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【生信文献200篇】10 单细胞转录组探索小鼠肝脏发育

该技术具有灵敏度和动态范围,可测量不同小叶坐标下精确mRNA分布。...重建了中心周围基因 Oat (紫色)和中心周围祖细胞标记Axin2(红色)、门脉周围尿素循环酶基因Arg1(绿色)和门脉周围祖细胞标记Sox9(蓝色)区带图谱。 ?...与第2层相比,第1层中Cyp8b1含量较低可能表明中间体在第1层和第2层之间转移。或者,这表明Cyp7a1和Hsd3b7在第1层中具有其他功能,或在第2层中Cyp8b1具有其他功能。 ? ?...然后,将细胞与一组探针杂交,该探针由多个短荧光标记DNA寡核苷酸组成,它们平铺了mRNA长度。 ?...这种动态结构和功能异质性,称为代谢区带,这似乎是在各种生理条件下同时执行维持生物体代谢稳态所需过多功能前提。

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【看动漫学编程】程序员在异世界生个娃 第3篇:搞不好我就是个王者

以下内容还将使用视频动态漫画表现,剪辑完将会贴出链接。 小说剧情为剧情需要,过渡到知识点,部分篇幅可能没有技术知识点还望谅解。...正在零奕看得起劲时候,所有蓝光汇集到字符之中,字符也随之粉碎,小叶老师此时吟唱道“0010101001”,在其身旁突然浮现出现0101010101字符串环绕在其身旁,之前所使用&标记桌椅瞬间化作齑粉...%d叫做占位符,为attack_distance占一个位置,在交流时候会替换成attack_distance内容。” “现在一个个来发言。嗯…”小叶老师看着前排零奕就有点害怕。...小叶老师顿时火冒三丈,给了零奕当前教室一周禁言术… 已知C语言知识: 变量是可以存储内容一个容器。 变量是可以取名进行标记。...变量取名是有技巧,最好是可以一眼查看标记知道这个变量作用。 %d是一个占位符号。 C语言输出变量值内容是使用printf(“%d”,变量名); int 表示整数类型。

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PNAS:人类小脑皮层表面积相当于大脑80%

在皮层重建过程中,FreeSurfer主要计算两种类型顶点上特性:(1)局部表面的凸面性或凹面性,这些特性是通过计算相邻顶点间相对位置,并将每个薄层凸出部分标记为绿色,凹陷部分标记为红色,即曲率...,反应薄层水平形态学特性;(2)平均凸率,由局部范围内每个体素在保留几何特性前提下膨胀过程中移动垂直距离加和平均得到,该过程会将小叶凸起部分标记为绿色,凹陷部分标记为红色,即沟回信息,反应小叶水平上特性...前部小脑被分为两个大块,分别为第一小叶到第五小叶,第五小叶到第六小叶。...在进行分割分别展平后,小脑皮层各部分在引入最小局部形变情况下被完全展平。展开后小脑皮层在前后轴向上内容得到了极大延伸,大约有1米长但却只有10厘米宽。...第七小叶与第八小叶面积之和大约是第一到第六小叶面积之和2倍。与之相比,之前研究,由于对薄层结构探测不够完整,这两个区域面积与其他小叶无明显差异。

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Human Brain Mapping:广泛性焦虑症患者低频振幅ALFF动态变化

、左侧顶下小叶及右侧海马。...研究在背内侧前额叶皮层和顶下小叶中也观察到了dALFF变异性增加,它们是额顶叶认知控制网络组成部分。...同时还有报告显示,GAD患者背内侧前额叶皮质区域灰质体积增加,与情感调控相关活动降低。此外,患有多种焦虑症亚型患者在进行认知重新评估时,顶下小叶激活降低。...本研究中观察到背内侧前额叶皮质和顶下小叶dALFF变异性增加表明这些区域局部大脑活动出现异常,这种异常可能会破坏患者前额叶网络参与情绪调节能力。...首先滑动窗长度选择仍具有争议,本文在不同窗长下得到了相似的结果,表明结果相对稳定。其次,焦虑与抑郁常常具有并发性,数据集中抑郁样本可能会对结果照成影响,需要更多样本来进一步证明文中结果。

