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Briefings in Bioinformatics:具有不同杂合性水平基因实用组装指南

虽然已开发了具有不同视角各种组装程序,但尚未对具有不同杂合性二倍体基因长读长组装程序进行系统评估。...研究团队使用六个具有不同杂合性水平基因,根据计算机资源使用情况(执行时间和内存使用情况)、连续性和完整性来评估组装程序(5个长读长组装程序Canu、Flye、miniasm、NextDenovo、Redbean...输入数据集概要 具有不同杂合性水平基因实用组装指南 首先,为了了解样本特性,如基因大小,使用GenomeScope等工具评估杂合性和重复率。...对于任何杂合性基因,首先推荐组装程序是Redbean,这是一个轻量级工具,无论杂合性如何,它在连续性和BUSCO完整性方面都具有稳定性能。...基因杂合性≥1,MaSuRCA_C应该作为第二个试验组装器备选方案,因为它是一个重量级工具,在连续性和BUSCO完整性方面都被归类为“高”,并且在任何杂合性基因中都具有稳定性能。

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. | 具有深度交互学习未来全新药物设计

今天为大家介绍是来自Gisbert Schneider团队一篇论文。从头设计药物旨在从零开始生成具有特定化学和药理性质分子。...它能够实现“零样本”构建定制化合物库,这些化合物库具有特定生物活性、可合成性和结构新颖性。...模型部分 图 1 为了全面研究药物-靶标互作,作者提出了一种将化学语言模型(CLM)与基于互作深度学习结合方法(图1a, b)。...这种方法得到深度学习模型被命名为DRAGONFLY(基于药物-靶标互作新生物活性分子生成)。...本研究介绍了DRAGONFLY在基于结构从头设计中潜在应用,特别是用于生成具有针对一个或多个特定大分子靶标所需生物活性特性配体(图1f)。

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PG中查询:2.统计--(2)

每个桶宽度以这样一种方式选择,即在他们之间均匀分布值(如图上具有大致相同面积矩形表示)。这种表示使系统能够只存储直方图边界,而不是浪费空间来存储每个桶频率。直方图不包括MCV列表中值。...其中N是具有匹配值桶数(在截止点右侧)。请记住,直方图没有考虑最常见值和未定义值。...这是一个具有2个条件示例: SELECT count(*) FROM flights WHERE flight_no = 'PG0007' AND departure_airport = 'VKO';...规划器期望谓词独立,并计算得到选择性集合AND作为条件选择性乘积。...应用bitmap heap scan中departure_airport条件后,为计算flight_no条件Bitmap索引扫描评估值显著下降。

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VQAMix:基于带条件三元混合医学图像问答

在MixUp中,按随机权重缩放两幅图像被线性组合,它们对应标签用相同权重进行融合。在VQAMix中,两个图像-问题对进行线性组合。 一、研究方法 1. 三元混合 图片 2....带条件三元混合 2.1学习缺失标签 为了处理标签缺失问题,本文提出了一种简单直接策略Learning with missing Labels (LML),直接丢弃这些标签,表示为: 使用这种策略...具体来说,有三种方法可以实现条件混合:(1)只混合具有相同成像模型(v, q, a)元组;(2)只混淆相同问题类别的(v, q, a)元组;(3)将(v, q, a)元组与相同图像模型和问题类别混合...,使标记具有意义。...作为一种通用解决方案,VQAMix可以进一步运用于各类多模态数据增强与正则化(例如:分子/蛋白质数据,病理图像/基因数据),具有很高现实意义。

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问与答81: 如何求一数据中满足多个条件最大值?

