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走过19年,每年千万下载量,科学计算开源库SciPy前世今生

在获取数据之后,进行各种统计学分析很多都可以用 Scipy 完成,具体而言: 研究者根据发病日期构建传染曲线; 使用对数高斯分布拟合暴露历史和发病日期数据,估计潜伏期分布; 使用韦伯分布拟合发病日期、首次就诊日期和住院日期...这些分析任务主要在于利用统计分布拟合对应数据,该肺炎论文研究者采用 MATLAB 做拟合。...到了 2004 年,关于 SciPy 应用于科学计算问题上内容开始出现。 ?...我们可以用更少算力运行更大矩阵计算,用更精简方式拟合更复杂多样概率分布,也可以跑一跑最新最优化方法。研究者在这篇论文中着重介绍了 SciPy 一路走来关键技术。...该实现依赖于一个一致框架,该框架提供了抽样随机变量方法,用以评估累积分布函数指数(CDF)和概率密度函数指数(PDF),并适合每一个分布参数。

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走过19年,每年千万下载量,科学计算开源库SciPy前世今生

在获取数据之后,进行各种统计学分析很多都可以用 Scipy 完成,具体而言: 研究者根据发病日期构建传染曲线; 使用对数高斯分布拟合暴露历史和发病日期数据,估计潜伏期分布; 使用韦伯分布拟合发病日期、首次就诊日期和住院日期...这些分析任务主要在于利用统计分布拟合对应数据,该肺炎论文研究者采用 MATLAB 做拟合。...到了 2004 年,关于 SciPy 应用于科学计算问题上内容开始出现。 ?...我们可以用更少算力运行更大矩阵计算,用更精简方式拟合更复杂多样概率分布,也可以跑一跑最新最优化方法。研究者在这篇论文中着重介绍了 SciPy 一路走来关键技术。...该实现依赖于一个一致框架,该框架提供了抽样随机变量方法,用以评估累积分布函数指数(CDF)和概率密度函数指数(PDF),并适合每一个分布参数。

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当机器学习遇到基因组选择

摘要 全基因组选择(Genomic selection)可以大大加快育种进程, 这篇文章从以下几个方面进行讨论: 基因组选择历史和现状 基因组选择基础和准则 基因组选择模型, 包括GbyE 基因组选择如何改良获得优良品系...GS优势在于, 可以通过基因型值, 直接检测孟德尔抽样, 这样就不需要多地点测试去计算孟德尔抽样. 4. 基因组选择流程 ?...神经网络运算本质是通过张量运算来拟合输入张量输出张量之间映射关系。 Keras Keras被认为是最酷Python深度学习库之一。如果你是深度学习开发方面的新手,那么非常建议你使用它。...Theano 工作原理 Tensorflow 相似, Theano还可以用于Tensorflow类似的分布式或并行环境。...Scikits-learn Scikits-learn,又称为sk-learn,是一个基于NumpySciPyPython库。Sk-learn被认为是用于处理复杂数据最优秀机器学习库之一。

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python中copula:Frank、Clayton和Gumbel copula模型估计可视化|附代码数据

p=23646最近我们被客户要求撰写关于copula研究报告,包括一些图形和统计输出。你可能会问,为什么是copulas?我们指的是数学上概念。...简单地说,copulas是具有均匀边缘分布联合分布函数 。最重要是,它们允许你将依赖关系边缘分布分开研究。...copulas可以通过将一个联合分布拟合到均匀分布边缘分布上而得到,这个边缘分布是通过对你感兴趣变量cdf进行量化转换而得到。 ...这篇文章是关于Python(有numpy、scipy、scikit-learn、StatsModels和其他你能在Anaconda找到好东西),但是R对于统计学来说是非常棒。...选择将一些参数拟合到一个scipy分布上,然后在一些样本上使用该函数CDF方法,或者用一个经验CDF工作。这两种方法在笔记本中都有实现。

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深度强化学习经验回放(Experience Replay Buffer)三点高性能修改建议:随机采样、减少保存数据量、简化计算等