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可应用于多种癌症预测分子特征模型

处理:过滤出>70%样本中表达基因;中位数居中和抽样标准化。...(3)GDC PanCanAtlas其他类型肿瘤基因表达数据 处理:上四分位数标准化,log2转换,过滤出>70%样本中表达基因;中位数居中和抽样标准化。 2....突变数据: (1)2015年TCGA小叶性乳腺癌数据集突变注释格式(MAF)数据。 过滤MAF文件;构建二元基因样本矩阵(1突变,0无突变)。 5....在高特征分数样本中,潜在拷贝数变异驱动因素与特征具有正相关性,拷贝数扩增;而潜在抑制因素应该与特征具有负相关性,拷贝数缺失。...仅使用DNA拷贝数变异预测许多基因表达特征,具有较高准确性。 3.

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北师大郭桃梅课题组在《Brain Structure and Function》发表论文揭示汉字笔顺加工脑网络

本研究首次使用多变量模式分析(multi-variate pattern analysis, MVPA)对加工正确或错误书写动态汉字大脑激活模式进行了解码。...结果发现,双侧辅助运动区/前扣带回,左侧中央前回,左侧顶上小叶,左侧壳核,右侧额下回,右侧顶下小叶,右侧中央后回,右侧颞中回,右侧海马旁回和右侧枕中回表现出显著高于随机水平(50%)解码正确率。...此外,通过计算MVPA结果偏侧化指数,本研究发现处理汉字笔顺脑区具有明显右侧化优势,这与“手写大脑”仍为左半球优势普遍观念相反。 图1 A....3由双侧pre-SMA/dACC,左侧顶上小叶和右侧枕中回组成。...总之,我们发现,作为动作图式一个示例,汉字笔顺加工时所涉及到脑区不仅限于特定于书写功能特异性感知觉运动皮层,还涉及到具有领域一般功能高级脑区。

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人肝肿瘤微环境单细胞图谱

这些细胞形成了17个簇,作者根据已知标记基因和肝硬化人类肝脏最新细胞图谱对其进行注释(如图)。...和INSR,均显示出促进肿瘤血管生成作用。恶性肝脏中免疫细胞群主要包括疤痕相关巨噬细胞(SAM)。这些细胞表达标记基因CD9和TREM2(肝细胞癌中肿瘤抑制因子)。...作者使用LCM解剖非恶性肝部位内六个小叶区,横跨中心静脉和门结(如图)。作者从每个区域提取RNA,并使用mcSCRBseq进行批量RNAseq,这是一种用于对超低mRNA水平进行测序灵敏方法。...作者发现,正如在小鼠中观察到那样,许多肝细胞基因沿小叶radial轴显着分区。 ? TME种群空间分布 作者使用LCM解剖了四名患者63个组织区域。...作者对沿肝小叶周围中心轴激光捕获显微切割区域转录组测量能够重建人类干细胞分区图,具有空间分辨率。这可以帮助人体肝脏代谢功能建模。

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王炸组合『单细胞+空间转录组』科研应用【2】:肝脏生理学疾病

Combining >−2个反向分区标记,可以从特定小叶区域对细胞进行分选,不仅有利于scRNA-seq,而且有利于多组学分析。...该计算分析:1)首次在单基因水平上对人肝细胞和LSECs门中区划进行了剖析;2)证明LSEC基因具有高度区划性;3)证明肝细胞和LSECs都具有非单调区划模式基因。...LSECs是单核细胞和其他骨髓源性细胞进入肝小叶入口。LSEC与单核细胞相互作用在决定循环单核细胞命运以及它们向肝巨噬细胞分化中至关重要。...小鼠模型单细胞分析表明,在NASH肝脏中,单核细胞衍生巨噬细胞扩张,具有独特炎症表型。...研究人员利用scRNA-seq对健康和纤维化小鼠肝脏肝脏间质进行解旋,揭示了HSCs在肝小叶空间分区。

