头来利用易受攻击的部署，这会在联系支持服务时更改应用程序使用的URL。这可用于泄漏凭据，修改对应用程序的响应等。
在 HTTP 协议中，内容协商是一种机制，用于为同一 URI 提供资源不同的表示形式，以帮助用户代理指定最适合用户的表示形式（例如，哪种文档语言、哪种图片格式或者哪种内容编码）。
在前面两篇文章中我们讲述了 HTTP 的入门，HTTP 所有常用标头的概述，这篇文章我们来聊一下 HTTP 的一些 黑科技。
之前写 datamash 的使用教程 linux 极简统计分析工具 datamash 必看教程，收到了一位读者的私信，内容如上。
在 HTTP 中，内容协商是一种用于在同一 URL 上提供资源的不同表示形式的机制。内容协商机制是指客户端和服务器端就响应的资源内容进行交涉，然后提供给客户端最为适合的资源。内容协商会以响应资源的语言、字符集、编码方式等作为判断的标准。
本节提供 CORS 的概述以及如何在 IRIS REST 服务中启用 CORS 的概述。
HTTP标头使客户端和服务器可以通过HTTP请求或响应传递其他信息。HTTP标头由不区分大小写的名称，后跟冒号（:）和值组成。 值之前的空格将被忽略。
验证 不要使用Basic Auth. 改为使用标准身份验证（例如JWT、OAuth）。 不要在Authentication, token generation,中重新发明轮子password storage。使用标准。 在登录中使用Max Retry和监禁功能。 对所有敏感数据使用加密。 JWT（JSON 网络令牌） 使用一个随机的复杂密钥 ( JWT Secret) 使暴力破解令牌变得非常困难。 不要从标题中提取算法。在后端强制算法（HS256或RS256）。 使令牌到期 ( TTL, RTTL) 尽可
资源服务器是 API 服务器的 OAuth 2.0 术语。资源服务器在应用程序获得访问令牌后处理经过身份验证的请求。
查找和修正混合内容是一项重要任务，但可能非常耗时。本指南将介绍可为此过程提供帮助的一些工具和技术。如需了解混合内容本身的更多信息，请参阅什么是混合内容。
在H2数据库引擎中获取代码执行权限的技术早已是众所周知，但有个要求就是H2能够动态编译Java代码。而本文将向大家展示以前没有公开过的利用H2的方法，并且无需使用Java编译器，即通过原生库和JNI（Java原生接口）实现H2数据库漏洞的利用 。
Web Cache Vulnerability Scanner (WCVS) 是由Hackmanit开发的用于Web 缓存中毒的快速且通用的 CLI 扫描程序。
在 VFP 9 中，数据分组有三个增强。 第一个增强，是当报表中有多个自左向右而不是自顶向下打印的字段时，VFP 把组标头放在哪里。图12展示了在以前版本中，报表引擎把组标头放在细节带区的行里；它（指组标头）占据了第一列，而细节带区的内容只好从第二列开始。第一列被保留给组标头带区，即使你把这个带区的高度设置为0也一样，而且这么做的话，第一列就会是空白的。另外，它的高度还是固定的——等于细节带区的高度——所以如果组标头带区的高度高于细节带区的高度，那么组标头对象还可能会掩盖住细节带区的第二行中的对象们。
在某些情况下，在应用程序的一个 HTTP 标头中传递的信息未正确清理，并在请求页面的某处或另一端输出，从而导致 XSS 情况。
#!/bin/bash #脚本开发：万杨 #脚本自动替换参数 setcs=( "error_reporting =" "display_errors =" "date.timezone =" "post_max_size =" "upload_max_filesize =" ) upsetcs=( "error_reporting = E_ALL & ~E_DEPRECATED & ~E_STRICT & ~E_NOTICE;" "display_errors = On;" "date.timezone =
导读：本文要介绍的这些技法，会用Python读入各种格式的数据，并存入关系数据库或NoSQL数据库。
