2004年，兰德公司发布了一份名为《Collectingthe dots：problem formulation and solution elements》的报告，说明了收集信息点与解决问题的重要性。2005年，乔布斯在斯坦福毕业典礼演讲中，第一个故事是《Connecting the dots》，讲了把这些点串起来成就事业的故事。可见，这些点的搜集与联系是多么重要。
ChatGPT 4.0！根据以往写标书经验，站长基于ChatGPT做了个NS基金GPT：就是通过中标题目，扩展写出摘要、立项依据以及可能用到的实验内容。于是，你们懂得，站长打算连载有2023新题目生成的这部分内容，每次最后会有一个打分，也希望能给个反馈互动一下！老站友欢迎留言互动！
肠道神经系统受中枢神经系统的控制，且富含神经元。肠道神经系统中的神经元也可以分泌许多神经递质，如 5-羟色胺和乙酰胆碱（Ach）。而小肠上皮细胞可以表达Ach 受体：毒蕈碱受体和 Nicotinic receptors。作为 G 蛋白偶联受体（G-protein coupled receptors，GPCRs），毒蕈碱受体通过下游的信号通路影响基因表达和细胞的功能。但是小肠上皮细胞表达胆碱受体的重要性和小肠上皮细胞与神经系统是否发生直接作用还不清楚。
KEGG是通路数据库中最庞大的，涵盖基因组网络信息，主要注释基因的功能和调控关系。当我们选到了合适的候选分子，单变量研究也已做完，接着研究机制的时便可使用到它。 你需要了解你的分子目前已有哪些研究，跟
摘要总结：本文通过五个案例，介绍了在生物信息学领域如何通过KEGG数据库进行通路分析、基因表达量分析、信号通路富集分析、基因共表达分析以及差异分析等操作。同时，本文还介绍了如何使用GEO数据库进行数据检索和分析，以及使用R语言进行通路富集分析的方法。通过这些操作，可以更好地理解基因调控网络、挖掘潜在的功能模块以及发现新的生物标志物和靶点。
Hh 信号通路分子包括 Hedgehog 配体 (SHH、DHH 和 IHH)、Ptch 受体 (Ptch-1 和 Ptch-2，跨膜蛋白)、Smoothened (SMO)、驱动蛋白 Kif7、蛋白激酶 A (PKA)、3 种 Gli 转录因子 Gli1/2/3 (Gli1 仅具转录激活因子作用，Gli2 和 Gli3 同时具有激活因子和抑制因子作用) 以及 Sufu (融合抑制因子，Hh 信号传导的负调节因子)。
上一篇学习了单个配体受体或信号通路的可视化方式，这篇学习多个配体受体对和信号通路及相应基因表达水平的可视化。
CellChat通过从图论、模式识别和流形学习中提取出的方法，能够定量测量复杂的细胞间通讯网络，帮助我们更好地解释这些相互作用关系，基于这些原理能够进行以下分析：
近期，Cell 刊登了清华大学施一公课题组大作：Structural basis of γ-secretase inhibition and modulation by small molecule drugs，该文阐述了 γ-分泌酶结合三种小分子抑制剂 (GSI) 和一种调节剂 (GSM) 的冷冻电镜结构，并首次展现了 γ-分泌酶结合底物与药物的过程。
细胞通讯分析可以提供细胞亚群互调控的信息，细胞间的调控主要是通过受体配体结合来实现信号传递的。
控制细胞周期进展、凋亡和细胞生长的信号通路中发生遗传改变是癌症的共同特征，但通路改变的程度、机制和共发生在不同的个体肿瘤和肿瘤类型之间是不同的。基于TCGA中9125例肿瘤的多组学数据分析了10个典型通路的改变机制和模式，发现89%的肿瘤在这些通路中至少有一种驱动改变，57%的肿瘤至少有一种改变可以被现有药物靶向，30%的肿瘤有多靶点改变，这意味着有机会对肿瘤进行联合治疗。
上一篇学习了用cellchat进行单数据集的细胞通讯分析，接下来学习不同可视化方式。
Java中的并发工具之一是Semaphore（信号量），它可以用于实现线程之间的同步和互斥。下面将详细介绍Semaphore的概念、用法和示例，以帮助您理解如何使用Semaphore来实现线程同步。
近年来，与抗衰老相关的各类“神药”甚嚣尘上，如李嘉诚投资的烟酰胺核糖 (Nicotinamide Riboside; NR)。NR 是烟酰胺腺嘌呤二核苷酸 (NAD+) 前体之一，可以提高人体内 NAD+ 水平。众所周知，NAD+ 在衰老过程中会下降，这是为什么呢？上个月 Nature Metabolism 同期两篇研究揭示了其中的一项重要原因：衰老诱导的炎症会促进 CD38 在免疫细胞中的积累或激活，增加了 NAD+ 消耗，从而引起 NAD+ 水平下降。