Q:在工作表中有一些数据,如下图1所示,我想要获取“参数3”等于“A”、”参数4“等于”C1“对应”参数5”中最大值,能够使用公式解决吗? ? 图1 A:这种情况用公式很容易解决。...我们看看公式中: (参数3=D13)*(参数4=E13) 将D2:D12中值与D13中值比较: {"A";"B";"A";"B";"A";"A";"B";"A";"B";"A";"A"}=”A”...代表同一行列D和列E中包含“A”和“C1”。...D和列E中包含“A”和“C1”对应列F中值和0数组,取其最大值就是想要结果: 0.545 本例可以扩展到更多条件。...例如,在上述条件基础上,要求“参数1”为“M-I”、”参数2”为 M-IA”,可以使用数组公式: =MAX(IF((参数1=B13)*(参数2=C13)*(参数3=D13)*(参数4=E13),参数5,0

3.9K30

PostgreSQL 如果想知道表中某个条件查询条件在索引中效率 ?

能力是什么,拥有985,211学历证明,还是钻研各种技术,艺术后,获得技术专家,或艺术家title, 或许都不是,能力是变化,能力是指你能满足他人需求,能提供一种实力,而我们在这个社会,往往把这样能力和金钱挂钩...pg_stats 里面的数据就要相对来说更适合我们,下面是pg_stats 里面的字段列表,我们需要关注几个部分 1 n_distinct 2 most_common_vals 3 most_common_freqs...| real | | | avg_width | integer | | | n_distinct...1 n_distinct 2 most_common_vals 3 most_common_freqs 这里根据相关表信息描述,n_disinct值,在不等于1情况下,都可以考虑来讲这个字段作为建立索引可选项...同时我们针对 most_common_vals 对应 most_comon_freqs 两个字段值来判定所选索引,在查询时候被作为条件时,可能会产生影响。

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PG中查询:2.统计--(1)

relallvisible −−−−−−−−−−−+−−−−−−−−−−+−−−−−−−−−−−−−−− 214867 | 2624 | 2624 (1 row) 对于没有过滤条件查询...无论如何,我们不需要统计数据那么精确:高达一个数量级变化仍然足够准确以产生适当计划。让我们创建一个禁用自动vacuum副本flights,以便我们可以控制何时进行分析。...Distinct值 一列中distinct值个数存储在pg_statsn_distinct字段。如果n_distinct为负值,则其绝对值表示不同值比例。例如,对于-1值,表示这列值都是唯一。...如果不同值数量计算不准确(因为样本恰好不具有代表性),您可以手动设置此值: ALTER TABLE ... ALTER COLUMN ......SET (n_distinct = ...); 在数据均匀分布下,不同值数量很有用。考虑“column = expression”子句基数估计。

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Google Earth Engine——WWFHydroSHEDS15CONDEM该数据集分辨率为15弧秒。15角秒数据集是水文条件DEM、排水(流)方向和流量累积

HydroSHEDS是一个制图产品,以一致格式为区域和全球范围应用提供水文信息。它提供了一套不同尺度地理参考数据集(矢量和栅格),包括河流网络、流域边界、排水方向和流量积累。...HydroSHEDS是基于2000年NASA航天飞机雷达地形任务(SRTM)获得高程数据。 这个水文条件高程数据集是一个反复调节和校正过程结果。...请注意,调节过程改变了原始DEM,可能会使其在推导排水方向以外应用中变得不正确。内流盆地(内陆汇)在其最低点用无数据单元进行 "播种",以终止流动。...基础数字高程模型全部细节可在HydroSHEDS网站和文件中找到。 该数据集分辨率为15弧秒。15角秒数据集是水文条件DEM、排水(流)方向和流量累积。...请注意,在北纬60度以上地区,HydroSHEDS数据质量要低得多,因为没有底层SRTM高程数据可用,因此要用更粗分辨率DEM(美国地质调查局提供HYDRO1k)。

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Google Earth Engine——WWFHydroSHEDS30CONDEM该数据集分辨率为30弧秒。30弧秒数据集是水文条件DEM、排水(流)方向和流量累积

