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Lua 基础

"world" t.n = t.n + 1 --Lua可以对多个变量同时赋值,变量列表和值列表各个元素用逗号分开,赋值语句右边值会依次赋给左边变量。...多返回值 Lua函数中,在return后列出要返回列表即可返回多值。 可变参数 Lua 函数可以接受可变数目的参数,和 C 语言类似,在函数参数列表中使用三点 ... 表示函数有可变参数。...有时候可能需要几个固定参数加上可变参数,则固定参数必须放在变长参数之前。...Lua 迭代器 迭代器(iterator)是一种对象,它能够用来遍历标准模板库容器中部分或全部元素,每个迭代器对象代表容器中的确定地址 在Lua中迭代器是一种支持指针类型结构,它可以遍历集合每一个元素...table.remove (tableObj , index) 返回tableObj位于index位置元素。 其后元素会被移。

2.2K00

预测结果与实验数据基本一致,AlphaFold2应用于研究蛋白活化以及相互作用

(来源:论文) 尽管在建模过程中没有使用 UMOD 实验结构作为模板,并且与存放在 EMBL-EBI 相应预测一致,但 AlphaFold2 产生五个模型与蛋白质晶体学信息非常一致;既是在 ZP-N...这导致一组显着不同相对 ZP-N/ZP-C 方向,排名模型具有域间链接器,其 α1 区域转换为面向 ZP- C(IHP;一种类似于 EHP 元素,对应于 β 链 A,也参与聚合)内部疏水性补丁...ZP-N 结构域 βG 平行配对。...包括人类在内几个主要实验系统蛋白质组高质量结构预测数据库可用性,必将在不久将来显着扩展这些应用程序和其他应用程序。...在这项研究中,Jovine 探索了使用 AlphaFold2 和 ColabFold 深入了解包含 ZP 模块蛋白质聚合机制可能性;这是一个具有高度可变结构和生物功能细胞外分子大家族。

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学习抗体高变异性语言

在从AbMAP训练或验证集中随机选择785个具有可用结构抗体中,作者生成了10,000个随机配对,并评估了成对结构相似性与表示相似性之间相关性。...对于每个表示,作者将抗体配对分成20个余弦相似性组,并在每个组中计算配对之间结构相似性TM分数分布。...作者从AbMAP训练期间SAbDab结构集构建了模板数据库;重复使用这些样本使作者能够对SABDab中剩余结构进行评估。作者首先应用CD-HIT去除具有大于70%序列相似性模板条目。...作者试图在使用0.5%示例进行训练后预测这些突变体ddG分数。...随后评估了两种预测架构:i) 使用AbMAP可变长度特征作为输入,经过一个变压器层,然后是一个两层馈网络(对残基进行平均),ii) 使用AbMAP固定长度特征作为输入,进行岭回归。

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pythondict,set,list

列表数据是可变,我们可通过对象方法对列表数据进行增加、修改、删除等操作。可以通过list(seq)函数把一个序列类型转换成一个列表。 append(x) 在列表尾部追加单个对象x。...count(x) 返回对象x在列表中出现次数。  extend(L) 将列表L中表项添加到列表中。返回None。  Index(x) 返回列表中匹配对象x第一个列表索引。...无匹配元素时产生异常。  insert(i,x) 在索引为i元素插入对象x。如list.insert(0,x)在第一项插入对象。返回None。 ...pop(x) 删除列表中索引为x表项,并返回该表项值。若未指定索引,pop返回列表最后一项。  remove(x) 删除列表中匹配对象x第一个元素。匹配元素时产生异常。返回None。 ...reverse() 颠倒列表元素顺序。  sort() 对列表排序,返回none。bisect模块可用于排序列表添加和删除。

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Patterns | 使用天然配对数据改进抗体语言模型

此外,在包含遍布整个序列模板体细胞突变变异抗体序列所有区域中,作者也观察到模型性能略有下降。...作为比较,也要求BALM-unpaired预测同样掩盖残基,但给出未配对重链序列。因为只有突变位置被掩盖,预测生发中心编码残基总是不正确。...这再次在免疫学上是相关,因为重链CDR3是抗体区域中最多样,并且通常位于重链和轻链可变接口处。...第一个任务,训练了大约20,000对配对抗体(每个类大约10,000个),是将针对几个健康捐献者记忆B细胞库中随机选取抗体与CoV特异性抗体进行二分类。...在这个任务中,作者观察到与第一个二分类任务类似的结果,配对模型表现优于未配对模型,甚至BALM-paired在几个指标上超过了ft-ESM(图5B)。