KEGG，全称“京都基因与基因组百科全书”，英文全称Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes。
胶质瘤是中枢神经系统的侵袭性肿瘤，胶质母细胞瘤是最恶性的类型。铁死亡是一种程序性细胞死亡，可以调节肿瘤对治疗的抵抗力和肿瘤微环境的成分。
生物通路是细胞内分子之间的一系列相互作用，导致细胞内的某种产物或改变。这种通路可以触发新的分子的组装，比如脂肪或蛋白质。通路也可以开启或关闭基因，或者刺激细胞移动。一些最常见的生物通路涉及到新陈代谢、基因表达的调节和信号的传递。通路在基因组学的高级研究中起着关键作用。
该数据库是关于基因、蛋白、酶代谢子、药物、生化反应以及通路的综合数据库。该数据库实际由多个子数据库构成，最著名的当属通路KEGG PATHWAY数据库，它是目前被广泛使用的通路数据库。其中包含上千个物种的代谢与信号传导通路信息，这些信息从生物学实验和文献中提取，并经过人工校正。实时更新的管理模式也是人们能够从该数据库获得最新的通路数据。
CAR-T（chimeric antigenreceptors T）细胞疗法在治疗 CD19+ 的恶性淋巴瘤方面已经取得重大进展，但是对于实体瘤的治疗效果却微乎其微。导致这一差异的主要原因可能是实体瘤组织中的微环境，起到了免疫抑制（抑制 T 细胞活化）的作用。目前，用来提高 T 细胞在病人体内的扩增效率和存活时间的方法主要是细胞因子刺激（T 细胞生长因子、IL-2 等）。但是这些方法仍存在很多副作用，不能在很多病人体内广泛应用。为了提高 CAR-T 细胞治疗方案的效率，需要寻找新的诱导 T 细胞在体内扩增的方式。
今天和大家分享的是2020年3月发表在Int. J. Mol. Sci.（IF：4.556)上的一篇文章，“Transcriptomic and Network Analysis Identififies Shared and Unique Pathways across Dementia Spectrum Disorders”，作者使用AD，VaD和FTD患者额叶皮层的转录组数据，通过网络、通路和转录因子分析确定痴呆症相关基因、通路，以及三种痴呆症之间的异同。
Wnt (wingless) / β-catenin 通路是一条在生物进化中极为保守的信号通路，在细胞的生长分化、组织器官形成以及成体干细胞的维持等方面都起着重要作用，是机体生长发育的重要信号通路之一。在哺乳动物细胞中，Wnt/β-catenin 通路通过一系列胞质蛋白相互作用，使 β-catenin 蛋白在胞质内累积，进而入核传递生长刺激信号。该信号通路一旦出现异常就可能使细胞及生物体的功能产生一定程度的障碍或损坏，进而导致机体肿瘤的发生。目前，Wnt/β-catenin 通路已成为药物发现和开发的主要靶标之一。
NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step)）、批次效应处理等内容。
大家好，今天和大家分享的是2020年3月发表在 Medical Science Monitor (IF=1.918) 上的一篇文章：“An Integrated Network Analysis of mRNA and Gene Expression Profiles in Parkinson’s Disease”。作者从GEO数据库中下载了帕金森病患者的相关数据，并进行了差异表达分析、GO和KEGG富集分析、PPI网络构建等生信分析，由此筛选出了普遍差异表达基因。最后作者通过GSE22491表达谱数据集对普遍差异表达基因进行了验证。
基因集富集分析GSEA（gene-set enrichment analysis）。这个操作并不难，主要就是准备符合GSEA要求的数据文件（本地的话4个），关于文件准备，可细见官方说明。若有时间我稍后整理以前资料，单独成一篇GSEA数据文件准备。我认为最主要的还是GSEA结果解读。 另外，GSEA我们可能更多的用的是它的富集功能，而实际上它还有其他非常好用的功能，看自己怎么活学活用了，具体来说，就我用的多的有以下几个：（欢迎大家补充）