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抑郁症自我评估大脑动态网络模型

Davey 等人在AJP期刊(The American Journal of Psychiatry)上发文,介绍了一项与抑郁症相关动态因果模型DCM工作,发现其症状与内侧前额叶皮质连接具有一定相关性...动态因果模型描述了一个脑区动力学在其他脑区动态变化中作用,其中包括核心区域间连接和影响因素。...对于这项研究,为每个参与者指定了三区域确定性动态因果模型,内侧前额叶皮层,后扣带皮层和下顶叶之间具有双向有效连接定义了32个模型空间,见附录图1....图1.在内侧前额叶皮层(MPFC),后脑皮层(PCC)和右侧低叶小叶(IPL)重新计算了与外部注意基线相比,休息和自我评估激活区域。 ?...对于抑郁症组,前额叶皮质对下壁小叶具有更显著负影响(图2表2) 组间对比表明,与对照组相比,内侧前额叶皮层和后扣带皮层之间有效连接自我评估调节作用(以下称为“MPFC-PCC连通性”)具有显著负相关

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Cerebral Cortex:全脑功能动力学追踪抑郁症状严重程度

顶叶上小叶和楔前叶在各个区域都很活跃,尽管在Kaiser分区中最为显著。这与M-FPN(或DMN)区域很好地吻合,M-FPN参与更新联想、自我参照思维和社会认知。...状态5包括前额叶、颞叶和顶叶各亚区显著共激活。最活跃区域包括背侧和眶PFC外侧和内侧部分、顶叶下小叶、后扣带回、颞中下回和颞下沟。...这种结点拟合与过去心理测量学分析一致。几个非线性关系在所有三个部分是一致(见补充材料和补充表3 11)。具有重要影响状态显示在图3中。状态转变和抑郁症状之间没有显著关系,不管分割情况如何。...动态指标及其与精神症状严重程度关系可能会被静态方法所忽略,静态方法在整个扫描中聚集了大脑活动。因此,动态方法可能提供一个神经区域之间时间变异性更微妙表征。...这些发现对理解抑郁症症状背后神经生物学机制具有重要意义,并促进我们对精神疾病作为大脑网络紊乱理解,并作为了解大脑功能和精神状况之间纵向关系基石。

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空转与肝(上):肝脏空间异质性

导言 肝脏是人体当中最重要器官之一,具有代谢、解毒、造血、分泌胆汁等功能。肝脏也是再生能力最强器官之一。在肝脏受到损伤以后,残存肝细胞能够迅速增殖,补偿损伤肝组织,恢复正常肝脏功能。...肝脏结构 肝脏由六边形小叶构成,肝小叶中央为中央静脉,肝细胞板和肝血窦分布在中央静脉周围。进入肝脏中血液来源于门脉三联管,即由肝动脉、肝门静脉和胆管构成结构,最终流向中央静脉。...早期研究主要是基于免疫组化和原位杂交。尽管这些方法能在一定程度上对肝脏空间异质信息进行定性或者定量分析,但其明显具有实验技术敏感度和特异性等方面的缺陷,无法挖掘进一步差异特征。...对肝脏研究具有转折点意义事件是单细胞转录组测序出现,为肝脏异质性研究提供了不同物种肝脏细胞图谱。但是,单细胞转录组测序数据会丢失细胞空间信息。...2017年Bahar Halpern在《Nature》[5]上发表文章,结合smFISH在肝细胞中6个标记基因,通过单细胞转录组建立算法,推断肝细胞所在空间位置。

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王炸组合『单细胞+空间转录组』科研应用【2】:肝脏生理学疾病

当表面蛋白可用作空间标记时,利用FACS进行空间分类可用于对特定区域细胞进行分类。...Combining >−2个反向分区标记,可以从特定小叶区域对细胞进行分选,不仅有利于scRNA-seq,而且有利于多组学分析。...该计算分析:1)首次在单基因水平上对人肝细胞和LSECs门中区划进行了剖析;2)证明LSEC基因具有高度区划性;3)证明肝细胞和LSECs都具有非单调区划模式基因。...小鼠模型单细胞分析表明,在NASH肝脏中,单核细胞衍生巨噬细胞扩张,具有独特炎症表型。...研究人员利用scRNA-seq对健康和纤维化小鼠肝脏肝脏间质进行解旋,揭示了HSCs在肝小叶空间分区。

