修改stat_summary以仅显示几个点 - 腾讯云开发者社区

主要内容：准备数据基本点图在点图上添加摘要统计信息添加平均值和中位数带有盒子图和小提琴图的点图添加平均值和标准差按组更改点图颜色更改图例位置更改图例中项目的顺序具有多个组的点图...，然后修改点的大小，然后翻转X，Y轴 library(ggplot2) # Basic dot plot p仅显示dose为0.5mg和2mg两个分组的点图 p + scale_x_discrete(limits=c("0.5", "2")) ?...第三步：在点图上添加摘要统计信息，使用函数stat_summary（）可用于向点图中添加均值/中值点等。...=3, color="red") # dot plot with median points p + stat_summary(fun.y=median, geom="point", shape=18,

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ggplot_Violin Plot & dot plot

它是箱式图和密度图的组合，密度图通过旋转放置在箱式图侧边，以显示数据的分布形状。小提琴图比箱形图显示更多的信息。...，可以看出是双峰的还是多峰的主要函数和参数 geom_violin()主函数 color, size, linetype：线条的颜色大小和线的类型 fill：填充颜色 trim：是否修剪小提琴尾部 stat_summary...# 多组图 # supp通过颜色显示，并设立图例 p + geom_violin(aes(color = supp), trim = FALSE, position = position_dodge(0.9...点图 geom_dotplot() stackdir:点的堆叠方向默认为向上 stackratio：点的距离 color, fill:同之前 dotsize：点的大小 # 点图绘制并添加均值和标准差 p3...geom_dotplot(binaxis = 'y', stackdir = 'center', fill = "#999999") + stat_summary

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详谈R中散点图添加误差线的细节

pch=21,width=0.1,size=2)+ stat_boxplot(geom="errorbar",width=0.1,linetype="solid")+ stat_summary...bold",size=11))+ guides(x.sex="axis",y.sec="axis") 代码解释 ❝ggplot2 包创建了一个图表,通过“管道”操作符的 %>% 运算符将一系列修改图表的函数串联在一起...fill 和 color 美学设置为 case_control，这意味着点的填充和颜色将基于该列的值。参数 pch 指定点的形状，width 指定点的宽度，size 指定点的大小。...❞ stat_summary(geom="crossbar", fun="mean", width=0.2, linetype="solid") ❝向图表添加了一条水平线，以显示每个 case_control

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ggplot2中的position参数解析

❝本节来回答一个老爷的问题，介绍常见绘图案例中几个基本参数的设置问题，主要用在柱状图与箱线图中。下面小编通过两个案例来进行展示，图形仅供展示用过程仅参考，希望各位观众老爷能够喜欢。...p1+p2+p3 ❝在上方代码中可以看到position_dodge(), position = "dodge"和position_dodge2()这三个参数，该系统参数都用于调整图层元素（如柱子或点）...geom="errorbar",width=0.1)+ # 绘制箱线图的error bar geom_boxplot() + # 绘制箱线图 stat_summary...(fun = mean, geom = "point", col = "#00A08A") + # 绘制均值点 stat_summary(fun = mean, geom = "text", col

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「R」ggplot2误差棒快速指南

阅读ggplot2线图更多信息: ggplot2 line plots 有均值和误差棒的点图使用函数 geom_dotplot() and stat_summary() ： The mean +/-..., aes(x=dose, y=len)) + geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center') # use geom_crossbar() p + stat_summary...(fun.data=mean_sdl, fun.args = list(mult=1), geom="errorbar", color="red", width=0.2) + stat_summary...(fun.y=mean, geom="point", color="red") # Use geom_pointrange() p + stat_summary(fun.data=mean_sdl,...//www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-error-bars-quick-start-guide-r-software-and-data-visualization 仅作翻译学习使用