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使用 Python 创建使用 for 循环元组列表

Python 关键数据结构是列表和元组。元组元素一旦设置,就无法更改。这称为不可变性。但是列表元素可以在初始化后修改。在处理需要组合在一起数据时,for 循环用于创建元组列表。...任何长度单个元组都可以在一行代码中解压缩为多个变量。 算法 让一个空列表保存元组。 使用 for 循环循环访问元素或对象。 对于每个条目,创建一个元组并将其追加到列表中。...元组通过改进数据检索和管理来增强数据库操作,并通过合并名称和 ID 等源使数据配对变得容易。 结论 与列表不同,Python 中元组是一个有序、不可变项目集合。创建后,无法对其进行修改。...本指南演示了如何在 Python 中使用 for 循环来创建元组列表。当您希望构造具有不同值多个元组时,使用 for 循环生成元组列表可能很方便。...For 循环允许遍历元素列表,为每次迭代创建一个元组并将其添加到列表中。

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针对Model X无钥匙系统远程攻击

本文记录了该系统内部工作原理,包括遥控钥匙、车身控制模块和配对协议。此外,还介绍了相关逆向工程技术和几个安全问题。...配对协议在下图中进行了描述,并将对其进行详细说明。图片Toolbox 软件启动配对协议并将 BCM 安全元件生成 16 字节配对质询转发到遥控钥匙安全元件。...配对协议其余部分由几个步骤组成,用于确保双方具有相同对称密钥。...尽管对 Toolbox 软件进行逆向工程提供了有关配对协议宝贵信息,但了解安全元件执行操作还不够。...通过利用这些攻击向量,可以利用标准认证安全元素不足问题来获得安全产品。事实上,此攻击并没有利用安全元素本身任何弱点,而是利用了其使用方式。

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Python 中正则表达式全部用法速查

) 编译标志(选项)  标志(加 re.)缩写含义ASCIIA使几个转义如 \w、\b、\s 和 \d 具有相应 ASCII 字符匹配而不是完整匹配UnicodeDOTALLS使 ....,返回匹配对象findall('字符串'[,起始位置[,结束位置]])找到并用列表返回所有匹配子字符串finditer('字符串'[,起始位置[,结束位置]])找到并返回所有匹配成功配对iteratorfullmatch...('字符串'[,起始位置[,结束位置]])对被查找串完整匹配,相当于加了[^…$],返回匹配对象split('字符串',最大分割数=0)在正则匹配所有地方将其拆分为列表.默认分割所有.就地sub('...'表达式','字符串',标志)从字符串开头开始匹配,返回匹配对象search('表达式','字符串',标志)找到第一个匹配成功子字符串,返回匹配对象findall('表达式','字符串',标志)找到并用列表返回所有匹配子字符串...( -1,-1 )expand('转义模板')将结果集合中元素,根据数字和命名引用填入到转义模板字符串指定位置pos正则引擎开始搜索索引位置endPos正则引擎结束搜索索引位置lastindex

1.1K30

python模块之re正则表达式详解

所以对于我们代码中经常要用到一些正则表达式进行预编译,执行起来会更加便捷。 re模块中大多数函数和已经编译正则表达式对象和正则匹配对方法同名并且具有相同功能。 示例: ?...匹配对象有两个主要方法:group()和groups()。 group()要么返回整个匹配对象,要么根据要求返回特定子组。groups()则返回一个包含唯一或者全部子组元组。...subn()和sub()一样,但subn()还返回一个表示替换总是,替换后字符串和表示替换总数一起作为一个拥有两个元素元组返回。 示例: ?...在re模块中,分居正则表达式模式分隔符,split函数将字符串分割为列表,然后返回成功匹配列表。 示例: ?...以上所述是小编给大家介绍python模块之re正则表达式详解,希望对大家有所帮助!