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一篇文学会商用可编辑问卷表单制作【iVX 十二】

,该图片宽度为 100%,占满整个左图行: 接着我们在登录框中创建 3 个行,分别用于设置登录框元素: 在此需要设置登录框水平对齐为居中方便 iVX 公共表单行元素居中显示,在此需要对公共表单行设置宽度为...,在编辑内容块下创建 3 个列,这 3 个列分别设置他们之间为 30%、40%、30% 使其占据整个行内容,也可以在其基础上设置对应外边距、内边距,使其具有一定间隔将会更加美观: 接着在添加元素块列中创建一个行...需要实现这个效果需要创建一个一维数组变量,我们在该页面中创建一个一维数组变量,命名为动态添加内容次序: 在此我们设定,单行文本数字标记为 1、多行文本数字标记为 2、数字文本数字标记为 3、日期数字标记为...我们找到添加表单选项中单行文本,给该按钮设置一个点击事件,需要操作对象为动态添加内容次序数组,为其插入一个值,该值就是单行文本标记 1,插入位置为当前元素个数加一位置,此时就可以按照顺序往下添加数组内容...,在其添加条件,判断当前点击序号在次序数组中为几,若为下拉菜单标记 5,那么则设置是否下拉选项变量值为 1,否则为 0: 此时动态添加下拉菜单作为表单内容,点击一个下拉菜单将会在右侧属性改变内容中出现下拉菜单选项添加元素

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The Journal of Neuroscience: 珠心算训练有助于提高儿童视觉空间工作记忆

珠心算组儿童从一年级到六年级期间每周接受两小时珠心算培训,对照组儿童没有任何珠算或珠心算经历,他们在此期间接受传统教学学习,内容包括传统计算和阅读等。...该量表中国翻译版各测试克伦巴赫系数达到0.7以上,分半信度系数0.83,整个量表校正系数为0.90。此外,结构效度和内容效度等指标也达到了量表测试学要求,适合我国教育水平。...同样地,右侧额中回对珠心算组数学计算量表得分与视觉空间工作记忆相关关系也具有显著中介效应(置信区间[0.0022,0.0253])。...脑成像研究结果发现珠心算组儿童在额叶、顶叶和枕叶激活强度显著高于对照组儿童。此外,在珠心算组,右侧额中回激活强度对计算和视觉空间工作记忆相关关系具有显著中介效应。...虽然两组儿童在完成视觉空间n-back任务时激活了相同脑区,珠心算组儿童在双侧枕中回、右侧顶上小叶和右侧顶下小叶激活强度显著高于对照组儿童。

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论文Express | CNN:果蝇视觉理解能力几何?

最后小叶状人工神经元模仿Wu等人研究成果,小叶状人工神经元层次根据其轴突穿透深入系统进行排序。...迫使图像通过瓶颈(bottleneck,这种操作保证所处理信息内容和fly-eye模型使用降分辨率信息类似)操作会让ResNet18F1-score降低0.11。...对于DCN而言,重新识别果蝇实际上比CIFAR10更容易(至少对于在相同距离处获得果蝇居中图像情况下)。即使是在某种意义上和人类表现能媲美的模型也比人类表现好上10倍。...人类无法将果蝇分辨开原因还是个迷。 无论区分个体果蝇是否具有进化上好处,人类确实具有令人难以置信模式识别能力。...这可能只是因为缺乏经验(虽然我们尝试通过仅适用经验丰富果蝇研究人员作为志愿者来标记解决这个问题)或者是因为更加神秘模式识别盲点造成

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Markdown简单实例

##二级导航 ###三级导航 ####四级导航 显示效果: 一级导航 二级导航 三级导航 四级导航 2.列表: markdown代码: - 这是列表 Markdown是一种可以使用普通文本编辑器编写标记语言...,通过简单标记语法,它可以使普通文本内容具有一定格式。..., 通过简单标记语法,它可以使普通文本内容具有一定格式。...表格: markdown代码: |表头 | 居中列 | 靠右 | |-------------|:-------------:| -----:| | 对其是| 方式由 |...上面的:决定 | | 默认无: | 两侧有: | 右侧有:| 显示效果: 表头 居中列 靠右 对其是 方式由 上面的:决定 默认无: 两侧有: 右侧有: 9.上标/下标[编辑公式必备

