曼哈顿图的命名得益于其形状，和纽约市曼哈顿区鳞次栉比的大楼非常相近，曼哈顿区是摩天大楼最多的城市，标志性的景观如下 ? 曼哈顿图示意如下 ?...从上图可以看出，曼哈顿图的x轴为snp位点在染色体上的位置，y轴为SNP位点对应的p值。从本质上来看，属于散点图。有x轴和y轴的坐标，人人都可以画散点图，那为何曼哈顿图的绘制看上去并非如此简单呢？...在曼哈顿图中，将染色体线性排列，1号染色体的位置不变，2号染色体的位置在原来的基础上再加上的1号染色体的总长度，然后依次类推，通过这样一种形式，将原始输入文件中染色体和位置两列信息，转换为绘图所用的x轴坐标信息...在实际分析中，通过qqman这个R包可以来实现曼哈顿图的绘制，用法如下 ? 输出结果如下所示 ? 可以看到，只需要准备好同样格式的输入文件，绘制曼哈顿图就是几秒钟的事情。...理解了曼哈顿图的本质，就可以自已用R或者熟悉的软件来定制曼哈顿图。
本文作者蒋刘一琦 在生物信息领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。...本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。 什么是曼哈顿图 曼哈顿图是一种散点图，通常用于显示具有大量数据点，许多非零振幅和更高振幅值分布的数据。...GWAS中常见的曼哈顿图 在图中每个点代表一个SNP，纵轴为每个SNP计算出来的Pvalue取-log10，横轴为SNP所在的染色体。...好久没看过文章） 怎么做曼哈顿图 用于做曼哈顿图最常用的一个R包叫做qqman——an R package for creating Q-Q and manhattan plots。...当然qqman包由于是为曼哈顿图服务所以其实有很多限制，如果想要完全DIY我们可以使用ggplot。本文将会介绍使用这两个R包进行绘图。
三、曼哈顿图 曼哈顿图（manhattan plot），是一种类似曼哈顿摩天大楼排列的一种展示图。...美国纽约曼哈顿区。manhattan 图即模拟曼哈顿高低起伏的摩天大楼而成，类似一种条形图。...在生物和统计学上，做频率统计、突变分布、GWAS 关联分析的时候，经常需要绘制manhattan 图，用来展示每条染色体上 SNP 的分布及频率变化，能够对候选位点的分布和数值一目了然。...在 R 中，可以利用 qqman 包来绘制 Manhattan 图，Plink 软件的输出结果可以直接作为输入数据进行绘图。...此外，还可以通过颜色将数据分类，直观地进行比较和区分。 之前的“基因组圈图”也是一种和弦图，用来展示基因组之间相互关系。
下面介绍一下常用的可视化方法，包括：qqman和cmplot两个包。 ---- 相关软件，比如gapit，rMVP，都会自动出图，而GEMMA，GCTA则是需要后期自己作图。...无论是软件自动出图，还是需要自己作图，学习根据GWAS结果手动作图都是必须的。 我们一般使用qqman作图和cmplot两个包画GWAS的QQ图和曼哈顿图，后者颜色更漂亮。...:install_github("stephenturner/qqman") # 从Github上安装最新的开发版 devtools::install_github("stephenturner/qqman...「qq图绘制」 CMplot(dat,plot.type = "q",threshold = 0.05) 对比一下cmplot和qqman的QQ图：可以看到，cmplot的QQ图更好看，而且还有置信区间...合并密度图和圆形曼哈顿图： CMplot(dat,plot.type="c",r=0.4,col=c("grey30","grey60"),chr.labels=paste("Chr",c(1:22),
我们一般使用qqman作图和cmplot两个包画GWAS的QQ图和曼哈顿图，后者颜色更漂亮。 这篇博客，介绍一下这两个包如何画GWAS的结果可视化图。 第一个是qqman， 因为这个软件函数很方便。...「安装qqman软件」 # Install the stable release from CRAn install.packages("qqman") # 直接从Github上安装 devtools:...:install_github("stephenturner/qqman") # 从Github上安装最新的开发版 devtools::install_github("stephenturner/qqman...「qq图绘制」 CMplot(dat,plot.type = "q",threshold = 0.05) 对比一下cmplot和qqman的QQ图：可以看到，cmplot的QQ图更好看，而且还有置信区间...合并密度图和圆形曼哈顿图： CMplot(dat,plot.type="c",r=0.4,col=c("grey30","grey60"),chr.labels=paste("Chr",c(1:22),
