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又见dask! 如何使用dask-geopandas处理大型地理数据

python import dask.dataframe as dd import dask_geopandas 从 CSV 文件读取数据 ddf = dd.read_csv('...') # 使用你的文件路径替换...Parquet 和 Feather 文件格式的写入(以及读回): python 写入Parquet 文件 ddf.to_parquet("path/to/dir/") 从 Parquet 文件读取...这个过程中,原始数据完全加载到内存中,这可能是导致内存溢出的原因之一。...检查最终保存步骤 在保存结果时,如果尝试整个处理数据写入单个文件,这可能也导致内存问题。...dask_geopandas目前可能不支持直接写入文件格式如Shapefile,因为这通常涉及数据集合并到单个分区。你可能需要先将数据写入Parquet等格式,或者手动分批写入

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别说你会用Pandas

,可以在这里进行 # 例如,你可以每个 chunk 写入不同的文件,或者对 chunk 进行某种计算并保存结果 但使用分块读取时也要注意,不要在循环内部进行大量计算或内存密集型的操作...其次你可以考虑使用用Pandas读取数据库(如PostgreSQL、SQLite等)或外部存储(如HDFS、Parquet等),这会大大降低内存的压力。...PySpark提供了类似Pandas DataFrame数据格式,你可以使用toPandas() 的方法, PySpark DataFrame 转换为 pandas DataFrame,但需要注意的是...PySpark,可以考虑Pandas的拓展库,比如modin、dask、polars等,它们提供了类似pandas的数据类型和函数接口,但使用多进程、分布式等方式来处理大数据集。...# 显示前几行 print(df.head()) Dask库 import dask.dataframe as dd # 读取 CSV 文件 df = dd.read_csv('path_to_your_csv_file.csv

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合并数据

在这种情况下,用户可能创建多个Parquet文件,有着多个不同的但是却互相兼容的数据Parquet数据源支持自动推断出这种情况,并且进行多个Parquet文件数据的合并。...因为数据合并是一种相对耗时的操作,而且在大多数情况下不是一种必要的特性,从Spark 1.5.0版本开始,默认是关闭Parquet文件的自动合并数据的特性的。...可以通过以下两种方式开启Parquet数据源的自动合并数据的特性: 1、读取Parquet文件时,数据源的选项,mergeSchema,设置为true 2、使用SQLContext.setConf...()方法,spark.sql.parquet.mergeSchema参数设置为true 案例:合并学生的基本信息,和成绩信息的数据 import org.apache.spark.SparkConf...", SaveMode.Append) // 创建第二个DataFrame,作为学生的成绩信息,并写入一个parquet文件中 val studentsWithNameGrade = Array(("

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Apache Spark 2.2.0 中文文档 - Spark SQL, DataFrames and Datasets Guide | ApacheCN

Run SQL on files directly (直接在文件上运行 SQL) 不使用读取 API 文件加载到 DataFrame 并进行查询, 也可以直接用 SQL 查询该文件....你可以按照如下的方式启用它: 读取 Parquet 文件时, data source option (数据源选项) mergeSchema 设置为 true (如下面的例子所示), 或 global...source (Parquet 数据源) merges (合并)从所有 data files (数据文件)收集的 schemas , 否则如果没有可用的 summary file , 则从 summary...启用 SaveMode.Overwrite 时,此选项导致 Spark 截断现有表,而不是删除并重新创建。 这可以更有效,并且防止表数据(例如,索引)被移除。...对于 JSON 持久表(即表的数据存储在 Hive Metastore),用户可以使用 REFRESH TABLE SQL 命令或 HiveContext 的 refreshTable 方法,把那些新文件列入到表中

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Databricks Delta Lake 介绍

每个写操作都是一个事务,事务日志中记录的写操作有一个串行顺序 事务日志跟踪文件级的写操作,并使用 乐观并发控制 ,这非常适合数据湖,因为尝试修改相同文件的多个写操作并不经常发生。...读取者看到读操作开始时存在的最新快照 Schema 管理:Delta Lake 自动验证正在写入DataFrame Schema 是否与表的 Schema 兼容 表中存在但 DataFrame...中不存在的列会被设置为 null 如果 DataFrame 中有额外的列在表中不存在,那么该操作抛出异常 Delta Lake 具有可以显式添加新列的 DDL 和自动更新Schema 的能力 可伸缩的数据处理...:Delta Lake 表或目录的数据信息存储在事务日志中,而不是存储在存储(metastore)中。...附加新列时保留大小写。 2.4.2、NullType 列 写入 Delta 时,DataFrame 中删除 NullType 列(因为 Parquet 不支持 NullType)。