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感觉-认知系统整合与自闭症谱系障碍严重程度之间关系;基于猴脑脑血流与血氧信号耦合关系研究

脑网络是随时间动态变化时空现象。功能成像方法致力于无创地评估这些潜在过程。...在基于结构和功能分析中得出,脑岛前部和脑岛后部在听觉情绪处理呈现出不同角色。后侧脑岛对于听觉信息反应与Heschl回具有相似性;而前部脑岛在听觉信息情绪处理中,与杏仁核具有相似性。...在过去十年中,脑网络已成为一种先进模型,它既可以说明各脑区解剖学上关系(结构网络),也可以说明动态生理学耦合(功能网络)。...结果:与对照组相比,AOS患者在双侧上内侧前额叶ReHo值明显增加,皮层(MPFC),左上颞回(STG)中ReHovalues,小叶,右下壁小叶(IPL)和左中心旁小叶ReHo值并显著降低。...结果发现表明,一系列不同大脑系统动态地相互作用以支持成功记忆编码。

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简单聊一聊如何用CSS制作一个专业头部页眉(Headers)

因此,这是一个非常简单标记。通常情况下,导航应该在第一个和最后一个项之间居中对齐。 根据我观察,这个问题已经成为前端社区中新问题,类似于“居中一个div”问题。...下面是使用justify-content属性space-between值相同导航标记,供比较参考: 造成这种效果原因是左侧比右侧更宽。...我们中间元素在左侧和右侧元素之间居中对齐,但在页面的上下文中,中间元素并没有真正居中。 这是创建页眉时第一个挑战:正确设置基本布局。在您确定要实现布局以及如何实现之前,不要试图添加更多内容。...这就是整个"hack"全部内容。因为我们将它们基准大小设置为0,它们将等比增长,从而使我们中间元素居中对齐。 当创建页眉布局时,当然,将页眉中间元素居中对齐并不是我们面临唯一挑战。...我们不需要为内容设置任意偏移量。 就是这样了,朋友们!非常感谢您阅读! 结束 您是否知道关于页眉布局其他常见错误?或者您是否了解其他具有挑战性元素?我很乐意在评论中了解更多!

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HTML一些标记认识

HTML5还能够具有网页存储数据功能,能够支持浏览器内嵌WEB Database,增加了网页缓存。...HTML5几个主要特性总结: 减少网站对Flash依赖 支持多终端不同屏幕设备(手机、平板、智能手表) 增加了新标记、语法更简洁和多达百项改进 具有存储功能,有一些浏览器有内嵌WEBDB(网页数据库...第三种写法,空标记: 这是一个没有内容包含标记,也就是空标记。...在body标记可以写任意文本内容,但是有一点就是换行、空格、特殊字符之类要使用规定标记或者实体来表示,直接按回车或空格键是不管用,示例: ? 运行结果: ?...align属性有几个常用关键字,left居左、right居右、center居中,一般默认是居中

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前端基础-HTML

浏览器中内置了静态资源解析引擎,可以展示静态资源 动态资源: 使用动态网页及时发布资源。 特点: 所有用户访问,得到结果可能不一样。...如:jsp/servlet,php,asp… 如果用户请求动态资源,那么服务器会执行动态资源,转换为静态资源,再发送给浏览器 我们要学习动态资源,必须先学习静态资源!...静态资源: HTML:用于搭建基础网页,展示页面的内容 CSS:用于美化页面,布局页面 JavaScript:控制页面的元素,让页面有一些动态效果 HTML 概念:是最基础网页开发语言 Hyper...Text Markup Language 超文本标记语言 超文本: 超文本是用超链接方法,将各种不同空间文字信息组织在一起网状文本....标记语言: 由标签构成语言。

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