作图： 这个代码是qqman画的，具体教程参考：GWAS分析中可视化：qqman和cmplot以及颜值即正义 | 只知道qqman而不知道cmplot是不专业的 但是如何设置上面的红线和蓝线的值呢？...下面用代码演示一下： 1，示例代码 library(qqman) manhattan(gwasResults) 2，设置红线和蓝线 蓝色线设置为10的-2次方，红线设置为10的-4次方： manhattan...(gwasResults,suggestiveline = -log10(1e-2),genomewideline = -log10(1e-4)) 3，去掉红线和蓝线 manhattan(gwasResults...,suggestiveline = FALSE,genomewideline = FALSE) 其实，这个函数有帮助文档： R中键入： ?...manhattan 如果想要在曼哈顿图中显示snp的信息，可以看这篇博客：GWAS中曼哈顿图如何显示snp的信息，以及多性状曼哈顿图绘制的方法：多性状或者多个模型的QQ和曼哈顿重叠图。
# -R添加头部 ID：这是Read Group的分组ID，一般设置为测序的lane ID（不同lane之间的测序过程认为是独立的），下机数据中我们都能看到这个信息的，一般都是包含在fastq的文件名中...6.合并文件(vcf) 删除掉被过滤的SNP grep -v "LowCoverage" Filt.vcf > Filt1.vcf # -v显示不包含匹配文本的所有行 "LowCoverage"上一步给出的标签...Library(qqman) #加载qqman包 曼哈顿图 manhattan(example,ylim=c(0,10),col = color_set,annotatePval = 0.01) #...ylim Y轴范围 col 颜色 annotatePval 标记最高位点 CHR==1 绘制每个染色体的曼哈顿图 Q-Q plot qq(example$P) 七、其他 1.基因组统计工具 可以统计fasta...和fastq文件中的信息。
Manhattan图算是GWAS分析的标配图了，可参考Bio|manhattan图 进行绘制。...一 载入R包，数据 1）载入数据处理的tidyverse包，使用qqman中gwasResults示例数据集 #载入R包 #install.packages("qqman") library(qqman...基本图形出来了，但是有点怪；不急，一点点改进： 横坐标标签设置在每个chr中间位置； 背景色去掉，线去掉等 去掉点和X轴之间的 “gap” （很多地方可用） 添加阈值线 2 绘制加强版Manhattan...图 1) 准备X轴标签位置--在每条chr的中间 X_axis % group_by(CHR) %>% summarize(center=( max(BPcum) + min...scale_x_continuous( label = X_axis$CHR, breaks= X_axis$center ) + #去除绘图区和X轴之间的gap scale_y_continuous
TASSEL的GLM和MLM分析结果 质控后的plink数据和表型数据： 「GLM的GWAS分析结果：」 「MLM的GWAS分析结果：」 2....TASSEL中的可视化 TASSEL有对结果进行可视化的模块，包括qq图和曼哈顿图，但是图不方便调整。这里用TASSEL的分析结果，使用R语言进行绘制qq图和曼哈顿图。 3....R语言包安装及载入 需要用到： qqman tidyverse data.table 下面代码，会判断是否有这三个包，如果没有，就自动安装。然后载入软件包。 if(!...tiff") qq(d1$p, main = "Q-Q plot of GWAS p-values : log") dev.off() 「曼哈顿图：」 「QQ图：」 其它两个性状的作图代码： d2...MLM模型GWAS结果可视化 读取数据，提取性状，去掉P值为缺失的行： library(qqman) library(data.table) results_log = fread("mlm-result.txt