高性能 ReplayBuffer 应该满足以下三点: 随机采样 random sample 速度要快,尽可能加快读取速度(最为重要) 减少保存数据量,增加吞吐效率(对分布式而言重要) 保存能简化计算变量...(对特定算法而言重要) 为了达成以上要求,我建议做出以下修改: 把 Replay Buffer 数据都放在连续内存里,加快读取速度 按 trajectory 顺序保存 env transition...随机采样 random sample 速度要快,尽可能加快读取速度(重要) 需要 ReplayBuffer 完成任务有两个,会降低读写速度方案不应该采用: 写入:actor 环境交互,得到 environment...如果允许在同一批次中产生重复抽样,那么算法速度更快。很意外是:重复抽样竟然效果更好。...但是随机抽样速度较慢。PyTorch 官网上 RL 入门教程就使用了这种方法。

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Python数据分析实战挖掘

Scipy、Matplotlib、Pandas等高级扩展库依赖库。其内置函数处理速度是C语言级别的。...Scipy 包含最优化、线性代数、积分、插值、拟合、特殊函数、快速傅里叶变换、信号处理和图像处理、常微分方程求解和其他科学工程常用计算 Matplotlib 提供二维绘图,也可以三维绘图,Matlab...,存放等未能进行一致性更新 2、数据特征分析 分布分析:数据分布特征分布类型 定量数据分布分析:求极差(其最大值最小值之间差距;即最大值减最小值后所得之数据)——决定组距和组数——决定分点——列频率分布表...——绘频率分布直方图 定性数据分布分析:采用分类类型来分组,用饼图或条形图来描述分布 对比分析:两个指标进行比较,展示说明大小水平高低,速度快慢,是否协调等 绝对数比较 相对数比较:结构相对数(比重),...意义在于降低无效、错误数据;降低存储成本;少量且具有代表性数据大幅加快

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我花了一年时间研究不确定性估算,写下了这份最全指南

数据分布不确定性 之前我一直搞不清“不确定性”意思,但我认为搞清楚这一点非常重要。我们可以为多种不同数据估算分布: 1. 数据本身。...如果我们只是想学习一些关于分布和不确定性估计基本概念,那么我推荐Seaborn软件包。...神奇吧,这些图表之前图表非常相似!(正如我们本该期待那样) Bootstrapping算法很不错,因为它可以让你回避了任何关于生成数据概率分布问题。...我们将定义一个模型(在这种情况下是一条直线),一个损失函数(该直线平方偏差),然后使用通用求解器(scipy.optimize.minimize)对其进行优化。...我们可以通过在拟合k和m同时在直线周围拟合正态分布来做到这一点。我将使用最大似然方法来做到这一点。如果你不熟悉这种方法,不要害怕!

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农学为何要学习神经网络???

摘要 全基因组选择(Genomic selection)可以大大加快育种进程, 这篇文章从以下几个方面进行讨论: 基因组选择历史和现状 基因组选择基础和准则 基因组选择模型, 包括GbyE 基因组选择如何改良获得优良品系...GS优势在于, 可以通过基因型值, 直接检测孟德尔抽样, 这样就不需要多地点测试去计算孟德尔抽样. 4....神经网络运算本质是通过张量运算来拟合输入张量输出张量之间映射关系。 Keras Keras被认为是最酷Python深度学习库之一。如果你是深度学习开发方面的新手,那么非常建议你使用它。...Theano 工作原理 Tensorflow 相似, Theano还可以用于Tensorflow类似的分布式或并行环境。...Scikits-learn Scikits-learn,又称为sk-learn,是一个基于NumpySciPyPython库。Sk-learn被认为是用于处理复杂数据最优秀机器学习库之一。

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R语言coda贝叶斯MCMC Metropolis-Hastings采样链分析和收敛诊断可视化|附代码数据

p=27228 原文出处:拓端数据部落公众号 最近我们被客户要求撰写关于MCMC Metropolis-Hastings采样研究报告,包括一些图形和统计输出。...边际密度隐藏了相关性边际密度是参数取值所有其他“边缘化”参数平均值,即其他参数根据其后验概率具有任何值。...通常,边际密度被视为贝叶斯分析主要输出(例如,通过报告它们均值和标准差),但我强烈建议不要进一步分析这种做法。...收敛诊断现在,到收敛:一个 MCMC 从后验分布创建一个样本,我们通常想知道这个样本是否足够接近后验以用于分析。有几种标准方法可以检查这一点,但我建议使用 Gelman-Rubin 诊断。...可能会发生两件事:与我们从中抽样分布相比,您提议函数很窄——接受率高,但我们没有得到任何结果,混合不好与我们从中抽样分布相比,您提议函数太宽了——接受率低,大部分时间我们都呆在原地----最受欢迎见解