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hive 插入parquet二级分区表数据倾斜优化

原因: Parquet和ORC是列式批处理文件格式。这些格式要求在写入文件之前批次的行(batches of rows)缓存在内存中。...所以经常会导致mappers或reducers的OOM,具体取决于打开的文件写入器(file writer)的数量。...mapper任务读取输入记录然后将它们发送到目标分区目录。在这种情况下,每个mapper必须为遇到的每个动态分区创建一个新的文件写入器(file writer)。...由于分区字段是排序的,因此每个reducer只需要保持一个文件写入器(file writer)随时处于打开状态,在收到来自特定分区的所有行关闭记录写入器(record writer),从而减小内存压力...这种优化方式在写parquet文件使用的内存要相对少一些,但代价是要对分区字段进行排序。 但reduce阶段一直卡在99%,判断是uiappid数据倾斜导致

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重磅 | Delta Lake正式加入Linux基金,重塑数据湖存储标准

没有任何验证模式和数据的机制,导致数据湖的数据质量很差。因此,努力挖掘这些数据的分析项目也失败。 随着数据的增加,处理性能很差。随着数据湖中存储的数据量增加,文件和目录的数量也增加。...事务日志跟踪文件级的写操作,并使用乐观并发控制,这非常适合数据湖,因为尝试修改相同文件的多个写操作并不经常发生。...模式管理:Delta Lake 自动验证正在写入DataFrame 模式是否与表的模式兼容。表中存在但 DataFrame 中不存在的列会被设置为 null。...一致性清单:一旦在目录中写入了一个文件,该目录未来的所有清单都必须返回该文件。 Delta Lake 仅在 HDFS 上提供所有这些保证。...,可以做 replay 使用,后面研究源码的时候深入分析,和若干 parquet 文件(Delta 底层使用文件格式)。

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基于 Apache Hudi 构建分析型数据

为此,我们编写了一个键生成器类,它根据输入数据流源处理排序逻辑,并提供对多个键作为主键的支持。 Parquet写入器 一旦数据处于最终转换格式,Hudi writer 负责写入过程。...• 提交飞行:一旦处理完所有转换开始写入过程,就会创建一个“ .commit_inflight”文件。 • 提交结束:一旦数据成功写入磁盘,就会创建最终的“ .commit”文件。...万一发生故障,Hudi writer 回滚对 parquet 文件所做的任何更改,并从最新的可用 .commit 文件中获取新的摄取。...为此,每次有新插入时,Hudi writer 识别是否有任何小文件并向它们添加新插入,而不是写入文件。...在 Schema writer 的帮助下,业务可以在上游数据中添加一个新的特性,并且它可以在我们的数据平台上使用,而无需任何人工干预。 Cleaner 在摄取过程中,创建大量数据文件和临时文件

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让python快到飞起 | 什么是 DASK

Dask 包含三个并行集合,即 DataFrame 、Bag 和数组,每个均可自动使用在 RAM 和磁盘之间分区的数据,以及根据资源可用性分布在集群中多个节点之间的数据。...过去五年里,对 Python 工作负载扩展的需求不断增加,这导致Dask 的自然增长。...Dask 的扩展性远优于 Pandas,尤其适用于易于并行的任务,例如跨越数千个电子表格对数据进行排序。加速器可以数百个 Pandas DataFrame 加载到内存中,并通过单个抽象进行协调。...借助几行代码,从业者可以直接查询原始文件格式(例如 HDFS 和 AWS S3 等数据湖中的 CSV 和 Apache Parquet),并直接结果传输至 GPU 显存。...开发者可以使用标准的 Dask 工作流程准备和设置数据,然后数据交给 XGBoost 或 Tensorflow 。

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重磅 | Apache Spark 社区期待的 Delta Lake 开源了

没有任何验证模式和数据的机制,导致数据湖的数据质量很差。因此,努力挖掘这些数据的分析项目也失败。 随着数据的增加,处理性能很差。随着数据湖中存储的数据量增加,文件和目录的数量也增加。...事务日志跟踪文件级别的写入使用乐观并发控制,这非常适合数据湖,因为多次写入/修改相同的文件很少发生。在存在冲突的情况下,Delta Lake 抛出并发修改异常以便用户能够处理它们并重试其作业。...可扩展数据处理 Delta Lake 表或目录的数据信息存储在事务日志中,而不是 Metastore 中。...数据存储格式采用开源的 Delta Lake 中的所有数据都是使用 Apache Parquet 格式存储,使 Delta Lake 能够利用 Parquet 原生的高效压缩和编码方案。...开发人员可以 Delta Lake 与他们现有的数据管道一起使用,仅需要做一些细微的修改。比如我们之前处理结果保存成 Parquet 文件,如果想使用 Delta Lake 仅仅需要做如下修改:

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Apache Paimon核心原理和Flink应用进阶

目前,Paimon 支持使用 orc(默认)、parquet 和 avro 作为数据文件格式。...格式 Paimon 对 parquet 读取进行了一些查询优化,因此 parquet 会比 orc 稍快一些。 2.2.3 多Writer并发写入 Paimon的快照管理支持向多个writer写入。...如果多个writer标记同一个文件,则在提交更改时会发生冲突。Paimon 自动解决冲突,但这可能导致作业重新启动。...通过使旧快照过期,可以删除不再使用的旧数据文件数据文件,以释放磁盘空间。 设置以下表属性: 注意,保留时间太短或保留数量太少可能导致如下问题: 批量查询找不到该文件。...默认情况下,不仅checkpoint导致文件生成,writer的内存(write-buffer-size)耗尽也会将数据flush到DFS并生成相应的文件