今天为大家介绍的是来自康斯坦茨大学的一篇利用深度学习进行斑马鱼信号突变体识别的论文。进化保守的信号通路在早期胚胎发育中起着重要作用，减少或废除它们的活动会导致特定的发育缺陷。通过对表型缺陷进行分类，可以识别潜在的信号传导机制，但这需要专家知识，并且分类方案尚未标准化。在这里，作者使用机器学习方法进行自动表型鉴定，训练了一个深度卷积神经网络 EmbryoNet，以无偏的方式准确识别斑马鱼信号突变体。结合时间依赖的发育轨迹模型，该方法可以高精度地识别和分类由于七个与脊椎动物发育相关的主要信号通路功能丧失而引起的表型缺陷。提出的分类算法在发育生物学中具有广泛应用，并能够可靠地识别远离进化关系的物种中的信号缺陷。此外，通过在高通量药物筛选中使用自动表型鉴定，本文展示了 EmbryoNet 能够解析药物物质的作用机制。作为这项工作的一部分，还提供了用于训练和测试 EmbryoNet 的 200 万多张图像，供大家免费使用。
胃癌致死率位居世界第三，腹膜转移是胃癌中最常见的转移方式。一旦发生腹膜转移，临床上缺乏有效的治疗手段，患者的预后较差，生存时间不足六个月。因此，研究腹膜转移的胃癌瘤内异质性可以解释耐药原因，改善患者预后。
背景：异常的细胞内或细胞间信号通路是导致癌症发展和恶化的重要机制。然而，与透明细胞肾细胞癌（clear cell renal cell carcinoma：ccRCC）发展相关的细胞间通讯目前尚不清楚。本研究的目的是检查 ccRCC 发展过程中异常的肿瘤细胞间通信信号。
书接上文。我在 CellChat细胞通讯分析（一）一文中简单介绍了CellChat，以及其进行细胞间通讯的推断与分析的代码实现。简言之，上文主要是得到一个细胞间通讯网络，而在此基础上，作者提供了一系列的可视化函数，方便用户进行可视化和数据探索。
前几天一个小伙伴问：怎么查看一个基因和某一个通路之间的相关性。这里就简单的提供一个可能的解决办法，供有相同需求的小伙伴参考。
自从周运来写了一篇cellchat的中文介绍教程《CellChat:细胞间相互作用分析利器》，然后R包作者也在B站做了直播介绍，cellchat作为一个细胞通讯分析的新兴R包，受到了广泛关注。教程也如雨后春笋般涌现。
A comprehensive overview of oncogenic pathways in human cancer
今天要和大家分享的是2020年6月发表在Multiple sclerosis and related disorders（IF=2.889）杂志上的文章“Identification and functional analysis of specific MS risk miRNAs and their target genes”，作者将相关文献里的miRNA进行了GO分析、KEGG富集分析、PPI网络构建，确定了多发性硬化症（MS）相关的miRNAs及其靶基因，并对其进行了全面评估。为今后发现MS的发病机制和可能的生物标志物的研究提供参考。
3、合理的输出（构建的思路去设计：不加Rb，发射结烧掉，不加Rc，输出端口负载上的电压就是VCC）
Integrative pathway enrichment analysis of multivariate omics data
詹士 发自 凹非寺 量子位 | 公众号 QbitAI What？你的大脑通过计算微积分来控制快速运动？ 该发现来自MIT研究团队。 他们认为，大脑并非通过单一信号对高速运动精准控制，而是基于一套复杂的信号处理系统，对抑制、兴奋两种信号进行比对处理，得到最终指令。 论文中，研究团队还用一套更「形象」的说法描述该过程——大脑在自己算微积分。 目前，该项研究已发表在Cell Reports上。 一些网友看后颇感Amazing。 比如这位就表示，既然大脑都知道算微积分了，为啥大学还要学……. 还有这位，看过研
异常细胞信号会引起癌症等其他疾病，并且是常见的治疗的靶点。常可以通过基因的表达来推断某个信号通路的活性。然而，只考虑基因表达对通路的作用往往忽略了翻译后修饰的作用，并且下游信号代表非常特定的实验条件。在这里，作者提出介绍PROGENy，这是一种通过利用大量公开可用的扰动实验，来克服了这两个局限性的方法。与现有方法不同，PROGENy可以（i）恢复已知驱动基因突变的作用，（ii）提供或改善药物的marker，以及（iii）区分致癌和肿瘤抑制途径，以确保患者生存。
