首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往
您找到你想要的搜索结果了吗?
是的
没有找到

DENVIS:使用具有原子和表面蛋白口袋特征图神经网络进行可扩展和高通量虚拟筛选

传统分子对接算法使用基于物理模拟,通过估计查询蛋白配体对结合方向和相应结合亲和度评分来解决这一挑战。近年来,经典和现代机器学习架构显示出超越传统对接算法潜力。...然而,大多数基于学习算法仍然依赖于蛋白质-配体复合体结合位姿可用性,通常通过分子对接模拟来估计,这导致了整个虚拟筛选过程严重放缓。...通过在两个基准数据库上进行实验,本文证明了本文方法与几种基于分子对接、基于机器学习以及基于分子对接与机器学习结合算法相比具有竞争力。...由于避免了中间分子对接步骤,DENVIS筛选时间比基于分子对接和混合模型都要快几个数量级(即更高吞吐量)。与筛选时间相当基于氨基酸序列机器学习模型相比,DENVIS性能显著提高。...我们方法一些关键元素包括使用原子和表面特征组合蛋白质口袋建模,模型集成使用,以及在模型训练期间通过人工负采样数据增强。

34410

JCIM|DENVIS:使用具有原子和表面蛋白口袋特征图神经网络进行可扩展和高通量虚拟筛选

作者提出了DENVIS(DEep Neural VIrtual Screening),一种使用具有原子和表面蛋白袋特征图神经网络进行可扩展和高通量虚拟筛选新型算法。...DENVIS使用原子和表面特征组合进行蛋白质口袋建模,实现了具有竞争力先进虚拟筛选性能。 概要 虚拟筛选计算方法可以通过识别特定目标的潜在hit,显著加快早期药物发现。...在两个基准数据库上进行实验,表明这种方法在几种基于对接、基于机器学习和基于混合对接/机器学习算法中具有竞争力。...原子级模型由图同构网络(GIN)[2]组成,这是一种通用但功能强大GNN实现,已用于生物和化学应用。表面级方法使用混合模型网络(MoNet)[3],一种特殊GNN,具有考虑输入流形几何卷积运算。...表1:不同方法对比 作者进一步测试了具有不同特征类型DENVIS模型性能。PR曲线如图2所示,可见原子级别特征和表面级别特征组合具有更高AUPR(PR曲线下面积)。

57420

Clojure 学习入门(18)—— 数据类型

除法运算总是返回一个比率,除非其中一是个十进制数,结果会被转换成浮点数。 数字没有最大值限制。Clojure会自动转换为最合适内部表示形式来表示越来越大数字,处理任何数字都没有问题。...如果这些数据类型中任何一种都不足以表示某种数据结构,那么我们可以通过任何方式来组合它们。 这些数据类型都具有如下性质: 都不可变。...列表 对Clojure来说列表十分重要,因为实际上Clojure程序本身就是由很多嵌套着组成。在最基本层面上来讲,一个列表就是一些元素有序集合。...(vals {:a 1 :b 2 :c 3}) -> (1 2 3) Sets Clojure集合概念跟数学紧密相关:它们是不同数据集合,而且支持验证是否是集合成员及其一般集合运算,例如并...(set1 :a) ;return :a (set1 :z) ;return nil 一般集合函数 注意,集合关系函数并不在默认clojure.core命名空间里,而是位于clojure.set命名空间

2.2K10

未知编译错误:“已添加具有相同键。Unknown build error, An item with the same key has already been added.”

未知编译错误:“已添加具有相同键。” Unknown build error, ‘An item with the same key has already been added.’...本文将解释编译时产生此问题原因,并提供解决方法。 ---- 出现此问题原因 出现此问题原因是:csproj 文件中存在两个对相同文件引用行。...\1 此正则表达式作用是查找文件中相同行。...一个让VS复现此问题步骤 如下图,将一个已排除到项目之外文件拖拽到另一个文件夹,并覆盖项目内同名文件,则必现此问题。 所以,平时开发过程中,如果要到处拖拽文件的话,小心哦!...,同时有更好阅读体验。

80340

Java扩展Nginx之七:共享内存

,还可以考虑nginx-clojure提供另一个简单方案:共享内存,如下图,一台电脑上,不同进程操作同一块内存区域,访问总数放入这个内存区域即可: 相比redis,共享内存好处也是显而易见:...http配置shared_map,指定了共享内存名称是uri_access_counters: # 增加一个共享内存初始化分配,类型tiny,空间1M,键数量8K shared_map uri_access_counters...relt等于0,就把rlt改成1,表示访问总数已经等于1了 if (0==rlt) { rlt++; } else { // 原子性加一...可以当做跨进程分布式锁来使用,只有指定key不存在时候才会设置成功,此时返回0,如果返回值不等于0,表示共享内存中已经存在此key了 atomicAddInt确保了原子性,多进程并发时候,用此方法累加可以确保计算准确...,也能计算准确,那是因为里面用了CAS来确保,那么nginx-clojure这里呢?