学习Linux系统的朋友们肯定都会接触到正则表达式，或者开发人员也会遇到这个东东，说起正则表达式，使我想起“会者不难，难者不会”这句话，的确如此，相信很多人刚接触正则表达式，肯定一头雾水，觉得很难学会，是的，民工哥也是这么个感觉，但是相信大家都认真去学习、去练习，肯定能学会的。
可复用性有几个优点。首先，由于不需要将请求传递到源服务器，因此客户端和缓存越近，响应速度就越快。最典型的例子是浏览器本身为浏览器请求存储缓存。
在.NET8 新的 Web API 项目模板中增加一个新的文件，该文件以“项目名.http”命名。这个文件是 Visual Studio 2022 版本的 17.6 以后提供的一个新功能，一种便捷的方式来测试 ASP.NET Core项目，尤其是 API 应用。并且带有一个UI界面，类似于单元测试。
Paddle是一个比较高级的深度学习开发框架，其内置了许多方便的计算单元可供使用。
使用Django服务网页时，只要用户执行导致页面更改的操作，即使该更改仅影响页面的一小部分，它都会将完整的HTML模板传递给浏览器。但是如果我们只想更新页面的一部分，则不必完全重新渲染页面-这时候就要用到AJAX了。
正则介绍： 我们主要用到的是其中的几个工具 grep/egrep，sed，awk grep： 加上 i 以后就不会区分大小写，如果需要过滤的文件里面有大小写就需要加上 i -v 就是取反 -r 遍历所
板子上的红色拨码开关用来设置启动方式，支持这四种方式：EMMC 启动、SD 卡启动、USB 烧写以及 M4（debug）模式。
如前所述，服务器管理员可以创建具有任意数量自定义的服务器，包括自定义地图和声音。每当玩家加入具有此类自定义设置的服务器时，需要传输自定义设置背后的文件。服务器管理员可以为服务器播放列表中的每个地图创建需要下载的文件列表。
上周的癌症样本全转录组数据的融合基因鉴定中我们拿到数据进行一系列比对过滤后使用star完成了基因组比对，并通过设置参数拿到了Chimeric.out.junction文件以便star-fusion进行融合基因的鉴定
wasm2c wasm2c —将WebAssembly二进制文件转换为C源代码和标头 wasm2c带有WebAssembly模块，并产生等效的C源代码。 选项如下： 命令 解释 -v - -verbose 多次使用以获取更多信息 - -help 打印帮助信息 -o -- output = FILENAME 生成的C源文件的输出文件，默认情况下使用stdout -- 启用例外 实验性异常处理 - -禁用-可变-全局 导入/导出可变全局变量 - 启用浮点到整数 饱和的浮点到整数运算符 - 启用符号扩展 符
首先你听的最多的应该就是 HTTP 是一种 超文本传输协议(Hypertext Transfer Protocol)，这你一定能说出来，但是这样还不够，假如你是大厂面试官，这不可能是他想要的最终结果，我们在面试的时候往往把自己知道的尽可能多的说出来，才有和面试官谈价钱的资本。那么什么是超文本传输协议？
我是一名程序员，我的主要编程语言是 Java，我更是一名 Web 开发人员，所以我必须要了解 HTTP，所以本篇文章就来带你从 HTTP 入门到进阶，看完让你有一种恍然大悟、醍醐灌顶的感觉。
点击上方“芋道源码”，选择“设为星标” 管她前浪，还是后浪？ 能浪的浪，才是好浪！ 每天 10:33 更新文章，每天掉亿点点头发... 源码精品专栏 原创 | Java 2021 超神之路，很肝~ 中文详细注释的开源项目 RPC 框架 Dubbo 源码解析 网络应用框架 Netty 源码解析 消息中间件 RocketMQ 源码解析 数据库中间件 Sharding-JDBC 和 MyCAT 源码解析 作业调度中间件 Elastic-Job 源码解析 分布式事务中间件 TCC-Transaction
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