接「R」数据操作（一）和「R」数据操作（二） 使用data.table包操作数据 data.table包提供了一个加强版的data.frame，它运行效率极高，而且能够处理适合内存的大数据集，它使用[]...首先，我们仍然载入之前用到的产品数据，不过这里我们使用data.table包提供的fread()函数，它非常高效和智能，默认返回data.table。.../R/dataset/product-info.csv") product_stats = fread("../...../R/dataset/product-tests.csv") toy_tests = fread("../.....下面代码没有按组聚合数据，而是画了每年的价格图： oldpar = par(mfrow = c(1, 2)) market_data[, { plot(price ~ date, type =
版权声明：本文为博主原创文章，转载请注明出处 R语言data.table包是自带包data.frame的升级版，用于数据框格式数据的处理，最大的特点快。...因此，在对大数据处理上，使用data.table无疑具有极高的效率。这里主要介绍在基因组数据分析中可能会用到的函数。...fread 做基因组数据分析时，常常需要读入处理大文件，这个时候我们就可以舍弃read.table，read.csv等，使用读入速度快的fread函数 fread(input, sep=...，默认Windows是"\r\n",其它的是"\n"； na,na 值的表示，默认""； dec 小数点的表示，默认"...)的结果 最后，写完这篇博客，timetaken断断续续大约一星期 参考文献 data.table manual: https://cran.r-project.org/web/packages
由于基因组数据过大，想进一步用R语言处理担心系统内存不够，因此想着将文件按染色体拆分，发现python，awk，R 语言都能够非常简单快捷的实现，那么速度是否有差距呢，因此在跑几个50G的大文件之前...，先用了244MB的数据对各个脚本进行测试，并且将其速度进行对比。...首先是awk处理，awk进行的是逐行处理，具有自己的语法，具有很大的灵活性，一行代码解决，用时24S， 1 #!...最后用R语言data.table包进行处理，data.table是data.frame的高级版，在速度上作了很大的改进，但是和awk和python相比，具有优势吗? 1 #!...总结 虽然都是逐行处理，但由上述结果猜测awk内部运行并没有python快，但awk书写一行代码搞定，书写速度快，至于python比data.table慢，猜测原因是R data.table用C语言写
今天小编给大家安利一个实用的R包data.table, 这个包可以明显的提升大文件的读取速度。下面我们就来做一个实验。...我们随机生成一个100万行10列的文件，保存到你的电脑上，文件的大小可以达到173MB。...接下来我们分别用传统的read.csv和data.table包里面的fread函数来读取这个超大的文件，然后比较两种方法的读取速度。...# 加载data.table包 library(data.table) # 数据读取性能对比分析 # Create a large .csv file set.seed(100) m <- data.frame...读取该文件所需要的时间为48.84秒，而利用data.table包中的fread函数来读取只需要0.47秒，速度整整提升了100倍。
大家对ggplot应该很熟悉，那么围绕ggplot也开发了很多辅助的包，今天给大家介绍下如何在我们绘制的图像上简单的标注差异信息，比如P值、倍数差等。那么需要用到包ggsignif。...###具体位置的两组之间信息标注。...Y_position是指的横线的位置；xmin和xmax组合对应两组的位置（3，5）(1,4) ggplot(mpg,aes(class, hwy)) + geom_boxplot() +...##P值的星号标注。...至此这个包的主要参数都已展示，当然这只是一些简单的基础图，真正在需要的时候可以美化后在进行标记组间信息。 欢迎大家学习交流！
： 全外显子测序 靶向深度测序 RNA-Seq 单细胞转录组测序 但是实际上它里面的单细胞转录组测序 是来源于公共数据集GSE182434的4例病人样本（DLBCL002 、DLBCL007、 DLBCL008...、DLBCL111），也就是说他们省下来了4个病人的肿瘤单细胞转录组费用，哪怕是按照一两年前的均价2.5万的单个10x费用，也算是省下来了10万经费！...library(data.table) dat=fread( "data/GSE182434_raw_count_matrix.txt.gz",data.table = F) dim(dat)...这样就构建好了自己的单细胞转录组seurat对象了，接下来就是对这个常规的降维聚类分群。...原文 image.png 复现 image.png ③、确定功能失调的CD8+细胞亚群 利用CD8A、GZMB、CTLA4、TIGIT、LAG3 这5个基因的表达情况来确定 可以确定的是：原文的1
# a是分组变量； dt <- data.table(a = rep(c("a", "b", "c"), each = 5)) # condition是条件；desireOutcome是希望获得的结果...dt[, condition := as.numeric(.I %% 4 == 0)] 本文需要用到data.table包！...shift函数 它能够对向量进行lag与lead操作。参数0:2的意思是分别滞后0期、1期、2期。参数fill的意思是对于leading missing value，使用0进行补齐。...在使用shift函数后，我们实际上生成了三个向量，第一个向量只有条件成立时才为1， 第二个向量条件成立后的“滞后一期”才为1， 第三个向量只有条件成立后的“滞后两期”才为1。...http://stackoverflow.com/questions/36766452/r-data-table-find-next-n-rows-when-condition-is-true ?