前面的帖子(CellChat学习笔记【一】——通讯网络构建)中我们已经成功地进行了细胞间通讯网络的构建，总的来看借助下面简易的分析流程即可完成：
Pathway and Network Analysis of More Than 2500 Whole Cancer Genomes
2022年10月6日，加拿大麦吉尔大学的研究人员Amin Emad在bioRxiv上发布论文Interpretable deep learning architectures for improving drug response prediction: myth or reality。论文基于四个最新的可解释性模型，全面系统地评估了将信号通路信息纳入模型体系结构对细胞反应预测模型性能的影响，且旨在回答五个主要问题：
用户不可见的寄存器 (对用户透明，用户不可编程) : SR,T,MAR,MDR,IR
肿瘤内缺氧和免疫与肿瘤患者的预后高度相关。然而，还没有对膀胱癌（BLCA）中缺氧反应与免疫之间关系的系统分析。
本文以分享代码为主，不过多涉及背景方面的知识，不太清楚的朋友可以自行查阅相关资料了解。这里只简单说下，TCGA 的 20 条肿瘤信号通路，分为两类：
m6A甲基化修饰是哺乳动物蛋白质编码mRNA中最普遍的RNA修饰，是一种具有多种重要生物功能的可逆修饰。m6A的形成和功能由甲基转移酶（writers）、去甲基化酶（erasers）和结合蛋白(readers）作为关键因素来调节。
今天给大家分享的是2020年Biomed Res Int （IF=2.197）上的文章“Exploring the Key Genes and Pathways in the Formation of Corneal Scar Using Bioinformatics Analysis”。在这篇文章中，作者通过分析数据集GSE6676中高表达TGF-β样本和野生型样本，得到差异表达基因，并对DEGs进行GO和KEGG分析，随后构建PPI网络，最后通过cytoHubba筛选核心基因。
今天带分享的这篇文章2018年发表在NC上，题为：Hedgehog stimulates hair follicle neogenesis by creating inductive dermis during murine skin wound healing 。
三阴性乳腺癌（TNBC）为乳腺癌（BC）的一种增殖和侵袭性亚型，预后不良，缺乏有效的临床靶向疗法。基因拷贝数改变（CNA）是癌症基因组中的标志，是导致肿瘤发生的重要体细胞基因组变异。拷贝数和表达增加的致癌驱动基因可作为肿瘤靶向治疗的潜在药物靶标，作者希望通过在TNBC基因组中对基因扩增及其驱动的过表达进行综合分析，确定TNBC驱动基因。
2021年07月02日， Nature communications在线发表了复旦大学（中山医院）肝癌研究所樊嘉院士、杨欣荣教授团队与深圳华大生命科学研究院合作的最新成果Dissecting spatial heterogeneity and the immuneevasion mechanism of CTCs by single-cell RNA-seq in hepatocellular carcinoma 。论文通过单细胞测序解析肝癌循环肿瘤细胞的时空异质性和免疫逃逸新机制。
文章：Sirt6 promotes tumorigenesis and drug resistance of diffuse large B-cell lymphoma by mediating PI3K/Akt signaling
大家好，今天和大家分享的是今年三月份发表在Current Pharmaceutical Design(IF：2.208)杂志上的一篇文章，“Decoding Psoriasis: Integrated Bioinformatics Approach to Understand Hub Genes and Involved Pathways”，文章中作者通过对于牛皮癣这一疾病基因芯片数据集的分析，展示了这一基因的基因改变和通路功能改变。
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
ICP备案
实时音视频
云直播
对象存储
