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WebSestalt富集

昨天给大家简单的介绍了一下富集的常见算法(基因富集算法介绍),但是具体要怎么实现基因的富集呢? 今天给大家推荐个, WebSestalt (http://www.webgestalt.org) PS:如果会R语言,当然还是首推clusterprofiler的,毕竟业界公认的好呀。 根据我们之前介绍的三种富集的算法,这个数据库也同样基于三种算法成了三个功能。 ? 1.2 选择方式 之前介绍的三种富集方式都可以进行选择。我们可以基于自己想要的方式来进行选择。 ? 1.3 选择背景数据库 这里我们需要选择背景数据库。 NTA结果 网络的结果主要是通过亚网络的格式展示的。在这里我们可以看到具体的信息同时也可以看到网络中基因的富集结果。 ? >>>> 数据下载 对于任何的结果。

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SPSS统计

SPSS下载与安装 SPSS是IBM公司推出用于统计、数据挖掘、预测等方面的一个。在医学、地学等方面都有很重要的应用。 现在推出的版本有 Windows、mac两种。 今天就带大家来下载安装这个!!! 如果大家有其他需要的,我会在每天的留言中挑选一个。在第二天推送中给大家做一个推送的。 安装 我们这次以Windows版本spss22为例,给大家来做个示范。 根据自己电脑选择选择32位或者64位进行下载 下载好的spss22压缩包中的文双击第二个文 第一步:双击IBM SPSS Statistics V22.0进行安装; 第二步:出现选择界面时选择中间选项 运行图标默认在程序菜单,请右键创建桌面快捷方式。

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    有限元ADINA

    ADINA(Automatic Dynamic Incremental Nonlinear Analysis)是美国ADINA R&D公司的产品,是基于有限元技术的大型通用仿真平台,广泛应用于各个工业领域 该公司专门致力于开发能够对结构、热、流体及流构(固)耦合、热构(固)耦合问题进行综合性有限元的程序——ADINA,从而为用户提供一揽子解决方案。 ADINA系统主要包括下列产品模块:  ADINA-AUI 前后处理模块  ADINA Structure 结构模块  ADINA-CFD 计算流体动力学(CFD)模块  ADINA-Thermal 热模块 ADINA-FSI 流固耦合模块 ADINA-TMC 热结构耦合模块 安装: 1、运行ADINA 9.4.2安装包,输入密码:BR7J2M2C ? 6、运行“install_adina_license.bat”,重启计算机即可(不重启会提示许可错误) 参考文献: 《ADINA在水利工程中的应用与开发 》 《ADINA在土木工程中的应用》 此外,自带的帮助文档在安装目录下的

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    深入复杂度

    标签 | Architecture DDD 字数 | 4678字 阅读 | 12复杂度的成因 Eric Evans的经典著作《领域驱动设计》的副标题为“核心复杂性应对之道”,这说明了Eric 这个定义庶几可以表达复杂度的特征。定义中的组成部对于系统,就是我所谓的“设计单元”,基于粒度的不同可以是函数、对象、模块、组和服务。 Jurgen Appelo从理解力与预测能力两个维度了复杂系统理论,这两个维度又各自为不同的复杂层次,其中,理解力维度为simple与comlicated两个层次,预测能力维度则为ordered 倘若我们需要支持对海量数据的高效,就得考虑这些海量数据该如何布存储,并如何有效地利用各个节点的内存与CPU资源执行运算。 纵观设计的历史,不是久必合,合久必,而是不断拆继续拆持续拆的微型化过程。解的元素不可能单兵作战。怎么协同,怎么通信,就成为了系统解后面临的主要问题。

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    GEO2R差异表达

    我们对于目标数据集,我们做的第一个事情就是差异,来寻找有差异的结果。所有的表达芯片做的差异表达都是基于limma的算法来的。我们今天介绍的这个GEO2R也只是把这个算法更加方便使用了而已。 我们进行差异的目的也是要得到和疾病相关的那些变化基因。毕竟这些基因才是符合我们研究目的的。 ? 2 GEO2R GEO2R就是一个基于GEO数据库来对表达谱芯片进行差异的一个。我们在每个数据集的下面都可以看到这个的的入口。 acc=GSE79973)我们就可以在数据集的下面看到这个入口。 ? 的整体操作还是很简单的,我们需要做的就是 2.1 制定数据组 前面提到,我们需要两组或者多组之间比较才能得到差异的结果,所以我们第一步需要做的就是来制定我们想要的组。

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    感官应用介绍

    CSAS 感官 在内部使用多年之后,CSAS推出了其感官测试。CSAS感官是一种感官评估,可以在任何位置的任何Internet设备上进行管理。 感官方法模块 差异测试: ○   A-非A检验、A-非A检验【含确定性标尺】、简单差异测试、简单差异测试【含确定性标尺】、三点测试、二三点测试 排序测试: ○   成对比较检验、排序测试 描述性 时态方法: ○   时间强度 ○   感觉的时间优势 其他方法: ○   质地剖面测试、风味剖面测试、感官特性识别测试、味觉多敏感度测试 感官方法模块 CSAS感官模块 通过使用"CSAS CSAS感官具有诸多优势 ○   感官方法多样,24种+,可以满足各种感官测试需求,同时也可提供定制化服务。 CSAS特点 CSAS感官特点 ○   快捷方便 快速创建新项目,并使用强大的功能立即运行自定义报告。CSAS允许您在数据收集后的几钟内展示报告。