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ggplot2|详解八大基本绘图要素

#以透明度（clarity）变量为例，且按照不同的切工填充颜色，柱子的高度即为此分类下的数目。...同时箱线图能够显示出离群点（outlier），通过箱线图能够很容易识别出数据中的异常值。 #按切工(cut)分类，对价格(price)变量画箱式图，再按照color变量分别填充颜色。...2 坐标轴标尺修改（x , y）本部分主要是对坐标轴做如下改变，更改坐标轴名称更改x轴上标数的位置和内容显示对一个轴做统计变换只展示一个区域内的点更改刻度标签的位置实现上面的这些可以使用scale_x...#se 表示是否显示平滑曲线的置信区间，默认TRUE显示；level = 0.95 ggplot(mpg, aes(displ, hwy, color = class)) + geom_point(...下面为theme的相关参数，可以细节修改处，之后的后面会继续补充。

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ggplot2优雅的绘制配对气泡图

, # position = position_dodge(0), position = position_jitter(w = 0.1))+ stat_summary...= T,hjust=1)+ labs(x= NULL,y="Gene expression")+ theme_bw() + mytheme p2 P值太长了，这里可以用星号，或者是科学计数法显示保留前两位小数...= F)+ labs(x= NULL,y="Gene expression")+ theme_bw() + mytheme p3 image-20230616114931024 科学计数法显示保留前两位小数...###科学计数法显示保留前两位小数 stat.test$p.adj % as.numeric() stat.test...因为我认为我只要会修改别人的ggplot2绘图代码，然后把自己想要绘制的各种元素，能转化为语言去进行网络搜索，这样想绘制的图，基于上都可以根据百度谷歌和工具书去实现。

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课后笔记：ggplot2优雅的显示WB结果

aes:颜色（color颜色或边框颜色、fill填充颜色和 alpha透明度）形状（linetype线型、size点的大小或线的宽度和 shape形状）位置（x, y, xmin, xmax, ymin...关于映射的详细介绍-> 一张统计图就是从数据到几何对象（点、线、条形等）的图形属性（颜色、形状、大小等）的一个映射。...✦ 几何对象（Geometric objects, geoms）代表在图中实际看到的点、线、多边形等。...✦ 主题（theme）控制细节显示，例如字体大小和图形的背景色。...image.png 数据调整及误差线增加在ggplot2中可以直接结合stat_summary函数快速进行数据统计->链接所以stat可以设置为summary,将柱状图的高度设置为各组的均值并联合stat_summary

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SARS-CoV-2感染的雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组数据挖掘（1）降维聚类分群

给学徒们收集整理了几套带GitHub源代码的文献图表合辑，让优秀者一点一滴拆解开来分享给大家。...（全部的代码复制粘贴即可运行，欢迎尝试以及批评指正）现在是雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组显示SARS-CoV-2感染期间巨噬细胞的顺序变化专辑第一讲：主要是降维聚类分群和每个单细胞亚群的生物学命名！...(geom = "bar",fun = "mean", position = position_dodge(0.9))+ stat_summary(geom = "errorbar...(geom = "bar",fun = "mean", position = position_dodge(0.9))+ stat_summary(geom = "errorbar...(geom = "bar",fun = "mean", position = position_dodge(0.9))+ stat_summary(geom = "errorbar

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SARS-CoV-2感染的雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组数据挖掘（3）细分巨噬细胞的单细胞亚群

给学徒们收集整理了几套带GitHub源代码的文献图表合辑，让优秀者一点一滴拆解开来分享给大家。...（全部的代码复制粘贴即可运行，欢迎尝试以及批评指正）现在是雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组显示SARS-CoV-2感染期间巨噬细胞的顺序变化专辑第3讲：细分巨噬细胞的单细胞亚群下面是前年实习生（日行一膳...(geom = "bar",fun = "mean", position = position_dodge(0.9))+ stat_summary(geom = "errorbar...(geom = "bar",fun = "mean", position = position_dodge(0.9))+ stat_summary(geom = "errorbar...(geom = "bar",fun = "mean", position = position_dodge(0.9))+ stat_summary(geom = "errorbar

