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使用自定义基因集对单细胞数据打分,应该用什么函数或者R包

目前针对单细胞数据基因集打分有不同的R包和多种函数 GSEA、GSVA、ssGSEA #这三个也常常用在bulk转录组的富集分析中 Pagoda2、Vision、PLAGE、Zscore、Seurat包的...AddModuleScore函数、 AUCell、UCell和singscore scgmt包 Pagoda2 https://github.com/kharchenkolab/pagoda2 一个用于分析和交互式探索大规模单细胞...Seurat包的AddModuleScore函数 计算每个程序(集群)在单细胞水平上的平均表达水平,减去控制特征集的聚合表达。所有分析特征基于平均表达式进行分类,并从每个分类中随机选择控制特征。...它可以应用于任何单细胞数据矩阵,并包括与SingleCellExperiment和Seurat对象交互的函数。...irGSEA包 除了上述的函数和包之外还有一个考察了多种算法然后选取了基于单个样本的基因表达排名的基因集分析方法:AUCell、UCell和singscore整合成的R包:irGSEA包 https:

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JavaScript深入浅出第2课:函数是一等公民是什么意思

《JavaScript深入浅出》系列: JavaScript深入浅出第1课:箭头函数中的this究竟是什么鬼? JavaScript深入浅出第2课:函数是一等公民是什么意思?...一等公民这个名字听起来很高大上,但是也相当晦涩,这个与翻译也没什么关系,因为first class citizen很多人包括我也不知所云。 JavaScript函数是一等公民,是什么意思?...函数可以保存到Object中,就意味着函数成为了Object的方法。我在《JavaScript深入浅出第1课:箭头函数中的this究竟是什么鬼?》...函数为第一公民是函数式编程的基础 函数为第一公民的3个特性我都介绍了,它们确实让JavaScript更加强大,然后?JavaScript的骚操作大家见得多了,也不会觉得有什么神奇之处。...至于什么函数式编程,不是我一句话能讲清楚的,这可以一直聊到计算机的开山鼻祖图灵。要知后事如何,请听下回分解。 关于JS,我打算开始写一个系列的博客,大家还有啥不太清楚的地方?

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手把手教你学会Python函数式编程

函数式范式中,你不用告诉计算机做什么而是告诉他这个东西是什么。比如数字的最大公约数是什么,从1到n的乘积是什么等等。 因此,变量不能变化。...如果使用相同的参数调用函数两次,则保证返回相同的结果。如果你已经学习了数学函数,你就会知道这个好处。这称为参照透明度。由于函数没有副作用,如果你正在构建一个计算某些事情的程序,你可以加速程序。...我们想要创建一个函数,它接受2个参数,一个基数和一个指数,并返回指数幂的基数,如下所示: 现在我们想要一个专用的平方函数,使用幂函数计算出数字的平方: 这有效,但如果我们想要一个立方体功能?...语法是: 让我们对列表中的每个数字进行平方,例如: 我们可以看到如何将函数应用于列表中的每一项。我们如何应用filter?...通过列表推导,它只是: 列表推导仅适用于列表。map,filter适合任何可迭代的对象,那么这有什么?你可以对你遇到的任何可迭代对象使用任何推导。

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手把手教你学会Python函数式编程

在这篇文章里,你将学会什么函数范式以及如何使用Python进行函数式编程。你也将了解列表推导和其它形式的推导。 函数范式 在命令式范式中,通过为计算机提供一系列指令然后执行它们来完成任务。...在函数式范式中,你不用告诉计算机做什么而是告诉他这个东西是什么。比如数字的最大公约数是什么,从1到n的乘积是什么等等。 因此,变量不能变化。...如果使用相同的参数调用函数两次,则保证返回相同的结果。如果你已经学习了数学函数,你就会知道这个好处。这称为参照透明度。由于函数没有副作用,如果你正在构建一个计算某些事情的程序,你可以加速程序。...] 这有效,但如果我们想要一个立方体功能?...map,filter适合任何可迭代的对象,那么这有什么?你可以对你遇到的任何可迭代对象使用任何推导。 其他推导 你可以为任何可迭代对象创建一个推导。 可以使用推导生成任何可迭代的对象。

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Python列表排序 list.sort方法和内置函数sorted

这时候可以使用list.sort方法和内置函数sorted,本文就是介绍list.sort方法和sorted内置函数的使用方法和区别. ?...二、sorted内置函数 与 list.sort 相反,内置函数sorted会新建一个列表作为返回值。...list_c = [1, 2, 8, 3, 7, 9, 5, 7] # sorted内置函数会返回一个排序后的新列表 list_d = sorted(list_c) print("list_c: ",...这有两种好处: 1.如果我们即需要使用原列表,也需要使用排序后的列表,或者当我们要将一个非列表的可迭代对象排序成列表,sorted都可以做到。...这是什么原因? sorted和list.sort背后的排序算法都是Timsort,它是一种自适应算法,会根据原始数据的顺序特点交替使用插入排序和归并排序,以达到最佳效率。