HydroSHEDS是一个制图产品,以一致格式为区域和全球范围应用提供水文信息。它提供了一套不同尺度地理参考数据集(矢量和栅格),包括河流网络、流域边界、排水方向和流量积累。...HydroSHEDS是基于2000年NASA航天飞机雷达地形任务(SRTM)获得高程数据。 这个水文条件高程数据集是一个反复调节和校正过程结果。...请注意,调节过程改变了原始DEM,可能会使其在推导排水方向以外应用中变得不正确。内流盆地(内陆汇)在其最低点用无数据单元进行 "播种",以终止流动。...基础数字高程模型全部细节可在HydroSHEDS网站和文件中找到。 该数据集分辨率为30弧秒。30弧秒数据集是水文条件DEM、排水(流)方向和流量累积。...请注意,在北纬60度以上地区,HydroSHEDS数据质量要低得多,因为没有底层SRTM高程数据可用,因此要用更粗分辨率DEM(美国地质调查局提供HYDRO1k)。

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Google Earth Engine——WWFHydroSHEDS30ACC该数据集分辨率为30弧秒。30角秒数据集是水文条件DEM、排水(流)方向和流量累积

HydroSHEDS是一个制图产品,以一致格式为区域和全球范围应用提供水文信息。它提供了一套不同尺度地理参考数据集(矢量和栅格),包括河流网络、流域边界、排水方向和流量积累。...HydroSHEDS是基于2000年NASA航天飞机雷达地形任务(SRTM)获得高程数据。 这个流量累积数据集定义了排入每个单元上游区域数量(以单元数计)。...累积单元数量本质上是对上游集水区测量。然而,由于HydroSHEDS数据集单元大小取决于纬度,单元累积值不能直接转化为以平方公里为单位排水面积。...数值范围从地形高点(河流源头)1到大河入海口非常大数字(数以百万计单元)。 该数据集分辨率为30弧秒。30角秒数据集是水文条件DEM、排水(流)方向和流量累积。...请注意,在北纬60度以上地区,HydroSHEDS数据质量要低得多,因为没有底层SRTM高程数据可用,因此要用更粗分辨率DEM(美国地质调查局提供HYDRO1k)。

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Google Earth Engine——WWFHydroSHEDS15DIR该数据集分辨率为15弧秒。15角秒数据集是水文条件DEM、排水(流)方向和流量累积

HydroSHEDS是一个制图产品,以一致格式为区域和全球范围应用提供水文信息。它提供了一套不同尺度地理参考数据集(矢量和栅格),包括河流网络、流域边界、排水方向和流量积累。...HydroSHEDS是基于NASA航天飞机雷达地形任务(SRTM)在2000年获得高程数据。 这个排水方向数据集定义了从条件DEM中每个单元到其最陡峭下坡邻居流动方向。...排水方向值从1到128不等。所有通向海洋最终出口单元都标记为0,所有标志着内流盆地(内陆水槽)最低点单元都标记为-1。 排水方向值遵循ESRI流向实施惯例。...该数据集分辨率为15弧秒。15角秒数据集是水文条件DEM、排水(流)方向和流量累积。...请注意,在北纬60度以上地区,HydroSHEDS数据质量要低得多,因为没有底层SRTM高程数据可用,因此要用更粗分辨率DEM(美国地质调查局提供HYDRO1k)。

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基于1588v2技术时钟同步性能监测体系研究

三个层面中每个层面的监测都涉及到需要对现有1588v2规范做些小修改或硬性规定才能实现。三个层面的监测各自独立进行,可依成熟条件而分别进行展开。 一、三个层面的时间同步性能监测方法 1....实际上P节点持续比较环上两个圆弧分别"累积时间误差",给出是"两圆弧累积误差"差值。设定一个差值门限(例如100ns),差值在门限内表示整个环网正常;若差值超过门限,可能有问题值得关注。...另外通过同步方式,P节点可获得西侧圆弧"累积时间误差",从而可以计算出"两圆弧累积误差"差值,实现Passive监测方式。...即,要求网络具有如下功能: (1)"末节点"既支持播也支持单播,除播外,在逻辑上它还需要与时间服务器另外建立一条单播路径; (2)中途节点既支持播也支持单播,对播PTP,节点实现BC功能;对单播...总之,要求整个网络既具有支持播能力也要求支持单播。    由于BC网元时钟深度介入播PTP,而TC网元时钟仅浅度介入单播PTP,网元时钟优劣变化对影响大对单播影响很小。

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