CMplot这个R包是绘制SNP密度、曼哈顿图和QQ图的一个很实用的R包， 今天分享给大家，下边具体来看看。...设置y轴的范围同plot中的"ylim" cex.axis 设置坐标轴字体和标签字体的大小 bin.size 设置SNP密度图中的窗口大小 cex.axis 设置坐标轴字体和标签字体的大小...plot一起绘制 multracks 设置是否需要绘制多个track cex 绘制点的大小，可是为单个数值或向量（对应同一绘图中不同的plot） r 设置圈的半径大小 xlab 设置x轴标签...ylab 设置y轴标签 outward 设置点的朝向是否向外 threshold 设置阈值并添加阈值线 threshold.col 设置阈值线的颜色 threshold.lwd 设置阈值线的宽度...signal.col 设置显著点的颜色 singal.line 设置显著线的宽度 chr.den.col 设置SNP密度图的颜色 cir.band 设置环状曼哈顿图中不同染色体之间的间隔 cir.chr
和Y轴变量Sepal.Width，展示的是花萼的长度和宽度的关系。...常见的有： 差异基因火山图： 在一般散点图的基础上，根据P value/Q value和log(FC)值给点着色，用以标注需要关注的显著差异点。...抖动图（jitter plot）： 一个轴为离散变量，一个轴为数值型变量时，为了避免点之间因数值相同而覆盖，故在离散轴做一些便宜，不改变数值轴，一般结合箱线图展示。...曼哈顿图： 曼哈顿图是基因组学中使用的一种特殊类型的散点图。 X轴显示基因组上的基因变异体的位置。 不同的颜色表示不同的样本。 Y轴显示的是与表型性状的关联检验的p值。...当检测样本数且样本点趋势一致的时候，可以排布出悦人的性状和展示更高的可信度。此图在简单的散点图还添加了箱线图中的上四分位数、中位数和下四分位数，用以从统计角度地展示肿瘤大小分布情况。
GP2 gene risk variants for pancreatic cancer》，链接是 https://www.nature.com/articles/s41467-020-16711-w 从曼哈顿图可以看到...，但是都没有多少个位点被筛选到 ； 曼哈顿图 这个曼哈顿图超级简单，就是 qqman 这个包，自带数据（gwasResults）很容易（一句话函数 manhattan ）出图，代码如下所示： # install.packages..."BP", snp="SNP", p="P" ) 当然了，图形美化就需要一些功夫了，也可以去搜索高级R包，有打包好的主题和配色。...，差异分析，如下所示： 这个分析就很常规了，目前简单的差异分析流程，基本上转录组测序技术和芯片技术拿到的表达量矩阵后续分析大同小异： 解读GEO数据存放规律及下载，一文就够 解读SRA数据库规律一文就够...从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够 GSEA分析一文就够（单机版+R语言版） 根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的 差异分析得到的结果注释一文就够 作者自己也承认，The functional
曼哈顿图本质上是一个散点图，用于显示大量非零大范围波动数值，最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点。它得名源于样式与曼哈顿天际线相似。...ylim 设置y轴的范围 bin.size 设置SNP密度图中的窗口大小 cex.axis 设置坐标轴字体和标签字体的大小 plot.type 设置不同的绘图类型，可以设定为..."d", "c", "m", "q" or "b" multracks 设置是否需要绘制多个track r 设置圈的半径大小 xlab 设置x轴标签 ylab 设置y轴标签...设置染色体的标签 chr.den.col 设置SNP密度图的颜色 cir.band 设置环状曼哈度图中不同染色体之间的间隔 cir.chr 设置是否显示染色体的边界 cir.chr.h...pdf", "tiff" dpi 设置输出图片的分辨度 memo 设置输出图片文件的名字 2.默认绘图(分别绘制出SNP密度图，曼哈顿图，环形曼哈顿图和QQ图) 2.1.