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Python数据科学:正态分布t检验

样本:经过抽样总体中部分个体。 均值:变量数值之和除以变量个数。 极差:变量最大值最小值之差。 方差,标准差反映数据离散程度,其值越大,数据波动越大。...区间估计:不同于点估计,能够提供待估计参数置信区间和置信度。 区间估计用到了中心极限定理,表现为如果抽样多次,每次抽样都有一个均值,产生多个均值服从正态分布。...就可以利用正态分布性质,推断出样本均值出现在某区间范围概率。 正态分布关于均值左右对称,呈钟形。且均值和标准差具有代表性。均值=中位数=众数。...# distplot:集合功能,kde:显示核密度估计图,fit:控制拟合参数分布图形,本次为拟合正态分布 sns.distplot(df.score, kde=True, fit=stats.norm...生成电影评分QQ图,观察电影评分正态分布接近程度。

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复现经典:《统计学习方法》第19章 马尔可夫链蒙特卡罗法

蒙特卡罗法是通过基于概率模型抽样进行数值近似计算方法,蒙特卡罗法可以用于概率分布抽样、概率分布数学期望估计、定积分近似计算。 随机抽样是蒙特卡罗法一种应用,有直接抽样法、接受拒绝抽样法等。...接受拒绝法基本想法是,找一个容易抽样建议分布,其密度函数数倍大于等于想要抽样概率分布密度函数。...按照建议分布随机抽样得到样本,再按要抽样概率分布建议分布倍数比例随机决定接受或拒绝该样本,循环执行以上过程。...马尔可夫链蒙特卡罗法构建一个马尔可夫链,使其平稳分布就是要进行抽样分布, 首先基于该马尔可夫链进行随机游走, 产生样本序列, 之后使用该平稳分布样本进行近似数值计算。...马尔可夫链蒙特卡罗法被应用于概率分布估计、定积分近似计算、最优化问题近似求解等问题,特别是被应用于统计学习中概率模型学习 推理,是重要统计学习计算方法。

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讲讲Bootstrap是在干啥?

在前面的文章《聊聊置信度置信区间》中讲过为什么会有置信区间以及置信区间应该如何求取。在那篇文章中讲了当数据服从正态分布时,95%置信区间就是均值加减1.96倍标准差。...Bootstrap是对样本进行有放回抽样抽样若干次(一般为1000次),每次抽样结果作为一个样本点,抽样1000次,就会有1000个样本点,用这1000个点分布作为样本总体分布,而这1000个点是大概率是服从正态分布...那为什么这1000个点是服从正态分布呢?依据就是就是中心极限定理,关于中心极限定理讲解可以看《讲讲中心极限定理》。...接下来我们通过一个例子来看下,首先生成一个长尾分布数据: from scipy.stats import f dfn, dfd = 45, 10 r = f.rvs(dfn, dfd, size=10000...以上就是关于Bootstrap一个简单介绍,希望对你有用。

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干货分享--统计学知识大梳理(第三部分-最终篇)

卡方分布应用场景 用途1:用于检验拟合优度。也就是检验一组给定数据指定分布吻合程度; 用途2:检验两个变量独立性。通过卡方分布可以检查变量之间是否存在某种关联: 3....假设检验 1 第四部分 相关回归(y=ax+b) 这里介绍相关和回归是关于二维双变量最简单最实用线性回归,非线性回归这里不暂不做拓展。...散点图:显示出二变量数据模式 相关性:变量之间数学关系。 线性相关性:两个变量之间呈现直线相关关系。 最佳拟合直线:数据点拟合程度最高线。...(即每个因变量实际值误差平方和最小) 误差平方和SSE: 线性回归法:求最佳拟合直线方法(y=ax+b),就是求参数a和b 斜率a公式: ? b公式: ?...相关系数r:表征描述数据最佳拟合线偏离距离。(r=-1完全负相关,r=1完全正相关,r=0不相关) r公式: ?