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    基因组选择调研

    为了解相关应用的整体情况,也为选择合适的进行全基因组选择提供决策,这里对基因组选择的进行一个汇总。 考虑到基于BLUP的,在速度、准确性和无偏性测试中比较稳健,且贝叶斯方法存在速度限制的问题,所以本次调研主要偏向于基于BLUP的。 以下是的调研结果,主要包括以下4个方面内容: 1, 主要汇总 2, 基因组介绍: 单机版 3, 基因组介绍: R语言版 4, 结论及建议 调研结果主要来源于三个方面:文检索, 模块: DMU1 : Prepare program,数据预处理和起始程序 DMUAI: 约束性最大似然估计方差组(AI,EM,AI-EM) DMU4: 计算BLUE值和BLUP值 DMU5:迭代求解 总体而言, 传统评估, 比如ASREML, DMU, BLUPF90都是基于Fortran编写的, 在常规中应用较广, 支持的模型和矩阵结构丰富。

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    感官(APPsense)用户手册

    帮助模块,主要是介绍如何使用本,及感官方法介绍,便于感官师在设计实验的过程中及时查阅。 1.3地址的查询和登录 Win7~Win10,在左下角的运行或查询栏,输如CMD(不大小写),然后在DOS命令界面输入ipconfig(不大小写,在英文模式下输入),查询所在主机的IP。 2.2.1角色管理 点击“创建”,选择新建用户的角色:感官师/评价员/消费者,三者选一个,一个人只能选一个角色; 组:可以别对感官师、评价员、消费者别进行组;如: 感官组:初级感官师 、中级感官师、高级感官师等;可以选择已建立的组或填入新的组名称。 2.2.2 权限管理 本对角色及整个组做集中授权管理。点击“用户管理”下面的“权限管理”菜单 (1)配权限: 点击页面中“操作”下面的下拉菜单,点击编辑可以对角色进行“权限配”。

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    高效磁盘整理——TreeSize

    今天给大家推荐一款关于磁盘整理相关的,非常实用方便,提高效率! 这时,我们就需要一款强大的工具来帮助我们整理磁盘,Tree Size就是这么一款工具,它具有以下功能: 1,整体展现磁盘空间占用情况 我们可以很客观地看到c盘的各个文夹占用大小以及修改信息; ? 2,扫描磁盘或文夹,级展开目录 我们可以查看磁盘的占用信息,也可以查看任一文夹的占用信息 ? 级目录 3,视图多种形式展开文 我们可以以多种形式展开磁盘的文,采用视图展开,按照文大小展开等等 ? 多形式展开 最后: 这个我日常工作学习都会使用到,对于清理磁盘来说,感觉非常良好! 大家如果有更好的实用,可以加我微信来一起享交流~ ---- 上述获取方式: 1,关注「程序员的时光」公众号 2,回复关键字 003 即可获取下载链接

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    Logstalgia – 可视化网站日志

    每天被DDoS和CC是不是觉得很头疼,面对这些攻击需要快速丁维攻击的url和IP是一头疼的事,面对网站access.log那么密密麻麻的访问记录,一条一条的筛选是不可能的,如果可以用一种动画的形式来展示 Logstalgia就是这样的,它通过Apache、Nginx、Lighttpd等Web服务产生的日志,以可视化展现给管理员,那么下面就来简单介绍怎么使用这款

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    单倍型Haploview的安装(Windows)

    ---- Windows操作系统下Haploview的安装 ? Haploview是一个用来进行单倍型,该是基于图形界面,用法简单,操作方便。 采用该可以进行如下的: 1、连锁不平衡与单倍型的 2、进行单倍型人群频率的计算 3、SNP与单倍型的关系 4、相互关系的排列检测 ---- 1 的下载地址 ? https://www.broadinstitute.org/haploview/downloads#JAR 2 Haploview的安装依赖于java环境,因此在进行安装前要先安装java,按照如下界面 4 下载结束之后,按照的安装要求进行安装就可以啦。 ? ? 5 安装好java环境后,再回到安装界面点击HapInstall.exe进行的下载,下载之后,不用安装,直接双击就可以运行了。 Haploview的文输入格式和结果解释在之后的文章中会介绍~ ?