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SCLC某两个基因共表达情况

很多情况下用在线数据库的原因是很方便查看一个很小的点，例如生存分析例如共表达例如人群中多少突变比例；虽说这在成型的Figure1代码里也很容易，但是你要用数据去说服别人的时候，还是给别人一个在线数据库更让人信服...errorbar', width = 0.2, color = 'black') ###自己设定对比 compaired <- list( c("Normal", "SCLC")) ###星号,还修改了上面的显著性括号的两侧小竖线长度为...这个数据会不会把离群点删掉结果更好？应该也不会，太散乱了这个数据集GSE44447中就在小细胞肺癌中高表达了，虽然没有显著差异，数据量较少。...在小细胞肺癌中，B7-H3明显是高表达的；且病例分布广和表达比其他靶点高[1-3]。...并且这几个靶点明显没有共表达。靶向 DLL3、B7H3 的多特异性抗体、CART 疗法和 ADC 药物在治疗晚期末线SCLC 上展现了良好潜力。

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67-R可视化11-用ggrepel更加美观的添加标记（火山图的实现）

labs(title = "geom_text_repel()") gridExtra::grid.arrange(p1, p2, ncol = 2) 包的功能如其名字，repel，就是让标记被原本的点推开...~ 美化作图：以火山图为例如下效果：老规矩先加载包： my_packages<- c("maftools", "data.table", "RColorBrewer...geom_text_repel() + geom_point(color = ifelse(dat2$car == "", "grey50", "red")) 对于大量散点图就可以非常实用的实现显示关键点了...( fill = "gray90", colour = "black", fun = "mean", geom = "col" ) p1 stat_summary..."grey30", # shadow color bg.r = 0.15 # shadow radius hjust ：调整文本的位置 max.overlaps = Inf # 永远显示线段

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ggplot2_boxplot

ggplot_boxplot sunqi 2020/8/2 概述箱式图适用于连续变量的可视化展示，显示变量的四分位数，中位数、异常值等同时箱式图可以预览两组之间的差异，为后续统计分析做准备目标绘制普通箱式图...p1 <- p+geom_boxplot() # 添加缺口设计 p2 <- p + geom_boxplot(notch = TRUE, fill = "lightgray")+ # 添加均值点...stat_summary(fun= mean, geom = "point", shape = 18, size = 2.5, color = "#FC4E07")...# 对于维生素剂量也可以更改显示顺序 # 通过scale_x_discrete() p3 <- p + geom_boxplot() + # 只显示0.5和2 scale_x_discrete(...limits=c("0.5", "2")) # 更改分组的显示顺序为2,0.5,1 p4 <- p + geom_boxplot() + scale_x_discrete(limits=c("2"

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生信技能树七天学习小组 Day4笔记——R语言基础

1.2以mpg为例创建ggplot图形ggplot(data = mpg)+ geom_point(mapping = aes(x=displ,y=hwy))⭐ggplot画图的入门级模板以引擎大小displ...class映射为有序图形属性size也可以将class映射为控制点透明度的alpha图形属性/点的形状ggplot(data = mpg)+ geom_point(mapping = aes(x=displ...不显示图例（4）geom_smooth()函数中的se参数的作用是什么？...transformation, stat）:绘图时用来计算新数据的算法stat_count()可以替换geom_bar()每个几何对象函数都有一个默认统计变换每个统计变换函数都有一个默认几何对象1.7.2 练习题（1）stat_summary...stat_summary()函数的默认几何对象：pointrangegeom_pointrange用于绘制数据点的范围（2）geom_col()函数的功能是什么？它和geom_bar()函数有何不同？