对于这样的假设是否真的成立，通常情况下我们可以使用诊断图来进行判断，但在这里我将和大家介绍如何使用其它方法去检查这两个条件是否同时满足。 1....方差的同质性 在R中，函数bartlett.test()提供了同方差性的参数检验方法，而flinger.test()则提供的是非参数检验方法。...这里结果显示，无论是bartlett检验还是flinger检验，鸢尾花花萼长度方差具有一定异质性（p-value < 0.05）。 5....协方差矩阵的同质性 在进行多元方差分析时，我们通常也要求协方差阵具有同质性，但是使用Box’s M 进行检验的结果常常会对非正态性十分敏感，这也导致我们在绝大多数情况下会拒绝原假设，应用时也需慎重。...R包biotools里的boxM()函数可以帮助实现。 如何正确评估假设检验的条件是否成立是我们在进行统计分析时必须考虑的一件事，这点非常重要！
安装R包 library(tidyverse) library(magrittr) library(clusterProfiler) 导入KEGG数据库注释文件 keggannotation <- read_tsv
虽然已开发了具有不同视角的各种组装程序，但尚未对具有不同杂合性的二倍体基因组的长读长组装程序进行系统评估。...研究团队使用六个具有不同杂合性水平的基因组，根据计算机资源使用情况（执行时间和内存使用情况）、连续性和完整性来评估组装程序（5个长读长组装程序Canu、Flye、miniasm、NextDenovo、Redbean...输入数据集概要 具有不同杂合性水平基因组的实用组装指南 首先，为了了解样本的特性，如基因组大小，使用GenomeScope等工具评估杂合性和重复率。...对于任何杂合性的基因组，首先推荐的组装程序是Redbean，这是一个轻量级工具，无论杂合性如何，它在连续性和BUSCO完整性方面都具有稳定的性能。...基因组的杂合性≥1，MaSuRCA_C应该作为第二个试验组装器的备选方案，因为它是一个重量级的工具，在连续性和BUSCO完整性方面都被归类为“高”，并且在任何杂合性的基因组中都具有稳定的性能。
批量获取一个基因或者SNP的详细信息在很多时候都是很困扰的一个问题，今天给大家介绍一个可以注释位点或者基因的R包cellabaseR。...所涉及的数据资源见链接：http://docs.opencb.org/display/cellbase/Data+sources+and+species。...") 接下来通过实例来看下具体的使用： ###创建基础库 library(cellbaseR) cb <-CellBaseR() ##获取基础数据 res <-getMeta(object=cb, resource...res <-getSnp(object=cb, ids="rs6025", resource="info") ##获取蛋白质的信息 res <-getProtein(object=cb, ids="...res <-getXref(object=cb, ids="ENST00000373644", resource="xref") ##基于Gviz实现基因组的可视化 test <-createGeneModel
近日，谷歌 David Berthelot、Peyman Milanfar，以及 Goodfellow 提出了一种名为 LAG 的生成器，可以基于一张低分辨率图像生成一组合理的高分辨率图像。...； 分析条件 GAN（conditional GAN）和 LAG 之间的关系。...LAG 方法 image.png image.png LAG 实现细节：损失、条件和架构 该研究使用具有梯度惩罚（gradient penalty）的 Wasserstein GAN 损失。...其中 x_z = G(y, z) 是生成的样本，H : R^x |→ R^y 是缩放算子，r 是颜色分辨率。缩放算子为高分辨率图像生成对应的低分辨率图像。...LAG 的效果：生成逼真的图像合集 LAG 方法的主要优势在于不止生成一张图像，而是基于一张低分辨率输入图像生成一组合理的图像。
这一次的内容太多了，我讲了 2 小时都没讲完，后续再放视频吧。有一段还忘记录了。。。...涉及编程的数据和代码都会放到 https://github.com/XSLiuLab/Workshop 推荐图书 《R for Data Science》[1] 《R 语言编程指南》 《R 实战》 其他推荐见...+ - * / > < == 偏移 dplyr:: lag lead 聚合 dplyr:: cumall cumany cummax cummean cummin cumprod cumsum 排序...fwrite data.table 语法 dt[i, j, by] 数据过滤与合并等操作与 R 基础语法一致，也可以使用 tidyverse 处理 整数索引 逻辑索引 命名索引 进一步的学习参考小抄、...文档和《R 语言编程指南》 后几期主题 本期未讲述的内容？？？
python和R接口的功能一直在不断更新，大家可以通过下文了解大致的功能，然后选择自己最熟悉的语言进行学习。...看到在Python和R上都有自己的package。 R中直接install.packages即可。...require(xgboost) require(Matrix) require(data.table) if (!...来观察一下图型： 其中分支代表，category<5，两条路，代表条件成立,yes;条件不成立，no 每个节点都带有节点名，但是圆圈的大小，有人说是样本量越大，圆圈越大，也有可能是根据节点名称的多少来划定...（Gradient Boosting）库，具有高效，灵活和高可移植性的特点。