79040

基于结构药物设计中深度学习

这一概念示意图见图1。为此目的人们设计了不同架构。在下面的章节中,将对基于DNN选定评分函数进行概述。...考虑了非键合原子吸引、排斥、静电和溶化能量。这样得到能量与用AutoDock Vina提取分子描述符相结合,其中包括芳香碳、氢键接受体、可正电离和可负电离。...通过使用25μMKd值作为阈值,NNScore被训练为区分结合物和非结合物。作者表明,通过使用单一或用不同数据集训练网络集合,NNScore能够与传统方法相媲美或更优胜。...该架构由一个原子NN组合组成(数据集中每个元素都有一个)。原子网络是标准前馈网络,具有ReLU激活功能和dropout层。最终结合亲和力预测是由各个原子NN输出相加得到。...Chupakhin等人以前曾报道过一相关研究。他们模型是一个较简单具有一个隐藏层前馈NN。PLIF预测可以在VS中应用,将明确对接计算集中在更有可能发生关键相互作用化合物上。

61810

分布式理论:深入浅出Paxos算法

在开始P2推导前,为了区分不同议案,需要先对每个Proposer议案进行编号,编号时必须保证每个议案编号具有唯一性(不讨论实现方法),而且编号是不断增大。...是集合中第一个被选定议案,接受这个议案Acceptor集合为 ? ,在满足P2c规则2情况下,提出了一个新议案 ? ,n>m,证明 ? 。...: 编号为m+1到n-1议案提出后,我们没办法判断究竟那一个议案会被选定,但有一点是可以肯定:所有接受了 ? Acceptor构成了一个新集合 ? ,这个集合包含了集合 ?...那么这个“锁定”状态具有以下性质: 排它性:所有比n小议案都不允许提交,已经在途议案,则不允许其形成多数派。 唯一性:任意时刻,全局只有一个议案能获得“锁定”状态。...原子性:议案n从锁定状态变为非锁定状态过程是原子,议案n+1从非锁定状态变更为锁定状态过程也是原子。 我相信(有点虚…),正是上面的这三条性质保证了一致性。

81920

【组合数学】集合排列组合问题示例 ( 排列 | 组合 | 圆排列 | 二式定理 )

2 七、 推广牛顿二式公式 八、 二式展开问题 一、集合排列 和 多重集排列问题 1 题目 : 1.条件 : 由 字母 a, b,c,d,e,f 组成 4 个字母单词 ; 2.问题 1 :...= 6 \times 5 \times 4 \times 3 = 360 解析 : 问题限定 : 1>集合排列 : 每个字母 最多 出现 1 次 , 这是将问题 限定在了 集合排列 问题上 ;...① 每个单词出现一次 , 该问题本质上是 6元集 ( 集合 ) 排列问题 , 使用集合排序公式 P(n,r) 进行计算 ; n 元集 r 排列 , 计算公式如下 : P(n,r)...=6 , 然后让妻子 坐在丈夫左边 或右边 , 每人两种选择 2^4=16 种选择 ; ② 最终结果是 96 种 ; ---- 七、 推广牛顿二式公式 二式定理 : (x+y)^n=\sum...二式展开问题 题目 : 条件 : (1+2x)^n 展开 , ( 1 \leq k \leq n) 问题 : 其中 x^k 系数是多少 ; 问题分析 : ① 二式定理 : (x +

1.4K10

数据结构概述 原

1.数据 数据基本物理单位是数据。数据是指具有独立含义最小识别单位。数据具有原子性。数据又称为或字段。...3.数据对象 数据对象(data object)是性质相同数据元素集合,是数据子集。 4.数据域 当数据元素由若干个数据组成时,对应于各个数据子位串称为数据域。...任何一种算法设计取决于选定逻辑结构,而算法实现则依赖于采用存储结构。 2.分类 根据用户和计算机两个角度可以将数据结构分为逻辑机构和存储结构。其实也就是根据抽象和具象进行分类。...3)索引存储结构 索引存储结构是值在存储结点信息同时,还简历附加索引表。 索引表每一称为索引,索引一般形式是:关键字,地址。 关键字是能够唯一标识一个结点那些数据集合。...2.分类 数据类型根据是否允许分解可分为原子类型和结构类型。 1>原子类型 原子类型是指其值不可再分数据类型。例如:整形、字符型。