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使用Hive SQL插入动态分区的Parquet表OOM异常分析

SELECT”语句向Parquet或者ORC格式的表中插入数据时,如果启用了动态分区,你可能碰到以下错误,而导致作业无法正常执行。...这些格式要求在写入文件之前批次的行(batches of rows)缓存在内存中。在执行INSERT语句时,动态分区目前的实现是:至少为每个动态分区目录打开一个文件写入器(file writer)。...所以经常会导致mappers或reducers的OOM,具体取决于打开的文件写入器(file writer)的数量。...1.首先我们看看执行脚本的内容,基本其实就是使用Hive的insert语句文本数据表插入到另外一张parquet表中,当然使用了动态分区。...由于分区字段是排序的,因此每个reducer只需要保持一个文件写入器(file writer)随时处于打开状态,在收到来自特定分区的所有行关闭记录写入器(record writer),从而减小内存压力

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Apache Hudi 0.11 版本重磅发布,新特性速览!

多模式索引 在 0.11.0 中,默认为 Spark writer 启用具有同步更新的数据表和基于数据表的file listing,以提高在大型 Hudi 表上的分区和文件listing的性能。...数据表和相关文件listing 仍然可以通过设置hoodie.metadata.enable=false来关闭此功能。因此,使用异步表服务部署 Hudi 的用户需要配置锁服务。...数据表中添加了两个新索引: 布隆过滤器索引包含文件级布隆过滤器,以便在进行writer更新插入期间主键查找和文件修剪作为布隆索引的一部分。...没有日志文件的 MOR 查询(增量查询除外)表现为在读取数据时利用矢量化 Parquet 读取器,这意味着 Parquet 读取器现在能够利用现代处理器矢量化指令来进一步加快数据解码速度。默认启用。...它使用基于记录键的散列函数记录分配到存储桶,其中每个存储桶对应于单个文件组。

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Apache Spark 2.2.0 中文文档 - Structured Streaming 编程指南 | ApacheCN

Update Mode(更新模式) - 只有自上次触发 Result Table 中更新的 rows (行)将被写入 external storage (外部存储)(从 Spark 2.1.1 之后可用...File source(文件源) - 以文件流的形式读取目录中写入文件。支持的文件格式为 text , csv , json , parquet 。...如果未指定,则系统将在上一次处理完成立即检查新数据可用性。 如果由于先前的处理尚未完成而导致触发时间错误,则系统尝试在下一个触发点触发,而不是在处理完成立即触发。...例如,对于 "parquet" 格式选项,请参阅 DataFrameWriter.parquet() Yes 支持对 partitioned tables (分区表)的写入。...基于存储在数据库中的 metadata (数据), writer 可以识别已经提交的分区,因此返回 false 以跳过再次提交它们。

5.2K60

Cloudera机器学习中的NVIDIA RAPIDS

数据摄取 原始数据位于一系列CSV文件中。我们首先将其转换为Parquet格式,因为大多数数据湖都存在于存储有Parquet文件的对象存储中。...Parquet还存储类型数据,这使得稍后回读和处理文件稍微容易些。 运行`convert_data.py`脚本。...这将以正确的数据类型打开CSV,然后将它们另存为Parquet,保存在“ raw_data”文件夹中。 浏览数据集,有数字列、分类列和布尔列。...对于我们的简单要素工程流水线,我们仅使用主训练表,而未查看数据集中的其他表。 对于我们的高级功能工程流水线,我们包括辅助数据并设计一些其他功能。...6月3日,加入NVIDIA和Cloudera团队参加我们即将举行的网络研讨,即使用NVIDIA GPU实现更快的大数据科学。 现在注册。

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Mongodb数据库转换为表格文件的库

pickle、feather、parquet 是 Python 序列化数据的一种文件格式, 它把数据转成二进制进行存储。从而大大减少读取的时间。...因为 mongodb 的查询一般而言都非常快速,主要的瓶颈在于读取 数据库 之后数据转换为大列表存入 表格文件时所耗费的时间。 _这是一件非常可怕的事情_。...当没有多线程(当然这里的多线程并不是对同一文件进行并行操作,文件写入往往是线程不安全的)、 数据表查询语句无优化时,并且当数据达到一定量级时(比如 100w 行),单表单线程表现出来的效果真是让人窒息。...在 mongo2file 在进行大数据量导出时表现的并没有多么优秀。导致的主要原因可能是: 采用的 xlsxwriter 库写入 excel 时是积极加载(非惰性)的,数据全部加载至内存插入表格。...是否导出 _id 默认否 :param limit: 限制数据表查询的条数 to_parquet(query, folder_path, filename, ...)

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