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卡方分布分析应用

卡方检验(chi-square,记为χ2\chi^2检验)是统计学中常用来计数数据分析方法,对于总体分布不作任何假设,因此它属于非参数检验法中一种。...本博文从理论到实际应用去阐述卡方检验,最后用python语言去实现卡方分布代码。 1. 卡方分布 [图片] 2. 卡方检验 [图片] 3....3.2 2、拟合性检验: 卡方检验能检验单个多项分类名义型变量各分类间实际观测次数理论次数之间是否一致问题,这里观测次数是根据样本数据得多实计数,理论次数则是根据理论或经验得到期望次数。...首先,两种检验抽取样本方法不同。如果抽样是在各类别中分别进行,依照各类别分别计算其比例,属于拟合优度检验。...如果抽样时并未事先分类,抽样后根据研究内容,把入选单位按两类变量进行分类,形成列联表,则是独立性检验。 其次,两种检验假设内容有所差异。

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python中scipy模块

])曲线拟合假设我们有从被噪声污染f中抽样数据:In [21]: xdata = np.linspace(-10, 10, num=20)In [22]: ydata = f(xdata) + np.random.randn...对数据使用这个函数scipy.optimize.curve_fit() 绘制结果。是否拟合合理? 如果不合理,为什么? 拟合精度最大最小温度时间偏移是否一样?...我们可以对观测值进行最大似然拟合来估计基本分布参数。...另外:这些分布有些有用方法。通过阅读它们文档字符串或使用IPythontab补全来探索它们。你能够通过对你随机变量使用拟合找到形状参数1吗?----百分位中位数是来观测值之下一半之上一半值。...scipy.interpolate.interp1d相似,但是面向二维数组。

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博客 | 机器学习中数学基础(概论)

而“机器学习”就是计算机技术数理统计知识结合,“传统研究”则是数理统计特定行业业务知识整合,而一个不具备数理统计能力码农则进入了一个“危险区域”,因为他通常已经在一家公司工作多年,具备基本计算机能力...)计算,具体到监督学习上来说,则是在规则化参数同时最小化误差,即使模型相对简单同时使误差最小,前者保证模型不会过拟合,而后者则避免了欠拟合。...概率统计中关注点在于,概率求解在已知样本总体分布情况下,某一次抽样产生特定结果可能性,而统计则是未知总体,通过对已知结果不断抽样,计算总体分布形态。...而概率论统计学习关系在于,在已知多次抽样结果情况下,对总体分布做出估计,然后使用估计总体分布去预测下一次抽样结果可能性,因此机器学习,尤其是监督学习算法先使用统计训练样本得到模型,后利用估计模型对未来做出预测...于是就有一个不严谨说法,机器学习是概率统计进阶版本。 线性代数关注点通常在于求解多维特征最优参数时,能简化计算过程,将繁杂计算转变为简单矩阵形式,同时大大加快迭代速度

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正态分布在机器学习中为何如此重要?

模拟 2000 次掷2颗骰子结果,完美的正态分布 这就是概率统计中大名鼎鼎中心极限定理:如果样本量足够大,则变量均值采样分布将近似于正态分布,而与该变量在总体中分布无关。...在实际运用中,我们更关注数据集期望和方差这些特征量。当我们求出了期望方差,可以利用中心极限定理转换为正态分布。...,主要作用:可以加快神经网络训练速度,防止过拟合。...加快机器学习学习速度 检查特征是否满足正态分布 判断特征是否符合正态分布可以使用直方图、KDE分布图、Q-Q 图等等。...from scipy import stats from scipy.stats import norm, skew #for some statistics #查看SalePriceskewness

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正态分布在机器学习中为何如此重要?

模拟 2000 次掷2颗骰子结果,完美的正态分布 这就是概率统计中大名鼎鼎中心极限定理:如果样本量足够大,则变量均值采样分布将近似于正态分布,而与该变量在总体中分布无关。...在实际运用中,我们更关注数据集期望和方差这些特征量。当我们求出了期望方差,可以利用中心极限定理转换为正态分布。...,主要作用:可以加快神经网络训练速度,防止过拟合。...加快机器学习学习速度 检查特征是否满足正态分布 判断特征是否符合正态分布可以使用直方图、KDE分布图、Q-Q 图等等。...from scipy import stats from scipy.stats import norm, skew #for some statistics #查看SalePriceskewness

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