约束是确保数据的完整性，从而阻止不希望插入的数据被录入。...PersonID int IDENTITY(1,1) NOT NULL CONSTRAINT PK_PersonID PRIMARY KEY,-- 创建一个整型、自增为1、标识种子为1、不允许为空、约束条件为主键约束的列...int NOT NULL CONSTRAINT CK_Age CHECK (Age >= 18 AND Age<=55) ,--创建一个整型、约束条件为检查约束的列Age --性别 Gender...约束条件为检查约束的列Identity ) GO CREATE TABLE Employee --创建Employee（雇员）表 ( --索引 EmployeeID int IDENTITY...(1,1001) NOT NULL CONSTRAINT PK_ID PRIMARY KEY, -- 创建一个整型、自增为1、标识种子为1001、不允许为空、约束条件为主键约束的列EmployeeID
近日，谷歌 David Berthelot、Peyman Milanfar，以及 Goodfellow 提出了一种名为 LAG 的生成器，可以基于一张低分辨率图像生成一组合理的高分辨率图像。...研究贡献 LAG 方法旨在解决现有方法的基本缺陷，并做出了以下贡献： 将输入图像建模为一组可能的图像，而不是单张图像，即建模了（低分辨率）输入图像的流形； 学习单个感知潜在空间，来描述预测和真值之间的距离...； 分析条件 GAN（conditional GAN）和 LAG 之间的关系。...LAG 实现细节：损失、条件和架构 该研究使用具有梯度惩罚（gradient penalty）的 Wasserstein GAN 损失。...LAG 的效果：生成逼真的图像合集 LAG 方法的主要优势在于不止生成一张图像，而是基于一张低分辨率输入图像生成一组合理的图像。
今天为大家介绍的是来自Gisbert Schneider团队的一篇论文。从头设计药物旨在从零开始生成具有特定化学和药理性质的分子。...它能够实现“零样本”构建定制的化合物库，这些化合物库具有特定的生物活性、可合成性和结构新颖性。...模型部分 图 1 为了全面研究药物-靶标互作组，作者提出了一种将化学语言模型（CLM）与基于互作组的深度学习结合的方法（图1a, b）。...评估显示，所有评估的物理和化学性质的皮尔森相关系数（r）均大于或等于0.95。...这些性质包括分子量（r = 0.99）、可旋转键（r = 0.98）、氢键受体（r = 0.97）、氢键供体（r = 0.96）、极性表面积（r = 0.96）和以MolLogP33表示的亲脂性（r =
本练习题来源于Renkun (github.com/renkun-ken/r-data-practice) 在Github上的共享，我们认为它包括了绝大多数实践中会遇到的问题，特别具有代表性。...虽然具有明显的金融背景，但是它和其他学科所遇到的数据集是相通的：在我们的数据集中，每个股票代码symbol和日期date的组合都决定了唯一的一个观测，相当于数据集的key，这种由“横截面”与“时间序列”...练习2：每天上涨和下跌的股票各有多少? 问题分析 这一题需要引入分组的概念，并且按照“先分组，后统计”两步走。首先按照题意，我们需要为每个交易日date建立一个“组”。...如果你愿意，data.table允许你把所有的代码都写在同一行，就像这样： 下期预告 在下一期，我们会继续带来剩余题目的解答~ 大猫的R语言课堂 我是大猫，一个高中读文科但却在代码、数学的路上狂奔不止的...大猫的微信号是： iRoss2007 村长的B站主页是：http://space.bilibili.com/40771572 大猫的R语言课堂关注R语言、数据挖掘以及经济金融学。
今天给大家介绍一个R语言中的数据对象TxDb,此对象可以完美支持sqlite数据库导入，并且减少了检索的耗时，主要用来存储大量的基因信息数据。...目前在R中存在大量数据存储的包，具体的框架及数据包如图： ? ? ? 首先我们看下这种数据的类型的构建，其需要用到一个包GenomicFeatures。...同时包还带了对一些数据库的直接构建TxDb数据对象的函数：makeTxDbFromUCSC，makeTxDbFromBiomart， makeTxDbFromGFF。...#获取所有转录本区域的DNA蛋白质序列translate(tx_seqs1) ?...两个包的完美组合指定能获得你想要的信息。
p=13546 ---- 变量重要性图是查看模型中哪些变量有趣的好工具。由于我们通常在随机森林中使用它，因此它看起来非常适合非常大的数据集。...大型数据集的问题在于许多特征是“相关的”，在这种情况下，很难比较可变重要性图的值的解释。 为了获得更可靠的结果，我生成了100个大小为1,000的数据集。...顶部的紫色线是的可变重要性值 ，该值相当稳定（作为一阶近似值，几乎恒定）。红线是的变量重要性函数， 蓝线是的变量重要性函数 。例如，具有两个高度相关变量的重要性函数为 ?...实际上，我想到的是当我们考虑逐步过程时以及从集合中删除每个变量时得到的结果， apply(IMP,1,mean)} 在这里，如果我们使用与以前相同的代码， 我们得到以下图 plot(C,VI[2,]...然而，当我们拥有很多相关特征时，讨论特征的重要性并不是那么直观。
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