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Python中的函数式编程教程,学会用一行代码搞定

01 前言 在本文中,您将了解什么函数范型,以及如何在Python中使用函数式编程。在Python中,函数式编程中的map和filter可以做与列表相同的事情。...在函数范型中,你不告诉计算机要做什么,而是告诉它是什么。例如:一个数的最大公约数是多少,从1到n的乘积是多少,等等。因此,变量不能改变。...在函数范型中,改变变量是一个大禁忌,而让函数影响它们范围之外的东西也是一个大禁忌。函数唯一能做的就是计算并返回结果。 现在你可能会想:“没有变量,就没有副作用?”这有什么好处?”...filter通常接受一个函数和一个列表。它将函数应用于列表中的每一项,如果该函数返回True,则不执行任何操作。如果返回False,则从列表中删除该项目。...,用幂函数求出一个数的平方: def square(base): return power(base, 2) 这是可行的,但如果我们想要一个立方体函数?

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敏捷开发:Product Backlog细化的艺术

那么他们是怎么做到的? 自组织和经验主义。 应用Goldilocks原理(也称金发姑娘效应,英文为Goldilocks principle,是指凡事都必须有度,而不能超越极限。)...你为什么要这个?用户的利益是什么?商业利益是什么? 这有助于开发团队构建正确的东西来满足需求。这可能会影响所请求的内容、估计以及产品所有者和开发团队确定实际需要的顺序。这段对话产生了一种共同的理解。...什么时候需要重新安排产品待办事项列表来考虑依赖关系?这对产品所有者优化价值的能力有多大的影响?...金发女孩的问题 您如何调整产品待办事项列表以反映新了解产品的演进功能,以及用户是如何响应这些变化的? 错过了什么机会?是什么阻止你更早的做出反应?...把一切都融合在一起 您已经与Scrum团队讨论了关于细化好处的Goldilocks问题。(Sprint回顾是定期进行这些对话的好机会。)

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像Uniswap一样使用Merkle执行Airdrop

管理员调用函数发送代币 在这种情况下,一个函数实现如下: function airdrop(address address, uint256 amount) onlyOwner { IERC20(token...).transfer(account, amount); } 在这种场景下,所有者必须支付 gas 费才能调用该函数,如果地址列表很大,尤其是在 ETH 上,这将是不可持续的。...Merkle Airdrop 对于 Merkle Airdrop,实现了相同的目标并具有以下好处: 所有者只需支付 gas 费来创建合约并将 Merkle 根存储在合约上。...Defi 足够早,就会了解 Uniswap 的初始 Airdrop 是通过 Merkle 完成的——参考 https://github.com/Uniswap/merkle-distributor 什么是...为什么这有效? Merkle 树是有效的,因为我们不需要遍历整个树来证明我们的值存在于 Merkle 树中。

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由查找算法工程的类图分析组合模式

分角色 如果要使用组合模式,首先要将你的系统区分出几个角色: 主干 叶子结点 树枝 这三个角色是什么意思? 从上面定义可知,对象之间通过组合关系形成树形结构。...实现具体操作的类 树枝是用来存储叶子结点,同时也是继承于主干 抛砖 从这里我们可以看出不同,我们的查找算法工程(如上图)是呈现三层结构, ST -> SFunction -> XXXST 而组合模式的意思是什么...SFunction -> XXXST; ST->XXXST 所以,通过查找算法工程的类图,我们抛砖引玉,引出了真正的组合模式,能够看出来么,组合模式的核心思想是在三层基础上,仍旧保持主干和叶子结点的关联关系,这有什么好处...首先它也继承了AbstractFile类,该有的继承方法和属性都与XXXFile一样,然而他的不同之处在于它有一个成员属性是一个存储基类的列表,相应地,它还拥有着对这个列表的增删改查的方法用来堵这个列表进行调整...最后,与XXXFile实现的operation方法的内容不同的是,Folder实现的operation方法是遍历当前列表并依次调用他们内部具体的operation方法。

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如何阅读源码

譬如 Memcache/Redis 这种 key/value 系统,当它们收到一个 set/get key 请求,是如何做相应的?整个服务是如何运作起来的?...譬如 Django,当它拿到一个 HTTP 请求,是如何做相应的?带着这些简单的问题,浏览源代码能更快了解它们的代码框架是怎么样的,对于之后继续阅读里面的模块,也是非常有好处的。...看到一个函数, 首先要做的是知道这个函数到底做了什么, 而不是他底层是怎么实现的。...这有点类似于英语中的阅读理解,遇到文中陌生的单词,首先是根据上下文来判断它是什么意思,到最后真的不能理解再回头拿字典去查单词。 忽略变量声明。...好的开源 C 代码会将所有变量提前声明,即放在函数的开头。实际上,没必要例会这一大坨的变量,等遇到用到这个变量的时候自然就能懂得这个参数是用来做什么,而不用我们首次见到就猜测它的用处。

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