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ggplot2|从0开始绘制箱线图

箱线图能够显示出离群点（outlier），通过箱线图能够很容易识别出数据中的异常值。 ? 本文利用R语言的ggplot2包，从头带您绘制各式各样的箱线图。...2）修改异常点的属性设置outlier的 color, shape and size ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_boxplot(...此外， outlier.fill：离群点的填充色；outlier.alpha：离群点的透明度 3）选择变量，设定顺序 ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) +...geom_boxplot() + stat_summary(fun.y=mean, geom="point", shape=23, size=4, col = "red") + #添加均值 scale_x_discrete...三图例，标题设置 1）设置legeng Legend是对箱线图的解释性描述，默认的位置是在画布的右侧中间位置，可以通过theme()函数修改Legend的位置 p + theme(legend.position

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24种R语言新手入门之小提琴图（三）

dose) p <- ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_violin(trim=T) #T改为F即完整的小提琴图 p 图片 #选择需要显示的...x项 p + scale_x_discrete(limits=c("0.5", "2")) 图片 2.2 添加数值 #添加中位值median,均值改mean p + stat_summary(fun.y...width=0.1) 图片 #均值和标准差 p <- ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_violin(trim=FALSE) p + stat_summary...(fun.data=mean_sdl, mult=2, geom="pointrange", color="red") 图片 2.3 添加散点 #带点小提琴图 p +...= "boxplot", add.params = list(fill="white"))+ #stat_compare_means(comparisons = my_comparisons) #显示具体数值

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R语言绘图之ggplot2

ggplot的绘图有以下几个特点：第一，有明确的起始（以ggplot函数开始）与终止（一句语句一幅图）；其二，图层之间的叠加是靠“+”号实现的，越后面其图层越高。...aes : 同样适用于修改geom_XXX() aes参数控制了对哪些变量进行图形映射，以及映射方式图形属性（aes）横纵坐标、点的大小、颜色，填充色等几何对象函数描述 geom_abline 线图...geom_density 密度图 geom_density2d 二维密度图 geom_errorbar 误差线（通常添加到其他图形上，比如柱状图、点图、线图等） geom_errorbarh 水平误差线...） stat_summary 绘制汇总数据 stat_unique 绘制不同的数值，去掉重复的数值 stat_vline 绘制竖直线标度函数描述 scale_alpha alpha通道值（灰度）...",x=23,y=200,parse=T,label ="x[1]==x[2]") labs : labs(x= "这是 X 轴", y = "这是 Y 轴", title = "这是标题") ## 修改文字

4.3K1 0

散点图及数据分布情况

当数据集很大的时候，散点图上的数据会互相重叠，此时，很难在图上清晰的显示所有的数据点。通常，我们会先对数据进行汇总给，然后再绘制散点图。这里也会介绍一些数据汇总的操作。...Name), size = 3, hjust = 0, position = position_nudge(x = 100, y = -0.2) ) *如果只想要给为数不多的几个点加标签...() + stat_summary(fun = "mean", geom = "point", shape = 23, size = 3, fill = "white") #设置size=3让点大一点并且填充白色...hw_p + geom_violin(adjust = .5)#设定adjust=0.5曲折一点 6.10 绘制点图 Q：如何绘制wilkinson点图以显示所有的数据点？...+ geom_rug() + scale_y_continuous(breaks = NULL) + theme(axis.title.y = element_blank()) #3.点图以一种奇数和偶数数量保持一致的中心堆叠方式

8.2K1 0

【R语言】5种探索数据分布的可视化技术

06 往箱线图添加槽口和均值在上一节绘制的基本箱线图之上，还能进一步绘制以展示更多信息。其中最常见的是为箱子添加槽口，它能更清晰的表示中位数的位置。R语言实现代码如下： ? 运行结果： ?...通过stat_summary()函数，还可以在箱线图中标记均值点。R语言实现代码如下： ? 运行结果： ? 07 绘制2D等高线本例选用如下测试集： ?...这个函数会给出一个基于数据的二维核密度估计，然后我们可基于这个估计值来判断各样本点的"等高"性。接下来首先给出各数据点及等高线的绘制方法，R语言实现代码如下： ? 运行结果： ?

1.4K2 0

描述数据分布特征的五种可视化图形

9.8K4 1

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R语言之可视化②点图

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