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python-for-data-python基础

2,标号-2代表是5,步长为2 print(lst[-5:4:2]) print(lst[1:-2:2]) [2,4] list列表[] 特点 长度可变 内容是可以修改 创建 直接通过[] 通过list...['e', 'd', 'c', 'b', 'a'] 元组tuple() 特点 固定长度、不可变 元组中元素可以是任意类型 如果内部存在列表可变元素,则内部元素能够进行修改 元组中元素能够通过索引进行访问...来使用,但是列表不可以 字典dict{} 特点 常用名字是哈希表或者关联数组 由键值对组成,键是不可变(哈希),值是可变 创建 通过dict函数 直接通过{}中括号创建,中间用逗号隔开 操作 删除...;values类型,是function_factory类实例,而且具有默认值。...([1,3,4,2,6,5]) [1,2,3,4,5,6] zip 配对列表、元组或者其他序列中元素进行配对组合,新建一个元组构成列表 ?

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. | 基于最优传输单细胞数据集成统一计算框架

单细胞数据集计算集成是机器学习和数据科学领域重要研究方向。 现有的单细胞集成方法中,大量工作致力于同时集成来自同一细胞多个数据集。然而,这些配对数据集在技术上具有挑战性,且获取成本高昂。...然后uniPort重构两个输入项,一个由具有数据集特定批量规范化(DSBN)层无数据集解码器输入;另一个是通过与每个数据集对应数据集特定解码器形成高度可变基因集(图1)。...为了估计每个捕获点细胞类型组成和破译典型组织结构,作者首先整合了成年小鼠脑ST数据切片(10× Visium)。...uniPort解决了几个计算方面的挑战,首先是通过使用Minibatch-UOT消除其他基于自编码器模型所需配对细胞约束。...与考虑跨数据集常见基因现有方法不同,作者还利用了每个数据集特有的基因,从而捕获常见基因中不存在细胞类型异质性。

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利用摇滚乐队学习TensorFlow,Word2Vec模型和TSNE算法

使用词一种方法是形成一个one-hot编码向量。创建一个长(在词汇表中不同单词数量)零值列表,并且每个单词指向这个列表唯一索引。如果我们看到这个单词,就让这个索引成为列表一项。...如果艺术家a和b同属一个流派并且具有相似的平均评论分数,我们希望他们有所关联。让我们开始吧。 建立数据集 Pitchfork 是一个美国音乐杂志网站。该网站主要有摇滚、独立和新音乐。...占位符是输入我们所给“feed_dict”。这些变量是我们最终会调整图表可变部分。我们模型中最重要部分是损失函数。这是我们如何很好做评估,以及我们如何可以提高宝库。...它做了一个真正配对,然后样本得到坏配对,常数 | num_sampled 控制这个常数。我们神经网络学习区分这些好和坏配对。最终,它可以学习上下文!...摇滚乐队和电子乐队分数非常近。 下面是300个带标签乐队绘制图。 希望这个项目能给你启发性。 一起动手建造,探索和玩耍。 ?

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从物联网设备生命周期理解Apple Homekit框架

总体来讲,设备与App之间采用端到端加密,密钥由设备和App自己协商存储,云只负责在云上维护身份并且转发消息给客户端。用户控制分为两部分,一部分是云端控制,一部分是设备自己存储凭据控制。...(2)设备与App用户绑定称为pair(配对)过程。配对结果就是设备与App互相交换了自己生成公钥并且存储,利用公钥来进行未来身份认证。简要概括如下(忽略细节): a....控制 (1) 局域网控制:局域网控制利用绑定过程中商定公钥来做身份认证,之后协商出加密密钥来保持长连接通信。 (2)远程控制:设备只与家中Hub通信(apple TV、ipad可以作为hub)。...只有管理员才可以进行用户管理操作, (1)分享:官方正常App操作流程中,(猜测)利用iCloud分享出公私钥给被分享者,同时给设备添加该公钥到用户列表中,将被分享用户添加至iCloudhome中。...但是,这两部是分开执行,若删除用户时主人不能与设备通信,则会删除云中用户,App会在跟设备再次建立连接时执行操作。

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Python 数据结构

4.6 字典 clear() 方法 5 集合 6 列表、集合和字典推导式 7 Python可变对象与不可变对象 8 参考资料 Python 处理大数据集可以借助 Python 内置数据结构:列表、元组...一旦创建了元组,元组中对象就不能修改了,但对于元组中可变对象,可以在原位进行修改; 可以用加号运算符将元组串联起来; 元组乘以一个整数,像列表一样,会将几个元组复制串联起来(对象本身并没有被复制,...其中一个很有用就是count(也适用于列表),它可以统计某个值得出现频率: 列表 与元组对比,列表长度可变、内容可以被修改。你可以用方括号定义,或用 list() 函数创建列表。...下面通过代码看几个常用用法: seq = [4,4,5,56,1,9,6,22,87,3,7] print(seq[1:5]) print(seq[0:5]) # 取5个元素 print(seq...[:5]) # 取5个元素 print(seq[5:]) # 取后5个元素 print(seq[-2:]) # 从后向前切2个元素 print(seq[::3]) # 每3个取一个