举一个例子，有三个数据点 A、B 和 C ，每个数据点只包含一个输入特征。每个数据样本在一个轴上可以有一个值（因为只有一个输入特征），将其表示为 x 轴。...训练数据集 每个数据点都有自己的标签：Iris-Setosa 或 Iris-versicolor（数据集中的 0 和 1）。因此，该数据集可用于 KNN 分类，因为它本质上是一种有监督的 ML 算法。...因此，平方欧几里得距离可以在计算观测之间的距离的同时减少计算工作。例如，它可以用于聚类、分类、图像处理和其他领域。使用这种方法计算距离避免了使用平方根函数的需要。...n维空间中两点之间的曼哈顿距离表示为： 对于二维网格，二维空间中两点之间的曼哈顿距离公式可以写成： 回忆之前的 KNN 示例，计算从新数据点到训练数据的曼哈顿距离将产生以下值： 使用曼哈顿距离的...这是 3-D 空间中的图，其中 x 轴、y 轴和 z 轴分别代表萼片宽度、花瓣长度和花瓣宽度： Iris 数据集的 3-D 图 计算曼哈顿距离比前两种方法计算速度更快。
特征选择：在特征选择过程中，距离算法可以用来衡量特征之间的相关性或互信息。通过计算特征之间的距离或相似性，可以选择与目标变量高度相关的特征，以提高模型的性能或减少特征空间的维度。...它在多个领域中被广泛应用，特别适用于需要考虑坐标轴上的差异的问题。 常见使用场景 路径规划：曼哈顿距离可以用于计算从一个点到另一个点的最短路径，特别适合网格地图等。...网上特别流行的一张图： Manhattan Distance 该图形展示了二维平面上两个点A和B之间的曼哈顿距离。...曼哈顿距离是通过在坐标轴上的横向和纵向移动来测量的，即将水平方向和垂直方向的距离相加。 切比雪夫距离（Chebyshev Distance） 切比雪夫距离是一种度量两个向量间差异的距离度量方法。...通过设置坐标轴范围和添加标签，可以更好地理解余弦相似度的计算过程。最后通过plt.show()显示图形。
如何让GWAS的结果可视化，我们就用到了曼哈顿图来展示其结果。那么在R语言中当然也有研究者开发了相关的R包“qqman”。...首先我们看下函数构成，qqman包中只有一个主要函数那就是manhattan。 ? 其中的主要参数： X不用多说就是数据集了，其数据的结构是 ? ?...参数中的chr,bp,p,snp分别对应数据集中的变量，当然如果你的染色体包含X，Y或者MT需要自己对其更换为对应的排序数字。...Suggestiveline和genomewideline都是有设定好的默认值，我们不需要进行改动，如果自定义只要修改数据就可以。 Highlight主要是将其中的某个或者一些SNP位点进行突出显示。...还有未出现的参数main，为图提供标题。 以上就是曼哈顿函数的主要参数。 具体的实现过程，我们以官方的样例进行展示： ? manhattan(gwasResults)#绘制曼哈顿图 ?
2| 作图系统环境 ①布局：R使用的图形模型中，通常含有的部分包括中央绘图区、坐标轴线、坐标轴数字、x-y轴标签、边界、标题、副标题、图例等等。...标准的x-y图的轴标签一般默认采用变量名，当然也可以在plot调用中覆盖标签，也可以增加进一步标题或者上方的主标题和底部的副标题。...例如下面的空白图形构建： > plot(x,y,type=”n”,xlab=””,ylab=””,axes=F) #Tips：此处type=“n”，表示不绘制点，axes=F删掉坐标轴和周围的框，标题标签设置成空字符串...add=T表示允许叠加到已有图形上。 但是也会出现右图的结果，曲线没有完整地展现出来，密度函数的顶部被切去一部分。因为我们是在直方图的范围里添加的曲线，直方图的y轴上限值小于密度函数的最高点。...此外，结合它以及dnorm(x)的最大值为dnorm(0)的事实，我们就可以计算出来包含直方图和密度图的作图的y轴范围。range调用中的0保证了条形的底部也在范围内。
x(在x-轴上)与y(在y-轴上)的二元作图 sunflowerplot(x,y)同上，但是以相似坐标的点作为花朵，其花瓣数目为点的个数 pie(x)饼图 boxplot(x)盒形图(“box-and-whiskers...(x)如果x是矩阵或是数据框，作x的各列之间的二元图 plot.ts(x)如果x是类"ts"的对象，作x的时间序列曲线，x可以是多元的，但是序列必须有相同的频率和时间 ts.plot(x)同上，但如果x...(字符为从"0"到"9"之间的数字)交替地指定线和空白的长度,单位为磅(points)或象素,例如lty="44"和lty=2效果相同 lwd控制连线宽度的数字 mar控制图形边空的有4个值的向量c(bottom...="n"则设置y-轴但不显示(有助于和axis(side=2, ...)联合使用) 低级绘图命令 R还可以在现有图形（通过高级绘图命令绘制）的基础上增加一些额外的显示，如标题、绘制坐标轴、在特定的位置增加图形...,type="n")绘制一个“空白”的图形, 然后用低级函数来添加点,坐标轴,标签等： 低级绘图命令 R还可以在现有图形（通过高级绘图命令绘制）的基础上增加一些额外的显示，如标题、绘制坐标轴、在特定的位置增加图形
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