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    业界代码安全介绍

    前言 应用安全类型按照使用场景为四类方向: 静态AST(SAST)技术通常在编程和/或测试生命周期(SLC)阶段应用程序的源代码,字节代码或二进制代码以查找安全漏洞。 开源工具介绍 参与此次介绍的有以下工具 https://github.com/google/shipshape 这是google发布一个静态程序平台,采用go语言编写,支持js、java、python 希冀通过这样的门槛用例评各项开源代码的使用效果,达到查漏补缺的数据支持,实现“拿来主义”的效用。 Fortify提供静态代码器(SAST),WebInspect(DAST和IAST),安全中心(其控制台)和Application Defender(监控和RASP)。 其他方面 业界在规划、设计、实现、验证、发布、回归阶段中关注源码扫描参与的点有: 静态应用安全-找到并自动化修复代码中的漏洞与质量缺陷; :查找开源代码组或者第三方组是否包含安全漏洞与

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    CAE仿真的发展趋势

    虽然CAE仿真的功能已经相当强大,但它并不涉及各个领域。未来的发展应该具备以下功能。 多相环耦合与多物理场耦合 多物理场(力场、渗流场、温度场、电磁场等)的非线性耦合;多相和多晶型(流体、固体)。气环耦合。 多尺度耦合 从基本材料的组成和结构到复合材料,从合格材料到构,再从构到工程/产品,都有微观和微观模型;相反,微观模型和微观模型的无限叠加很难产生宏观模型。 因此,在工程/产品的精细中,客观上会遇到多尺度模型的耦合问题。目前,CAE仅限于宏观物理力学模型的工程/产品。 从材料设计到工程/产品设计,CAE系统集成了仿真和优化。 MEMS多晶介质的灾变组合理论与亚微观 随着多物理场、多相、多状态介质耦合理论和亚微米、纳米科学的发展,开发用于MEMS设计计算的CAE仿真已迫在眉睫。

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    FlowJo 10 for Mac(流式细胞)

    FlowJo Mac版是Mac平台上的一款流式细胞,FlowJo Mac版可以所有的流式仪产生的数据,简单易用, 功能强大,已经被领域内优秀的科学家,实验室广泛使用,是最好的流式数据 ,同时它也是各高影响力科学期刊使用最多的 ,已经成了行业的一个标准。 反向控制 一旦你的包含了门内门控产生的亚群,就可以看到一个给定亚群的源图形。反向控制显示在每个阶段的图突出最后亚群的每个门控操作图。 细胞周期 FlowJo有一个细胞周期的平台,采用多种模型对数据进行拟合,拟合参数的约束,并自动计算在G1期,细胞的百比,或G2期。 当你想找到符合特定条的FCS文(点协议、操作员ID、运行日期、机器等),或者当FCS文被移动并需要重新定位时,这个实用工具就很方便了。 影视 平台独特的FlowJo:查看你的数据动态。

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    主流大数据全面接触

    现在很多厂商都说自己的产品是大数据。如果只是根据功能去区这些产品,的确是难事,因为很多工具具有相似的特征和功能。此外,有些工具的差异是非常细微的。 这些厂商别代表着大数据市场的不同方面。我们将结合之前文章中提到的特点,对这些产品进行对比,看这些产品是如何满足企业用户的业务需求。 如何选择最适合的大数据师的专业知识和技能。 Oracle 针对Hadoop的R高级法(ORAAH)是Oracle大数据连接套中的一部,它提供了R界面,用来管理Hadoop布式文系统(HDFS)数据和用R语言中编写映射(mapper 大数据的市场可能让人找不到北,但是我们希望,本系列采购指南文章能够帮助你更好地理解大数据能够带给企业什么好处,帮助你更好地区主流大数据产品和工具。 现在,我们特享主流大数据厂商一览表。

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    SpeedSeq:快速的基因组数据

    SpeedSeq是一款开源的基因组数据变异,主要功能如下 alignments, 序列比对 variant detection, 变异检测 functional annotation, 突变位点的功能注释 mutations, 通过freebayes来检测突变微位点 structural variants,通过lumpy-sv来检测结构变异 其流程图示意如下 ? 源代码保存在github上,链接如下 https://github.com/hall-lab/speedseq 该按照功能,拆成了以下5个子模块 1. align 该模块将双端测序的fastq数据比对到参考基因组上 \ tumor.bam 使用freebayes来检测体细胞突变,需要配对的肿瘤和正常样本,输出文为VCF文。 对于全基因组数据的,使用speedseq可以大大加快处理速度。

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    Tecplot Focus 2020 R2 for Mac一款可视化专业CFD,可以让用户以想要的方式快速绘制所有工程和测试数据,安排多个XY,2D和3D图表,自动执行日常数据和绘图任务,节省更多时间和精力 测试环境:MacOS 11.3.1 功能 创建、更改和转换数据:使用数学表达式更改数据或创建新数据。存储数学表达式。创建数据的镜像。创建新数据作为现有数据的子集。 离散傅立叶变换(DFT):将一维有序线性数据变换到频域中以进行可视化和进一步。 多个数据集(最多 500 万个点):同时从许多不同的数据集创建和显示绘图。 配置独立于屏幕辨率的图像辨率。 动画:将图像导出为 MPEG-4、Flash (SWF)、WMV 和 PowerPoint 兼容的 AVI。 使用多个轮廓变量同时查看和多个变量之间的相互关系。 矢量:在平面、3D 表面和体积上显示 2D 和 3D 矢量。显示与 3D 表面相切的 3D 矢量量。指定长度、颜色、线型和头部样式。

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