首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

snakemake杂记:多个转录比对到多个基因得到多个bam文件然后合并

我的需求是: 我有10个基因,然后又12个转录数据,然后将这个12个基因数据分别比对到这个10个基因,每个基因得到12个bam文件,然后将每个基因的12个bam文件合并 ,最终得到10个合并的...""" samtools merge -@ {threads} {output} {input.bams} """ 这样写的问题是合并的时候每个基因对应的是...请大家批判着看,欢迎大家指出其中的错误 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子;2、园艺植物相关转录学...、基因学、群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记!

24110
您找到你想要的搜索结果了吗?
是的
没有找到

多个单细胞转录样本的数据整合之CCA-Seurat包

单细胞水平的研究是仅次于NGS的一次生物信息学领域的革命,同样的随随便便发CNS的黄金时期也过去了,现在想发高分文章,拿多个病人的多个样本进行单细胞转录测序是非常正常的,比如下面的: 发表在 Nat...共选取5例病人的共19个样本,通过10×genomics单细胞转录测序探索基质细胞的亚群分类、基因功能(信号通路)、关键marker基因和临床预后,共鉴定出52个基质细胞亚群, 发表在 Nature...揭示胰腺导管腺癌的瘤内异质性和恶性进展 ,有24个原发性PDAC肿瘤病人样本及11个对照胰腺样本(3例非胰腺肿瘤患者和8例非恶性胰腺肿瘤患者样本) 大多数百万经费起的项目,当然,现在想发普通的单细胞文章,也是得做多个样本了...多个样本单细胞转录数据整合算法 Seurat主要是处理10x单细胞转录数据,而10x仪器商业上的成功可以说是成就了Seurat包,另外一个比较火的多个样本单细胞转录数据整合算法是mutual nearest...Scanorama(https://doi.org/10.1101/371179) scMerge(https://doi.org/10.1073/pnas.1820006116) Seurat关于多个单细胞转录样本整合的文章实在是很厉害了

9.8K51

单基因结合全基因发6SCI

文章主要是研究h-prune这个基因在肝细胞癌(HCC)中的临床意义及潜在调控机制,从全基因层次对h-prune基因进行全面研究。...将304例肝癌患者分为h-prune高(n=191)亚和h-prune低(n=113)亚。结果发现,h-prune的高表达与更差的OS和DFS结果相关(图E)。...2.2 h-prune调控肝癌进展的潜在机制 为了研究h-prune是否能促进肝癌的发生,通过对h-prune表达水平的高低进行差异表达分析,发现了2006个上调基因和1972个下调基因。...h-prune-high(参照h-prune-low,图A)共检测到25个上调mirna和73个下调mirna。...结语 本文以h-prune基因为中心,从全基因层次研究其在肝细胞癌中的潜在调控机制。利用华西医院的304例临床样本研究h-prune基因与预后的关系,数据充分且准确,流程规范且全面。

63211

关于GCD同步实现多个异步线程的同步执行中的注意点

在App开发中经常会遇到多个线程同时向服务器取数据, 如果每个线程取得数据后都去刷新UI会造成界面的闪烁 也有可能出现部分数据还没有获取完毕造成程序crash 之前在网上看到很多是利用dispatch_group_async...(group)配对使用, 它们可以在使用dispatch_group_async时帮助你合理的管理队列中任务的引用计数的增加与减少。...它明确的表明了队列组里的一个 block 已经执行完成,队列中的任务的引用计数会减1, 它必须与dispatch_group_enter(group)配对使用,dispatch_group_leave...当返回值不为0时,表示其当前有(一个或多个)线程等待其处理的信号量,并且该函数唤醒了一个等待的线程(当线程有优先级时,唤醒优先级最高的线程;否则随机唤醒)。...实现过程: 创建一个任务dispatch_group dispatch_group_t group = dispatch_group_create(); 将每个请求包装成一个任务异步提交到任务组里,

3.2K41

为什么MySQL要升级复制?1钟系列

… 思路比结论重要,为什么比是什么重要,今天就花1钟,说下这里面架构演进的思路。 画外音:大家不想听底层细节,就不深入细节了。 最早的数据库都是单机的,其最大的痛点是啥? 无法线性扩展。...如上图所示: (1)把整体数据存储复制了N份,每份之间数据都一样; (2)每份数据的 DISK/MEM/CPU 都在一个DBMS进程内,部署在一台服务器上; (3)每份数据的资源之间的没有竞争; 理想很丰满...最后是MySQL5.7里,新提出的MySQL复制。...Oracle Rac,计算与存储分离; Shared Nothing:水平切分,复制集群,资源完全隔离; 三类常见复制方式 异步复制:传统主从,互联网公司最常用; 半同步复制:从库确认,主库才提交; 复制...画外音:对不起,读完本文不止1钟。 MySQL内核相关文章: 《缓冲池(buffer pool),这次彻底懂了!》 《写缓冲(change buffer),这次彻底懂了!》

36820
领券