71820

Java扩展Nginx之六:两大filter

,前文五大handler形成了nginx-clojure开发基本框架,初步评估已经可以支撑简单需求开发了,但nginx-clojure并未止步于handler,还提供了丰富扩展能力,本篇两大filter...Header Filter header filter顾名思义,是用于header处理过滤器,它具有如下特点: header filter是location级别的配置,可以开发一个header filter...来对待,将doFilter返回值立即返回给客户端 官方建议用header filter来动态处理responseheader(增加、删除、修改header) 接下来开发一个header filter...与/java做对比,如下图,可见先删再加、添加都正常,另外,由于Server配置本来就存在,所以filter中put操作结果就是修改了配置值: 到这里header filter就介绍完了,接下来要看是...是body filter配置: # body filterdemo,response body是字符串类型 location /stringbodyfilterdemo { content_handler_type

48430

Clojure与LispClojure与Lisp

Clojure 是完全,真正意义上神圣lisp语言一个方言. lisp语言因为其无以伦比强大能力和几乎无穷表达力而获得了盛誉,Clojure自然也不例外....它功能和元编程能力是建立在这样基础之上:异常驯服C语言"石头" 或 具有 延展性java语言"木头" ....Clojure 高速、干净、具有优先能力和优雅特征. 但是没有改变lisp中 "代码也是数据" 哲学. Clojure 语言在直觉和观感上比历史上lisp更易于阅读....复制变量就相当于复制指针,而不是复制它们指向数据。 5 垃圾回收机制 6 程序由表达式(expression)组成 Lisp程序是一些表达式区块集合,每个表达式都返回一个值。...Clojure 不仅可在 JVM 上运行,而且可以与Java无缝融合(JVM平台语言家族原则上都支持)互操作性。最后,Clojure 在设计上也考虑了并发性,并具有并发编程一些独特特性。

1.8K30

Lisp语言简介_c++是什么语言

大家好,又见面了,我是你们朋友全栈君 摘自维基百科,原链接为:http://zh.wikipedia.org/zh/LISP 因为Clojure是Lisp一种方言,所以我们可以先来了解一下Lisp...Lisp表达式是一个原子(atom)或表(list),原子(atom)又包含符號(symbol)與數值(number);表是由零个或多个表达式组成序列,表达式之间用空格分隔开,放入一对括号中,如:...Lisp 7 个公理(基本操作符) 基本操作符1 quote (quote x) 返回 x,我们简记为 ‘x > (quote a)a> ‘aa 基本操作符2 atom (atom x) 当 x 是一个原子或者空表时返回原子...(cdr ‘(a b c))(b c) 基本操作符6 cons (cons x y) 返回一个cons cell (x y),例如: > (cons ‘a ‘b)(a . b) 一个cons cell第二如果是另一个...(b . c)) 就表示成 (a b . c) 若一个cons cell第二为空,就省略不写,例如: (a .

2.2K20

几分钟内学习 Clojure

Clojure 是JVM上一个LISP语言变种,它比Common Lisp更强调纯函数式编程,但提供了一些STM工具以处理它所引入状态问题。...Clojure源码托管在:github 在线练习编译环境: himera learnclojure.clj 示例: ; 分号作为注释开始 ; Clojure 用一种把元素用括号括起来像列表一样方式来书写...,元素之间用空格隔开 ; clojure 解释器会把第一个元素当做是函数或者宏调用,其他都作为参数 ; 下面这个函数用于设置当前命名空间 (ns test) ; 更多基本例子: ; str 函数会用它所有的参数创造一个字符串...; 关键字类似字符串,但是做了一些性能上优化 (class :a) ; => clojure.lang.Keyword ; Maps 键可以是任意类型,但是通常推荐使用keywords (def...命名空间包含更多函数 ; 一些有用形式 ;;;;;;;;;;;;;;;;; ; clojure逻辑结构都是宏, 看起来也没什么不同 (if false "a" "b") ; => "b"

1.6K40

Java扩展Nginx之三:基础配置

》 《Java扩展Nginx之二:编译nginx-clojure源码》 《Java扩展Nginx之三:基础配置》 本篇概览 经历了前面两篇入门和编译源码之后,从本篇起,咱们用理论结合实战方式进入系统...nginx-clojure学习之旅 作为《Java扩展Nginx》系列第三篇,本文会与大家一起了解nginx-clojure基本配置,通过它们来掌控和优化自己应用,以下是本篇主要内容: java...读者对配置worker_processes应该不陌生,这是工作进程数配置,而nginx-clojurejava进程数量就等于worker_processes值 接下来实际验证一下,看看当前环境...jvm_classpath jvm_classpath是个http配置,指定了java进程classpath,咱们来看看nginx-clojure官方安装包内部结构,如下图红框,有libs和jars...相关配置,而各种丰富handler正是nginx-clojure重要知识点,所以,这些配置会留待后面的文章中,与handler一同讲解。

35720
领券