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Science | 斯坦福研究登上封面:仅用少量数据,深度学习解决RNA难题

3D位置(坐标)和化学元素类型进行学习,预测RNA分子准确结构。...ARES网络初始层用于识别结构基序(structural motifs)——由网络在训练中自动习得(非预设),然后每一层网络根据周围原子几何排列以及一层得到特征,为每个原子计算多个特征。...2 实验 (1)训练 作者使用1994~2006年间已确定结构18个RNA分子来训练网络。...(5)ARES学到了什么 通过分析,作者发现ARES自发地发现了RNA结构某些关键特征,如实现最优碱基配对螺旋宽度、反映了每个结构中氢键和Watson-Crick碱基配对程度高级特征等。...此外,作者还发现ARES能够准确识别复杂三级结构元素,包括在训练数据集中未表示元素

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5分钟速览python正则表达式常用函数

02 字符串查找/匹配 预编译:compile 在介绍查找和匹配函数,首先需要知道recompile函数,该函数可以将一个模式串编译成正则表达式类型,以便后续快速匹配和复用 import re pattern...,返回一个匹配对象,否则返回None 搜索:search match只提供了从文本串起始位置匹配结果,如果想从任意位置匹配,则可调用search方法,与match方法类似,当任意位置匹配成功,则立即返回一个匹配对象...,当无匹配对象时,返回一个空列表。...re.subn,区别是返回一个2元素元组,其中第一个元素为替换结果,第二个为替换次数 import re text = 'today is 2020-03-05' print(re.subn('-'..., '', text)) #('today is 20200305', 2) 分割:split 还可以调用正则表达式实现字符串特定分割,相当于.split()方法一个加强版,实现特定模式分割,返回一个切割后结果列表

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肿瘤样本突变过滤方法--肿瘤基因组测序数据分析专栏

肿瘤组织中样本鉴定突变,使用可用数据库和其他资源进行突变过滤,如:在线数据库、已发表文献、蛋白质预测工具等,以产生体细胞肿瘤突变列表。 前者由于需要对正常配对样本进行测序,会增加成本。...:使用 Alissa Interpret 进行肿瘤样本变异分析,该方法得到变异结果再进行过滤: 对于 panel-TSCAP 主要分为以下三个阶段进行过滤,最后比较肿瘤样本和肿瘤正常配对样本得到种系突变和体细胞突变异常...研究结果 首先是 panel-TSCAP,使用肿瘤-正常配对检测到突变,进一步分为体细胞突变和正常突变 在肿瘤样本变异分析中,通过变异检测共发现了 27522 个变异位点,其中只有3764 个落在感兴趣区域内...评价 这篇文章,通过优化过滤算法,认为肿瘤样本进行体细胞变异检测具有一定可行性,并且在 555 基因 panel 上进行了一定验证。...对于无法获取到肿瘤-正常配对样本前提下,具有较高参考价值。 几个不足地方是,panel 一般都是挑选癌症相关基因,对于肿瘤WES数据来说,作者是没有验证过

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常用图像处理算法()

(a) 操作 (b) 操作后 2.直方图处理...从这句话我们可以了解到直方图信息反映灰度统计信息,与像素具体位置没有关系。这一重要特性在许多识别类算法中直方图处理起到关键作用。假设现有3X3大小图像。...这里需要说明模板运算所使用模板通常说来就是NXN矩阵(N一般为奇数如3,5,7,…),如果这个矩阵是对称矩阵那么这个模板也称为卷积模板,如果不对称则是一般运算模板。...膨胀和腐蚀操作主要功能有:1)消除杂波,噪声信息 2)填充图像内部”孔洞” 3)平滑边缘毛刺 膨胀和腐蚀具有类似的数学模型,这里就一起介绍了,简单来说膨胀就是取最大值,腐蚀操作是取最小值...N为奇数)与源图像区域进行逐个“锚点”配对 2)将配对处理邻域信息进行相应操作,膨胀操作就取最大值,腐蚀操作就取最小值 3)求结果作为源图像中配对区域数值

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